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# miRacumDQA - The MIRACUM consortium's data quality assessment tool
# Copyright (C) 2019-2022 Universitätsklinikum Erlangen
#
# This program is free software: you can redistribute it and/or modify
# it under the terms of the GNU General Public License as published by
# the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
# (at your option) any later version.
#
# This program is distributed in the hope that it will be useful,
# but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
# MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the
# GNU General Public License for more details.
#
# You should have received a copy of the GNU General Public License
# along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
import json
from python_mdr_handling import MDRHandling
class WritePlausibilities(MDRHandling):
def __init__(self, **kwargs):
"""
Instantiate some basics.
"""
super().__init__(**kwargs)
self.mdr["plausibility_relation"] = ""
def __call__(self):
"""
Our main function.
"""
self.add_plausibilities()
self.write_mdr(filename="mdr.csv")
def add_plausibilities(self):
self.mdr.loc[
(self.mdr.designation == "Patienten-Identifikator") &
(self.mdr.dqa_assessment == "1"),
"plausibility_relation"] = json.dumps(
{
"uniqueness": {
"Person.Demographie.Geburtsdatum": {
"name": "Pl.uniqueness.Item01",
"description": "Mit jeder Patienten-ID darf nur ein Geburtsjahr assoziiert sein."
}
}
}
)
self.mdr.loc[
(self.mdr.designation == "Aufnahmenummer") &
(self.mdr.dqa_assessment == "1"),
"plausibility_relation"] = json.dumps(
{
"uniqueness": {
"Person.PatientIn.Patienten-Identifikator.Patienten-Identifikator": {
"name": "Pl.uniqueness.Item02",
"description": "Mit jeder Fallnummer darf nur eine Patienten-ID assoziiert sein."
}
}
}
)
self.mdr.loc[
(self.mdr.designation == "AdministrativesGeschlecht") &
(self.mdr.dqa_assessment == "1"),
"plausibility_relation"] = json.dumps(
{
"atemporal": {
"Diagnose.ICD10GMDiagnoseKodiert.VollstaendigerDiagnosekode": {
"name": "Pl.atemporal.Item01",
"description": "Nur bei weiblichen Patientinnen ist eine ICD-Diagnose aus dem ICD-Kapitel XV (ICD O00-O99) (Schwangerschaft, Geburt und Wochenbett) als Krankenhausdiagnose erlaubt.",
"filter": {
"i2b2": "^(ICD10\\:)O[0-9]",
"fhir_gw": "^O[0-9]"
},
"join_crit": "Fall.Versorgungsstellenkontakt.Aufnahmenummer",
"constraints": {
"value_set": {
"i2b2": "Dem|Sex:female",
"fhir_gw": "female",
"omop": "female"
}
}
},
"Diagnose.ICD10GMDiagnoseKodiert.VollstaendigerDiagnosekode.1": {
"name": "Pl.atemporal.Item02",
"description": "Nur bei weiblichen Patientinnen sind bösartige Neubildungen der weiblichen Genitalorgane (ICD C51-C58) als Krankenhausdiagnose erlaubt.",
"filter": {
"i2b2": "^(ICD10\\:)C5[1-8]",
"fhir_gw": "^C5[1-8]"
},
"join_crit": "Fall.Versorgungsstellenkontakt.Aufnahmenummer",
"constraints": {
"value_set": {
"i2b2": "Dem|Sex:female",
"fhir_gw": "female",
"omop": "female"
}
}
},
"Diagnose.ICD10GMDiagnoseKodiert.VollstaendigerDiagnosekode.2": {
"name": "Pl.atemporal.Item03",
"description": "Nur bei männlichen Patienten sind bösartige Neubildungen der männlichen Genitalorgane (ICD C60-C63) als Krankenhausdiagnose erlaubt.",
"filter": {
"i2b2": "^(ICD10\\:)C6[0-3]",
"fhir_gw": "^C6[0-3]"
},
"join_crit": "Fall.Versorgungsstellenkontakt.Aufnahmenummer",
"constraints": {
"value_set": {
"i2b2": "Dem|Sex:male",
"fhir_gw": "male",
"omop": "male"
}
}
},
"Diagnose.ICD10GMDiagnoseKodiert.VollstaendigerDiagnosekode.3": {
"name": "Pl.atemporal.Item04",
