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ゲノム弁当

(解読)

プロジェクト

bg


の前にちょっと自己紹介


片山俊明

ライフサイエンス統合データベースセンター 特任助教

2/27のYCAM打ち合わせ後、腰を痛める → 一昨日・昨日と鍼治療中

昨日YouTuberデビュー(VR Tuberを目指す?) → https://youtu.be/PdDRPonjLWk

最近は日本酒が好き、毎月のハッカソンで魚をさばく係


片山俊明

プロダクト


片山俊明


鎌田真由美

京都大学大学院医学研究科 ビッグデータ医科学分野 准教授

バイオインフォマティシャン

MGeND:日本人のゲノム変異に関係する医科学データベース構築

最近、ポテサラをコレクションしている


荻島創一

東北大学東北メディカル・メガバンク機構医療情報ICT部門 教授

dbTMM:日本人ゲノムとコホート研究によるデータベースの構築

バイオバンク連携

いつも優雅にお酒や音楽を楽しんでいるイメージ

海外・日本全国を飛び回っている


ゲノム弁当

(解読)

プロジェクト


ゲノム弁当とは

ゲノムの決まった食材だけで作ったお弁当のこと

はじまり

2000 年代に様々なゲノム解読が進展、ときどき食材が含まれていたことから、国立遺伝学研究所 DDBJ やライフサイエンス統合データベースセンター DBCLS 界隈のゲノム屋さんや同僚がなんとなく言い始めた(と伝え聞く)。


2000年までに決まった食材(に関係するもの)

  • 酵母

だけ、、チーン。


2005年までに決まった食材

  • 乳酸菌

ここまでで日本酒を飲む準備だけは完了🍶

(ブドウも麦もまだまだなので、ワインもビールもおあずけ)


2005年までに決まった食材(つづき)

  • ニワトリ
  • トラフグ

贅沢なツマミ!

(ただし醤油は2010年の大豆ゲノムまでおあずけ。塩で…)


YCAM との連携

2016年に国内版バイオハッカソンを山口で開催

会場を借りれないかYCAMに打診

借りれなかったが一緒にプレイベントをやることに

ゲノム弁当を題材にした展示




ゲノム弁当はサイエンスかアートか?


正直どちらでもない:)


サイエンス

サイエンティフィックな技法の題材を用いているという意味では

  • われわれ科学者もほとんどの人は MinION でシーケンスしたことがない
  • 準備〜結果の解析までわりとガチなサイエンス技術が必要…

少なくとも(自分にとっても)よい教材・機会になっている


アート

役には立たないけど、何か考えさせられる、何か楽しいもの、という意味ではアートっぽい?

今回の YCAM での活動そのものはアート的かも

(と昨日23時に感動しました)


ゲノムを読む、とは

その生物の持つ全DNAを解読し、染色体ごとにつなぎ直して配列を決定すること

さらに遺伝子を探して機能予測するなどアノテーションを行う

→ クマムシゲノムを例に

ゲノムを解読して何が分かるか(正直、ほとんど分からないが)

→ ゲノム医科学を例に


今後の方向性

アノテーションと知識ベースの構築

ゲノムグラフによる個別ゲノム解析

ゲノム情報にもとづく応用

  • 医科学
  • 育種
  • 有用物質生産
  • 合成生物学?