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~~~~~~~~~~~~~~~~~Toehold Switch~~~~~~~~~~~~~~~~~
UGCCCAAUCCGAGAAUUUUUUCUGGGAUUGAACACUGGAUUUGCAAAAAAAAGAGGAGAGUAAAAUGAGUGUUCAAUCCCAGAAAAAAAACCUGGCGGCAGCGCAAAAG
MFE structure: ((((....(((.(..(((((((((((((((((((((.(.(((((...............))))).).)))))))))))))))))))))..).))).))))......... (-41.9 kcal/mol) with a toehold exposure of 52.13%
Boltzmann sampled structures:
.(((....(((....(((((((((((((((((((((.(.(((((...............))))).).)))))))))))))))))))))....))).)))..........
(((.....(((....(((((((((((((((((((((.(.(((((...............))))).).)))))))))))))))))))))....))).....)))......
.(((....(((.....((((((((((((((((((((.(.(((((...............))))).).)))))))))))))))))))).....))).)))..........
((((....(((.(...((((((((((((((((((((.(.(((((...............))))).).))))))))))))))))))))...).))).)))).........
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((((....(((....(((((((((((((((((((((.(.(((((...............))))).).)))))))))))))))))))))....))).)))).........
((((....((..(..(((((((((((((((((((((.(.(((((...............))))).).)))))))))))))))))))))..)..)).)))).........
((((....(((....(((((((((((((((((((((.(.(((((...............))))).).)))))))))))))))))))))....))).)))).........
.((((...(((.(..(((((((((((((((((((((.(.(((((...............))))).).)))))))))))))))))))))..).))).))..)).......
.(((....(((.(...((((((((((((((((((((.(.(((((...............))))).).))))))))))))))))))))...).))).)))..........
~~~~~~~~~~~~~~~~~Trigger Complex~~~~~~~~~~~~~~~~~
Best strand order including and gate sequences: ACGGGUUAGGCUCUUGGGAGCU, AGCUCCCAAAAAAUCAGGGA, UCCCUGAGACCCUAACUUGUGA
Structure considering Boltzmann sampled structures: ((((((((((((((((((((((+)))))))))...........+.....)))..))))))))))..
Structure considering MFE structure: ((((((((((.(((((((((((+)))))))))....(((((((+))))))))).)))))))))).. (-39.84 kcal/mol)
AGCUCCCAAAAAAUCAGGGA is the and gate between hsa-miR-125b-1-3p (ACGGGUUAGGCUCUUGGGAGCU) and hsa-miR-125b-5p (UCCCUGAGACCCUAACUUGUGA)
With these other possible structures*:
((((((((((((((((((((((+)))))))))...........+.....)))..))))))))))..
.(((((((((.(((((((((((+))))))))).....((((((+)))))).)).)))))))))...
.(((((((((.(((((((((((+))))))))).....((((((+)))))).)).)))))))))...
.(((((((((.(((((((((((+)))))))))....(((((((+))))))))).)))))))))...
.(((((((((.(((((((((((+)))))))))....(((((((+))))))))).)))))))))...
.(((((((((.(((((((((((+)))))))))....(((((((+))))))))).)))))))))...
.(((((((((.(((((((((((+)))))))))....(((((((+))))))))).)))))))))...
.(((((((((.(((((((((((+)))))))))....(((((((+))))))))).)))))))))...
.(((((((((.(((((((((((+)))))))))....(((((((+))))))))).)))))))))...
.(((((((((.(((((((((((+)))))))))....(((((((+))))))))).)))))))))...
.(((((((((.(((((((((((+)))))))))....(((((((+))))))))).)))))))))...
.(((((((((.(((((((((((+)))))))))....(((((((+))))))))).)))))))))...
.(((((((((.(((((((((((+)))))))))....(((((((+))))))))).)))))))))...
.(((((((((.(((((((((((+)))))))))....(((((((+))))))))).)))))))))...
.(((((((((.(((((((((((+)))))))))....(((((((+))))))))).)))))))))...
.(((((((((.(((((((((((+)))))))))....(((((((+))))))))).)))))))))...
.(((((((((.(((((((((((+)))))))))....(((((((+))))))))).)))))))))...
.(((((((((.(((((((((((+)))))))))....(((((((+))))))))).)))))))))...
.(((((((((.(((((((((((+)))))))))....(((((((+))))))))).)))))))))...
.(((((((((.(((((((((((+)))))))))....(((((((+))))))))).)))))))))...
.(((((((((.(((((((((((+)))))))))....(((((((+))))))))).)))))))))...
.(((((((((.(((((((((((+)))))))))....(((((((+))))))))).)))))))))...
.(((((((((.(((((((((((+)))))))))....(((((((+))))))))).)))))))))...
.(((((((((.(((((((((((+)))))))))....(((((((+))))))))).)))))))))...
.(((((((((.(((((((((((+)))))))))....(((((((+))))))))).)))))))))...
((((((((((.(.(((((((((+))))))))).)..(((((((+)))))))...))))))))))..
((((((((((.(.(((((((((+))))))))).)..(((((((+)))))))...))))))))))..
