diff --git a/baseline/software/build/Makefile b/baseline/software/build/Makefile new file mode 100644 index 00000000..7cdfab3c --- /dev/null +++ b/baseline/software/build/Makefile @@ -0,0 +1,442 @@ +# CMAKE generated file: DO NOT EDIT! +# Generated by "Unix Makefiles" Generator, CMake Version 3.16 + +# Default target executed when no arguments are given to make. +default_target: all + +.PHONY : default_target + +# Allow only one "make -f Makefile2" at a time, but pass parallelism. +.NOTPARALLEL: + + +#============================================================================= +# Special targets provided by cmake. + +# Disable implicit rules so canonical targets will work. +.SUFFIXES: + + +# Remove some rules from gmake that .SUFFIXES does not remove. +SUFFIXES = + +.SUFFIXES: .hpux_make_needs_suffix_list + + +# Suppress display of executed commands. +$(VERBOSE).SILENT: + + +# A target that is always out of date. +cmake_force: + +.PHONY : cmake_force + +#============================================================================= +# Set environment variables for the build. + +# The shell in which to execute make rules. +SHELL = /bin/sh + +# The CMake executable. +CMAKE_COMMAND = /usr/bin/cmake + +# The command to remove a file. +RM = /usr/bin/cmake -E remove -f + +# Escaping for special characters. +EQUALS = = + +# The top-level source directory on which CMake was run. +CMAKE_SOURCE_DIR = /home/jsliang@AD.UCSD.EDU/tutorial/source + +# The top-level build directory on which CMake was run. +CMAKE_BINARY_DIR = /home/jsliang@AD.UCSD.EDU/tutorial/build + +#============================================================================= +# Targets provided globally by CMake. + +# Special rule for the target edit_cache +edit_cache: + @$(CMAKE_COMMAND) -E cmake_echo_color --switch=$(COLOR) --cyan "No interactive CMake dialog available..." + /usr/bin/cmake -E echo No\ interactive\ CMake\ dialog\ available. +.PHONY : edit_cache + +# Special rule for the target edit_cache +edit_cache/fast: edit_cache + +.PHONY : edit_cache/fast + +# Special rule for the target rebuild_cache +rebuild_cache: + @$(CMAKE_COMMAND) -E cmake_echo_color --switch=$(COLOR) --cyan "Running CMake to regenerate build system..." + /usr/bin/cmake -S$(CMAKE_SOURCE_DIR) -B$(CMAKE_BINARY_DIR) +.PHONY : rebuild_cache + +# Special rule for the target rebuild_cache +rebuild_cache/fast: rebuild_cache + +.PHONY : rebuild_cache/fast + +# The main all target +all: cmake_check_build_system + $(CMAKE_COMMAND) -E cmake_progress_start /home/jsliang@AD.UCSD.EDU/tutorial/build/CMakeFiles /home/jsliang@AD.UCSD.EDU/tutorial/build/CMakeFiles/progress.marks + $(MAKE) -f CMakeFiles/Makefile2 all + $(CMAKE_COMMAND) -E cmake_progress_start /home/jsliang@AD.UCSD.EDU/tutorial/build/CMakeFiles 0 +.PHONY : all + +# The main clean target +clean: + $(MAKE) -f CMakeFiles/Makefile2 clean +.PHONY : clean + +# The main clean target +clean/fast: clean + +.PHONY : clean/fast + +# Prepare targets for installation. +preinstall: all + $(MAKE) -f CMakeFiles/Makefile2 preinstall +.PHONY : preinstall + +# Prepare targets for installation. +preinstall/fast: + $(MAKE) -f CMakeFiles/Makefile2 preinstall +.PHONY : preinstall/fast + +# clear depends +depend: + $(CMAKE_COMMAND) -S$(CMAKE_SOURCE_DIR) -B$(CMAKE_BINARY_DIR) --check-build-system CMakeFiles/Makefile.cmake 1 +.PHONY : depend + +#============================================================================= +# Target rules for targets named overlap_linear + +# Build rule for target. +overlap_linear: cmake_check_build_system + $(MAKE) -f CMakeFiles/Makefile2 overlap_linear +.PHONY : overlap_linear + +# fast build rule for target. +overlap_linear/fast: + $(MAKE) -f CMakeFiles/overlap_linear.dir/build.make CMakeFiles/overlap_linear.dir/build +.PHONY : overlap_linear/fast + +#============================================================================= +# Target rules for targets named banded_local_linear + +# Build rule for target. +banded_local_linear: cmake_check_build_system + $(MAKE) -f CMakeFiles/Makefile2 banded_local_linear +.PHONY : banded_local_linear + +# fast build rule for target. +banded_local_linear/fast: + $(MAKE) -f CMakeFiles/banded_local_linear.dir/build.make CMakeFiles/banded_local_linear.dir/build +.PHONY : banded_local_linear/fast + +#============================================================================= +# Target rules for targets named local_linear + +# Build rule for target. +local_linear: cmake_check_build_system + $(MAKE) -f CMakeFiles/Makefile2 local_linear +.PHONY : local_linear + +# fast build rule for target. +local_linear/fast: + $(MAKE) -f CMakeFiles/local_linear.dir/build.make CMakeFiles/local_linear.dir/build +.PHONY : local_linear/fast + +#============================================================================= +# Target rules for targets named local_affine + +# Build rule for target. +local_affine: cmake_check_build_system + $(MAKE) -f CMakeFiles/Makefile2 local_affine +.PHONY : local_affine + +# fast build rule for target. +local_affine/fast: + $(MAKE) -f CMakeFiles/local_affine.dir/build.make CMakeFiles/local_affine.dir/build +.PHONY : local_affine/fast + +#============================================================================= +# Target rules for targets named semi_global_linear + +# Build rule for target. +semi_global_linear: cmake_check_build_system + $(MAKE) -f CMakeFiles/Makefile2 semi_global_linear +.PHONY : semi_global_linear + +# fast build rule for target. +semi_global_linear/fast: + $(MAKE) -f CMakeFiles/semi_global_linear.dir/build.make CMakeFiles/semi_global_linear.dir/build +.PHONY : semi_global_linear/fast + +#============================================================================= +# Target rules for targets named global_linear + +# Build rule for target. +global_linear: cmake_check_build_system + $(MAKE) -f CMakeFiles/Makefile2 global_linear +.PHONY : global_linear + +# fast build rule for target. +global_linear/fast: + $(MAKE) -f CMakeFiles/global_linear.dir/build.make