-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
bacteriorhodopsin.graph
228 lines (228 loc) · 16.3 KB
/
bacteriorhodopsin.graph
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
227 658 1
2 0.464719 6 0.140412
1 0.464719 3 0.505913
2 0.505913 4 0.559756 5 0.162286 6 0.155739 57 0.168668 75 0.202493
3 0.559756 5 0.610636 6 0.146851
3 0.162286 4 0.610636 6 0.686625 8 0.199347 9 0.209238 75 0.230255 198 0.174314 201 0.207407
1 0.140412 3 0.155739 4 0.146851 5 0.686625 7 0.669960 10 0.181422 57 0.178813
6 0.669960 8 0.775001 10 0.185259 11 0.199407
5 0.199347 7 0.775001 9 0.945830 11 0.231491 12 0.268322 201 0.234121 205 0.280065
5 0.209238 8 0.945830 10 0.895728 13 0.269902 53 0.345978 56 0.299042 57 0.219970 201 0.247884
6 0.181422 7 0.185259 9 0.895728 11 0.877890 14 0.221793 57 0.199212
7 0.199407 8 0.231491 10 0.877890 12 1.117177 15 0.285191 205 0.292040
8 0.268322 11 1.117177 13 1.248899 16 0.514052
9 0.269902 12 1.248899 14 1.067204 17 0.293205 50 0.354693
10 0.221793 13 1.067204 15 1.156489 18 0.252811
11 0.285191 14 1.156489 16 2.137562 19 0.371813 209 0.495105
12 0.514052 15 2.137562 17 1.857793 20 0.537382 46 1.027829 49 1.121896 208 1.164279 209 0.950890 212 2.214436
13 0.293205 16 1.857793 18 1.105586 21 0.268572
14 0.252811 17 1.105586 19 1.255374 22 0.274839
15 0.371813 18 1.255374 20 1.493034 23 0.510737
16 0.537382 19 1.493034 21 1.165781 24 0.283739 46 0.517965 47 0.396388
17 0.268572 20 1.165781 22 1.068405 25 0.215198
18 0.274839 21 1.068405 23 1.659648 25 0.230043 26 0.255444 217 0.387238 221 0.274643
19 0.510737 22 1.659648 24 1.426937 27 0.312342 43 0.472251 213 1.046366
20 0.283739 23 1.426937 25 0.843870
21 0.215198 22 0.230043 24 0.843870 26 0.830265 28 0.172286
22 0.255444 25 0.830265 27 0.849939 28 0.186149 39 0.244010 221 0.243202
23 0.312342 26 0.849939 28 0.702644
25 0.172286 26 0.186149 27 0.702644 29 0.579982 30 0.161010
28 0.579982 30 0.592686
28 0.161010 29 0.592686 31 0.568360 36 0.172039
30 0.568360 32 0.520085
31 0.520085 33 0.553774 36 0.154658 226 0.143209
32 0.553774 34 0.609454 36 0.158238 37 0.166993
33 0.609454 35 0.701916 37 0.182660 38 0.205253
34 0.701916 36 0.733269 38 0.221186 39 0.218373 225 0.204983 226 0.167449
30 0.172039 32 0.154658 33 0.158238 35 0.733269 37 0.764673 39 0.213374 40 0.205426
33 0.166993 34 0.182660 36 0.764673 38 0.930870 41 0.250520
34 0.205253 35 0.221186 37 0.930870 39 1.065906 42 0.372929 92 0.313559 95 0.222091 96 0.243080 219 0.318551 225 0.246804
26 0.244010 35 0.218373 36 0.213374 38 1.065906 40 1.001950 43 0.299865 220 0.312718
36 0.205426 39 1.001950 41 1.102347 44 0.298976
37 0.250520 40 1.102347 42 1.683422 45 0.498812 88 0.358639 91 0.287532
38 0.372929 41 1.683422 43 1.767071 46 0.737685 92 0.459513 216 0.807369 220 0.470242
