-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
nextclade.csv
We can make this file beautiful and searchable if this error is corrected: Any value after quoted field isn't allowed in line 2.
68 lines (68 loc) · 29.9 KB
/
nextclade.csv
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
seqName;clade;qc.overallScore;qc.overallStatus;totalSubstitutions;totalDeletions;totalInsertions;totalFrameShifts;totalAminoacidSubstitutions;totalAminoacidDeletions;totalMissing;totalNonACGTNs;totalPcrPrimerChanges;substitutions;deletions;insertions;frameShifts;aaSubstitutions;aaDeletions;missing;nonACGTNs;pcrPrimerChanges;alignmentScore;alignmentStart;alignmentEnd;qc.missingData.missingDataThreshold;qc.missingData.score;qc.missingData.status;qc.missingData.totalMissing;qc.mixedSites.mixedSitesThreshold;qc.mixedSites.score;qc.mixedSites.status;qc.mixedSites.totalMixedSites;qc.privateMutations.cutoff;qc.privateMutations.excess;qc.privateMutations.score;qc.privateMutations.status;qc.privateMutations.total;qc.snpClusters.clusteredSNPs;qc.snpClusters.score;qc.snpClusters.status;qc.snpClusters.totalSNPs;qc.frameShifts.frameShifts;qc.frameShifts.totalFrameShifts;qc.frameShifts.frameShiftsIgnored;qc.frameShifts.totalFrameShiftsIgnored;qc.frameShifts.score;qc.frameShifts.status;qc.stopCodons.stopCodons;qc.stopCodons.totalStopCodons;qc.stopCodons.score;qc.stopCodons.status;errors
"NC_045512.2:21563-25384 S [organism=Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2] [GeneID=43740568] [chromosome=]";19A;0.000000;good;0;0;0;0;0;0;0;0;0;;;;;;;;;;11466;21562;25384;3000.000000;0.000000;good;0;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-8.000000;0.000000;good;0.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
34A|S10;20G;0.000000;good;6;3;0;0;5;1;0;0;0;G23012A,T23031C,A23403G,C23423T,G24757T,C25433T;21992-21994;;;ORF3a:T14I,S:E484K,S:F490S,S:D614G,S:P621S;S:Y144-;;;;12164;21430;25498;3000.000000;0.000000;good;0;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-4.000000;0.000000;good;4.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
1H|S118;"21D (Eta)";56.503717;mediocre;7;9;1;1;6;3;436;0;0;A21717G,C21762T,A22012T,G23012A,G23593C,T24224C,C24748T;21765-21770,21992-21994;24690:G;S:1043-1274;S:Q52R,S:A67V,S:K150N,S:E484K,S:Q677H,S:F888L;S:H69-,S:V70-,S:Y144-;23124-23407,23841-23872,24886-25005;;;12072;21457;25507;3000.000000;5.037037;good;436;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-7.000000;0.000000;good;1.000000;;0.000000;good;0;S:1043-1274;1;;0;75.000000;mediocre;;0;0.000000;good;
8H|S119;"21D (Eta)";56.250000;mediocre;9;13;0;1;8;4;265;0;0;A21717G,C21762T,A22012T,G22205C,G23012A,A23403G,G23593C,T24224C,C24748T;21765-21770,21980-21982,21992-21994,24518;;S:986-1274;S:Q52R,S:A67V,S:K150N,S:D215H,S:E484K,S:D614G,S:Q677H,S:F888L;S:H69-,S:V70-,S:F140-,S:Y144-;22834-22841,23125-23381;;;12115;21433;25506;3000.000000;0.000000;good;265;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-6.000000;0.000000;good;2.000000;;0.000000;good;0;S:986-1274;1;;0;75.000000;mediocre;;0;0.000000;good;
248B|S12;"21D (Eta)";0.000000;good;8;9;0;0;7;3;0;0;0;A21717G,C21762T,A22012T,G23012A,A23403G,G23593C,T24224C,C24748T;21765-21770,21992-21994;;;S:Q52R,S:A67V,S:K150N,S:E484K,S:D614G,S:Q677H,S:F888L;S:H69-,S:V70-,S:Y144-;;;;12157;21434;25511;3000.000000;0.000000;good;0;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-7.000000;0.000000;good;1.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
42H|S122;"21D (Eta)";515.250000;bad;14;13;2;3;6;3;299;3;0;A21717G,C21762T,G22205T,G23012A,A23403G,G23593C,T24224C,A24520G,A24684G,T24685A,T24686C,T24688G,T24689C,C24748T;21765-21770,21992-21994,22991,24518,24774,24795;24485:A,24492:T;S:477-973,S:977-985,S:1071-1274;S:Q52R,S:A67V,S:D215Y,S:D1041G,S:F1042L,S:C1043R;S:H69-,S:V70-,S:Y144-;23121-23401,23864-23881;K:22973,M:22975,W:23863;;12041;21433;25498;3000.000000;0.000000;good;299;10.000000;30.000000;mediocre;3;24.000000;-1.000000;0.000000;good;7.000000;;0.000000;good;0;S:477-973,S:977-985,S:1071-1274;3;;0;225.000000;bad;;0;0.000000;good;
