Dans le cadre d'un projet pour l'unité d'enseignement complémentaire "programmation avancée en python pour la bioinformatique", nous avons tenté de simuler le processus d’évolution biologique. Pour ce faire, nous avons pris comme modèle une molécule d'ARN de transfert (ARNt). L'ARNt est une petite molécule d'ARN qui permet de traduire un codon en son acide aminé correspondant lors de la traduction de l'ADN en protéines. Grâce au langage de programmation python, nous avons codé différents processus à l'origine de l'évolution biologique intervenant lors d’une reproduction de type bactérienne, (c’est à dire asexuée et par multiplication) tels que :
- les mutations (délétions, insertions, ou substitutions)
- la recombinaison entre séquences
- et la sélection des séquences les mieux adaptés, en les comparant à une "séquence cible", c'est à dire dont la configuration est optimale.
Ainsi nous avons simulé la reproduction et l’évolution d'une population d'ARNt. Nous avons ensuite observé grâce au traçage d’une courbe les scores moyens et les scores max des séquences au fil des générations. Le score d’une séquence étant une mesure de la ressemblance de cette séquence avec la « séquence cible »