reenabled annotation sources

GC-HBOC · Dec 1, 2024 · 45293e3 · 45293e3
1 parent bd5ad8c
commit 45293e3
Showing 1 changed file with 23 additions and 23 deletions.
diff --git a/src/annotation_service/main.py b/src/annotation_service/main.py
@@ -14,40 +14,40 @@
 def get_default_job_config():
     job_config = {
         # heredicare annotations
-        'do_heredicare': False,
+        'do_heredicare': True,
 
         # external programs
-        'do_phylop': False,
-        'do_spliceai': False,
-        'do_hexplorer': False,
-        'do_maxentscan': False,
+        'do_phylop': True,
+        'do_spliceai': True,
+        'do_hexplorer': True,
+        'do_maxentscan': True,
 
         # consequences
-        'do_consequence': False,
-        'do_vep': False,
+        'do_consequence': True,
+        'do_vep': True,
 
         #vcf annotate from vcf
-        'do_dbsnp': False,
-        'do_revel': False,
-        'do_cadd': False,
-        'do_clinvar': False,
-        'do_gnomad': False,
-        'do_brca_exchange': False,
-        'do_flossies': False,
+        'do_dbsnp': True,
+        'do_revel': True,
+        'do_cadd': True,
+        'do_clinvar': True,
+        'do_gnomad': True,
+        'do_brca_exchange': True,
+        'do_flossies': True,
 
-        'do_tp53_database': False,
-        'do_priors': False,
-        'do_bayesdel': False,
-        'do_cosmic': False,
+        'do_tp53_database': True,
+        'do_priors': True,
+        'do_bayesdel': True,
+        'do_cosmic': True,
 
         # assays
-        'do_cspec_brca_assays': False,
+        'do_cspec_brca_assays': True,
 
         # additional annotations
-        'do_cancerhotspots': False,
-        'do_taskforce_domains': False,
-        'do_coldspots': False,
-        'do_litvar': False,
+        'do_cancerhotspots': True,
+        'do_taskforce_domains': True,
+        'do_coldspots': True,
+        'do_litvar': True,
         'do_auto_class': True
 
         # outdated