"description": "Nur bei weiblichen Patientinnen sind nichtentzündliche Krankheiten des weiblichen Genitaltraktes (ICD N80-N98) als Krankenhausdiagnose erlaubt.",
"filter": {
"i2b2": "^(ICD10\\:)N[8-9][0-9]",
"fhir_gw": "^N[8-9][0-9]"
},
"join_crit": "Fall.Versorgungsstellenkontakt.Aufnahmenummer",
"constraints": {
"value_set": {
"i2b2": "Dem|Sex:female",
"fhir_gw": "female",
"omop": "female"
}
}
},
"Diagnose.ICD10GMDiagnoseKodiert.VollstaendigerDiagnosekode.4": {
"name": "Pl.atemporal.Item05",
"description": "Nur bei männlichen Patienten ist Testikuläre Dysfunktion (ICD E29*) als Krankenhausdiagnose erlaubt.",
"filter": {
"i2b2": "^(ICD10\\:)E29",
"fhir_gw": "^E29"
},
"join_crit": "Fall.Versorgungsstellenkontakt.Aufnahmenummer",
"constraints": {
"value_set": {
"i2b2": "Dem|Sex:male",
"fhir_gw": "male",
"omop": "male"
}
}
},
# "Diagnose.ICD10GMDiagnoseKodiert.VollstaendigerDiagnosekode.4": {
# "name": "Pl.atemporal.Item05",
# "description": "Nur bei weiblichen Patientinnen sind Krankheiten der Mamma [Brustdrüse] (ICD N60-N64) als Krankenhausdiagnose erlaubt.",
# "filter": {
# "i2b2": "^(ICD10\\:)N6[0-4]",
# "fhir_gw": "^N6[0-4]"
# },
# "join_crit": "Fall.Versorgungsstellenkontakt.Aufnahmenummer",
# "constraints": {
# "value_set": {
# "i2b2": "Dem|Sex:female",
# "fhir_gw": "female",
# "omop": "female"
# }
# }
# },
"Diagnose.ICD10GMDiagnoseKodiert.VollstaendigerDiagnosekode.5": {
"name": "Pl.atemporal.Item06",
"description": "Nur bei weiblichen Patientinnen sind Entzündliche Krankheiten der weiblichen Beckenorgane (ICD N70-N77) als Krankenhausdiagnose erlaubt.",
"filter": {
"i2b2": "^(ICD10\\:)N7[0-7]",
"fhir_gw": "^N7[0-7]"
},
"join_crit": "Fall.Versorgungsstellenkontakt.Aufnahmenummer",
"constraints": {
"value_set": {
"i2b2": "Dem|Sex:female",
"fhir_gw": "female",
"omop": "female"
}
}
},
"Diagnose.ICD10GMDiagnoseKodiert.VollstaendigerDiagnosekode.6": {
"name": "Pl.atemporal.Item07",
"description": "Nur bei männlichen Patienten sind Krankheiten der männlichen Genitalorgane (ICD N40-N51) als Krankenhausdiagnose erlaubt.",
"filter": {
"i2b2": "^(ICD10\\:)N((4[0-9])|(5[0-1]))",
"fhir_gw": "^N((4[0-9])|(5[0-1]))"
},
"join_crit": "Fall.Versorgungsstellenkontakt.Aufnahmenummer",
"constraints": {
"value_set": {
"i2b2": "Dem|Sex:male",
"fhir_gw": "male",
"omop": "male"
}
}
},
"Diagnose.ICD10GMDiagnoseKodiert.VollstaendigerDiagnosekode.7": {
"name": "Pl.atemporal.Item08",
"description": "Nur bei männlichen Patienten sind sonstige angeborene Fehlbildungen der männlichen Genitalorgane (ICD Q55*) als Krankenhausdiagnose erlaubt.",
"filter": {
"i2b2": "^(ICD10\\:)Q55",
"fhir_gw": "^Q55"
},
"join_crit": "Fall.Versorgungsstellenkontakt.Aufnahmenummer",
"constraints": {
"value_set": {
"i2b2": "Dem|Sex:male",
"fhir_gw": "male",
"omop": "male"
}
}
},
"Diagnose.ICD10GMDiagnoseKodiert.VollstaendigerDiagnosekode.8": {
"name": "Pl.atemporal.Item09",
"description": "Nur bei männlichen Patienten ist Nondescensus testis (ICD Q53*) als Krankenhausdiagnose erlaubt.",
"filter": {
"i2b2": "^(ICD10\\:)Q53",
"fhir_gw": "^Q53"
},
"join_crit": "Fall.Versorgungsstellenkontakt.Aufnahmenummer",
"constraints": {
"value_set": {
"i2b2": "Dem|Sex:male",
"fhir_gw": "male",
"omop": "male"
}
}
},
"Diagnose.ICD10GMDiagnoseKodiert.VollstaendigerDiagnosekode.9": {
"name": "Pl.atemporal.Item10",
"description": "Nur bei männlichen Patienten ist Hypospadie (ICD Q54*) als Krankenhausdiagnose erlaubt.",
"filter": {
"i2b2": "^(ICD10\\:)Q54",
"fhir_gw": "^Q54"
},