CMakeFiles/global_linear.dir/build +.PHONY : global_linear/fast + +#============================================================================= +# Target rules for targets named global_affine + +# Build rule for target. +global_affine: cmake_check_build_system + $(MAKE) -f CMakeFiles/Makefile2 global_affine +.PHONY : global_affine + +# fast build rule for target. +global_affine/fast: + $(MAKE) -f CMakeFiles/global_affine.dir/build.make CMakeFiles/global_affine.dir/build +.PHONY : global_affine/fast + +banded_local_linear.o: banded_local_linear.cpp.o + +.PHONY : banded_local_linear.o + +# target to build an object file +banded_local_linear.cpp.o: + $(MAKE) -f CMakeFiles/banded_local_linear.dir/build.make CMakeFiles/banded_local_linear.dir/banded_local_linear.cpp.o +.PHONY : banded_local_linear.cpp.o + +banded_local_linear.i: banded_local_linear.cpp.i + +.PHONY : banded_local_linear.i + +# target to preprocess a source file +banded_local_linear.cpp.i: + $(MAKE) -f CMakeFiles/banded_local_linear.dir/build.make CMakeFiles/banded_local_linear.dir/banded_local_linear.cpp.i +.PHONY : banded_local_linear.cpp.i + +banded_local_linear.s: banded_local_linear.cpp.s + +.PHONY : banded_local_linear.s + +# target to generate assembly for a file +banded_local_linear.cpp.s: + $(MAKE) -f CMakeFiles/banded_local_linear.dir/build.make CMakeFiles/banded_local_linear.dir/banded_local_linear.cpp.s +.PHONY : banded_local_linear.cpp.s + +global_affine.o: global_affine.cpp.o + +.PHONY : global_affine.o + +# target to build an object file +global_affine.cpp.o: + $(MAKE) -f CMakeFiles/global_affine.dir/build.make CMakeFiles/global_affine.dir/global_affine.cpp.o +.PHONY : global_affine.cpp.o + +global_affine.i: global_affine.cpp.i + +.PHONY : global_affine.i + +# target to preprocess a source file +global_affine.cpp.i: + $(MAKE) -f CMakeFiles/global_affine.dir/build.make CMakeFiles/global_affine.dir/global_affine.cpp.i +.PHONY : global_affine.cpp.i + +global_affine.s: global_affine.cpp.s + +.PHONY : global_affine.s + +# target to generate assembly for a file +global_affine.cpp.s: + $(MAKE) -f CMakeFiles/global_affine.dir/build.make CMakeFiles/global_affine.dir/global_affine.cpp.s +.PHONY : global_affine.cpp.s + +global_linear.o: global_linear.cpp.o + +.PHONY : global_linear.o + +# target to build an object file +global_linear.cpp.o: + $(MAKE) -f CMakeFiles/global_linear.dir/build.make CMakeFiles/global_linear.dir/global_linear.cpp.o +.PHONY : global_linear.cpp.o + +global_linear.i: global_linear.cpp.i + +.PHONY : global_linear.i + +# target to preprocess a source file +global_linear.cpp.i: + $(MAKE) -f CMakeFiles/global_linear.dir/build.make CMakeFiles/global_linear.dir/global_linear.cpp.i +.PHONY : global_linear.cpp.i + +global_linear.s: global_linear.cpp.s + +.PHONY : global_linear.s + +# target to generate assembly for a file +global_linear.cpp.s: + $(MAKE) -f CMakeFiles/global_linear.dir/build.make CMakeFiles/global_linear.dir/global_linear.cpp.s +.PHONY : global_linear.cpp.s + +local_affine.o: local_affine.cpp.o + +.PHONY : local_affine.o + +# target to build an object file +local_affine.cpp.o: + $(MAKE) -f CMakeFiles/local_affine.dir/build.make CMakeFiles/local_affine.dir/local_affine.cpp.o +.PHONY : local_affine.cpp.o + +local_affine.i: local_affine.cpp.i + +.PHONY : local_affine.i + +# target to preprocess a source file +local_affine.cpp.i: + $(MAKE) -f CMakeFiles/local_affine.dir/build.make CMakeFiles/local_affine.dir/local_affine.cpp.i +.PHONY : local_affine.cpp.i + +local_affine.s: local_affine.cpp.s + +.PHONY : local_affine.s + +# target to generate assembly for a file +local_affine.cpp.s: + $(MAKE) -f CMakeFiles/local_affine.dir/build.make CMakeFiles/local_affine.dir/local_affine.cpp.s +.PHONY : local_affine.cpp.s + +local_linear.o: local_linear.cpp.o + +.PHONY : local_linear.o + +# target to build an object file +local_linear.cpp.o: + $(MAKE) -f CMakeFiles/local_linear.dir/build.make CMakeFiles/local_linear.dir/local_linear.cpp.o +.PHONY : local_linear.cpp.o + +local_linear.i: local_linear.cpp.i + +.PHONY : local_linear.i + +# target to preprocess a source file +local_linear.cpp.i: + $(MAKE) -f CMakeFiles/local_linear.dir/build.make CMakeFiles/local_linear.dir/local_linear.cpp.i +.PHONY : local_linear.cpp.i + +local_linear.s: local_linear.cpp.s + +.PHONY : local_linear.s + +# target to generate assembly for a file +local_linear.cpp.s: + $(MAKE) -f CMakeFiles/local_linear.dir/build.make CMakeFiles/local_linear.dir/local_linear.cpp.s +.PHONY : local_linear.cpp.s + +overlap_linear.o: overlap_linear.cpp.o + +.PHONY : overlap_linear.o + +# target to build an object file +overlap_linear.cpp.o: + $(MAKE) -f CMakeFiles/overlap_linear.dir/build.make CMakeFiles/overlap_linear.dir/overlap_linear.cpp.o +.PHONY : overlap_linear.cpp.o + +overlap_linear.i: overlap_linear.cpp.i + +.PHONY : overlap_linear.i + +# target to preprocess a source file +overlap_linear.cpp.i: + $(MAKE) -f CMakeFiles/overlap_linear.dir/build.make CMakeFiles/overlap_linear.dir/overlap_linear.cpp.i +.PHONY : overlap_linear.cpp.i + +overlap_linear.s: overlap_linear.cpp.s + +.PHONY : overlap_linear.s + +# target to generate assembly for a file +overlap_linear.cpp.s: + $(MAKE) -f CMakeFiles/overlap_linear.dir/build.make CMakeFiles/overlap_linear.dir/overlap_linear.cpp.s +.PHONY : overlap_linear.cpp.s + +semi_global_linear.o: semi_global_linear.cpp.o + +.PHONY : semi_global_linear.o + +# target to build an object file +semi_global_linear.cpp.o: + $(MAKE) -f CMakeFiles/semi_global_linear.dir/build.make CMakeFiles/semi_global_linear.dir/semi_global_linear.cpp.o +.PHONY : semi_global_linear.cpp.o + +semi_global_linear.i: semi_global_linear.cpp.i + +.PHONY : semi_global_linear.i + +# target to preprocess a source file +semi_global_linear.cpp.i: + $(MAKE) -f CMakeFiles/semi_global_linear.dir/build.make CMakeFiles/semi_global_linear.dir/semi_global_linear.cpp.i +.PHONY : semi_global_linear.cpp.i + +semi_global_linear.s: semi_global_linear.cpp.s + +.PHONY : semi_global_linear.s + +# target to generate assembly for a file +semi_global_linear.cpp.s: + $(MAKE) -f CMakeFiles/semi_global_linear.dir/build.make CMakeFiles/semi_global_linear.dir/semi_global_linear.cpp.s +.PHONY : semi_global_linear.cpp.s + +# Help Target +help: + @echo "The following are some of the valid targets for this Makefile:" + @echo "... all (the default if no target is provided)" + @echo "... clean" + @echo "... depend" + @echo "... edit_cache" + @echo "... overlap_linear" + @echo "... banded_local_linear" + @echo "... local_linear" + @echo "... rebuild_cache" + @echo "... local_affine" + @echo "... semi_global_linear" + @echo "... global_linear" + @echo "... global_affine" + @echo "... banded_local_linear.o" + @echo "... banded_local_linear.i" + @echo "... banded_local_linear.s" + @echo "... global_affine.o" + @echo "... global_affine.i" + @echo "... global_affine.s" + @echo "... global_linear.o" + @echo "... global_linear.i" + @echo "... global_linear.s" + @echo "... local_affine.o" + @echo "... local_affine.i" + @echo "... local_affine.s" + @echo "... local_linear.o" + @echo "... local_linear.i" + @echo "... local_linear.s" + @echo "... overlap_linear.o" + @echo "... overlap_linear.i" + @echo "... overlap_linear.s" + @echo "... semi_global_linear.o" + @echo "... semi_global_linear.i" + @echo "... semi_global_linear.s" +.PHONY : help + + + +#============================================================================= +# Special targets to cleanup operation of make. + +# Special rule to run CMake to check the build system integrity. +# No rule that depends on this can have commands that come from listfiles +# because they might be regenerated. +cmake_check_build_system: + $(CMAKE_COMMAND) -S$(CMAKE_SOURCE_DIR) -B$(CMAKE_BINARY_DIR) --check-build-system CMakeFiles/Makefile.cmake 0 +.PHONY : cmake_check_build_system + diff --git a/baseline/software/build/banded_local_linear b/baseline/software/build/banded_local_linear new file mode 100755 index 00000000..33280a2e Binary files /dev/null and b/baseline/software/build/banded_local_linear differ diff --git a/baseline/software/build/global_affine b/baseline/software/build/global_affine new file mode 100755 index 00000000..2ba5a850 Binary files /dev/null and b/baseline/software/build/global_affine differ diff --git a/baseline/software/build/global_linear b/baseline/software/build/global_linear new file mode 100755 index 00000000..a2e4da73 Binary files /dev/null and b/baseline/software/build/global_linear differ diff --git a/baseline/software/build/local_affine b/baseline/software/build/local_affine new file mode 100755 index 00000000..1fd8253d Binary files /dev/null and b/baseline/software/build/local_affine differ diff --git a/baseline/software/build/local_linear b/baseline/software/build/local_linear new file mode 100755 index 00000000..3eeacb4d Binary files /dev/null and b/baseline/software/build/local_linear differ diff --git a/baseline/software/build/overlap_linear b/baseline/software/build/overlap_linear new file mode 100755 index 00000000..187597de Binary files /dev/null and b/baseline/software/build/overlap_linear differ diff --git a/baseline/software/build/semi_global_linear b/baseline/software/build/semi_global_linear new file mode 100755 index 00000000..8c44ff44 Binary files /dev/null and b/baseline/software/build/semi_global_linear differ diff --git a/baseline/software/minimap2 b/baseline/software/minimap2 new file mode 160000 index 00000000..0cc3cdca --- /dev/null +++ b/baseline/software/minimap2 @@ -0,0 +1 @@ +Subproject commit 0cc3cdca27f050fb80a19c90d25ecc6ab0b0907b diff --git a/baseline/software/run_baseline.sh b/baseline/software/run_baseline.sh new file mode 100644 index 00000000..16e1e274 --- /dev/null +++ b/baseline/software/run_baseline.sh @@ -0,0 +1,7 @@ +#!/usr/bin/bash + +# Running SeqAn3 + +# Running minimap + + diff --git a/baseline/software/seqan3 b/baseline/software/seqan3 new file mode 160000 index 00000000..f489f67d --- /dev/null +++ b/baseline/software/seqan3 @@ -0,0 +1 @@ +Subproject commit f489f67d9aaa6e72dc42c59a1e5ef8fc27fec9d6 diff --git a/baseline/software/source/CMakeLists.txt b/baseline/software/source/CMakeLists.txt new file mode 100644 index 00000000..4926acba --- /dev/null +++ b/baseline/software/source/CMakeLists.txt @@ -0,0 +1,26 @@ +cmake_minimum_required (VERSION 3.5) +project (seqan3_tutorial CXX) + +# add seqan3 to search path +list (APPEND CMAKE_PREFIX_PATH "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/../seqan3/build_system") + +# require seqan3 with a version between >=3.0.0 and <4.0.0 +find_package (seqan3 3.0 REQUIRED) + +# build app with seqan3 +# add_executable (hello_world hello_world.cpp) +# target_link_libraries (hello_world seqan3::seqan3) +add_executable (global_affine global_affine.cpp) +target_link_libraries (global_affine seqan3::seqan3) +add_executable (global_linear global_linear.cpp) +target_link_libraries (global_linear seqan3::seqan3) +add_executable (local_affine local_affine.cpp) +target_link_libraries (local_affine seqan3::seqan3) +add_executable (local_linear local_linear.cpp) +target_link_libraries (local_linear seqan3::seqan3) +add_executable (banded_local_linear banded_local_linear.cpp) +target_link_libraries (banded_local_linear seqan3::seqan3) +add_executable (semi_global_linear semi_global_linear.cpp) +target_link_libraries (semi_global_linear seqan3::seqan3) +add_executable (overlap_linear overlap_linear.cpp) +target_link_libraries (overlap_linear seqan3::seqan3) \ No newline at end of file diff --git a/baseline/software/source/banded_local_linear.cpp b/baseline/software/source/banded_local_linear.cpp new file mode 100644 index 00000000..87a18b5d --- /dev/null +++ b/baseline/software/source/banded_local_linear.cpp @@ -0,0 +1,2053 @@ +#include +#include +#include +#include +#include +#include +#include +#include +#include +#include +#include +#include + +int main() +{ + using seqan3::operator""_dna4; + std::vector times; + + // Prepare