((((((((((.(.(((((((((+))))))))).)..(((((((+)))))))...))))))))))..
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.(((((((((.((.((((((((+)))))))).....(((((((+))))))))).)))))))))...
.(((((((((.((.((((((((+)))))))).....(((((((+))))))))).)))))))))...
((((((((((.(((((((((((+))))))))......((((((+))))))))).))))))))))..
((((((((((.(((((((((((+))))))))......((((((+))))))))).))))))))))..
((((((((((.(((((((((((+))))))))......((((((+))))))))).))))))))))..
((((((((((.(((((((((((+))))))))......((((((+))))))))).))))))))))..
((((((((((.(((((((((((+))))))))......((((((+))))))))).))))))))))..
((((((((((.(((((((((((+))))))))......((((((+))))))))).))))))))))..
((((((((((.(((((((((((+))))))))......((((((+))))))))).))))))))))..
((((((((((.(((((((((((+))))))))......((((((+))))))))).))))))))))..
((((((((((.(((((((((((+))))))))......((((((+))))))))).))))))))))..
((((((((((.(((((((((((+))))))))......((((((+))))))))).))))))))))..
((((((((((.(((((((((((+))))))))......((((((+))))))))).))))))))))..
((((((((((.(((((((((((+))))))))......((((((+))))))))).))))))))))..
((((((((((.(((((((((((+))))))))......((((((+))))))))).))))))))))..
((((((((((.(((((((((((+))))))))......((((((+))))))))).))))))))))..
((((((((((.(((((((((((+))))))))......((((((+))))))))).))))))))))..
((((((((((.(((((((((((+))))))))......((((((+))))))))).))))))))))..
*Several trigger Boltzmann samples are given in this file because the trigger structure tends to be much more volitile and subject to forming off-target complexes so 50 of the samples are shown here to assess how likely it is for the correct complex to form
*MFE structure may not be fully representative of the trigger complex's structure, which is why Boltzmann samples are taken. If the MFE structure closely resembles the boltzmann sampled ones, it is extremely likely to form, if not it will still be possible although at lower concentrations
*Boltzmann samples will be more reliable and representative of in vitro reactions as hundreds of samples are taken, MFE structure is only taken into account to give an approximate free energy value and equilibrium pair probability matrix
~~~~~~~~~~~~~~~~~Activated Toehold Switch~~~~~~~~~~~~~~~~~
MFE structure: (((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))...(((((...............)))))....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.94 kcal/mol)
Toehold switch activation percentage: 97.71%
Suboptimal energy structures:
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))...(((((...............)))))....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.94 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))...(((((...............)))))....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.94 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))...(((((...............)))))....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.94 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))...(((((...............)))))....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.94 kcal/mol)
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(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))...(((((...............)))))....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.94 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))...(((((...............)))))....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.94 kcal/mol)
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(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))...(((((...............)))))....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.94 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))...(((((...............)))))....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.94 kcal/mol)
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(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))...(((((...............)))))....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.94 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))...(((((...............)))))....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.94 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))...(((((...............)))))....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.94 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))...(((((...............)))))....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.94 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))...(((((...............)))))....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.94 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))...(((((...............)))))....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.94 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))...(((((...............)))))....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.94 kcal/mol)
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(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))...(((((...............)))))....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.94 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))...(((((...............)))))....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.94 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))...(((((...............)))))....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.94 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))...(((((...............)))))....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.94 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))...(((((...............)))))....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.94 kcal/mol)
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((((((((((((((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))))))))))))))...(((((...............)))))....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.51 kcal/mol)
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((((((((((((((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))))))))))))))...(((((...............)))))....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.51 kcal/mol)
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((((((((((((((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))))))))))))))...(((((...............)))))....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.51 kcal/mol)
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(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))....((((...............)))).....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.1 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))....((((...............)))).....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.1 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))....((((...............)))).....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.1 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))....((((...............)))).....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.1 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))....((((...............)))).....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.1 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))....((((...............)))).....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.1 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))....((((...............)))).....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.1 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))....((((...............)))).....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.1 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))....((((...............)))).....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.1 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))....((((...............)))).....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.1 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))................................(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.07 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))................................(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.07 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))................................(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.07 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))................................(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.07 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))................................(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.07 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))................................(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.07 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))................................(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.07 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))................................(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.07 kcal/mol)