17H|S126;"21D (Eta)";56.353827;mediocre;8;10;0;1;6;3;387;0;0;A21717G,C21762T,G22205T,G23012A,A23403G,G23593C,T24224C,C24748T;21765-21770,21992-21994,23880;;S:773-1274;S:Q52R,S:A67V,S:D215Y,S:E484K,S:D614G,S:Q677H;S:H69-,S:V70-,S:Y144-;23055-23401,23797-23836;;;12176;21434;25521;3000.000000;3.222222;good;387;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-7.000000;0.000000;good;1.000000;;0.000000;good;0;S:773-1274;1;;0;75.000000;mediocre;;0;0.000000;good;
1I|S127;"21I (Delta)";0.000000;good;13;6;0;0;11;2;0;0;0;C21618G,G21987A,C22227T,T22917G,C22995A,A23403G,C23604G,G24410A,T24934C,C25006T,T25333C,G25352T,C25469T;22029-22034;;;ORF3a:S26L,S:T19R,S:G142D,S:R158G,S:A222V,S:L452R,S:T478K,S:D614G,S:P681R,S:D950N,S:V1264L;S:E156-,S:F157-;;;;12045;21457;25498;3000.000000;0.000000;good;0;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-5.000000;0.000000;good;3.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
31I|S128;"21J (Delta)";0.034294;good;13;6;0;0;12;2;350;0;0;C21618G,C21846T,G21987A,C22498T,T22917G,C22995A,A23403G,G23593C,C23604G,G24410A,C25096T,C25355T,C25469T;22029-22034;;;ORF3a:S26L,S:T19R,S:T95I,S:G142D,S:R158G,S:L452R,S:T478K,S:D614G,S:Q677H,S:P681R,S:D950N,S:L1265F;S:E156-,S:F157-;22826,23822-23847,24680-25002;;;12045;21457;25498;3000.000000;1.851852;good;350;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-6.000000;0.000000;good;2.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
8I|S129;"21J (Delta)";0.129067;good;9;6;0;0;10;2;397;0;0;C21618G,C21846T,G21987A,T22917G,C22995A,A23403G,C23604G,G24410A,C25469T;22029-22034;;;ORF3a:S26L,S:T19R,S:T95I,S:G142D,S:R158G,S:L452R,S:T478K,S:D614G,S:P681R,S:D950N;S:E156-,S:F157-;24479-24520,24680-25034;;;12061;21457;25498;3000.000000;3.592593;good;397;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-8.000000;0.000000;good;0.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
24I|S130;"21I (Delta)";0.014047;good;11;6;0;0;11;2;332;0;0;C21618G,G21987A,C22227T,T22917G,C22995A,A23403G,C23604G,G24410A,T25333C,G25352T,C25469T;22029-22034;;;ORF3a:S26L,S:T19R,S:G142D,S:R158G,S:A222V,S:L452R,S:T478K,S:D614G,S:P681R,S:D950N,S:V1264L;S:E156-,S:F157-;23864-23872,24680-25002;;;12122;21434;25498;3000.000000;1.185185;good;332;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-7.000000;0.000000;good;1.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
3I|S131;"21J (Delta)";0.001660;good;14;6;0;0;14;2;311;0;0;C21575T,C21618G,C21846T,G21987A,C22498T,T22917G,C22995A,A23403G,G23593C,C23604G,G24410A,C25160A,C25355T,C25469T;22029-22034;;;ORF3a:S26L,S:L5F,S:T19R,S:T95I,S:G142D,S:R158G,S:L452R,S:T478K,S:D614G,S:Q677H,S:P681R,S:D950N,S:L1200I,S:L1265F;S:E156-,S:F157-;24680-24990;;;12110;21434;25498;3000.000000;0.407407;good;311;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-5.000000;0.000000;good;3.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
7I|S132;"21J (Delta)";137.501660;bad;18;8;0;1;14;2;311;0;0;C21618G,C21846T,G21987A,C22498T,T22917G,C22995A,A23403G,G23593C,C23604G,A23928G,A23930G,A23931G,A23933T,C23934G,C23937G,A23938T,G24410A,C25469T;22029-22034,23942,24437;;S:794-1274;ORF3a:S26L,S:T19R,S:T95I,S:G142D,S:R158G,S:L452R,S:T478K,S:D614G,S:Q677H,S:P681R,S:Y789C,S:K790G,S:T791*,S:P792R;S:E156-,S:F157-;24680-24990;;;12005;21457;25498;3000.000000;0.407407;good;311;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;0.000000;0.000000;good;8.000000;23928-23937:7;50.000000;mediocre;7;S:794-1274;1;;0;75.000000;mediocre;S:790;1;75.000000;mediocre;
71I|S133;"21I (Delta)";0.007257;good;11;6;0;0;11;2;323;0;0;C21618G,G21987A,C22227T,T22917G,C22995A,A23403G,C23604G,G24410A,T25333C,G25352T,C25469T;22029-22034;;;ORF3a:S26L,S:T19R,S:G142D,S:R158G,S:A222V,S:L452R,S:T478K,S:D614G,S:P681R,S:D950N,S:V1264L;S:E156-,S:F157-;24680-25002;;;12131;21431;25498;3000.000000;0.851852;good;323;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-7.000000;0.000000;good;1.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