your sequences + std::vector> queries = { + "AATACCTGTTTTTAGAGGTATAGTAATAGAGTAGATGTGCCTCCCATAATAAATAGGGCTACTTGTACAAATACCCACCTTCCAACAAAGGACCTAATCAGCAGACACAAGAGCCAAAGCAGAGCGAAGGAATGCACATGGGCTTAGCTTGTAAAGCAAAGAGTAACAGCAAAAAATCATAAATTAAATTTCCAATTTAGGTTCATTTCATTGCCAGGTATCGAATCAATGGCTGATATTACTATCTACTTTTTGT"_dna4, +"GACGATTTGCCAGCCAATATTGAGAAGGGTGATTCTAAGCTTCTTTAGCTCTTTACTTGAGGATAACATGTGAGTCGTTGTGCTTGAGTTATGTTGTATGTGGTAAAGGTAAGACCGTTTTAAATTGTACCTAGGTAAAAGCCAAGTCCATCCCGACCTTTACTTGAATAGGAATCTTTCTCCATCGTCTATATTGTTTGAGGGTTGCCCAATAGATTCTATGATCATGCGGAACTTTGGATATGCTTGACACTTT"_dna4, +"GAGTTAGATAGCAAGGAAGTTGGGTAGTAAGGGAAGCAATGAGATGAGTGTTGTCATAGAAAGTTTTTAGGACAGTAGGCAATTCAGAGCTTAGTTGGGAATAAAGTTTGAAAAAGAAGATAGGGGAAACAGTTGTATAAAATTTGATATATTTCGGTTCACGCATAAGGTGTAGGCATTGCCATTTTATCTGGAGAAGGGTGGAAATGACATAAAAAAAACTGATAGATAACGTTTTGAGGAGGAGTAAATGATT"_dna4, +"CTTTAGTGATACAACTTAACTTATCCCCTTCCTTTCCTAGAGTCGTTTATGAAAATAGTTGATGTACTTTTTGCCGGCCTGTCAGGCCTCCGCCAGGACCGACACAACAAGGGTAACATCCTACTTACTGGTATGTAAAATTTTATATGACTTCTGCGGATCTTTTGTGATTTGCCTCCTATCTCCTCACCAAAGAATGAACACTTGTAACAATTGACATTAGGACGAGCTAGGCTTCCAATCTTAAGTTAGAGGT"_dna4, +"ATTGTCTCCCACTGATTGTTGTTGGACAGGCAAGTTTGGGGACTGGATCATTGTCATTTAGTGGCCCAGCACACACCTGGTAAAGACTATGGGCTGCGGCGAAAAAGTCGCACTAAATTTTTATATAAACACTTAACTGTGTAGGAACGTATAATTTTAGTATTAAATGATTCTAGCACGGGTAGTTCCCACTACTGACGCACCAAGAATAGCCGGGAACTTAAAAAAAAAAAGCACTAGACGGGGCGAGGTCGTC"_dna4, +"TATGTGTATACTACAATGGAAATTTTCGCAGCACTCGTGTTGAATACTACCTTCCTCTTTTTCCCTCTGCGCCGTTTTGTAAAGTTCACATTACACATTTTAAATGTATTTGTGAGGCGCTAGGACAGCAAGGTACCCCAACGTAAGTGGGCTTTAACAATGTAAAACATTTCTTCACAGTCTGAGGCAAAGTCAGATCAAGCTGTTAGAGGGTGTTTCTTCTGAGGGCCATGGGGGGAAACTTTATTTTCTGGCC"_dna4, +"CTAATTCTGTTTTGTGTCCTATAGATACCAATCGAACTTCTAGAGGCTTTCCTTTCGAGCTTTTAAACTTAAGTCATATAAAAACTATTTTACTGGCAGGTGCTGACTGTTAGGTTCGATTTCTCAGTCCTTGCCCTATATATGGGGCTTAATAATAATTATTAGACAAAATGGACGTTTAGGGCTGTTACATTATGTGGTACAACAAACTTATCAAATCTTAATGAACCAAGTATATATGATTAATAAGAAAATA"_dna4, +"AAAATTGATCATCTGACAGACCTCTAACTTATTCATGACAGACATAATCAATTTGTTTCGGCGAGGACAGGCCATATGGAAGAAGGAAACTCTTTCCTTCTACAATGTAAAGAGCCTTAGAGATGGTTTTAAATTATTTCATGAGAGGCAACAAAGTAAGAAAAAATATATAAACTACACATTATCCTACTACATTTAATATATGTGATGGCAACATAGTGTAGGCTTCTATGCTTCCCCCAACAGAGTTGTATGA"_dna4, +"TGCAGGGGGCTGTGGGGACACAGAGGAAGGTTATTTTATCCAGACTTAGCGGGAAGGTGTGTAACAAAGTCCCGCCGGGAAGGTTTGAAGCAGGGCCTGAGTCTTGTAAGACCATATCTTTCCAAAAAATGATGAAAAAAGCCGGGTATGGGTCGGGTGAGGAAGGATTTTCACGAAACTAGAACAAGCGGTGTGGTGAGCGACACACCACAACTCTTATTAAAGGAGTGAGCTGGGAATGAGGACACCTTGGGAG"_dna4, +"GCTAGGCTGGATGCAATGGCATGGATCTTTTGGCTCATGGCACCTCCACTCCCAGGTTCAAGCCGATTTACGCTCTCGTATGAGTAGCTGGGGTTACAGGCAAATGCACACCCTGGCCGGCTAATATCTGGTATTTAGTAGAGAGGGGGTCTTTTCCATGTCGTGGCTGGGTCTCAACTCCGGACGAAGGGTGATCCATTGGCCTGCTCCACAAAGGCCGTATTACAGGAACTCAGCACCACACCAGCTACACCAC"_dna4, +"TAGATGAACCAACATTCCGAATCTCAAGGTGGCCTTTTGCTTGAGTAGGGAGAGGAGGAAGAAAGATAAAGAAGCATGGCCAGGCTTCACCTTAAGATGCTAGAAAATGACAAATCCATTCACTGCCATACCTCGTTCCCATTTTGAAAAGAAGACTGATATCGAACAAATTCATGAGGTTTTTCCCCCCGGTTTGGAGGATTGTTGGGAAAAAGGAATTAAAGCCACCACTTGTGAGAAATAATTTTGCTCAGTT"_dna4, +"CACCAAGGGCTTGGCAGGGTGGAGGGCTCTAGTGGTCGCTAGATAGAAAAATACCTAATGTACATGAGGATTGACGGGTTCAAAACCACACAGGCAGCATATACATTCTATGACACAACCTGCGTCTGTACATTTTAACTCAGAATTAAGTATATAAAGCAAACTCATATAATAAAAAGAAAACAAGAAATAACCGAAAGCATATTTAATATTTACTTTATAGACTATACAGCTATAATAATATATTTTTCTATTT"_dna4, +"ATTTTTAGATTGAGGACCTGTGAAGATATGTTACTACAAACTCCGTGCCACCGGGTGTCTTGTACAGATATCTCATTACTCTGGAATTAAGTCCTAGTACCTTAGTTCTCTGGTTTGGAACGTCCCTCTCCTTTCCCACTCTCCCCCTCAAGTAGACTGCAATGTCTGTGTGTTTCCTTCCTGTTTGTTTAATGCTCTTCCAATTAGCTCCCATTTATGACAAAATCAGCATTTGATTTTCTGTTCCTGTGTAATT"_dna4, +"TAATGCCAAAAAATGACGGAGGGAAAGGCAGCGCTTGTGTAGTCCGTGCCTTGTAATTCAGCACCTTTGGGCCGAGGTGGGTGAACCACCTGGGGGGCCGAGGCTCGATGACAACGCTCCAATTAAAACCCCGTCTGACTAAAACAAGTAAAAAATAGGCGGATGGTGGCAGGTTGTAGTCGTCAGCTACTGGTGGCTAGGGCTGAGAAGTGCTAGCCCGGGGCTGGGCTGCAGTGAACGAGATCCATCAACGCCT"_dna4, +"GTCAATTCGCCTGGTCTGGTTTGTGTGCACCAATGGATATCATCTCCTTAGGTTGATTTCTCTATGATTCCCTCTCCGAGTCACCACCCCGTAGTGCCCAGTGTTTGATGTTCCTTGCCCTGAGTTCAAGTGACTTCTTGTTTTCACTCCCATTTGAGTGAGGCACGTGCGGTTGTTTTGGTCTGTACTCCTTTGGATAGGTTAGGGAGAAGACGTTTCCAGCTCCCTCTTGTTTGCTGTAAAGGGACATGACACT"_dna4, +"AAGAAAAAGAAAAATAAACTGAGGGTTTCCAGGGATGTATTACAGAATGGTTGAAGTAAAGAGTTAGAAATTATAAAACTTACAAACACAAAACGACAACAAAATCATATTAATTAAGTGGGTGGGTGGAGACTTTACGGAAAAGGGGTATTCTACAAAAGTTCCAAAGAGGCCAAAGCTTAGATAAAAAAAGTAAATTCACCAAAAAGATATAACAATTCAACTATTGTAGGCTTTTATTTTAAGAATTAATTAA"_dna4, +"CGCCTGTTCGAAATCTTTTTTTATAAGTTTTCAGCTACTAAGTCTCTATAACAAATATGTCATGTTGCTAAAGACCCAGCATTTATTTTCGCCTATGATTCTGGTTCTTTCTAAACAGGTAAGGCTTGCCGAGACTCCATGTCAGCCCAGTCTACACAGTTGGAGGGGTTTGGAGGGCCGGCGCTGGATCATAGGAGGACCACCTACATTCCTCTTTGGCCATTAATGATGCTGGCCTGTACCGATCAGGCAACTG"_dna4, +"TTATGCTGCCAAAACCGGGGCAGAGGCTTGCACAAGAATAAGCACTAGGCGTTGATTTGGGATCGCGGCTGGAGATCCTAGAGCACAGAAAAAAACATAGATCCATTGGACACTTAATGTGAATTCTTCTACCTCCCAGGGAAGCATGTCACTAGGCTATGTGACTCACATCTTTAAGCACACTCCAATTAAAGCTAAAAATCTGACGGAATGTTGGAACGAGCGGGAGGGTGGTGGCAAATGCCCAGTGATCTGA"_dna4, +"TGGTCAGTTTCACTACGACACCAGAATCAAAGCCAAGCGGGACCTGGGCACTGAGGGGCCCCACATGGGGCCTCCTCGAAGTGCAGGTGGTCATGACTCTCGCTCACTCCCACTTCCAGTTAGAATACAGCAAGCCCGGAAAGCTAGGAACAAGCCCCAAGAAACAGGTGGGGTTTGACTTGGATGGCTGCGTTAAACCTAGCTCTGTGGGGAACCTCTGGTTAAGTGCTTCAACTCTTCACTGCCCTTCATTGTT"_dna4, +"GGGCTCGCCCAGGTCTCCCAGACCGATGATAGACAATTCGTCTCCTTGTTTGTTGTTGTCAAGTTGCAAAATCAGATGGTTGTAGATATGTGTTTTATTTCTGAGGCTCTTTGTTCTTCTCCATATTGGTTACATGGTCTGTTATGTCAATGCCATTCTGTTTTGGTTTACTGTGGCCTTGAGTAATAGTTTTGAATATCCATAGCATAATGCCCTCCAGCTTTTGATAGTATTTGGTGTGATCCTTGGCTTATGT"_dna4, +"GTTGAACCCGACCTTTACCACAGAGGAGACTTGAAACATTTTCTGGACTTTGCAAGTGGCATTAGCTGCTTTGAGGTCAATGTAAACGGAAATTTCTGCTCTTAAGACTAGCCGATGATTCTCAGGACTCTTTGTGAGTGCACGTTCTTAACTCACTGGGTTTAACCCTTTCTCTCCTAGAACTTAGGACAATATTTAGTTATTGTAAAAGTCTGCAAGTGATTAATCGAACCTCTTTGGAGTGTCCACTTTGGAG"_dna4, 