fix selected samples as state for query list #421

[antonylebechec]

Add code to keep selected samples in state in "Samples" plugin
Add code to consider selected samples in "Query List" plugin
Add "additional_genotype_field" in config["samples"] to consider another field to show when a sample is selected (e.g. "dp", "vaf"). TODO: Add into "preferences..."

[sonarcloud]

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[antonylebechec]

Add "additional genotype fields" and "genotype position" in settings

[dridk]

Alors je vois clairement l'utilité . J'y ai pensé aussi . Mais j'avais un conflit d'usage. Car la query est censé s'executer comme elle a été sauvegardé .

Je pense qu'il faudrait plutôt pouvoir faire des requetes contextuelle comme çela . Ansi qd tu l'execute, elle prend en compte ce que tu as selectionné .

SELECT chr, pos, samples[@selected] FROM variants WHERE samples[@selected].gt > 1 

Je peux accepter la PR, mais il faudra faire comme ci-dessus après. Car je vois pas plus propre .

[antonylebechec]

C'est ce qui est fait non ?
Dans "Query List", je regarde s'il y a des samples sélectionnés (via la state "samples_selected" généré par "Samples"), et j'ajoute si besoin "samples[@selected]" et "samples[@selected].gt > 1". Si aucun sample n'est sélectionné, la requête s'execute comme elle a été sauvegardée.

[antonylebechec]

Il faudrait un bouton qui "dé-sélectionne" le sample sélectionné (plus tard "les samples").
Pour résumer :
1/ creation d'un "basket" (comment dans le plugin "Validation"), pour se focaliser sur un "run", un "trio"... (variable state "samples_current")
2/ selection "à la volée" (et multiple, checkbox? multi-highlight? double click add/remove?) de sampleS qui affiche le genotype (and additional at position) dans le "Variant View", pour se focaliser sur un ou plusieurs samples (un "trio" d'une "run", puis un autre "trio", puis un sample unique...)
3/ possibilité de dé-sélectionner les samples "à la volée", avec un simple bouton, en double cliquant, ou via les checkbox (ça me semble mieux)

[antonylebechec]

Aaaaahhhhh ! Je vois.

Donc voilà ce que je propose (in feature "[VQL] Add $selected features" #423) :

2 state variables are created in "Samples" plugin (see PR #422):

• "samples_current" which consider all samples selected in the "basket"
• "samples_selected" which consider selected samples within the basket (to show in "Variants View" plugin)
  Thus, 2 keywords can be created:
• for current samples:

SELECT samples[$current].gt  FROM variants samples[$current].gt > 1 

• for selected samples:

SELECT samples[$selected].gt  FROM variants samples[$selected].gt > 1

[antonylebechec]

PR en proposition
A intégrer dans la nouvelle feature Samples/genotypes/variants