72I|S134;"21I (Delta)";0.000000;good;11;6;0;0;11;2;299;0;0;C21618G,G21987A,C22227T,T22917G,C22995A,A23403G,C23604G,G24410A,T25333C,G25352T,C25469T;22029-22034;;;ORF3a:S26L,S:T19R,S:G142D,S:R158G,S:A222V,S:L452R,S:T478K,S:D614G,S:P681R,S:D950N,S:V1264L;S:E156-,S:F157-;24680-24978;;;12092;21457;25511;3000.000000;0.000000;good;299;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-7.000000;0.000000;good;1.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
5I|S135;"21J (Delta)";0.000000;good;11;6;0;0;11;2;0;0;0;C21618G,C21846T,G21987A,C22498T,T22917G,C22995A,A23403G,G23593C,C23604G,G24410A,C25469T;22029-22034;;;ORF3a:S26L,S:T19R,S:T95I,S:G142D,S:R158G,S:L452R,S:T478K,S:D614G,S:Q677H,S:P681R,S:D950N;S:E156-,S:F157-;;;;12080;21457;25507;3000.000000;0.000000;good;0;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-7.000000;0.000000;good;1.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
15I|S136;"21J (Delta)";0.000000;good;11;6;0;0;11;2;0;0;0;C21618G,C21846T,G21987A,C21997T,T22917G,C22995A,A23403G,C23604G,G24410A,C25469T,G25483A;22029-22034;;;ORF3a:S26L,ORF3a:A31T,S:T19R,S:T95I,S:G142D,S:R158G,S:L452R,S:T478K,S:D614G,S:P681R,S:D950N;S:E156-,S:F157-;;;;12125;21433;25498;3000.000000;0.000000;good;0;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-6.000000;0.000000;good;2.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
71I|S137;"21J (Delta)";56.250000;mediocre;11;7;0;1;11;2;114;0;0;C21618G,C21846T,G21987A,T22917G,C22995A,G23012C,A23403G,C23604G,G24410A,G24872T,C25469T;22029-22034,24518;;S:986-1274;ORF3a:S26L,S:T19R,S:T95I,S:G142D,S:R158G,S:L452R,S:T478K,S:E484Q,S:D614G,S:P681R,S:D950N;S:E156-,S:F157-;24889-25002;;;12118;21432;25498;3000.000000;0.000000;good;114;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-8.000000;0.000000;good;0.000000;;0.000000;good;0;S:986-1274;1;;0;75.000000;mediocre;;0;0.000000;good;
71J|S138;"21J (Delta)";0.000000;good;13;6;0;0;13;2;240;0;0;C21575T,C21618G,C21846T,G21987A,C22498T,T22917G,C22995A,A23403G,G23593C,C23604G,C25160A,C25355T,C25469T;22029-22034;;;ORF3a:S26L,S:L5F,S:T19R,S:T95I,S:G142D,S:R158G,S:L452R,S:T478K,S:D614G,S:Q677H,S:P681R,S:L1200I,S:L1265F;S:E156-,S:F157-;23836-23904,24317-24487;;;12129;21429;25498;3000.000000;0.000000;good;240;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-5.000000;0.000000;good;3.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
39J|S139;"21A (Delta)";1.000000;good;13;6;0;0;12;2;0;1;0;C21618G,G21987A,C22227T,A22255T,T22917G,C22995A,G23401T,A23403G,C23604G,G24410A,T25333C,G25352T,C25469T;22029-22034;;;ORF3a:S26L,S:T19R,S:G142D,S:R158G,S:A222V,S:L452R,S:T478K,S:Q613H,S:D614G,S:P681R,S:D950N,S:V1264L;S:E156-,S:F157-;;S:23206;;12150;21422;25498;3000.000000;0.000000;good;0;10.000000;10.000000;good;1;24.000000;-5.000000;0.000000;good;3.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
55J|S140;"21I (Delta)";0.000000;good;11;6;0;0;11;2;222;0;0;C21618G,G21987A,C22227T,T22917G,C22995A,A23403G,C23604G,G24410A,T25333C,G25352T,C25469T;22029-22034;;;ORF3a:S26L,S:T19R,S:G142D,S:R158G,S:A222V,S:L452R,S:T478K,S:D614G,S:P681R,S:D950N,S:V1264L;S:E156-,S:F157-;23108-23329;;;12053;21457;25498;3000.000000;0.000000;good;222;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-7.000000;0.000000;good;1.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
56J|S141;"21I (Delta)";0.000000;good;11;6;0;0;11;2;0;0;0;C21618G,G21987A,C22227T,T22917G,C22995A,A23403G,C23604G,G24410A,T25333C,G25352T,C25469T;22029-22034;;;ORF3a:S26L,S:T19R,S:G142D,S:R158G,S:A222V,S:L452R,S:T478K,S:D614G,S:P681R,S:D950N,S:V1264L;S:E156-,S:F157-;;;;11981;21490;25507;3000.000000;0.000000;good;0;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-7.000000;0.000000;good;1.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