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+"TTTTCATTGCTGTACGTTCCAAGTCTCAAATCTATCTCCTTTCTCATCGTATTTCCCTGACAATTCCCTTTTTCCCTTTTCTTTTCTTGTGATAGCCAAAGCCCTGGTAAGTTCTGGTGACGGTTAGTGTGCTAGCTAGATTGGCACCAGCAAGCACCAGTGTTATAAGTACATTCTACCAACCAGAAATGGTTGATTTTCATTCTCAGTACTAGCAATTTACAGTTTAATACTGGTTTTCTGAAAAACGATAATT"_dna4, +"AGTGTAGGGACCACATGGTTTCTAAATCGGCCATCCTGGTTGATCTCGAAGGCCTAATCTAAAAGGTCAGGAAACTAAGGTTATGGGAAGTTAAATGGATCATTTGCTAGATATCAGGACTCAGTGCAAGCTGGGCACTTATATTCAAATTCCCAGCGCCTAATTGTTTGCATTTCGGTTGGGAGTTCTCTAATAAATTTTCCTGGTATATAGACATAGTAGAGCCAACAGGACTAAATTCTTGTTTCCTTGGGAG"_dna4, +"TGTGCAGGCCTTGACCCGCACTCCAGTGTTCCTGCCGGCCTGCTAAGCAGGCAATACTACCAGTTGTGTGCTGCCCTGCCCCACTTTTTTAATTTTTTTGTTAAGCGAGGTCTCACTGCATTGCCCGGGTGGTCATATAACCATACCAGAATGGAAATCTCCTGCAACCCTGAAACATTAGATCTTCTAACTCCTGGATTGCGTTCTATCTCTAGTCTTCTTCTGTGTGAGGTGTATCCCCTCACTCTGTTGTCGT"_dna4, 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+"TGAATGCGCATTCTTAATCATATACTACGATGCTAGTTCTGGGGACCCAAGCTCCTGAACATCCCTATTTTTTAAGAAAAAAACCTAATTACTAAGAATAGAAGCTTTCCCTCGTTTCTTGTCTCCCTTCTAAACTGTTTGGCTTTAGTCCCTGTCGAACTTTCCTAGTTGTCTGTTTCCCACATCGGTTGCACTAATTTCCAGGAGCAATTTAGTGGCTTGGGCGGACTTTAAGGGCAGGCATCTCTTCTCACGG"_dna4, +"AATTAAGATTTCTTCTTGAGCCAACGAAGACCATAAGACACATACAAACCATAATACTCTGTGTGATTTAAAGTAGGTGGAGGGGACATGAGTAACCCTAAAGCCAGAAGAGAAAAGCAGGAAAGATATAAATGGGCACTCTAACATCAATAAAAGAACTGAGATAGCAAGAGTGACCACATTCCAAAAGCTAGCCAGAAGGCCAGAAATAACTAAGATCAGAAGCAGAACTGAGGCGATGGAGACACAAAATAAA"_dna4, +"CTGAATTGATATAACGAGTGTGTGTTTCTCGTTTGAGGCCCCTCACCTTGACTTGCGCGCCATGCCCTCTCAGACCCTCAGGGTTGCTGGACGTTGCGCTCCTCTCGGAAAAATGAGATCCACCCTAATCCTACTTCCTCCCAGCCTCCTACCAATGAGCTCGCTTGCCGCTCCATGTACGTGGCGGGGAAGCTGCTGGTAAGGAACATCTGACAATATTGGTGGCCCATAGCTTCATCGAGTACCCTGGCTGTCA"_dna4, 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+"TTATAACATAGGAATACTCGCTTAGCCTGCGTCTAGTTGTCTATGTGGGGGCGCTGGGAAGACAGCCTCCCATCCCTCTGACATCTCTTTGACCTTAGCCTAGGTTGGGTCGGGGTGGACGTTAGTGGGTTGGTTCACGGCTGCCTAAGTCTGAATTCCCAATTCATATGGCTTAAGCTTCCCCTGCTCTCACACGAGCACCCATGGTAGGGCTTACTTGAGTGTTTTTATGGGGTAAATTTGCCAACATTTAACA"_dna4, +"CCTAGACAACACATATGGTTCACCCTACTGAAAGGAGGCTTCCTTAACCCAATCAAAGCCATCAATATGCATTTGTAATATGAACAGGGGATATCAGTATCCGTCCCAACCCTTAAGTTTACAAATGCTTTGATAACTACGACTCTGCTGTTCTGAATCTGTCTTTACCAAATGACCTGGCTGGGTCATGAATCTCCTAACATTCGGGGTTTCACAGTGTTGGTACAGCTTAACGACTTCGTTGTGAGAACACTAT"_dna4, +"GTAACATTTTTTACAGAAATAGGAATATTTTAAGTTTCAGAATAGCCTCACATTTAGATTTTGCATCTTACAGCTATCTTAATCCTCGTATAAAAGTGCTCTCCTCTTTGTCGAATCATGAGATCACTTTCTTAATTATCTTTCGTATTTTTTGACATCATAGATGCTTATACTATGCTAGAATTGCAGAAATTTTCTTGCAGTATATTGGTGTTTTCTCATAGGTAAATAATGAAGAAAAAAAAAAGGATATAAA"_dna4, 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+"ATTTCTATCGGATGTAACCTAATACCGCAGCCGCTACACCTCAGATATAAATTATTTTGGAATTGTCTGATTAAATTATTTCCCAAAAAGCCCATGGACCTCTGACCCTACCACATGGTCCCTCACGCTGTGAGGGAACTCCAATCCCTCCCTGCCGTATACTCTGCCGTTTAGGAGAGATACTTTCGGATGAGATTCAATAATGAAAGTAAATGGAAACAGCTTAGGGTCTTTCCAAGCAAATGTTGGACTGGAT"_dna4, +"CTATTCAGGCCCAAGTCCTCCACTTGCTACATCCACATACGCGTTCTCTTTTTGCTCGTCTCCCTCCCAGCGCCCCAAGGGCCTCAGGGGCTCCTCCAACCCCTGCGGAACCCAGGCCCCACTCCTGCCACCTCATCCTTCGATAGGCGTTCTCATTGTCGAAGCCTGCTCCTGCTTTTTTGAGTACTTGGGTTTTGTCGCCTCTCAAGCGACCTGAGGGCTGGGAGTCTATTTTACCACAGCCCACCCCGTGTCC"_dna4, +"ATAGCACCATCCCATTGTGGAACAAGAGTAGTAATATATTTTTTGTCAAAATAAAACACGAAGAACTATTTTAGGAAAGAAGTAAAATAATAACGTTGCTTAAAGCTCTTTAATGTTAGTTATTGGAAAAGGGCTGGATAAGCCAGGAGTTCACTCCAAATTTATTTTTAGACATATTTGTTTCTACACAAAAGACAAAGATAGGACGAGAAGGACTAAGAAAAGCCCACAACCCGAGGATTGAATTGATTTCATC"_dna4, +"AATCATCCAAGACTACTGGTAGTTATTCCGGTCTGATTTGGTACGATTGGTCAGGTTACTCCATTCCACTCACAAAATATTTACTGAGATTGTGTTCATGCCAGCCAAGGGAATAAAAGATGAAGACGAGGAAAGACTTTGGCTGTGATAAAAAAGCCATTGGCTTAGATGGAGATTTGTCAGTATTTCCTGGAGCTACTTGGTTTTTTCTTATCTTTTCATGCTTACATTGTTCTCCACCAGTTTGGTCTCAGGC"_dna4, +"CCCTTCTTGTTCCTTTCAAAAAAACAGATCCTGGTTCCTATGATGTTTAAGGGTTTTCATGGCTCTATTCCTAGCGTTCGGCTTAATTTAGTTAGTTTGTGGCCTTACTGCTGACTATTGAATGTGTTGCTCTGCCTTTTTAGTTTTTAATAGGGTGCGGTGTCAATTTTGATCTTTATCCGCTTTTCCTTGTTAAGGCTTAGTGCTTATATTTTCTCTACAAACTGCTTGTGAATGCGTCCAAGAGATTCTGGTA"_dna4, +"GCTCTCAATGAGACCCGTTATAATAGAACATGGCTACATCCTTCGAGTAGTCCTGGCTAGAGCGATTGAATGTTTTAATTTTTAGATCCCTGTGGTCCAACAAAATCATTCTTTTTGTTTCCCCTTCCCAGTTGAAGACGAGGTTTTGACTGGGTGTGATGCTCAACCTTGACCCGGAAGTCAGTGGCCCTTCTCAGCCCCGAGCAAGCCCTATACTTAACGCAGCAAAAGTTAGTAGACAGTTGTTAATAGAATA"_dna4, +"GATATGGTGGCCGATACTTTGACCACGGTGGATGACAGCAAATCTTGGTTGGAGAGCGAAAGAGGAATAACCCCTGGTATCCAAAGAATCTAACAGGGAAGCCCATCCCTAAGCCGCACCAGACCCTCAACTCTGGATACATGTAAGTACATCTAATATAACACTTTTGATCTACAGATTTATGAATTCTCTATTACACACTAGCTAGATCCTACCTCTAATACCACTTGGCCAATTTGGTGTCCTTTTAAAGAAA"_dna4, +"CCTCATCCCTGTACTTCGGTCAGGTGGTATTAGTGAGTGCGATTTCTAGTGGTCAGAGCAGGAAATTAGTGACCCATCTTTGACAGAAGCACCCTGTGGGGGCCAGACATGTGGAAAAAAGGCGGGCGGATGATAGGTCCACATCAAAGGCCACACTTACTCTAGGGGGGATCTGGAGCGGGAAGCCCTTCAGTTAGCCCCCATCCACTCGCGACACTGGAGGCGGCAGCCCACGGAGGGTCTCCTCGGACACAGA"_dna4, +"CCAAAAGGTGAAGCCTCGTCCTACTCAACATCCAGAAATTACCTAGTGTTGTGTGGTGCGTAGTCCCAGCTACTAGGAGGGGCTGAAGTGAGAGAACCCTCGAACCAGGAGGGGAGTGTCGTTCTCACTGGGGACCGGAGCCCCCGAACGTCCGTTTCATAAATAAATAAAAAATAAAATAAGAACTGAATTCCGATAAAAGAAAAAAGACAGTCTGTAATCTAACGCTTCTTGAAACTTAAACTAGCATTGCAAA"_dna4, +"TTACTCTAAATTTCAAGTTCAAGCTGCACCAGGGACACTACAGCGTTAGCATTCTGATCGGGTGTCCCCTTAGACAAAATTAATGATTAACCTCATTAATGTGAAGCATTCAAAGACTCATCCCGCGTGTTCTGAACCTTGTCCCCTGCGGCAAGCCCAGGGGGTCCGAGGGTCATCACCAGTGTAATGCACTATTTGGGGGACAGCCAAGTAGTCATAATTCTTCTCCGTCCTCCTTTCTTTCTTCGCATTTGGC"_dna4, +"TAGCCTTGTTAAAATAACCTTATCTACTACACAGTGGGGCATGTACAGCTATATATATATAAATTCAACTGAGTCCTTTCCTTTTCACTTCCAAGTAGAAAATGAATAAGTTATGCAGGAGATTTACAATTTCTAAGATGTTCGAATCAGAGATTTCCTCCTAGGTTGCACAATTGGGGGAATTTTGAATGACTGATACTTTGCTGAATTTAGTGCTGTTGTGAGCAGTGAAGGAAGTTTAGTGTTCATTTTTAAC"_dna4, +"GGCGTTGAACATTCCCAACCGATAAAGCTGATAGGTTATTGCCGCACGACAGAGAATTATTAATGTTACTGTAACCGTGAAGGCGTGACCTTCGTGAGTAATTACTTAAGCTCTCACATAAACTCCATAAATGACCCCTCATTGGGAACTACAGATGGGGATGAACTCTCCCCCTCTTGTCGGCTCACGTCGGACCGGCTGCACGGCTCCTCCCTGGTAGACTCCAGTTTCCTAATAATGCTTCCAATTGGTCACT"_dna4, +"AACTACCTAAGGTAACTATCTGTACTTGAATGACGAAATAATCTTACAAACCCTAAACTGTTCTATCCATATAAACAAACTTTAAATTATTCTTTGATTTGCCTTGAACAATCACCTAAATGAATGCCAAGCAAATAATTGCTGAACTGTTTGTCAAAGGTGTTTCCTGTTCAAGCTAGGAGCCTGTTTAGAAAATCCCTTTAATATCCACTTCGTCTAAACCAGAAATTGTTAAATACCAAAGAATTCTCGTTAT"_dna4, +"AGATTAGCTGAACGTGTAGCAGATGCCCTGTAATCCACCTACTTGGGAGCCTGGTCTAGGAAATAGACTTTGTAACCCAGAGCAATAGGTGCAGATTCCGAGAATGTGACACGCACTTCCAGCACCAAGCACATAGTGGGATTCCGTCTTAAAAAATGCAAAACACCCCAAACACACCTCCTTTCATTAAGTTGCTTATCAAGCCCGAGCTTCCCCAAGACTGGATATCATTCTGATCCAATAATTATTTCCCATG"_dna4, +"AAGAGTTTTGCCACCTGCCCAATGACAAGAGGACCTAGACCTGAGAATCCCAGGGATAATCGACTCTGCATTGTAATGATGCACCACATGGTGAAGGAATTTTTCTTTGCTCCCAATGCCACGACAATTCCGGTACCCCAGGCCAAGACCCCGATTTGTTGCTTCCCGGAGACAATTGGTATGTGTTCTTGTACCTCGGACAAACACGTCCCACCACTATGCAAATCGTGTCTGGCTCCAAACCCCTTACTCAGTT"_dna4, +"TAGTATGGCCCAACAGCTACGTCCCCACTTCTGTAGCCACCGTTCTTTTAACAGAGTACATTTGCCATTCTTTCTGCGAGTGGACCTCACTATCCTTCTTGGTGGGCAGGACTTTTTTTAGTTTTCCACCAAATTTGTTAATGGAAAAGATTAAGTCTAATTCAGATTCTGAGGCTTCACGCGCAAGTCTGGGTCGGTGAAAGACGATACCTAGAGGGAGCACCATTGGAGAGACCCTTTGATTCATTTCAATAAT"_dna4, +"GCTGCAAAAACTAAATATGCCTGGTTATGAAAAATCAATAAGACATATGAGACCAAATGGGCTTCCTGTAAATCACATTGCCCTCTGGTCCATGGAGCATTTAAATTAGCAGCTCTAATTTGTTTAATGCCCCCAGAAGGGACTGTTGTATTGAGCCGGATGCACTATTGCCTCCAACTGGCGCGGGCAGACAGTCTCCCGTGTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGGACTCTAGAAAGGATGCTCTCTCTCTCTC"_dna4, +"GTGCTAGATAAAATAAATCAAGGCATTGTTTTGCTCTTGGGTAATAATCTGTCTGGAAGGGGGACATGTCCTTAAAGTGACAGAAACATAGGGCCACCGTATGCTTGGGAGGGAGTTCGGGAGAACGGATATTCATGAGGTATACAGGAGAAGGCTGAATCTGAGGTGAGTGGGAGGTCTTAGGGGAAATGTTCACAGTGTTTAATACAGGAAGTAACTTTTGGACGGGAAGCTGAAATAAAGTTTTTATTTTATT"_dna4, 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+"CGCAGATGAAGCTTCCATCATCCTTGCCCTAGATAAAGAGGCATACAGAATCATTAGTTGTTTCCCCCGTCAGTGTTCTCTTGACTGCATAAAACTACCACTCTTATTTTAGATTAGCTTTCCAGCTTAGCAAAGAGGCATGTACTTCCCCAAAGGAGCTGTGTGTTGTAGAACATTTTTTTATTCCAATAACGAGGACAATACAATCCAAAGCTTTGCCAAGCGGCTGCATGAAGAACGAATAAAAGGAGAATGA"_dna4, +"TGTTTTTAATATCATTGAGATAATAGACTATATGGAATAGAGTGTTACTAATGAATACTTAATATATATAAAAAATTATGGAAAATATTATTTATGTAAATAAATGACAAATTACAATTTCTGCCGATATTAACTTCTCCTTTTATTCCACTTTCAACATTTATAAAAGGGATTAATAATGTGACATCTATACGCCTAGAATTACCCCTGAGCATCTACACGCTCAACAAAAAGAGGCATGATCAGTTCAAATTAA"_dna4, +"GCTAGACAGATATTCTCACGACACTTATGTGTCGTATTCACTCACAGAGTGAATCGTCCTTTACCAGAGCGACTTTGAAACCTCTTCTTTGTTGGAACTTGCCGTCGGAGATTCTTCGCCCTTTGAGGTCATGTAGTAAGTCGCAATACTTCGCAAATACTGACAGATGATTCTCTAAACTCCTTTGTTGAATGGTCTACAACTCAGCAATTGTTTAACTTTACTATGCATTAAGCATTAAGGGAAACATTGTTTT"_dna4, 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+"TACTCATGATTCCGGATCAGTAAATAATGATACGGGAAATTCCAAATAAATAGATAAGAAATAGGATAAGGAGGTAATTTTAAACCTTTGCAGTAACAAAACCTCTACTCCAGTCCCGTAAATACTTGTTCCAGGGGTAAAAATAAACCCCCGGGTTTCTTCTTGTGGTTTTTACAGAGACTTCTTTGCGTGAGTACATAAAAACAGGCGGTGGGGGTAGCGTGCCTTTCAGTGGAGAAGCCCAACAAACACCACC"_dna4, +"TCATTTAACCTTCAGTCTTGTAACTTAACTCCTGAGTGCAGTTTTTCCCCCATCATTGCATTTAAATTAAGCAAGACGTAACCCCCTTGGATGCGCATCCCTCTTCTAGCTCTTTCCCCCCCTAGAATGTATGTATGTTGTGATGTATGCATATTTATGTATGTATGGTACTTTTTTGATGGATGTTTGAATGGAGTTTAAATGGGCTCTTGTTGCCCAGGCCTGAGTGGCATAGCACAGTCTTGCACTTGCAACC"_dna4, +"TAGGTAATGAGAAATCAGTCACCAATGGAACGGAAGGGAACAATCTTCTCGTTGGAACTTAGTAGGGGGCGAGGGGGGGGCAGGGAATAGCAATTTGGGAGATATACTAATGGCTAGATGACGCGTTAGGTTGGCAGCCACCCAGCAGGACTGTATACGTAGACAATCTCACCATGTGCACGTGTCCCTAAACATAAAGTTATACAAGAAATACATAAATATACATACTTGGGGAAAGAAACTAAGACCAGGGAAA"_dna4, 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+"ACCTCAAGTGGGATTCTAGATTCGTTGCTTTGTATATGGGACGACTACATTTTGTAACCTCAAAAGTGAAGCTATTGAAAACTACTAGACTTATACTAGTGCTCGAGAAAACTTTTCTCATAGCTAAAATAATCTGGAAATAAAGTTTTGAAAGCAAAAAGGATAAATAATCTTTAATGAGGAACAGGTACTGAGATACTGTCAGTCCATAAGATTAAGAACGGACAATGCCAATGACGATTAATGTACCATGCTG"_dna4, +"ATGGCAAAACTGGGGCATCCTTTCCAGGATTATGTTTTTAACAGGACTTCAAATCTCCATATAATCATCTTATGAGTTAGTATGAATAATATGTGTCTATTAAATTCCGTACTGACATTGAGGAACAAACATCTAAAACTGACAAGCCCTGTGACAAAGAGCTTAGGGTGCAGTCCCCACTAAACCAACACAAGCCTGGGCTGTCAGTCCGACAGCCAAGGGAAAATGAACTTTCCTCCCAACACTGGATAGCTGG"_dna4, +"GACCTTCGGCTCAGCAGCTCCCCCTCCCGGGTTCACGTCAATTCTCTTGCCTCACTAGAGTAGCGGGACTTCAGTGCCCCCACCACCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAAGTAGAGACGGGGACCAACCATATTAGCCAAAGATGGCCCTATCTCCAGAGCTCGTGACCGCCTCGCCTTGGGCCGCACAAGGTGCCGCGACAAGACCCGTTAGAGCACTGGGGACTGTGGATAAGTCGAGAAACCCCTCAGTGTGG"_dna4, 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+"AGCAACGGCCATTTAGCAAGGCAGGAAACCACTGCGCACCAGGCCTGGAAGGAGTAGCTCCCTGCAGTGGGCCTCTCCCACCCTGGCTGTTCGTCGTGGCAAGAGTCCACCACGGAGGCTGGCAGGGCAGAGTTGCCACCCCATGTTCTCAGTTTCTCCACCATCGTCCCTGGGGGCTTCCAGTTCCCCCTTGCACTAGGTCACAGGCAGCGTTAGCCATCTTCTGACTTTCCCGAAGCCTCTCTTGGTTGCATTG"_dna4, +"CAAGAGAACAAGAATTAGAAATGGAGCCTAAAAATGTGTCTGAATGGCTGCAATCTTATAAAACTTGGATGACTGTAGAGCTGCTTCTCGTGGATGAGGAATAAAATTGGTTTTTTGAAATGGAACCTATTCCTGGTGAAGATACTGTGCACATTGTTGAAATGACAACAAAGGACTTAGAAGAGTATATCAACTTAGTTGATAAAGCAATAGCAGGACTTGAGAGGATTGACTCCAATTTTGAAAGAAGTTCTAT"_dna4, +"TCATTAGCCACCCTGTTCTGAAGAGCATCCGACCTTTCCCTAATCAGTTCCAGCTAATCATGGCCAGTGGCTTTGGATGAGCTGGGGTGGGGGGTTGGGGGAGCAGGGACAGGGGTTGCCAAGAGGCCCACAGGACCTCCCCTGGGGGTAGACGATAGTGACGGTGATGATGATGATGTCAGCACTGGGCGTGCACCCTGCTATACTCTCACCATCTCCCCTCACCCCTCCACTCCTCTTCCCTGGCGCCAGAGGC"_dna4, 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+"TGGACTCATGGCCCAAAAAGGAAAGGGACACTGCCAACAGCTTCCCCTTTAGCCTGTGGGTTCCATTAGGAAGCCGGAACATGTCACTGGGAGAAAGTGCTATGACCACCCAATATGTGCACAGGTGCCTCTAGGTGGAAGAAAGGGAAAGGGCGTGTTTACAAGAAGAAGAGCACAAGTCAACAATGAGCTATGGATGCATGATGTCATCCTCTAGGACTAAGCATCCTTAGTACTTTTAAAGCACTTAAAAAAA"_dna4, +"CACTCTTTAAATACGAGTGCAGCAGGTGTTTCAAAGATTACAGAAGTGAAAATGCAGGTTGAAAGTCCAAGAAATCTGTCCTTCCAAATTATGCAATAATGTGTGACTTCTACCCCTTCACACATAGCACCAATTTGCTGCGCTATGTATTTCAGCTTCATATCATTCCAGACTGGAAGTATAAATTATGAAAAGACTTTTAGAAAGTTCTAATTCATTTTACGCATTTTTTTGCAAATTTGACTCCATGAAAGTG"_dna4, +"ATCACCTTGAGGGGCTGTATATGAGCTGCAGTGAACTTCCTGTTAGTCTGCCTGGAGCCTAATGCTTCACTGTGTAAACCATCTTCCATCCTCCTTCATTAATTCTTTAGTTTTCCATTTTCCTGCGTGGGGCAAAATAATGCTTTTGTGTACAGACTTTCTGCTTTAGCTTCAGTAGAATCAAACCATTGCACTGTTACTGAACCAAAGACAGCAAAAGTAAGAACTGCCTTACTAACTACATCAGAGACATCAA"_dna4, 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+"ACTGTCCTAAGCTCTTTATGCATCACTCGAAAGCATTTCAACTATAAGGTAGACATTCTTATTCTCATTTTACAGATGAGATTTAGAGAGATTACGTGATTTGTCCAATGTCACACAACTACCCAGAGATAAAACTAGAATTTGAGCACAGTTACTTTCTGAATAATGAGCATTTAGATAAATACCTATATCTCTATATTCTAAAGTGTGTGTGAAAACTTTCATTTTCATTTCCAGGGTTCTCTGATACTAAGGG"_dna4, +"GTGGTGTGTGCCTGTAATCTCAGCTACTCAAGAGGCTGAGTCAGGAGAATCGCTTGAACCCTGGAGGCAGAGGTTACAGTGAATTGAGATCATGCCACTGCACTCCAACCTGGGCGACAGAGTGAGACTCCATCACAAAAAAAAAAAAAAGAAGAAGAAGAAGAACAATACAGTAATAGAGAACATTCTTCTCAAAACAACTGAGTTTCCTTCTTCCCTTCCTTCCTCCACCCTTCCTTTATGAATGATTTACTCC"_dna4, +"TGAAAACAGCAAGTTTCCTGAGTATTTTGCTGAATGCTTTTCTCTTCCCATTTGTCAGCCGCATTCAGGCAAGAAACTAGAGCTGGGGAGACCGGGCAACGTCTGCTGTGTGGTTAGACAGCGATCCAAAGCTACACGCCAAGGATGGAAGCCAGACCTCTGCGCTCCCCTCCCCCAGCCCTCTCCTGGGAATCACATGTGGTCAGCAGGGCCTTTGGAAATTGGAACCACTTGGAGGTAAAGCAGGGCACGGAGA"_dna4, 