Bayesiánská analýza

Projekt: Nástroje a techniky bayesiánské ekonometrie a statistiky (MUNI/FR/1108/2019)

Autor: Bc. Jan Melichařík ([email protected])

Sada skriptů a pomocných funkcí v jazyce Python (verze 3.9.1) kopírujících postupy skriptů ze cvičení (program MATLAB).

Naposledy aktualizováno: 1.2.2021

Obecné informace

Pro rychlejší zpřístupnění skriptů je součástí projektu i virtuální prostředí pro jazyk Python, které obsahuje veškeré potřebné knihovny pro spuštění jednotlivých skriptů.

Aby byly skripty funkční, je třeba nastavit cestu v terminálu do složky jednotlivých cvičení. Datové soubory jsou v těchto složkách uloženy také a pokud nebudou skripty spuštěny z této složky, může dojít k problémům s načítáním dat.

### Použité knihovny

Standardní:

• math
• pdb
• sys
• warnings

Rozšířené:

• matplotlib
• numpy
• pandas
• scipy
• statistics
• tabulate

Pomocné funkce převzaté od doc. Daniela Němce a uloženy v knihovně support:

• gamm_rnd_koop podle gamm_rnd_Koop_2.m
• geweke
• lik_ces
• log_post_ces
• my_boot
• my_nlrm
• norm_rnd
• prior_ces
• progress_bar
• ...

Poznámky

• Poznámka 1: V Pythonu může dojít k problému, pokud se budete snažit vypočítat negativní číslo umocněné na reálné číslo, tak díky přednosti mocniny před "znaménkem" čísla můžete získat hodnotu "nan" (toto se děje při umocňování matic). Tento typ se dá kontrolovat pomocí funkce numpy.isnan().
• Poznámka 2: Práce s maticemi je v Pythonu mírně odlišná oproti jazyku R, nebo Matlabu. Hlavní rozdíl je v tom, že knihovna NumPy obsahuje třídu array, která se používá pro maticové operace, ačkoliv obsahuje i třídu matrix. Doporučuje se používat pouze třídu array, protože podporuje stejné operace jako třída matrix, avšak většina funkcí knihovny NumPy vrací objekty třídy array.
• Poznámka 3: Operace s maticemi v Pythonu jsou více náchylné na chyby, protože je zde více věcí, které je třeba mít na paměti. Krátký úvod do práce s maticemi v Pythonu je obsahem scriptu matrix_crashcourse.py, který čerpá z podrobnějšího popisu ze stránky O'Reilly.
• Poznámka 4: Ve skriptech všechny cykly s hloubkou 1 používají jako ukazatel iterace písmeno i (např. for i in range(10): ...). Všechny cykly podle míry vnoření používají písmena abecedy následující po i. Např:

for i in range(10):
  for j in range(5):
    for k in range(2):
      ...