2J|S144;"21J (Delta)";0.000000;good;14;6;0;0;14;2;0;0;0;C21575T,C21618G,C21846T,G21987A,C22498T,T22917G,C22995A,A23403G,G23593C,C23604G,G24410A,C25160A,C25355T,C25469T;22029-22034;;;ORF3a:S26L,S:L5F,S:T19R,S:T95I,S:G142D,S:R158G,S:L452R,S:T478K,S:D614G,S:Q677H,S:P681R,S:D950N,S:L1200I,S:L1265F;S:E156-,S:F157-;;;;12125;21429;25498;3000.000000;0.000000;good;0;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-5.000000;0.000000;good;3.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
44J|S145;"21J (Delta)";56.250000;mediocre;11;7;0;1;5;2;30;0;0;C21618G,C21846T,G21987A,T22917G,C22995A,A23403G,G23593C,C23604G,G24410A,C25355T,C25469T;22029-22034,22481;;S:307-1274;ORF3a:S26L,S:T19R,S:T95I,S:G142D,S:R158G;S:E156-,S:F157-;22438-22459,22819-22826;;;12127;21429;25498;3000.000000;0.000000;good;30;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-6.000000;0.000000;good;2.000000;;0.000000;good;0;S:307-1274;1;;0;75.000000;mediocre;;0;0.000000;good;
1J|S146;"21J (Delta)";1.000000;good;11;6;0;0;11;2;0;1;0;C21618G,C21846T,G21987A,C22498T,T22917G,C22995A,A23403G,G23593C,C23604G,G24410A,C25469T;22029-22034;;;ORF3a:S26L,S:T19R,S:T95I,S:G142D,S:R158G,S:L452R,S:T478K,S:D614G,S:Q677H,S:P681R,S:D950N;S:E156-,S:F157-;;Y:24904;;12161;21430;25507;3000.000000;0.000000;good;0;10.000000;10.000000;good;1;24.000000;-7.000000;0.000000;good;1.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
6J|S146;"21A (Delta)";0.000000;good;9;6;0;0;10;2;4;0;0;C21618G,G21987A,T22917G,C22995A,A23403G,C23604G,G24410A,G25459T,C25469T;22029-22034;;;ORF3a:A23S,ORF3a:S26L,S:T19R,S:G142D,S:R158G,S:L452R,S:T478K,S:D614G,S:P681R,S:D950N;S:E156-,S:F157-;23867-23870;;;12196;21434;25520;3000.000000;0.000000;good;4;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-7.000000;0.000000;good;1.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
11J|S147;"21J (Delta)";0.000000;good;14;6;0;0;14;2;0;0;0;C21575T,C21618G,C21846T,G21987A,C22498T,T22917G,C22995A,A23403G,G23593C,C23604G,G24410A,C25160A,C25355T,C25469T;22029-22034;;;ORF3a:S26L,S:L5F,S:T19R,S:T95I,S:G142D,S:R158G,S:L452R,S:T478K,S:D614G,S:Q677H,S:P681R,S:D950N,S:L1200I,S:L1265F;S:E156-,S:F157-;;;;12125;21429;25498;3000.000000;0.000000;good;0;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-5.000000;0.000000;good;3.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
50J|S148;"21I (Delta)";0.000000;good;11;6;1;0;11;2;0;0;0;C21618G,G21987A,C22227T,T22917G,C22995A,A23403G,C23604G,G24197T,C24370T,G24410A,C25469T;22029-22034;21457:A;;ORF3a:S26L,S:T19R,S:G142D,S:R158G,S:A222V,S:L452R,S:T478K,S:D614G,S:P681R,S:A879S,S:D950N;S:E156-,S:F157-;;;;12181;21421;25507;3000.000000;0.000000;good;0;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-6.000000;0.000000;good;2.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
54J|S149;"21A (Delta)";56.250000;mediocre;9;6;1;1;10;2;0;0;0;C21618G,G21987A,G22203T,T22917G,C22995A,A23403G,C23604G,G24410A,C25469T;22029-22034;25022:A;S:1154-1274;ORF3a:S26L,S:T19R,S:G142D,S:R158G,S:R214L,S:L452R,S:T478K,S:D614G,S:P681R,S:D950N;S:E156-,S:F157-;;;;12159;21422;25498;3000.000000;0.000000;good;0;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-7.000000;0.000000;good;1.000000;;0.000000;good;0;S:1154-1274;1;;0;75.000000;mediocre;;0;0.000000;good;
81B|S16;"20H (Beta, V2)";0.000000;good;9;9;0;0;8;3;0;0;0;C21614T,A21801C,A22206G,G22468T,G22813T,G23012A,A23063T,A23403G,C23664T;22283-22291;;;S:L18F,S:D80A,S:D215G,S:K417N,S:E484K,S:N501Y,S:D614G,S:A701V;S:L241-,S:L242-,S:A243-;;;;12122;21434;25498;3000.000000;0.000000;good;0;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-8.000000;0.000000;good;0.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
1B|S19;"21A (Delta)";56.250000;mediocre;10;7;0;1;10;2;14;0;0;C21618G,G21987A,T22089C,T22917G,C22995A,A23200G,A23403G,C23604G,G24410A,C25469T;22029-22034,24440;;S:960-1274;ORF3a:S26L,S:T19R,S:G142D,S:R158G,S:L176P,S:L452R,S:T478K,S:D614G,S:P681R,S:D950N;S:E156-,S:F157-;24455-24468;;;12143;21434;25507;3000.000000;0.000000;good;14;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-6.000000;0.000000;good;2.000000;;0.000000;good;0;S:960-1274;1;;0;75.000000;mediocre;;0;0.000000;good;
