Add species Neisseria gonorrhoeae

[fwa93]

Add Neisseria gonorrhoeae to JASEN.

[mhkc]

Thanks for opening an issue. What types of analysis methods would you be interested in and think are relevant for Neisseria gonorrhoeae?

[fwa93]

Hej,
Daniel G som arbetar på WHO-labbet här i Ö arbetar mycket med den här arten och tipsar om dessa delar.

Clean reads - remove adaptors, low quality bases and reads (Trimmomatic)
Species confirmation - k-mer analysis (Kraken2, centrifuge or similar)
De novo assembly - SPAdes assembly and compilation of stats (number of contigs, size, etc)
Annotation - Prokka
Genotypning - MLST + NG-STAR + NG-STAR CC (pyngoST https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC10868605/)
Resistome - Vi har en uppdaterad databas för alla gener som behöver karakteriseras (ARIBA https://github.com/sanger-pathogens/ariba)

Snippy - mappa mot referens
SNP-distanser - Matrix (snp-dist)
IQtree - ML GTR+G4 model
Rekombinationer - Identifiera och maska rekombinationer (gubbins)

Pan-genome - prokka på assembly+Roary
något sådant är det väl, vi kan snacka mer om du vill

[mhkc]

Toppen!

Vi får ta upp denna arten på ett GMS mikro möte och om någon vill ta på sig att utveckla en analys för arten. Tror du Daniel skulle vara intresserad i och med att han arbetar med arten?

[samuell]

Hi, can just add that we in Stockholm are also interested in having Neisseria added (though we need like 2-3 other organisms too, so would be awesome if someone else is able to take on some of them :) ).