Simplify dockerfile (#28)

* simplified docker file and extracted gunicorn commands to gunicorn.conf.py

* removed yaml reading of arguments for gunicorn: the referenced docker-compose.yml would have been the one in the container and therefore effectively hard-coded

* README additions and increase of version in docker-compose.yml

inception_ahd_recommender/Dockerfile

@@ -3,18 +3,12 @@ FROM $ROOT_CONTAINER
 
 ARG RECOMMENDER_WORKDIR=/inception_ahd_recommender
 
-ARG RECOMMENDER_WORKERS
-ARG RECOMMENDER_ADDRESS
-
 WORKDIR $RECOMMENDER_WORKDIR
 
-
 COPY . .
 
 RUN python -m pip install --upgrade pip
-RUN python -m pip install gunicorn
-RUN python -m pip install -e .
-RUN python -m pip install -e ".[contrib]"
-
+RUN python -m pip install -e . &&\
+    python -m pip install -e ".[contrib]"
 
-CMD gunicorn -w $RECOMMENDER_WORKERS -b $RECOMMENDER_ADDRESS --log-level INFO main:app
+ENTRYPOINT ["gunicorn"]

inception_ahd_recommender/README.md

@@ -151,4 +151,16 @@ Der Recommender `docker` Container (wenn das `RECOMMENDER_WORKDIR` in der `docke
 * `deid_mapping_singlelayer.json`
 * `deid_mapping_multilayer.json`
 
-Eine von denen kann dann auch mit ``<MAPPING_FILE>``=`/inception_ahd_recommender/prefab-mapping-files/<FILE>` referenziert werden.
+Eine von denen kann dann auch mit ``<MAPPING_FILE>``=`/inception_ahd_recommender/prefab-mapping-files/<FILE>` referenziert werden.
+
+## Entwicklung
+### Versionsupdate
+Wenn eine neue Version des Recommenders veröffentlicht werden soll, muss die Datei `VERSION` geändert werden
+(dadurch wird der entsprechende workflow getriggert, sobald die Veränderung auf den `main` branch kommt → siehe `.github/workflows/ci.yaml`).
+Bitte beachten, dass dann auch das version tag Suffix in der `docker-compose.yml` angepasst wird:
+```
+services:
+  ahd-deid-recommender:
+    image: ghcr.io/medizininformatik-initiative/gemtex/inception-ahd-recommender:1.1.2
+  [...]
+```

inception_ahd_recommender/VERSION

@@ -1 +1 @@
-1.1.1
+1.1.2

inception_ahd_recommender/docker-compose.yml

@@ -1,8 +1,6 @@
 services:
   ahd-deid-recommender:
-    build:
-      context: .
-    image: ahd-deid-recommender:1.1.1
+    image: ghcr.io/medizininformatik-initiative/gemtex/inception-ahd-recommender:1.1.2
     restart: unless-stopped
     environment:
       - EXTERNAL_SERVER_ADDRESS=http://198.168.10.2:8080
@@ -15,7 +13,7 @@ services:
       - RECOMMENDER_WORKERS=4
       - RECOMMENDER_ADDRESS=:5000
     ports:
-      - 5000:5000
+      - "5000:5000"
     networks:
       - recommender-network
 networks:

inception_ahd_recommender/gunicorn.conf.py

@@ -0,0 +1,6 @@
+import os
+
+workers = os.environ.get("RECOMMENDER_WORKERS", "2")
+bind = os.environ.get("RECOMMENDER_ADDRESS", ":5000")
+log_level = 'info'
+wsgi_app = "main:app"