2B|S20;"21A (Delta)";1.044938;good;8;6;0;0;8;2;576;0;0;C21618G,G21987A,T22917G,C22995A,A23200G,A23403G,C23604G,C25469T;22029-22034;;;ORF3a:S26L,S:T19R,S:G142D,S:R158G,S:L452R,S:T478K,S:D614G,S:P681R;S:E156-,S:F157-;23899-24474;;;12158;21433;25505;3000.000000;10.222222;good;576;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-7.000000;0.000000;good;1.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
360C|S23;"21D (Eta)";0.284444;good;8;9;0;0;8;3;444;0;0;A21717G,C21762T,A22012T,G22484T,G23012A,A23403G,G23593C,T24224C;21765-21770,21992-21994;;;S:Q52R,S:A67V,S:K150N,S:V308L,S:E484K,S:D614G,S:Q677H,S:F888L;S:H69-,S:V70-,S:Y144-;24525-24546,24680-25101;;;12211;21426;25521;3000.000000;5.333333;good;444;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-6.000000;0.000000;good;2.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
362C|S24;"21D (Eta)";226.395898;bad;8;11;1;2;6;3;619;0;0;A21717G,C21762T,A22151G,G23012A,A23403G,G23593C,C23996T,T24224C;21765-21770,21992-21994,25103,25121;23915:A;S:785-1180,S:1187-1274;S:Q52R,S:A67V,S:I197V,S:E484K,S:D614G,S:Q677H;S:H69-,S:V70-,S:Y144-;24648-25045,25133-25353;;;12025;21428;25470;3000.000000;11.814815;good;619;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-6.000000;0.000000;good;2.000000;;0.000000;good;0;S:785-1180,S:1187-1274;2;;0;150.000000;bad;;0;0.000000;good;
7C|S28;"21J (Delta)";0.505679;good;9;6;0;0;9;2;492;0;0;C21618G,C21846T,G21987A,C22498T,A23403G,G23593C,C23604G,G24410A,C25469T;22029-22034;;;ORF3a:S26L,S:T19R,S:T95I,S:G142D,S:R158G,S:D614G,S:Q677H,S:P681R,S:D950N;S:E156-,S:F157-;22850-23341;;;12088;21457;25507;3000.000000;7.111111;good;492;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-7.000000;0.000000;good;1.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
219A|S3;"21D (Eta)";0.000000;good;9;9;0;0;7;3;0;0;0;A21717G,C21762T,G22205T,G23012A,A23403G,G23593C,T24224C,C24748T,C24802T;21765-21770,21992-21994;;;S:Q52R,S:A67V,S:D215Y,S:E484K,S:D614G,S:Q677H,S:F888L;S:H69-,S:V70-,S:Y144-;;;;12114;21434;25498;3000.000000;0.000000;good;0;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-6.000000;0.000000;good;2.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
376D|S31;"21D (Eta)";56.301043;mediocre;8;10;1;1;7;3;361;0;0;A21717G,C21762T,A22012T,G23012A,A23403G,G23405T,G23593C,T24224C;21765-21770,21992-21994,24572;23882:A;S:774-1003;S:Q52R,S:A67V,S:K150N,S:E484K,S:D614G,S:V615F,S:Q677H;S:H69-,S:V70-,S:Y144-;24479-24480,24680-25038;;;12011;21433;25467;3000.000000;2.259259;good;361;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-6.000000;0.000000;good;2.000000;;0.000000;good;0;S:774-1003;1;;0;75.000000;mediocre;;0;0.000000;good;
381D|S32;"21D (Eta)";7.210219;good;7;9;0;0;7;3;1025;0;0;A21717G,C21762T,A22012T,G23012A,A23403G,G23405T,G23593C;21765-21770,21992-21994;;;S:Q52R,S:A67V,S:K150N,S:E484K,S:D614G,S:V615F,S:Q677H;S:H69-,S:V70-,S:Y144-;23904-24464,24680-25034,25210-25318;;;12041;21430;25467;3000.000000;26.851852;good;1025;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-6.000000;0.000000;good;2.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
476D|S35;"21D (Eta)";0.111111;good;7;9;0;0;7;3;390;0;0;A21717G,C21762T,G22205T,G23012A,A23403G,G23593C,T24224C;21765-21770,21992-21994;;;S:Q52R,S:A67V,S:D215Y,S:E484K,S:D614G,S:Q677H,S:F888L;S:H69-,S:V70-,S:Y144-;24474-24487,24680-25055;;;11969;21429;25442;3000.000000;3.333333;good;390;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-8.000000;0.000000;good;0.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
2D|S36;"21J (Delta)";0.054444;good;8;6;0;0;9;2;363;0;0;C21618G,C21846T,G21987A,T22917G,C22995A,A23403G,C23604G,G24410A;22029-22034;;;S:T19R,S:T95I,S:G142D,S:R158G,S:L452R,S:T478K,S:D614G,S:P681R,S:D950N;S:E156-,S:F157-;24680-25042;;;12041;21439;25472;3000.000000;2.333333;good;363;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-7.000000;0.000000;good;1.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
