Questo repository è stato creato allo scopo di monitorare l'andamento dell'epidemia provocata dal virus Sars-Cov-2 in Italia e l'efficacia dei vaccini utilizzando i dati rilasciati nei report settimanali dell'Istituto Superiore di Sanità, come ad esempio:
Bollettino-sorveglianza-integrata-COVID-19_28-giugno-2022.pdf
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Per utilizzare il repository, aprire la shell e digitare:
git clone [email protected]:apalladi/covid_vaccini_monitoraggio.git
cd covid_vaccini_monitoraggio
E' consigliata la creazione di un environment virtuale, tramite i seguenti comandi:
python -m venv .env
source .env/bin/activate
Nell'environment virtuale è possibile installare automaticamente i pacchetti richiesti utilizzando il seguendo comando:
pip install -r requirements.txt
Lo script dati/dati_selezione.py estrae i dati per l'analisi a partire dal report selezionato. I dati epidemiologici e delle popolazioni di riferimento vengono salvati in dati/dati_ISS_complessivi.xlsx mentre quelli suddivisi per età in dati/dati_ISS_età.xlsx1.
Lo script è stato aggiornato il 10/11/2021 per includere i vaccinati con dose aggiuntiva. Sono necessari ghostscript e tkinker per il corretto funzionamento di camelot.
Per gli utenti Windows: per la corretta generazione della mappa seguire le istruzioni
I dati possono essere analizzati mediante i seguenti script:
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scripts/andamento_epidemia.py: calcola le curve epidemiche relative a nuovi casi, ospedalizzati, ricoverati in terapia intensiva e deceduti, divise per vaccinati e non vaccinati. Le curve epidemiche sono rapportate al numero di vaccinati e non vaccinati, in ogni intervallo temporale. In questo modo è possibile calcolare i tassi standardizzati (aggiustati per fascia di età2). Data la sproporzione tra il numero di vaccinati e non vaccinati, i numeri assoluti risultano infatti poco utili per monitare l'andamento dell'epidemia. -
scripts/andamento_rapporti_incidenze.py: calcola il contributo dei non vaccinati rispetto all’incidenza totale nelle varie fasce di età. -
scripts/confronti_europei.py: aggiorna gli andamenti delle curve epidemiologiche e delle vaccinazioni dei paesi dell’Eurozona. -
scripts/confronti_europei_map.py: mappa bivariata che mette in relazione la copertura vaccinale al numero dei decessi nell'Eurozona. -
scripts/confronto_2020_2021.py: restituisce gli andamenti delle curve epidemiche 2020 e 2021. Per il 2021 vengono mostrate separatamente le curve dei vaccinati e dei non vaccinati. -
scripts/efficacia_vaccini.py: calcola i tassi per ogni fascia di età e per stato vaccinale (vaccinati e non vaccinati) relativi all'ultimo report dell'ISS. Ciò permette di calcolare le incidenze per ogni fascia d'età e di valutare correttamente l'efficacia dei vaccini nel prevenire il contagio, l'ospedalizzazione, il ricovero in terapia intensiva e il decesso.
Per eseguire un aggiornamento generale, utilizzare il seguente comando dalla directory principale:
./update_all.sh
Footnotes
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Nota sulle popolazioni di riferimento: si considera un ritardo medio stimato di due settimane per ospedalizzazioni e ricoveri in TI e di tre settimane per i decessi. ↩
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Si ottengono moltiplicando ciascun tasso specifico per classe di età - ossia il rapporto tra la numerosità dell’evento considerato e la popolazione di riferimento del report - per la numerosità della popolazione standard della stessa classe di età fonte dati popolazione italiana; sommando questi prodotti e dividendo tutto per il totale delle popolazioni standard (over 12) si ottiene il tasso di incidenza standardizzato. ↩