23 0.472251 39 0.299865 42 1.767071 44 1.488440
40 0.298976 43 1.488440 45 2.324371 47 0.421677 48 0.444954 88 0.399289
41 0.498812 44 2.324371 46 4.064034 49 1.107828 85 1.122834 88 0.585015 89 1.091457 212 2.160288
16 1.027829 20 0.517965 42 0.737685 45 4.064034 47 2.446736 49 1.040465 50 0.612894
20 0.396388 44 0.421677 46 2.446736 48 1.902120 50 0.449691 51 0.369635
44 0.444954 47 1.902120 49 2.798779 52 0.452749 81 0.691143 84 0.434861 85 0.705651
16 1.121896 45 1.107828 46 1.040465 48 2.798779 50 2.580600 53 0.749541 212 2.273936
13 0.354693 46 0.612894 47 0.449691 49 2.580600 51 1.480305 54 0.322317
47 0.369635 50 1.480305 52 1.422888 55 0.267380
48 0.452749 51 1.422888 53 1.892431 55 0.296964 56 0.389509 81 0.596392
9 0.345978 49 0.749541 52 1.892431 54 1.385684 56 0.445946 57 0.290319 205 0.448056 208 0.768225
50 0.322317 53 1.385684 55 0.966092 57 0.220149 58 0.198743
51 0.267380 52 0.296964 54 0.966092 56 1.144114 60 0.190075 61 0.216484
9 0.299042 52 0.389509 53 0.445946 55 1.144114 57 1.026129 59 0.219063 75 0.343903 77 0.336948 78 0.408736
3 0.168668 6 0.178813 9 0.219970 10 0.199212 53 0.290319 54 0.220149 56 1.026129 58 0.715633
54 0.198743 57 0.715633 59 0.639365
56 0.219063 58 0.639365 60 0.631929
55 0.190075 59 0.631929 61 0.716315 62 0.175193
55 0.216484 60 0.716315 62 0.789551 75 0.248083 76 0.239920 77 0.244442
60 0.175193 61 0.789551 63 0.783102 73 0.198876 75 0.240688
62 0.783102 64 0.712517 65 0.211768 74 0.240092 76 0.237542
63 0.712517 65 0.753256 71 0.152290 72 0.173790 73 0.180693
63 0.211768 64 0.753256 66 0.751568 67 0.229401 72 0.205662 74 0.258970 123 0.261090 130 0.295358
65 0.751568 67 0.760043 70 0.152089 71 0.152014 125 0.173945
65 0.229401 66 0.760043 68 0.760588 69 0.176067 70 0.178187 72 0.208204 74 0.263012 127 0.231695
67 0.760588 69 0.602509 127 0.189564
67 0.176067 68 0.602509 70 0.572089
66 0.152089 67 0.178187 69 0.572089 71 0.577402
64 0.152290 66 0.152014 70 0.577402 72 0.653758
64 0.173790 65 0.205662 67 0.208204 71 0.653758 73 0.786423 74 0.232274
62 0.198876 64 0.180693 72 0.786423 74 0.979086 197 0.215641
63 0.240092 65 0.258970 67 0.263012 72 0.232274 73 0.979086 75 1.245350 122 0.381046 190 0.359987
3 0.202493 5 0.230255 56 0.343903 61 0.248083 62 0.240688 74 1.245350 76 1.228256 78 0.376183 197 0.265686
61 0.239920 63 0.237542 75 1.228256 77 1.206027 79 0.472054
56 0.336948 61 0.244442 76 1.206027 78 1.471504 80 0.315142 81 0.481410
56 0.408736 75 0.376183 77 1.471504 79 2.631519 81 0.642683 82 0.659871 201 0.318806
76 0.472054 78 2.631519 80 2.025416 82 1.192706 83 0.538526 115 1.049126 119 0.768612 185 1.082687 212 2.372430
77 0.315142 79 2.025416 81 1.989214
48 0.691143 52 0.596392 77 0.481410 78 0.642683 80 1.989214 82 4.574714 84 0.565737 85 1.129749 212 2.186029