"join_crit": "Fall.Versorgungsstellenkontakt.Aufnahmenummer",
"constraints": {
"value_set": {
"i2b2": "Dem|Sex:male",
"fhir_gw": "male",
"omop": "male"
}
}
},
"Diagnose.ICD10GMDiagnoseKodiert.VollstaendigerDiagnosekode.10": {
"name": "Pl.atemporal.Item11",
"description": "Nur bei weiblichen Patientinnen sind angeborene Fehlbildungen der Ovarien, der Tubae uterinae und der Ligg. lata uteri (ICD Q50*) als Krankenhausdiagnose erlaubt.",
"filter": {
"i2b2": "^(ICD10\\:)Q50",
"fhir_gw": "^Q50"
},
"join_crit": "Fall.Versorgungsstellenkontakt.Aufnahmenummer",
"constraints": {
"value_set": {
"i2b2": "Dem|Sex:female",
"fhir_gw": "female",
"omop": "female"
}
}
},
"Diagnose.ICD10GMDiagnoseKodiert.VollstaendigerDiagnosekode.11": {
"name": "Pl.atemporal.Item12",
"description": "Nur bei weiblichen Patientinnen sind angeborene Fehlbildungen des Uterus und der Cervix uteri (ICD Q51*) als Krankenhausdiagnose erlaubt.",
"filter": {
"i2b2": "^(ICD10\\:)Q51",
"fhir_gw": "^Q51"
},
"join_crit": "Fall.Versorgungsstellenkontakt.Aufnahmenummer",
"constraints": {
"value_set": {
"i2b2": "Dem|Sex:female",
"fhir_gw": "female",
"omop": "female"
}
}
},
"Diagnose.ICD10GMDiagnoseKodiert.VollstaendigerDiagnosekode.12": {
"name": "Pl.atemporal.Item13",
"description": "Nur bei weiblichen Patientinnen sind sonstige angeborene Fehlbildungen der weiblichen Genitalorgane (ICD Q52*) als Krankenhausdiagnose erlaubt.",
"filter": {
"i2b2": "^(ICD10\\:)Q52",
"fhir_gw": "^Q52"
},
"join_crit": "Fall.Versorgungsstellenkontakt.Aufnahmenummer",
"constraints": {
"value_set": {
"i2b2": "Dem|Sex:female",
"fhir_gw": "female",
"omop": "female"
}
}
},
"Diagnose.ICD10GMDiagnoseKodiert.VollstaendigerDiagnosekode.13": {
"name": "Pl.atemporal.Item14",
"description": "Nur bei weiblichen Patientinnen sind abnorme Befunde in Untersuchungsmaterialien aus den weiblichen Genitalorganen (ICD R87*) als Krankenhausdiagnose erlaubt.",
"filter": {
"i2b2": "^(ICD10\\:)R87",
"fhir_gw": "^R87"
},
"join_crit": "Fall.Versorgungsstellenkontakt.Aufnahmenummer",
"constraints": {
"value_set": {
"i2b2": "Dem|Sex:female",
"fhir_gw": "female",
"omop": "female"
}
}
},
"Diagnose.ICD10GMDiagnoseKodiert.VollstaendigerDiagnosekode.14": {
"name": "Pl.atemporal.Item15",
"description": "Nur bei männlichen Patienten sind abnorme Befunde in Untersuchungsmaterialien aus den männlichen Genitalorganen (ICD R86*) als Krankenhausdiagnose erlaubt.",
"filter": {
"i2b2": "^(ICD10\\:)R86",
"fhir_gw": "^R86"
},
"join_crit": "Fall.Versorgungsstellenkontakt.Aufnahmenummer",
"constraints": {
"value_set": {
"i2b2": "Dem|Sex:male",
"fhir_gw": "male",
"omop": "male"
}
}
},
"Diagnose.ICD10GMDiagnoseKodiert.VollstaendigerDiagnosekode.15": {
"name": "Pl.atemporal.Item16",
"description": "Nur bei männlichen Patienten sind gutartige Neubildung der männlichen Genitalorgane (ICD D29*) als Krankenhausdiagnose erlaubt.",
"filter": {
"i2b2": "^(ICD10\\:)D29",
"fhir_gw": "^D29"
},
"join_crit": "Fall.Versorgungsstellenkontakt.Aufnahmenummer",
"constraints": {
"value_set": {
"i2b2": "Dem|Sex:male",
"fhir_gw": "male",
"omop": "male"
}
}
},
"Diagnose.ICD10GMDiagnoseKodiert.VollstaendigerDiagnosekode.16": {
"name": "Pl.atemporal.Item17",
"description": "Nur bei weiblichen Patientinnen sind Leiomyom des Uterus (ICD D25*), sonstige gutartige Neubildungen des Uterus (ICD D26*), gutartige Neubildung des Ovars (ICD D27*) und gutartige Neubildung sonstiger und nicht näher bezeichneter weiblicher Genitalorgane (ICD D28*) als Krankenhausdiagnose erlaubt.",
"filter": {
"i2b2": "^(ICD10\\:)D2[5-8]",