.((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.))))))))))))))))))))))))))))))))))....(((((...............)))))....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.06 kcal/mol)
.((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.))))))))))))))))))))))))))))))))))....(((((...............)))))....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.06 kcal/mol)
.((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.))))))))))))))))))))))))))))))))))....(((((...............)))))....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.06 kcal/mol)
.((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.))))))))))))))))))))))))))))))))))....(((((...............)))))....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.06 kcal/mol)
.((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.))))))))))))))))))))))))))))))))))....(((((...............)))))....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.06 kcal/mol)
.((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.))))))))))))))))))))))))))))))))))....(((((...............)))))....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.06 kcal/mol)
.((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.))))))))))))))))))))))))))))))))))....(((((...............)))))....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.06 kcal/mol)
.((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.))))))))))))))))))))))))))))))))))....(((((...............)))))....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-77.06 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))...(((((...............)))))....(((((.....((((.........))))....)))))..... (-76.94 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))...(((((...............)))))....(((((.....((((.........))))....)))))..... (-76.94 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))...(((((...............)))))....(((((.....((((.........))))....)))))..... (-76.94 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))...(((((...............)))))....(((((.....((((.........))))....)))))..... (-76.94 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))...(((((...............)))))....(((((.....((((.........))))....)))))..... (-76.94 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))...(((((...............)))))....(((((.....((((.........))))....)))))..... (-76.94 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))...(((((...............)))))....(((((.....((((.........))))....)))))..... (-76.94 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))...(((((...............)))))....(((((.....((((.........))))....)))))..... (-76.94 kcal/mol)
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(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))(((((.(((........................)))..)))))(((.........)))(((....)))..... (-76.88 kcal/mol)
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(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))(((((.(((........................)))..)))))(((.........)))(((....)))..... (-76.88 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))(((((.(((........................)))..)))))(((.........)))(((....)))..... (-76.88 kcal/mol)
((((((((((((((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))))))))))))))....((((...............)))).....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-76.67 kcal/mol)
((((((((((((((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))))))))))))))....((((...............)))).....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-76.67 kcal/mol)
((((((((((((((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))))))))))))))....((((...............)))).....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-76.67 kcal/mol)
((((((((((((((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))))))))))))))....((((...............)))).....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-76.67 kcal/mol)
((((((((((((((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))))))))))))))....((((...............)))).....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-76.67 kcal/mol)
((((((((((((((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))))))))))))))................................(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-76.64 kcal/mol)
((((((((((((((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))))))))))))))................................(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-76.64 kcal/mol)
((((((((((((((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))))))))))))))................................(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-76.64 kcal/mol)
((((((((((((((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))))))))))))))................................(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-76.64 kcal/mol)
.(((((((((((((((((((((((((((((((((((+)))))))))))))))))))))))))))))))))))....(((((...............)))))....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-76.63 kcal/mol)
.(((((((((((((((((((((((((((((((((((+)))))))))))))))))))))))))))))))))))....(((((...............)))))....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-76.63 kcal/mol)
.(((((((((((((((((((((((((((((((((((+)))))))))))))))))))))))))))))))))))....(((((...............)))))....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-76.63 kcal/mol)
.(((((((((((((((((((((((((((((((((((+)))))))))))))))))))))))))))))))))))....(((((...............)))))....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-76.63 kcal/mol)
.(((((((((((((((((((((((((((((((((((+)))))))))))))))))))))))))))))))))))....(((((...............)))))....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-76.63 kcal/mol)
.(((((((((((((((((((((((((((((((((((+)))))))))))))))))))))))))))))))))))....(((((...............)))))....(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-76.63 kcal/mol)
((((((((((((((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))))))))))))))...(((((...............)))))....(((((.....((((.........))))....)))))..... (-76.51 kcal/mol)
((((((((((((((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))))))))))))))...(((((...............)))))....(((((.....((((.........))))....)))))..... (-76.51 kcal/mol)
((((((((((((((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))))))))))))))...(((((...............)))))....(((((.....((((.........))))....)))))..... (-76.51 kcal/mol)
((((((((((((((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))))))))))))))...(((((...............)))))....(((((.....((((.........))))....)))))..... (-76.51 kcal/mol)
((((((((((((((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))))))))))))))(((((.(((........................)))..)))))(((.........)))(((....)))..... (-76.45 kcal/mol)
((((((((((((((((((((((((((((((((((((+))))))))))))))))))))))))))))))))))))(((((.(((........................)))..)))))(((.........)))(((....)))..... (-76.45 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))...(((((...............)))))....((((....((((((.........)))).))..))))..... (-76.44 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))...(((((...............)))))....((((....((((((.........)))).))..))))..... (-76.44 kcal/mol)
.((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))).(((((.(((........................)))..)))))(((.........)))(((....)))..... (-76.24 kcal/mol)
.((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))).(((((.(((........................)))..)))))(((.........)))(((....)))..... (-76.24 kcal/mol)
.((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))).(((((.(((........................)))..)))))(((.........)))(((....)))..... (-76.24 kcal/mol)
.((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))).(((((.(((........................)))..)))))(((.........)))(((....)))..... (-76.24 kcal/mol)
.((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))).................................(((((...((((((.........)))).)).)))))..... (-76.19 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))(((((.............(((.(.(......).).))))))))(((.........)))(((....)))..... (-76.13 kcal/mol)
(((((((((((((((((((((((((((((((((((.+.)))))))))))))))))))))))))))))))))))(((((.............(((.(.(......).).))))))))(((.........)))(((....)))..... (-76.13 kcal/mol)
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Toehold switch activation percentage is a measure of how many bases of the switch bind at equilibrium when the switch is open, it isn't a representation of what percentage of switches will be openHere suboptimal energy structures are used as they are incredibly similar to taking Boltzmann samples while also giving a free energy value