78 0.659871 79 1.192706 81 4.574714 83 2.159440 85 1.183960 86 1.182124 115 1.054200 181 1.057548 208 1.213239 212 2.398536
79 0.538526 82 2.159440 84 1.456894 115 0.508369
48 0.434861 81 0.565737 83 1.456894 85 2.301685
45 1.122834 48 0.705651 81 1.129749 82 1.183960 84 2.301685 86 4.668993 88 0.597315 89 1.135064 212 2.338075
82 1.182124 85 4.668993 87 2.178054 89 1.133377 90 0.591204 111 0.616077 178 1.056010 212 2.330929
86 2.178054 88 1.507191 90 0.374540 91 0.299088 111 0.384372
41 0.358639 44 0.399289 45 0.585015 85 0.597315 87 1.507191 89 2.353272 91 0.314222 92 0.386336
45 1.091457 85 1.135064 86 1.133377 88 2.353272 90 2.331333 92 0.557018 93 0.479726 212 2.206017
86 0.591204 87 0.374540 89 2.331333 91 1.250603 93 0.345582 94 0.270487 107 0.310072 148 0.347427 178 0.561672
41 0.287532 87 0.299088 88 0.314222 90 1.250603 92 1.220266 94 0.228802 95 0.217796
38 0.313559 42 0.459513 88 0.386336 89 0.557018 91 1.220266 93 1.345359 96 0.277114
89 0.479726 90 0.345582 92 1.345359 94 0.983815 97 0.214333 148 0.307970 167 0.243125 170 0.330741 215 0.453491
90 0.270487 91 0.228802 93 0.983815 95 0.785850 99 0.174027 104 0.190649 152 0.203447
38 0.222091 91 0.217796 94 0.785850 96 0.812663
38 0.243080 92 0.277114 95 0.812663 97 0.754565 163 0.182309 167 0.210591 170 0.273303 219 0.281006 224 0.200446
93 0.214333 96 0.754565 98 0.614654 99 0.157578 152 0.181320 156 0.150674 159 0.138704
97 0.614654 99 0.589538
94 0.174027 97 0.157578 98 0.589538 100 0.567234 104 0.163337 152 0.172641 155 0.138769
99 0.567234 101 0.532097 103 0.148889 104 0.152654 155 0.130982
100 0.532097 102 0.545721 105 0.149092
101 0.545721 103 0.612674 106 0.166599
100 0.148889 102 0.612674 104 0.691209 106 0.184287 107 0.202473
94 0.190649 99 0.163337 100 0.152654 103 0.691209 105 0.696793 107 0.209501 108 0.201190
101 0.149092 104 0.696793 106 0.743504 109 0.195440
102 0.166599 103 0.184287 105 0.743504 107 0.906497 110 0.248235 143 0.247607
90 0.310072 103 0.202473 104 0.209501 106 0.906497 108 0.970310 111 0.316780 144 0.339604 147 0.231878 148 0.279450 152 0.225057
104 0.201190 107 0.970310 109 0.920282 111 0.298156 112 0.269377
105 0.195440 108 0.920282 110 1.062371 113 0.289828
106 0.248235 109 1.062371 111 1.442680 114 0.470039 143 0.315743 144 0.390555
86 0.616077 87 0.384372 107 0.316780 108 0.298156 110 1.442680 112 1.456328 114 0.573663 115 0.579433 144 0.459524
108 0.269377 111 1.456328 113 1.420411 116 0.367735
109 0.289828 112 1.420411 114 2.206730 117 0.448603
110 0.470039 111 0.573663 113 2.206730 115 3.701340 118 0.989149 137 1.042584 178 0.937233
79 1.049126 82 1.054200 83 0.508369 111 0.579433 114 3.701340 116 2.354956 119 0.708615
112 0.367735 115 2.354956 117 1.875812 120 0.389008
113 0.448603 116 1.875812 118 2.802148 121 0.487311 133 0.527831 136 0.469978