29D|S37;"21J (Delta)";0.154129;good;10;6;0;0;10;2;406;0;0;C21618G,C21846T,G21987A,C22498T,T22917G,C22995A,A23403G,G23593C,C23604G,G24410A;22029-22034;;;S:T19R,S:T95I,S:G142D,S:R158G,S:L452R,S:T478K,S:D614G,S:Q677H,S:P681R,S:D950N;S:E156-,S:F157-;24502-24538,24680-25048;;;12048;21429;25467;3000.000000;3.925926;good;406;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-7.000000;0.000000;good;1.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
46D|S39;"21J (Delta)";56.368642;mediocre;10;7;0;1;10;2;393;0;0;C21618G,C21846T,G21987A,C22498T,T22917G,C22995A,A23403G,G23593C,C23604G,G24410A;22029-22034,25086;;S:1175-1274;S:T19R,S:T95I,S:G142D,S:R158G,S:L452R,S:T478K,S:D614G,S:Q677H,S:P681R,S:D950N;S:E156-,S:F157-;24521-24537,24680-25055;;;12058;21423;25468;3000.000000;3.444444;good;393;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-7.000000;0.000000;good;1.000000;;0.000000;good;0;S:1175-1274;1;;0;75.000000;mediocre;;0;0.000000;good;
28D|S40;"21J (Delta)";0.001660;good;12;6;0;0;12;2;311;0;0;C21618G,C21846T,G21987A,C22281T,C22498T,T22917G,C22995A,A23403G,G23593C,C23604G,G24410A,C25355T;22029-22034;;;S:T19R,S:T95I,S:G142D,S:R158G,S:T240I,S:L452R,S:T478K,S:D614G,S:Q677H,S:P681R,S:D950N,S:L1265F;S:E156-,S:F157-;24680-24990;;;11851;21434;25409;3000.000000;0.407407;good;311;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-6.000000;0.000000;good;2.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
495E|S43;"21D (Eta)";0.019808;good;8;9;0;0;8;3;338;0;0;C21575T,A21717G,C21762T,G22205T,G23012A,A23403G,G23593C,T24224C;21765-21770,21992-21994;;;S:L5F,S:Q52R,S:A67V,S:D215Y,S:E484K,S:D614G,S:Q677H,S:F888L;S:H69-,S:V70-,S:Y144-;23867-23881,24680-25002;;;11869;21425;25406;3000.000000;1.407407;good;338;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-6.000000;0.000000;good;2.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
501E|S44;"21D (Eta)";0.242647;good;7;9;0;0;6;3;433;0;0;A21717G,C21762T,G22225T,G23012A,A23403G,G23593C,T24224C;21765-21770,21992-21994;;;S:Q52R,S:A67V,S:E484K,S:D614G,S:Q677H,S:F888L;S:H69-,S:V70-,S:Y144-;24475-24521,24648-25033;;;11261;21457;25234;3000.000000;4.925926;good;433;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-7.000000;0.000000;good;1.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
27E|S50;"21J (Delta)";56.340000;mediocre;10;6;4;1;10;2;381;0;0;C21618G,C21846T,G21987A,C22281T,C22498T,T22917G,A23403G,G23593C,C23604G,G24410A;22029-22034;21445:A,25212:C,25255:A,25283:T;S:1217-1238;S:T19R,S:T95I,S:G142D,S:R158G,S:T240I,S:L452R,S:D614G,S:Q677H,S:P681R,S:D950N;S:E156-,S:F157-;24680-25060;;;11558;21421;25305;3000.000000;3.000000;good;381;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-5.000000;0.000000;good;3.000000;;0.000000;good;0;S:1217-1238;1;;0;75.000000;mediocre;;0;0.000000;good;
144E|S53;"21D (Eta)";57.170178;mediocre;7;14;1;1;7;3;559;0;0;A21717G,C21762T,A22012T,G23012A,A23403G,G23593C,T24224C;21765-21770,21992-21994,24545-24546,24585-24587;25416:G;S:995-1274;S:Q52R,S:A67V,S:K150N,S:E484K,S:D614G,S:Q677H,S:F888L;S:H69-,S:V70-,S:Y144-;24680-25238;;;11970;21433;25459;3000.000000;9.592593;good;559;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-7.000000;0.000000;good;1.000000;;0.000000;good;0;S:995-1274;1;;0;75.000000;mediocre;;0;0.000000;good;
172E|S57;20A;56.250000;mediocre;7;10;0;1;7;3;285;0;0;A21717G,C21762T,G22030T,G23012A,A23403G,G23593C,T24224C;21765-21770,21992-21994,24518;;S:986-1274;S:Q52R,S:A67V,S:E156D,S:E484K,S:D614G,S:Q677H,S:F888L;S:H69-,S:V70-,S:Y144-;24737-25021;;;12097;21435;25494;3000.000000;0.000000;good;285;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-7.000000;0.000000;good;1.000000;;0.000000;good;0;S:986-1274;1;;0;75.000000;mediocre;;0;0.000000;good;
