Effect staalname maand en Poisson distributie op alfa-diversiteit

[slambrechts]

Voorlopig enkel voor Annelida

1. Variabele Maand_staalname toegevoegd aan sample data phyloseq object
2. Deze ook toegevoegd in verkenning designvariabelen
3. alfa-diversiteit eens gelopen met Maand_staalname ipv Landgebruik_MBAG
4. 1e poging Maand_staalname meenemen in de modellering van effect landgebruik (samen met Diepte en aantal reads). Interactie Landgebruik_MBAG met Maand_staalname hier ook nodig? Voorlopig in aparte chunk gezet en originele alfa-div modellering dus niet aangepast
5. aparte chunk met alfa-diversiteit modellering obv Poisson ipv glmmTMB::nbinom2, maar nog zonder Maand_staalname

[slambrechts]

4. Maand_staalname meenemen in de modellering van effect landgebruik (samen met Diepte en aantal reads), chunk [m-annelida-richness-predictions-2] dus, werkt nog niet:

Error in `names(out) <- colnames(stats::vcov(model, full = TRUE))`:
! 'names' attribute [68] must be the same length as the vector [39]
Backtrace:
 1. marginaleffects::plot_predictions(...)
 2. marginaleffects::predictions(...)
 4. marginaleffects (local) `<fn>`(...)
 6. marginaleffects:::get_coef.glmmTMB(model, ...)
Execution halted

Ik vraag mij in eerste instantie af of ik onderstaande juist heb aangevuld met Maand_staalname:

samples_totcount_10k <- tidy_physeq$samples %>%
  filter(total_count > 1e+4)

form_annelida_richness <- formula(
  observed ~
    log(total_count)
  + Landgebruik_MBAG
  + Diepte
  + Maand_staalname
  + Landgebruik_MBAG:Diepte
  + Landgebruik_MBAG:Maand_staalname
  + (1 | Cmon_PlotID)
  )

m_annelida_richness <- glmmTMB::glmmTMB(
  formula = form_annelida_richness,
  data = samples_totcount_10k,
  family = glmmTMB::nbinom2())

[slambrechts]

model ~ log(total_reads) + maand + landgebruik toegevoegd, en origineel nbinom2 model er uit.

Maakt de volgorde van de variabelen Landgebruik_MBAG, Diepte, Maand_staalname uit in onderstaand model?

form_annelida_richness <- formula(
  observed ~
    log(total_count)
  + Landgebruik_MBAG
  + Diepte
  + Maand_staalname
  + Landgebruik_MBAG:Diepte
  + (1 | Cmon_PlotID)
  )

m_annelida_richness <- glmmTMB::glmmTMB(
  formula = form_annelida_richness,
  data = samples_totcount_10k,
  family = poisson())

[hansvancalster]

Maakt de volgorde van de variabelen Landgebruik_MBAG, Diepte, Maand_staalname uit in onderstaand model?

Maakt niet uit zolang we er geen sequentiële anova op toepassen (type I anova). Je kan op de output van dit model bv een type II anova verkrijgen via car::Anova(m_annelida_richness). Hier speelt de volgorde geen rol.

[slambrechts]

1. Alfa-diversiteit opgesplitst in genetische diversiteit (aantal OTUs) en taxonomische diversiteit (aantal gekende soorten)
2. Shannon diversity index proberen modelleren als een gamma verdeling met log link, eens zonder en eens met staalname maand als covariaat

[hansvancalster]

De titel strookt niet met wat volgt

[slambrechts]

Bedoel je dat staalname maand geen covariaat is als we de interactie met landgebruik verwijderen uit het model?

[hansvancalster]

Nee. Ik denk dat ik hiermee bedoelde dat er naast staalname maand ook nog andere covariaten in het model zitten dat in deze sectie gefit werd. Terwijl de titel suggereert dat enkel staalname maand als covariaat bekeken wordt.

[hansvancalster]

Hier staat nog een to do

[hansvancalster]

Titel best aanpassen zodat die wat beter weergeeft wat er onder komt

[hansvancalster]

Zie eerdere suggesties

[hansvancalster]

Om de "this branch is out-of-date with the base branch" op te lossen, kan je op de "update branch" knop drukken en de stappen volgen (dit is dan op de remote, om het daarna lokaal te hebben moet je nog git pull uitvoeren lokaal). Andere manier is het lokaal oplossen (git pull origin main) en daarna de wijzigingen pushen naar hier.