114 0.989149 117 2.802148 119 2.981773 122 0.697298 212 2.164755
79 0.768612 115 0.708615 118 2.981773 120 1.751849 123 0.399941
116 0.389008 119 1.751849 121 1.606224 124 0.307329
117 0.487311 120 1.606224 122 1.942965 124 0.340527 133 0.496139
74 0.381046 118 0.697298 121 1.942965 123 1.542621 130 0.465416 185 0.678297
65 0.261090 119 0.399941 122 1.542621 124 1.152437
120 0.307329 121 0.340527 123 1.152437 125 0.891646 129 0.273593 130 0.330411
66 0.173945 124 0.891646 126 0.787539
125 0.787539 127 0.867829 129 0.235400
67 0.231695 68 0.189564 126 0.867829 128 0.908823 130 0.299172 191 0.267066 192 0.242914
127 0.908823 129 0.990054 131 0.282635
124 0.273593 126 0.235400 128 0.990054 130 1.341633 132 0.303998 133 0.365764
65 0.295358 122 0.465416 124 0.330411 127 0.299172 129 1.341633 131 1.613302 134 0.606110 185 0.595744 190 0.434379
128 0.282635 130 1.613302 132 1.435010 134 0.562954 135 0.430826 186 0.416002
129 0.303998 131 1.435010 133 1.657329 136 0.377824
117 0.527831 121 0.496139 129 0.365764 132 1.657329 134 2.852193 136 0.478184 137 0.746743
130 0.606110 131 0.562954 133 2.852193 135 2.681678 138 1.069378 182 1.118658 212 2.112322
131 0.430826 134 2.681678 136 1.834510 139 0.476829
117 0.469978 132 0.377824 133 0.478184 135 1.834510 137 2.543949 140 0.455889
114 1.042584 133 0.746743 136 2.543949 138 4.587992 141 1.116498 212 2.438245
134 1.069378 137 4.587992 139 2.596210 141 1.055702 142 0.635651 212 2.165861
135 0.476829 138 2.596210 140 1.895477 143 0.374858
136 0.455889 139 1.895477 141 2.637104 143 0.381684 144 0.496699
137 1.116498 138 1.055702 140 2.637104 142 2.504686 144 0.681417 145 0.634360 179 0.718196 212 2.059620
138 0.635651 141 2.504686 143 1.481395 146 0.316530
106 0.247607 110 0.315743 139 0.374858 140 0.381684 142 1.481395 144 1.556007 146 0.274993 147 0.253892
107 0.339604 110 0.390555 111 0.459524 140 0.496699 141 0.681417 143 1.556007 145 1.929692 148 0.384933 178 0.666688
141 0.634360 144 1.929692 146 1.274434 148 0.369451 149 0.288367 175 0.398186 178 0.621577
142 0.316530 143 0.274993 145 1.274434 147 0.909547 150 0.193610
107 0.231878 143 0.253892 146 0.909547 148 1.008608 151 0.179061
90 0.347427 93 0.307970 107 0.279450 144 0.384933 145 0.369451 147 1.008608 149 1.001807 152 0.244107 167 0.244037 171 0.276632
145 0.288367 148 1.001807 150 0.728043 153 0.169575 171 0.228520 175 0.263334
146 0.193610 149 0.728043 151 0.629730
147 0.179061 150 0.629730 152 0.699865
94 0.203447 97 0.181320 99 0.172641 107 0.225057 148 0.244107 151 0.699865 153 0.666570 155 0.156857 156 0.164389 167 0.201508
149 0.169575 152 0.666570 154 0.522746 157 0.127279 168 0.156219
153 0.522746 155 0.498363
99 0.138769 100 0.130982 152 0.156857 154 0.498363 156 0.533549 158 0.117276
97 0.150674 152 0.164389 155 0.533549 157 0.503842
