今回のイベントに先立って、YCAM では試行実験としてスーパーで売っていた新生姜と48種の野菜が入ったジュースのシーケンシングをしていました。
生姜はまだゲノムが決まっていなかったため、どの生物に一番近いのかを調べて、その生物を代用にしてマッピングすると良いかなと考えました。
そのためには、生姜 Zingiber officinale (94328) の系統関係と、ゲノム食材の系統関係を調べる必要があります。
これを簡単にするため、指定した taxonomy ID の生物系統階層を表示するツールを作りました。
curl 'http://togogenome.org/sparqlist/api/lineage.text?tax=94328'これによると生姜の階層分類は下記のようになっていました。
Eukaryota (2759) / Viridiplantae (33090) / Streptophyta (35493) / Streptophytina (131221) / Embryophyta (3193) / Tracheophyta (58023) / Euphyllophyta (78536) / Spermatophyta (58024) / Magnoliophyta (3398) / Mesangiospermae (1437183) / Liliopsida (4447) / Petrosaviidae (1437197) / commelinids (4734) / Zingiberales (4618) / Zingiberaceae (4642) / Zingiber (4650) / Zingiber officinale (94328)
つづいてゲノム食材の Taxonomy ID から階層分類を軒並み調べてソートしたものが下記になります。
Bacteria (2) / Proteobacteria (1224) / Alphaproteobacteria (28211) / Rhodospirillales (204441) / Acetobacteraceae (433) / Acetobacter (434) 酢酸菌
Bacteria (2) / Terrabacteria group (1783272) / Actinobacteria (201174) / Actinobacteria (1760) / Corynebacteriales (85007) / Corynebacteriaceae (1653) / Corynebacterium (1716) / Corynebacterium glutamicum (1718) コリネ菌
Bacteria (2) / Terrabacteria group (1783272) / Firmicutes (1239) / Bacilli (91061) / Bacillales (1385) / Bacillaceae (186817) / Bacillus (1386) / Bacillus subtilis group (653685) / Bacillus subtilis (1423) / Bacillus subtilis subsp. natto (86029) 納豆菌
Bacteria (2) / Terrabacteria group (1783272) / Firmicutes (1239) / Bacilli (91061) / Lactobacillales (186826) / Lactobacillaceae (33958) / Lactobacillus (1578) 乳酸菌
Eukaryota (2759) / Opisthokonta (33154) / Fungi (4751) / Dikarya (451864) / Ascomycota (4890) / saccharomyceta (716545) / Pezizomycotina (147538) / Pezizomycetes (147549) / Pezizales (5185) / Tuberaceae (40289) / Tuber (36048) / Tuber melanosporum (39416) 黒トリュフ
Eukaryota (2759) / Opisthokonta (33154) / Fungi (4751) / Dikarya (451864) / Ascomycota (4890) / saccharomyceta (716545) / Pezizomycotina (147538) / leotiomyceta (716546) / Eurotiomycetes (147545) / Eurotiomycetidae (451871) / Eurotiales (5042) / Aspergillaceae (1131492) / Aspergillus (5052) / Aspergillus oryzae (5062) 麹
Eukaryota (2759) / Opisthokonta (33154) / Fungi (4751) / Dikarya (451864) / Ascomycota (4890) / saccharomyceta (716545) / Pezizomycotina (147538) / leotiomyceta (716546) / Eurotiomycetes (147545) / Eurotiomycetidae (451871) / Eurotiales (5042) / Aspergillaceae (1131492) / Penicillium (5073) / Penicillium camemberti (5075) 白カビ
Eukaryota (2759) / Opisthokonta (33154) / Fungi (4751) / Dikarya (451864) / Ascomycota (4890) / saccharomyceta (716545) / Pezizomycotina (147538) / leotiomyceta (716546) / Eurotiomycetes (147545) / Eurotiomycetidae (451871) / Eurotiales (5042) / Aspergillaceae (1131492) / Penicillium (5073) / Penicillium roqueforti (5082) 青カビ
Eukaryota (2759) / Opisthokonta (33154) / Fungi (4751) / Dikarya (451864) / Ascomycota (4890) / saccharomyceta (716545) / Saccharomycotina (147537) / Saccharomycetes (4891) / Saccharomycetales (4892) / Saccharomycetaceae (4893) / Saccharomyces (4930) / Saccharomyces cerevisiae (4932) 酵母
Eukaryota (2759) / Opisthokonta (33154) / Fungi (4751) / Dikarya (451864) / Basidiomycota (5204) / Agaricomycotina (5302) / Agaricomycetes (155619) / Agaricomycetes incertae sedis (355688) / Auriculariales (5226) / Auriculariaceae (5227) / Auricularia (5230) / Auricularia auricula-judae (29892) キクラゲ
Eukaryota (2759) / Opisthokonta (33154) / Fungi (4751) / Dikarya (451864) / Basidiomycota (5204) / Agaricomycotina (5302) / Agaricomycetes (155619) / Agaricomycetes incertae sedis (355688) / Polyporales (5303) / Grifolaceae (2028216) / Grifola (5626) / Grifola frondosa (5627) マイタケ
Eukaryota (2759) / Opisthokonta (33154) / Fungi (4751) / Dikarya (451864) / Basidiomycota (5204) / Agaricomycotina (5302) / Agaricomycetes (155619) / Agaricomycetidae (452333) / Agaricales (5338) / Agaricaceae (5339) / Agaricus (5340) / Agaricus bisporus (5341) マッシュルーム
Eukaryota (2759) / Opisthokonta (33154) / Fungi (4751) / Dikarya (451864) / Basidiomycota (5204) / Agaricomycotina (5302) / Agaricomycetes (155619) / Agaricomycetidae (452333) / Agaricales (5338) / Lyophyllaceae (930979) / Hypsizygus (39965) / Hypsizygus marmoreus (39966) ブナシメジ
Eukaryota (2759) / Opisthokonta (33154) / Fungi (4751) / Dikarya (451864) / Basidiomycota (5204) / Agaricomycotina (5302) / Agaricomycetes (155619) / Agaricomycetidae (452333) / Agaricales (5338) / Lyophyllaceae (930979) / Lyophyllum (47720) / Lyophyllum shimeji (47721) ホンシメジ
Eukaryota (2759) / Opisthokonta (33154) / Fungi (4751) / Dikarya (451864) / Basidiomycota (5204) / Agaricomycotina (5302) / Agaricomycetes (155619) / Agaricomycetidae (452333) / Agaricales (5338) / Omphalotaceae (72117) / Lentinula (5352) / Lentinula edodes (5353) シイタケ
Eukaryota (2759) / Opisthokonta (33154) / Fungi (4751) / Dikarya (451864) / Basidiomycota (5204) / Agaricomycotina (5302) / Agaricomycetes (155619) / Agaricomycetidae (452333) / Agaricales (5338) / Physalacriaceae (862241) / Flammulina (38944) / Flammulina velutipes (38945) エノキタケ
Eukaryota (2759) / Opisthokonta (33154) / Fungi (4751) / Dikarya (451864) / Basidiomycota (5204) / Agaricomycotina (5302) / Agaricomycetes (155619) / Agaricomycetidae (452333) / Agaricales (5338) / Pleurotaceae (104366) / Pleurotus (5320) / Pleurotus eryngii (5323) エリンギ
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この結果、なんと生姜は実はバナナに近いことがわかりました。
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バナナゲノムのデータと生姜のシーケンスデータを使ってマッピングを試してみてください。
また、野菜ジュースからのシーケンスデータは rbcL にマッピングしてどの生物のものが検出できるか試してみてください。