205E|S58;"21D (Eta)";56.601166;mediocre;7;9;1;1;7;3;460;0;0;A21717G,C21762T,A22012T,G23012A,A23403G,G23593C,T24224C;21765-21770,21992-21994;25211:C;S:1217-1274;S:Q52R,S:A67V,S:K150N,S:E484K,S:D614G,S:Q677H,S:F888L;S:H69-,S:V70-,S:Y144-;24680-25139;;;11644;21429;25336;3000.000000;5.925926;good;460;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-7.000000;0.000000;good;1.000000;;0.000000;good;0;S:1217-1274;1;;0;75.000000;mediocre;;0;0.000000;good;
369A|S6;20B;0.985240;good;6;3;0;0;4;1;568;0;0;C21846T,A22486T,G23012A,A23403G,C23604A,C25276A;21992-21994;;;S:T95I,S:E484K,S:D614G,S:P681H;S:Y144-;23894-24461;;;12167;21429;25498;3000.000000;9.925926;good;568;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-6.000000;0.000000;good;2.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
346F|S66;"21D (Eta)";1.037380;good;8;9;0;0;7;3;575;0;0;C21588T,A21717G,C21762T,G23012A,A23403G,G23593C,C24748T,G25273T;21765-21770,21992-21994;;;S:P9L,S:Q52R,S:A67V,S:E484K,S:D614G,S:Q677H,S:M1237I;S:H69-,S:V70-,S:Y144-;22834-22837,23904-24474;;;12127;21431;25498;3000.000000;10.185185;good;575;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-6.000000;0.000000;good;2.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
134F|S67;"21D (Eta)";56.250000;mediocre;7;9;1;1;6;3;6;0;0;A21717G,C21762T,G23012A,A23403G,G23593C,T24224C,C24748T;21765-21770,21992-21994;24431:G;S:957-1274;S:Q52R,S:A67V,S:E484K,S:D614G,S:Q677H,S:F888L;S:H69-,S:V70-,S:Y144-;24475-24480;;;11998;21473;25498;3000.000000;0.000000;good;6;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-8.000000;0.000000;good;0.000000;;0.000000;good;0;S:957-1274;1;;0;75.000000;mediocre;;0;0.000000;good;
99F|S70;"21D (Eta)";0.000000;good;7;12;0;0;6;4;7;0;0;A21717G,C21762T,G23012A,A23403G,G23593C,T24224C,C24748T;21765-21770,21980-21982,21992-21994;;;S:Q52R,S:A67V,S:E484K,S:D614G,S:Q677H,S:F888L;S:H69-,S:V70-,S:F140-,S:Y144-;22834-22840;;;12064;21457;25507;3000.000000;0.000000;good;7;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-8.000000;0.000000;good;0.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
16F|S74;"21D (Eta)";0.000000;good;7;9;0;0;6;3;244;0;0;A21717G,C21762T,G23012A,A23403G,G23593C,T24224C,C24748T;21765-21770,21992-21994;;;S:Q52R,S:A67V,S:E484K,S:D614G,S:Q677H,S:F888L;S:H69-,S:V70-,S:Y144-;22850-22951,23189-23330;;;12125;21433;25498;3000.000000;0.000000;good;244;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-8.000000;0.000000;good;0.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
64F|S75;"21D (Eta)";0.000000;good;8;9;0;0;7;3;0;0;0;A21717G,C21762T,A22012T,G23012A,A23403G,G23593C,T24224C,C24748T;21765-21770,21992-21994;;;S:Q52R,S:A67V,S:K150N,S:E484K,S:D614G,S:Q677H,S:F888L;S:H69-,S:V70-,S:Y144-;;;;12049;21457;25498;3000.000000;0.000000;good;0;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-7.000000;0.000000;good;1.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
68F|S76;"20I (Alpha, V1)";56.250000;mediocre;7;9;1;1;5;3;0;0;0;C22432T,A23063T,C23271A,A23403G,C23604A,C23709T,C24748T;21765-21770,21992-21994;24470:T;S:970-1274;S:N501Y,S:A570D,S:D614G,S:P681H,S:T716I;S:H69-,S:V70-,S:Y144-;;;;12118;21433;25498;3000.000000;0.000000;good;0;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-5.000000;0.000000;good;3.000000;;0.000000;good;0;S:970-1274;1;;0;75.000000;mediocre;;0;0.000000;good;
117A|S8;19B;1.284444;good;9;0;0;0;8;0;606;0;0;C21614T,G22468T,T22917G,A23063T,C23520T,C23525T,G23593T,G24992C,G25218T;;;;S:L18F,S:L452R,S:N501Y,S:A653V,S:H655Y,S:Q677H,S:E1144Q,S:G1219V;;23857-24462;;;12195;21430;25507;3000.000000;11.333333;good;606;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-6.000000;0.000000;good;2.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
74F|S80;"21D (Eta)";56.250000;mediocre;8;9;1;1;7;3;159;0;0;A21717G,C21762T,G22203T,G23012A,A23403G,G23593C,T24224C,C24748T;21765-21770,21992-21994;24470:T;S:970-1274;S:Q52R,S:A67V,S:R214L,S:E484K,S:D614G,S:Q677H,S:F888L;S:H69-,S:V70-,S:Y144-;24303-24461;;;12129;21428;25498;3000.000000;0.000000;good;159;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-7.000000;0.000000;good;1.000000;;0.000000;good;0;S:970-1274;1;;0;75.000000;mediocre;;0;0.000000;good;