153 0.127279 156 0.503842 158 0.445985 164 0.128810 168 0.138549
155 0.117276 157 0.445985 159 0.454157
97 0.138704 158 0.454157 160 0.511154 163 0.135249
159 0.511154 161 0.524780 162 0.143081 163 0.145586 164 0.141302 223 0.148623 226 0.143919
160 0.524780 162 0.547134 164 0.135157 165 0.141623
160 0.143081 161 0.547134 163 0.610001 166 0.178021
96 0.182309 159 0.135249 160 0.145586 162 0.610001 164 0.601923 167 0.175425 224 0.168328
157 0.128810 160 0.141302 161 0.135157 163 0.601923 165 0.613889 167 0.169242 168 0.158531
161 0.141623 164 0.613889 166 0.745222 169 0.189996
162 0.178021 165 0.745222 167 0.840266 170 0.272420 222 0.220277 224 0.199970
93 0.243125 96 0.210591 148 0.244037 152 0.201508 163 0.175425 164 0.169242 166 0.840266 168 0.745854 171 0.223167
153 0.156219 157 0.138549 164 0.158531 167 0.745854 169 0.791241 171 0.204912 172 0.202161
165 0.189996 168 0.791241 170 1.121533 173 0.286491 218 0.289039
93 0.330741 96 0.273303 166 0.272420 169 1.121533 171 1.179470 173 0.369200 174 0.412222 218 0.373443 219 0.372538
148 0.276632 149 0.228520 167 0.223167 168 0.204912 170 1.179470 172 0.984127 174 0.329746 175 0.292434
168 0.202161 171 0.984127 173 1.182829 175 0.286863 176 0.280322
169 0.286491 170 0.369200 172 1.182829 174 1.702243 177 0.440148
170 0.412222 171 0.329746 173 1.702243 175 1.629924 178 0.644527
145 0.398186 149 0.263334 171 0.292434 172 0.286863 174 1.629924 176 1.368743 179 0.429669
172 0.280322 175 1.368743 177 1.627626
173 0.440148 176 1.627626 178 2.714352 180 0.483656 181 0.673689 207 0.557547 210 0.646818 211 0.815397
86 1.056010 90 0.561672 114 0.937233 144 0.666688 145 0.621577 174 0.644527 177 2.714352 179 2.807416 181 0.955466
141 0.718196 175 0.429669 178 2.807416 180 1.981440
177 0.483656 179 1.981440 181 2.438214 183 0.442853 184 0.436201 207 0.512886
82 1.057548 177 0.673689 178 0.955466 180 2.438214 182 4.214172 185 0.970138 208 1.068398
134 1.118658 181 4.214172 183 2.553106 185 1.083853 186 0.657282 212 2.378033
180 0.442853 182 2.553106 184 1.719067 187 0.356194
180 0.436201 183 1.719067 185 2.377049 187 0.351878 188 0.346387 200 0.358345 203 0.336502 207 0.495415
79 1.082687 122 0.678297 130 0.595744 181 0.970138 182 1.083853 184 2.377049 186 2.495289 204 0.762094
131 0.416002 182 0.657282 185 2.495289 187 1.448144 192 0.327710
183 0.356194 184 0.351878 186 1.448144 188 1.187803 194 0.233948 195 0.246488
184 0.346387 187 1.187803 189 1.084783 191 0.304451 193 0.250546 195 0.243781 200 0.301544
188 1.084783 190 1.287519 193 0.234409 200 0.278472
74 0.359987 130 0.434379 189 1.287519 191 1.479302 200 0.365544
127 0.267066 188 0.304451 190 1.479302 192 1.133507
127 0.242914 186 0.327710 191 1.133507 193 0.944387 194 0.219117
188 0.250546 189 0.234409 192 0.944387 194 0.816630