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+"TTTATCCATTCATTCAAAAATACTCTCATTTGAAAGAATACAGAAAAAGAATGAAAGATATATATTAAAAAAGAGAGAATATGTCAAATAGTTTACTTCGGGAAAAGAAGAAAATAAAGAAAGAAGGAAGGAAGAAAAATGGAGGGAGGGAGAGAGGGAAGGAAGGGAGGGAGGGAGGGAAAGAAGAAAAGCGAAAGAAAGAAGAAAGAAAGAAAGGAAGAAAGGAAGGAAGAAAGAGAAAGAGAGAAAAGAAAAA"_dna4, +"ATATTCAAATATAGAAACAAAATCATATCCAAAGAGAGATCTTTAATTTTTTTCAGTTATCAATCATTCTGCTCTCACTCAAATTACCATTTTGCTCTAGTACAGATTACCACTGTGTAGGCAAGACATTCACAGATTACTTCTGTAAAGGTCCAGATAGTAAATATTTCAGCTGCACACCAGAGAATCCCTGTTGCAACTACCTAACTCTGCTGTTGGAATATCAAAGCAGTCATAAACAATATTAAGTGAATAG"_dna4, +"TTCTTGCCCCTCCACCTTTGCTCAGTCCCTTCGCTTTGCCCAGGATGCATTTTCCTGACATTTGCTATTAAAGCTTTGCCCTCTCTAAGATGTTGCTCAAGAGCCACCTTCTCTAAAAAATTTTCTGTTATTTTATAATAGTAACACTATTCTTTTCACATAAGGTTGTTAGAAGGACTACATTTTTAAGCAAGTAGTAAATTACACTTTAAAGTAAAAGACTTAAAAATCATTCCTTAGAGATAAATTAGGAAAG"_dna4, 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+"AAGGAATGTTTTTTTCCAGTTATCTTTTTTCCATCCCTTAACCTTTTACGAAAAAAGGACTGAGATGGAAATTAGGCAATAAAGAAAAAGGAGTTGTGAAATTGTAAGAATATTGATGAGAACATCCTTTTGACTTTCATATTATTACTGGCCTCAAACACTCAACCTGTTTCAAAATTGCTTCACAGCTCTAGGGTCTTTTGTGAGAGCTTCTTTCTTTATGTCATAGAAGTCTTCATAAAGCCTGGTGCTTGAA"_dna4, +"ACCAGCTGCTTTTCATGGGATGCCCAAGTCCTTACTAAAGATGAAGATCTATAGTCACTTATTAAGTGAATTCACATCTGAGAAGGATAAAATGTTATTTAAAACAAAATACAGGTAGATTTAATGTAGAAGGATCAAATTCAATTCTGGAGACAGAATAATCTGTTGACCACAAAGTCTGATCCTCTCTGATATGTCTATAGTTTCTTTATTCTAATGCCAATGTGAGGATTGTCTTCTGTCCCAATGTCATGTG"_dna4, +"TAGAATTTTGTCATGAACTCATCTTAAGCTGTTTGTTATTGACTCACTGTAGCCAAACACAGCCTAAATAATTATGGATTAAGGTGTTCATAATATGATTTAAATTATGAGTGAAAAAGCATGCATTATGCATATTTTGTCAATGAGTTTTTTCTATGTTCATTTATAAGATTATTTGCTTTGGTGTTCTGGACATCTCTCAATAAATGTCATGTATTATTGTGAATATTAAGTGGTTCCACCTCGCCACACTGAA"_dna4, 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+"CTTCAGTACAAAACTGTGAATTAGAAAAATGTGATCTGGTTAAGAGACTGAAGAGAAGACTTTTTGATTATTTAGGATTTGATGAAGCTGCCGGTTTCAAATGGGTCCTGAGACTTGTGGTTCAAGGAGTTCAAGGACTTGTGGTAAACTGGTAGGGTTTTACTGGTTTCTCATTTAAATTATTGGTCCTGAAACGACTCTCGCACTTGAGAGATTAGTAGTTTATACCACCAACCTTTCTGAAAATCCATATATT"_dna4, +"AACGTGTCTAATCCCTAGCCGGCTCTGCATCGCTGCCTCTAACTATAGAAAACACAAAGGGCGCAACAATGTACAAGAATGACCACGGCCGAATTATGTGCGGTATAAATTAGTGCGCAATAATTTTACAAAGATCATGCAAAATCTTTTATTTGTCGTAATCACAAAGAATAGAACAACCAATGGAAACAAGATCTTTACCTTAAGGGGGAACACAAGCCATGCCGAATGATCCTCCAGGATTCGGTGTTCCCAT"_dna4, +"TTTAAGAATGTCAAGATAGATAGAAACAAATTCTAGGTGACACGGGGCAGGAGTAGTTGTGATGCAAAGAAAGTGGAGCATGTTTACAATAGCAAGAGAAAGTGCCTGTGGAGAAAGAGCTAACAGGAACAGAGGCTTTTCATTGGGGGAAGTAAGTGCGCTCCAACAGCATCTTCGTAATAAATAGAAAAAATCAATACCCTAATTTATGTTGGAATCAAGGCCAACAAACCCAAAAATGTGAAAAAAACAGCAA"_dna4, 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+"TGTCAACTTCTGAGTGCAGTTTTTCCTATCATTGCATTTAAACTAAAGTATCACCTACCCCTAGGATGCCCTATCCCTCTTCTAGCTCTTTCCCCCATAGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATTTTTAGATGGAGTTTGGATGGAGTTTAGATGGGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGGGCAATAGCACAGTCTTGGTTCACTGCAACCTCCACATCCCGGGTTTGAGT"_dna4, +"AACACCGCATATTCTCACTCATAGGTGGGTATTGAAAAATGAGATCACATGGAAACAGGAAGGGGAACATCACTCTCTGGGGACTGTTGTGAGGTGGCGGAAGGGGGGAGGGATAGCATTGGGAGATATACCTAATGCTAGATGACGAGTTAGTGGGTGCAGCGCACCAGCATGGCACATGTATACGTATGTAACTAACCTGCACAATGTGCACGTGTACCCTAAAACTTAAAGTATAATAACAAATAAATAAATA"_dna4, +"CTAGCCTATATTTTAAATACTTTTTTGTTTTGAGATGGTCTCACTCTGTTGCCCAGACTGGAGTGCAGTGACCTGATCTCAGCTCACTGCAGCCTCACCTCCTGAGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGGAGCTGGGACTACAGGCATACACCACCACGCCCGGCTATTTTTCGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTTACCATATTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGGCCTCAAGTGATCCGCC"_dna4, +"ACTTTTTGTAAAGGGAGAAGAAATATGTTTCAATTCTTTATGTTCCCTTTTCTTCTCATACTGCCTTAAAAAATGTGTGAATGAGACAGGTAACAAAAACCCAAAATATAAAGAGAAAATGCCATCTTAACCTTTACCATATGTTAAAAAATAAGAAAATGGAGTGGTCATGCAGCTCCAATTCAAAAGGTTGTTTTCATTGTAATCTATAAATATTTGCTATTAAATTATCTTAGGTGATACTTGACCGAAACTG"_dna4, +"ATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCACCTCCCGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCACCACCACGCCCGGCTATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACGGCGTTAGTCAGGATGGGCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCACGCCCGGCCCATCTACTTATTATTTTCATTT"_dna4, +"TGCATTAAACGAAAGCAAATAAGCTTTACTACAACCATATCTGAAATGTGTTTTCCTGATCAAGTGGGATGGGAAAGAACAGTGAGTGGAGTCCCAGGCATGTTAAGAATGGCGTGCTGTTTTTTAAGTGGTGAGTGGAATGTATTTGTACATTGCCCCAGCAAATACTGCTGTTCAATGATTGTGTGGTGCTGAATCCTGTAGGGTCATAAAAAGTCTAAGCCTCTTAGAATAAGAACCTTACTAATAATATGCC"_dna4, 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+"TATCCTGCACCTGGCTCAGAGGGTCCCATGCCAACGGAGTCTCACTGATTGCTAGCACAGCATTCTGAGATCAAACCGCAACAAAGCGGCAGCAAGGCTGGGGGAGGGGCGCCCGCCATTGCCCAGGCTTGCTTAGGTAAACAAAGCAGCCAGGAAGCTCCAACTGGGTGGAGCCCACCACAGCTCAAGGAGGCCTGCCTGCCTCTGTAGGCTCCATCTCTGGGGGCAGGGCACAGACAAACAAAAAGACAGCAGT"_dna4, +"GGTGCTGGTGCTGCTAAAATAAATTAGATGCAGCTGACTTCATTAAGGTCTCTCCCTGTGGCTTTCACTCTTGGGCAGAAAGAGGAATCAGACCAGGAAGAAGGTAAGTTTGGTTTTTATGCTGGAGTAGGCAGACTGGGGGCCCATAATATATACATATACATACATATATATATATATATATATATTTTTTTTTTTTAGATGGAGTTTCACTCTGTCCAGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGTGATTTCGGCTC"_dna4, +"CCTCCACCCTGTAAGATGTTACAGCAAAAGAAAACAAAGCTGGCTTTGAAGGAATTATGCTAAACAACTTATCTTTAATTTCTCCAATGCAGTAAATTAAAAGTTAATGTATGAGGGACAGTCCAGGTTTAAAATGCGACCTCCGAAACTGGGAGTCCCCAAATAACTCTCCTGTGTTGACTCTTCCTGTCTATTCTCAGGGTTTAGAAAGAGGATATCCTTCTGTAGTCACATGAGCAATGGTAAAGCAGTAACC"_dna4, 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+"GGTGGATATGTGGATAGCTCTGAAGATTTCGTTGGAAACGGGAATTTCTTCATATAAAATCAAACAGAAGCATTCTCAGAAACTTCTCAGTGATGTTTGCATTCAGCTCATGGAGTTGTACACTTCCTTTCATAGAGCAGGTTTGAAACACTCTTTCTGCACTACCTGGAAGAGGACATTTCGAGCGCTTTGAGTCCTATGGTGAAAAAGGAAATATCTTCTCATAGAAACCAGAAAGAAGCATTCTCAGAAACTT"_dna4 + }; + + // Set up the alignment configuration + auto config = seqan3::align_cfg::method_global{} + | seqan3::align_cfg::scoring_scheme{ + seqan3::nucleotide_scoring_scheme{}} + | seqan3::align_cfg::gap_cost_affine{} + | seqan3::align_cfg::output_score{} + | seqan3::align_cfg::output_alignment{} + | seqan3::align_cfg::parallel{8}; + + // Align