46G|S81;"21J (Delta)";0.000000;good;12;6;0;0;11;2;0;0;0;C21618G,C21846T,G21987A,C22498T,T22917G,C22995A,A23403G,G23593C,C23604G,A24232G,G24410A,C25469T;22029-22034;;;ORF3a:S26L,S:T19R,S:T95I,S:G142D,S:R158G,S:L452R,S:T478K,S:D614G,S:Q677H,S:P681R,S:D950N;S:E156-,S:F157-;;;;12157;21421;25498;3000.000000;0.000000;good;0;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-6.000000;0.000000;good;2.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
23G|S82;"21J (Delta)";0.000000;good;9;6;0;0;10;2;0;0;0;C21618G,C21846T,G21987A,T22917G,C22995A,A23403G,C23604G,G24410A,C25469T;22029-22034;;;ORF3a:S26L,S:T19R,S:T95I,S:G142D,S:R158G,S:L452R,S:T478K,S:D614G,S:P681R,S:D950N;S:E156-,S:F157-;;;;12190;21423;25507;3000.000000;0.000000;good;0;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-8.000000;0.000000;good;0.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
20G|S83;"21D (Eta)";0.000000;good;9;15;0;0;8;5;0;0;0;A21717G,C21762T,C21846T,G22205T,G23012A,A23403G,G23593C,T24224C,C24748T;21765-21770,21992-21994,22289-22294;;;S:Q52R,S:A67V,S:T95I,S:D215Y,S:E484K,S:D614G,S:Q677H,S:F888L;S:H69-,S:V70-,S:Y144-,S:L242-,S:A243-;;;;12134;21428;25507;3000.000000;0.000000;good;0;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-6.000000;0.000000;good;2.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
67G|S84;"21J (Delta)";1.000000;good;11;6;0;0;11;2;0;1;0;C21618G,C21846T,G21987A,C22498T,T22917G,C22995A,A23403G,G23593C,C23604G,G24410A,C25469T;22029-22034;;;ORF3a:S26L,S:T19R,S:T95I,S:G142D,S:R158G,S:L452R,S:T478K,S:D614G,S:Q677H,S:P681R,S:D950N;S:E156-,S:F157-;;R:24667;;12188;21435;25521;3000.000000;0.000000;good;0;10.000000;10.000000;good;1;24.000000;-7.000000;0.000000;good;1.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
62G|S85;"21J (Delta)";0.000000;good;13;6;0;0;13;2;0;0;0;C21618G,C21846T,G21987A,C22498T,T22917G,C22995A,A23403G,G23593C,C23604G,G24410A,G24933T,C25355T,C25469T;22029-22034;;;ORF3a:S26L,S:T19R,S:T95I,S:G142D,S:R158G,S:L452R,S:T478K,S:D614G,S:Q677H,S:P681R,S:D950N,S:G1124V,S:L1265F;S:E156-,S:F157-;;;;12144;21424;25498;3000.000000;0.000000;good;0;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-6.000000;0.000000;good;2.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
38G|S87;"21J (Delta)";0.000000;good;11;6;0;0;11;2;0;0;0;C21618G,C21846T,G21987A,C22498T,T22917G,C22995A,A23403G,G23593C,C23604G,G24410A,C25469T;22029-22034;;;ORF3a:S26L,S:T19R,S:T95I,S:G142D,S:R158G,S:L452R,S:T478K,S:D614G,S:Q677H,S:P681R,S:D950N;S:E156-,S:F157-;;;;12224;21423;25521;3000.000000;0.000000;good;0;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-7.000000;0.000000;good;1.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
1G|S88;"21J (Delta)";0.000000;good;11;6;0;0;11;2;0;0;0;T21527C,C21618G,C21846T,G21987A,T22917G,G22992A,C22995A,A23403G,C23604G,G24410A,C25469T;22029-22034;;;ORF3a:S26L,S:T19R,S:T95I,S:G142D,S:R158G,S:L452R,S:S477N,S:T478K,S:D614G,S:P681R,S:D950N;S:E156-,S:F157-;;;;12152;21424;25498;3000.000000;0.000000;good;0;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-6.000000;0.000000;good;2.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;
75H|S89;"21D (Eta)";56.575322;mediocre;7;11;0;1;5;3;454;0;0;A21717G,C21762T,G22205T,G23012A,G23593C,T24224C,C24748T;21765-21770,21992-21994,23906,24518;;S:782-1274;S:Q52R,S:A67V,S:D215Y,S:E484K,S:Q677H;S:H69-,S:V70-,S:Y144-;23124-23412,23820-23884,24408-24507;;;12129;21434;25507;3000.000000;5.703704;good;454;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-7.000000;0.000000;good;1.000000;;0.000000;good;0;S:782-1274;1;;0;75.000000;mediocre;;0;0.000000;good;
139A|S9;20B;0.000000;good;8;3;0;0;5;1;0;0;0;C21846T,G23012A,T23287C,A23403G,C23604A,G23948C,C24382T,C25276A;21992-21994;;;S:T95I,S:E484K,S:D614G,S:P681H,S:D796H;S:Y144-;;;;12180;21431;25507;3000.000000;0.000000;good;0;10.000000;0.000000;good;0;24.000000;-8.000000;0.000000;good;0.000000;;0.000000;good;0;;0;;0;0.000000;good;;0;0.000000;good;