187 0.233948 192 0.219117 193 0.816630 195 0.798572 196 0.188686
187 0.246488 188 0.243781 194 0.798572 196 0.787039 199 0.202123
194 0.188686 195 0.787039 197 0.817881 198 0.177301 199 0.190900 200 0.232744
73 0.215641 75 0.265686 196 0.817881 198 0.775555 200 0.262188 201 0.235723
5 0.174314 196 0.177301 197 0.775555 199 0.726577 202 0.194181
195 0.202123 196 0.190900 198 0.726577 200 0.961142 202 0.210612 203 0.230263
184 0.358345 188 0.301544 189 0.278472 190 0.365544 196 0.232744 197 0.262188 199 0.961142 201 1.096449 203 0.294025 204 0.413220
5 0.207407 8 0.234121 9 0.247884 78 0.318806 197 0.235723 200 1.096449 202 0.944623 205 0.296238
198 0.194181 199 0.210612 201 0.944623 203 1.003154 205 0.282982 206 0.289313
184 0.336502 199 0.230263 200 0.294025 202 1.003154 204 1.537771 207 0.380376
185 0.762094 200 0.413220 203 1.537771 205 1.862599 207 0.606824 208 0.821440
8 0.280065 11 0.292040 53 0.448056 201 0.296238 202 0.282982 204 1.862599 206 1.539863 208 0.573131 209 0.516117
202 0.289313 205 1.539863 207 1.906560 210 0.540400
177 0.557547 180 0.512886 184 0.495415 203 0.380376 204 0.606824 206 1.906560 208 3.212370 211 0.902069
16 1.164279 53 0.768225 82 1.213239 181 1.068398 204 0.821440 205 0.573131 207 3.212370 209 3.970684 211 1.474897 212 2.455080
15 0.495105 16 0.950890 205 0.516117 208 3.970684 210 3.360235 213 1.152585 214 0.768078
177 0.646818 206 0.540400 209 3.360235 211 4.645634 215 0.858940
177 0.815397 207 0.902069 208 1.474897 210 4.645634 212 14.776785
16 2.214436 45 2.160288 49 2.273936 79 2.372430 81 2.186029 82 2.398536 85 2.338075 86 2.330929 89 2.206017 118 2.164755 134 2.112322 137 2.438245 138 2.165861 141 2.059620 182 2.378033 208 2.455080 211 14.776785 213 14.950427 216 2.473159
23 1.046366 209 1.152585 212 14.950427 214 4.126103 217 0.886578
209 0.768078 213 4.126103 215 3.135327 218 0.503176
93 0.453491 210 0.858940 214 3.135327 216 4.088984 219 0.535937
42 0.807369 212 2.473159 215 4.088984 217 3.162750 219 0.589507 220 0.589395
22 0.387238 213 0.886578 216 3.162750 218 1.864046 221 0.359783
169 0.289039 170 0.373443 214 0.503176 217 1.864046 219 1.551903
38 0.318551 96 0.281006 170 0.372538 215 0.535937 216 0.589507 218 1.551903 220 1.547804 222 0.281436 225 0.285994
39 0.312718 42 0.470242 216 0.589395 219 1.547804 221 1.245567 225 0.285968
22 0.274643 26 0.243202 217 0.359783 220 1.245567 222 0.956871
166 0.220277 219 0.281436 221 0.956871 223 0.749150 224 0.200664 225 0.223924
160 0.148623 222 0.749150 224 0.689608 226 0.156832
96 0.200446 163 0.168328 166 0.199970 222 0.200664 223 0.689608 225 0.811884 227 0.166753
35 0.204983 38 0.246804 219 0.285994 220 0.285968 222 0.223924 224 0.811884 226 0.726920
32 0.143209 35 0.167449 160 0.143919 223 0.156832 225 0.726920 227 0.608571
224 0.166753 226 0.608571