SCP安装于seurat版本搭配问题。

[PanSX-Dr]

您好大佬，首先感谢您开发的SCP这个神奇的包。这让我单细胞分析的可视化事半功倍。但是最近我遇到了一个比较棘手的问题。原本我使用的是seurat V5版本，但是发现SCP这个包的groupheatmap函数调用的数据格式是seurat V4 的格式。每次作图的时候我都需要把数据聪哥V5转换到V4.
那么问题来了，当我把seurat降到V4版本再次安装SCP包的时候，又提示我，SCP这个包依赖于Sseurat V5.0.1版本，无法安装。请问这个要怎么解决呢？

[EdmundFieldQIN]

你可以试试把V5的seurat文件的“RNA”改成以前版本的Assay，然后修改默认Assay为转换后的，这也不影响原来的，要用回原来的可以直接再修改一次默认Assay就好。

seurat_obj[["RNA3"]] <- as(object = seurat_obj[["RNA"]], Class = "Assay")
DefaultAssay(seurat_obj) <- "RNA3"

不过SCP这个包目前确实感觉和seurat v5兼容的不是很好,当然也可能是我安装的时候没安好