Singularity_fenics2017_msucompbiomechlab

Bootstrap: docker
From: quay.io/fenicsproject/stable:2017.1.0
#FROM quay.io/fenicsproject/stable:2016.1.0
#FROM quay.io/fenicsproject/stable:2016.2.0
#FROM quay.io/fenicsproject/stable:2017.2.0
#FROM quay.io/fenicsproject/stable:current
#FROM quay.io/fenicsproject/stable:latest


%post -c /bin/bash
    # Setup a very minimal bashrc file
    mkdir -p /opt
    echo 'PS1="Singularity \w> "' > /opt/bashrc


    ##################### INSTALLING SUNDIALS #########################################################################
    wget https://computing.llnl.gov/projects/sundials/download/sundials-3.2.1.tar.gz 
    tar -xf sundials-3.2.1.tar.gz 
    cd sundials-3.2.1 
    mkdir build; cd build
    ls /usr/local
    cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local \
          -DCMAKE_LAPACK_ENABLE=ON \
          -DMPI_ENABLE=ON \
          -DOPENMP_ENABLE=ON \
          -DLAPACK_ENABLE=ON \
          -DPETSC_ENABLE=ON \
          -DPETSC_DIR=/usr/local/petsc-64 \
          ..
    make 
    make install         


#    # Install fenics
    apt-get update
    apt-get -y install libatlas-base-dev
    apt-get -y install libglu1
    apt-get -y install libfontconfig1 libxrender1 libxcursor-dev libxft2 libxinerama1 libexpat1 libsm6 libxext
    apt-get -y install python-pip
    apt-get -y install python3.5
    apt-get -y install virtualenv
    apt-get -y install wget
    apt-get -y install libyaml-dev
    apt-get -y install cmake
    apt-get -y install make
    apt-get -y install mpich
    apt-get -y install valgrind
    apt-get -y install m4
    apt-get -y install bison
    apt-get -y install libopenblas-dev
    apt-get -y install libopenblas-base
    apt-get -y install swig
    apt-get -y install libboost-all-dev
    apt-get -y install flex
    apt-get -y install git
    apt-get -y install gnuplot
    apt-get -y install vim
    #apt-get -y install gsl-bin
    #apt-get -y install libgsl0-dev
    #apt-get -y install libgsl0ldbl
    apt-get -y install python-future python-numpy python-scipy python-matplotlib; apt-get clean 
    pip install --user pyquaternion


    ##################### INSTALLING FENICSCHTOOLS #########################################################################
    wget https://github.com/mikaem/fenicstools/archive/2016.1.tar.gz \
        && tar xf 2016.1.tar.gz \
        && cd fenicstools-2016.1 \
        && python setup.py install --prefix=/usr/local \
        && cd ..
    ########################################################################################################################

    ##################### INSTALLING GSL 2.6 ###############################################################################
    wget ftp://ftp.gnu.org/gnu/gsl/gsl-2.6.tar.gz \
        && tar -zxvf gsl-2.6.tar.gz \
        && cd gsl-2.6 \
        && ./configure --prefix=/usr \
        && make \
        && make install \
        && cd ..
    ########################################################################################################################

    ##################### INSTALL GMSH   ###################################################################################
    wget http://gmsh.info/bin/Linux/gmsh-2.12.0-Linux64.tgz \
        && tar xf gmsh-2.12.0-Linux64.tgz \
        && cp gmsh-2.12.0-Linux/bin/gmsh /usr/local/bin/gmsh \
    ########################################################################################################################



    ######################## INSTALLING VTK ################################################################################
    apt-get update \
        && apt-get install --yes --no-install-recommends \
           wget cmake build-essential \
           libboost-all-dev \
           libgl1-mesa-dev libxt-dev \
        && rm -rf /var/lib/apt/lists/*
    wget https://gitlab.kitware.com/vtk/vtk/-/archive/v8.1.1/vtk-v8.1.1.tar.gz \
        && tar xf vtk-v8.1.1.tar.gz \
        && cmake -Hvtk-v8.1.1 -Bvtk-v8.1.1/build \
                 -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release \
                 -DBUILD_SHARED_LIBS=ON \
                 -DBUILD_DOCUMENTATION=OFF \
                 -DBUILD_EXAMPLES=OFF \
                 -DBUILD_TESTING=OFF \
                 -DVTK_WRAP_PYTHON:BOOL=ON \
      	     -DVTK_WRAP_PYTHON_SIP:BOOL=ON \
        && make -j8 -C vtk-v8.1.1/build install \
        && rm -rf vtk-v8.1.1.tar.gz vtk-v8.1.1
    ########################################################################################################################
    
    apt-get update; apt-get -y install gnuplot git; apt-get clean 
    #rm -rf /var/lib/apt/lists/* /tmp/* /var/tmp/*
    
    mkdir code

%environment
    export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:/usr/local/lib/python2.7:/usr/local/lib/python2.7/site-packages:/usr/local/lib/python2.7/site-packages/vtk
    export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/lib:/usr/local/lib
    export C_INCLUDE_PATH=$C_INCLUDE_PATH:/usr/local/include/vtk-8.1:/usr/include/mpi:/usr/local/include
    export PATH=$PATH:/gmsh-2.12.0-Linux/bin



%runscript
    echo "Welcome to the Fenics!"

    # Disable annoying sudo message
    touch ~/.sudo_as_admin_successful

    exec /bin/bash --rcfile /opt/bashrc "$@"