"fhir_gw": "^D2[5-8]"
},
"join_crit": "Fall.Versorgungsstellenkontakt.Aufnahmenummer",
"constraints": {
"value_set": {
"i2b2": "Dem|Sex:female",
"fhir_gw": "female",
"omop": "female"
}
}
},
"Diagnose.ICD10GMDiagnoseKodiert.VollstaendigerDiagnosekode.17": {
"name": "Pl.atemporal.Item18",
"description": "Nur bei weiblichen Patientinnen sind Neubildung unsicheren oder unbekannten Verhaltens der weiblichen Genitalorgane (ICD D39*) als Krankenhausdiagnose erlaubt.",
"filter": {
"i2b2": "^(ICD10\\:)D39",
"fhir_gw": "^D39"
},
"join_crit": "Fall.Versorgungsstellenkontakt.Aufnahmenummer",
"constraints": {
"value_set": {
"i2b2": "Dem|Sex:female",
"fhir_gw": "female",
"omop": "female"
}
}
},
"Diagnose.ICD10GMDiagnoseKodiert.VollstaendigerDiagnosekode.18": {
"name": "Pl.atemporal.Item19",
"description": "Nur bei männlichen Patienten sind Neubildung unsicheren oder unbekannten Verhaltens der männlichen Genitalorgane (ICD D40*) als Krankenhausdiagnose erlaubt.",
"filter": {
"i2b2": "^(ICD10\\:)D40",
"fhir_gw": "^D40"
},
"join_crit": "Fall.Versorgungsstellenkontakt.Aufnahmenummer",
"constraints": {
"value_set": {
"i2b2": "Dem|Sex:male",
"fhir_gw": "male",
"omop": "male"
}
}
},
"Diagnose.ICD10GMDiagnoseKodiert.VollstaendigerDiagnosekode.19": {
"name": "Pl.atemporal.Item20",
"description": "Nur bei männlichen Patienten sind Carcinoma in situ sonstiger und nicht näher bezeichneter Genitalorgane: Penis, Prostata, sonstige und nicht näher bezeichnete männliche Genitalorgane (ICD D07.4-6) als Krankenhausdiagnose erlaubt.",
"filter": {
"i2b2": "^(ICD10\\:)D07\\.[4-6]",
"fhir_gw": "^D07\\.[4-6]"
},
"join_crit": "Fall.Versorgungsstellenkontakt.Aufnahmenummer",
"constraints": {
"value_set": {
"i2b2": "Dem|Sex:male",
"fhir_gw": "male",
"omop": "male"
}
}
},
"Diagnose.ICD10GMDiagnoseKodiert.VollstaendigerDiagnosekode.20": {
"name": "Pl.atemporal.Item21",
"description": "Nur bei weiblichen Patientinnen sind Carcinoma in situ sonstiger und nicht näher bezeichneter Genitalorgane: Endometrium, Vulva, Vagina, sonstige und nicht näher bezeichnete weibliche Genitalorgane (ICD D07.0-3) als Krankenhausdiagnose erlaubt.",
"filter": {
"i2b2": "^(ICD10\\:)D07\\.[0-3]",
"fhir_gw": "^D07\\.[0-3]"
},
"join_crit": "Fall.Versorgungsstellenkontakt.Aufnahmenummer",
"constraints": {
"value_set": {
"i2b2": "Dem|Sex:female",
"fhir_gw": "female",
"omop": "female"
}
}
},
"Diagnose.ICD10GMDiagnoseKodiert.VollstaendigerDiagnosekode.21": {
"name": "Pl.atemporal.Item22",
"description": "Nur bei weiblichen Patientinnen ist Tetanus während der Schwangerschaft, der Geburt und des Wochenbettes (ICD A34) als Krankenhausdiagnose erlaubt.",
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"Diagnose.ICD10GMDiagnoseKodiert.VollstaendigerDiagnosekode.22": {
"name": "Pl.atemporal.Item23",
"description": "Nur bei weiblichen Patientinnen sind Psychische oder Verhaltensstörungen im Wochenbett, anderenorts nicht klassifiziert (ICD F53) als Krankenhausdiagnose erlaubt.",
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"i2b2": "^(ICD10\\:)F53",
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}
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"Diagnose.ICD10GMDiagnoseKodiert.VollstaendigerDiagnosekode.23": {
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"description": "Nur bei weiblichen Patientinnen ist Osteomalazie im Wochenbett (ICD M83.0*) als Krankenhausdiagnose erlaubt.",
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"fhir_gw": "^M83\\.0"
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