each query against each reference + for (int i = 0; i < 10; i++) { + auto total_time = 0; + auto start = std::chrono::high_resolution_clock::now(); + auto alignment_results = seqan3::align_pairwise(seqan3::views::pairwise_combine(queries), config); + auto end = std::chrono::high_resolution_clock::now(); + auto duration = std::chrono::duration_cast(end-start); + total_time += duration.count(); + + std::cout << "Time taken: " << total_time << " microseconds" << '\n'; + times.push_back(total_time); + } + int64_t sum = std::accumulate(times.begin(), times.end(), 0); + double average = static_cast(sum) / 10; + std::cout << "Average time: " << average << std::endl; + std::cout << "Throughput: " << 1000 / (average / 1'000'000.0) << " alignments/seconds" << std::endl; + return 0; +} diff --git a/baseline/software/source/global_linear.cpp b/baseline/software/source/global_linear.cpp new file mode 100644 index 00000000..384485cc --- /dev/null +++ b/baseline/software/source/global_linear.cpp @@ -0,0 +1,2051 @@ +#include +#include +#include +#include +#include +#include +#include +#include +#include +#include +#include + +int main() +{ + using seqan3::operator""_dna4; + std::vector times; + + // Prepare your sequences + std::vector> queries = { + "AATACCTGTTTTTAGAGGTATAGTAATAGAGTAGATGTGCCTCCCATAATAAATAGGGCTACTTGTACAAATACCCACCTTCCAACAAAGGACCTAATCAGCAGACACAAGAGCCAAAGCAGAGCGAAGGAATGCACATGGGCTTAGCTTGTAAAGCAAAGAGTAACAGCAAAAAATCATAAATTAAATTTCCAATTTAGGTTCATTTCATTGCCAGGTATCGAATCAATGGCTGATATTACTATCTACTTTTTGT"_dna4, +"GACGATTTGCCAGCCAATATTGAGAAGGGTGATTCTAAGCTTCTTTAGCTCTTTACTTGAGGATAACATGTGAGTCGTTGTGCTTGAGTTATGTTGTATGTGGTAAAGGTAAGACCGTTTTAAATTGTACCTAGGTAAAAGCCAAGTCCATCCCGACCTTTACTTGAATAGGAATCTTTCTCCATCGTCTATATTGTTTGAGGGTTGCCCAATAGATTCTATGATCATGCGGAACTTTGGATATGCTTGACACTTT"_dna4, +"GAGTTAGATAGCAAGGAAGTTGGGTAGTAAGGGAAGCAATGAGATGAGTGTTGTCATAGAAAGTTTTTAGGACAGTAGGCAATTCAGAGCTTAGTTGGGAATAAAGTTTGAAAAAGAAGATAGGGGAAACAGTTGTATAAAATTTGATATATTTCGGTTCACGCATAAGGTGTAGGCATTGCCATTTTATCTGGAGAAGGGTGGAAATGACATAAAAAAAACTGATAGATAACGTTTTGAGGAGGAGTAAATGATT"_dna4, +"CTTTAGTGATACAACTTAACTTATCCCCTTCCTTTCCTAGAGTCGTTTATGAAAATAGTTGATGTACTTTTTGCCGGCCTGTCAGGCCTCCGCCAGGACCGACACAACAAGGGTAACATCCTACTTACTGGTATGTAAAATTTTATATGACTTCTGCGGATCTTTTGTGATTTGCCTCCTATCTCCTCACCAAAGAATGAACACTTGTAACAATTGACATTAGGACGAGCTAGGCTTCCAATCTTAAGTTAGAGGT"_dna4, +"ATTGTCTCCCACTGATTGTTGTTGGACAGGCAAGTTTGGGGACTGGATCATTGTCATTTAGTGGCCCAGCACACACCTGGTAAAGACTATGGGCTGCGGCGAAAAAGTCGCACTAAATTTTTATATAAACACTTAACTGTGTAGGAACGTATAATTTTAGTATTAAATGATTCTAGCACGGGTAGTTCCCACTACTGACGCACCAAGAATAGCCGGGAACTTAAAAAAAAAAAGCACTAGACGGGGCGAGGTCGTC"_dna4, +"TATGTGTATACTACAATGGAAATTTTCGCAGCACTCGTGTTGAATACTACCTTCCTCTTTTTCCCTCTGCGCCGTTTTGTAAAGTTCACATTACACATTTTAAATGTATTTGTGAGGCGCTAGGACAGCAAGGTACCCCAACGTAAGTGGGCTTTAACAATGTAAAACATTTCTTCACAGTCTGAGGCAAAGTCAGATCAAGCTGTTAGAGGGTGTTTCTTCTGAGGGCCATGGGGGGAAACTTTATTTTCTGGCC"_dna4, +"CTAATTCTGTTTTGTGTCCTATAGATACCAATCGAACTTCTAGAGGCTTTCCTTTCGAGCTTTTAAACTTAAGTCATATAAAAACTATTTTACTGGCAGGTGCTGACTGTTAGGTTCGATTTCTCAGTCCTTGCCCTATATATGGGGCTTAATAATAATTATTAGACAAAATGGACGTTTAGGGCTGTTACATTATGTGGTACAACAAACTTATCAAATCTTAATGAACCAAGTATATATGATTAATAAGAAAATA"_dna4, +"AAAATTGATCATCTGACAGACCTCTAACTTATTCATGACAGACATAATCAATTTGTTTCGGCGAGGACAGGCCATATGGAAGAAGGAAACTCTTTCCTTCTACAATGTAAAGAGCCTTAGAGATGGTTTTAAATTATTTCATGAGAGGCAACAAAGTAAGAAAAAATATATAAACTACACATTATCCTACTACATTTAATATATGTGATGGCAACATAGTGTAGGCTTCTATGCTTCCCCCAACAGAGTTGTATGA"_dna4, +"TGCAGGGGGCTGTGGGGACACAGAGGAAGGTTATTTTATCCAGACTTAGCGGGAAGGTGTGTAACAAAGTCCCGCCGGGAAGGTTTGAAGCAGGGCCTGAGTCTTGTAAGACCATATCTTTCCAAAAAATGATGAAAAAAGCCGGGTATGGGTCGGGTGAGGAAGGATTTTCACGAAACTAGAACAAGCGGTGTGGTGAGCGACACACCACAACTCTTATTAAAGGAGTGAGCTGGGAATGAGGACACCTTGGGAG"_dna4, +"GCTAGGCTGGATGCAATGGCATGGATCTTTTGGCTCATGGCACCTCCACTCCCAGGTTCAAGCCGATTTACGCTCTCGTATGAGTAGCTGGGGTTACAGGCAAATGCACACCCTGGCCGGCTAATATCTGGTATTTAGTAGAGAGGGGGTCTTTTCCATGTCGTGGCTGGGTCTCAACTCCGGACGAAGGGTGATCCATTGGCCTGCTCCACAAAGGCCGTATTACAGGAACTCAGCACCACACCAGCTACACCAC"_dna4, +"TAGATGAACCAACATTCCGAATCTCAAGGTGGCCTTTTGCTTGAGTAGGGAGAGGAGGAAGAAAGATAAAGAAGCATGGCCAGGCTTCACCTTAAGATGCTAGAAAATGACAAATCCATTCACTGCCATACCTCGTTCCCATTTTGAAAAGAAGACTGATATCGAACAAATTCATGAGGTTTTTCCCCCCGGTTTGGAGGATTGTTGGGAAAAAGGAATTAAAGCCACCACTTGTGAGAAATAATTTTGCTCAGTT"_dna4, +"CACCAAGGGCTTGGCAGGGTGGAGGGCTCTAGTGGTCGCTAGATAGAAAAATACCTAATGTACATGAGGATTGACGGGTTCAAAACCACACAGGCAGCATATACATTCTATGACACAACCTGCGTCTGTACATTTTAACTCAGAATTAAGTATATAAAGCAAACTCATATAATAAAAAGAAAACAAGAAATAACCGAAAGCATATTTAATATTTACTTTATAGACTATACAGCTATAATAATATATTTTTCTATTT"_dna4, +"ATTTTTAGATTGAGGACCTGTGAAGATATGTTACTACAAACTCCGTGCCACCGGGTGTCTTGTACAGATATCTCATTACTCTGGAATTAAGTCCTAGTACCTTAGTTCTCTGGTTTGGAACGTCCCTCTCCTTTCCCACTCTCCCCCTCAAGTAGACTGCAATGTCTGTGTGTTTCCTTCCTGTTTGTTTAATGCTCTTCCAATTAGCTCCCATTTATGACAAAATCAGCATTTGATTTTCTGTTCCTGTGTAATT"_dna4, +"TAATGCCAAAAAATGACGGAGGGAAAGGCAGCGCTTGTGTAGTCCGTGCCTTGTAATTCAGCACCTTTGGGCCGAGGTGGGTGAACCACCTGGGGGGCCGAGGCTCGATGACAACGCTCCAATTAAAACCCCGTCTGACTAAAACAAGTAAAAAATAGGCGGATGGTGGCAGGTTGTAGTCGTCAGCTACTGGTGGCTAGGGCTGAGAAGTGCTAGCCCGGGGCTGGGCTGCAGTGAACGAGATCCATCAACGCCT"_dna4, +"GTCAATTCGCCTGGTCTGGTTTGTGTGCACCAATGGATATCATCTCCTTAGGTTGATTTCTCTATGATTCCCTCTCCGAGTCACCACCCCGTAGTGCCCAGTGTTTGATGTTCCTTGCCCTGAGTTCAAGTGACTTCTTGTTTTCACTCCCATTTGAGTGAGGCACGTGCGGTTGTTTTGGTCTGTACTCCTTTGGATAGGTTAGGGAGAAGACGTTTCCAGCTCCCTCTTGTTTGCTGTAAAGGGACATGACACT"_dna4, 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+"GAGCGGATTTGACCGTCACCACAAGCTGCGTGCAGTAGCGCAAGGATCTGACTTTTACTATTTAACACAATTATCAGCTCAATGAAGGGCTGGTCTTTCTACTCTTTCTTTTGCATGATCACCGAATGTCGTGAGAGAGTTGGCTCGATGAATTCAAAAAGGAAGGTCAGGACCCAAGCTGATAAAATAGAGTGTTAAACGCGGCAAAACCACCAAACCCCAGACGAAAATAAAAATGACATTGATCATCCTCCCC"_dna4, +"CATTCCTGGGAACTTACTACCAGACTGGCCTAAGCTCTTGATGCATCATCGAAAGCATTTCCAGTTAAGCTAGACATCTTAACCCTTTCAAATGAGATTTAGACAGATTGCGTGATTTGTCCATGCACACCAACCTCCCAGAGTAAGTAGAATTGAGACAGCTACTTTCTCAATTGAGGCATTGATAAATCCTATATTTCGCTATATTCTAAAGTGTTATGTGAACCATTCATTACTTTCCGGGTTTTCTGGACAG"_dna4, +"GTGTGCCGGTAATCTCAGCTCTCAAGAGGGAGCCAGGCGAATCGACTTGAACTCCTGTAGGCGAGTTTGACAGGGATGAGATAGCGCCAATGCACTCCCAACTGTGGCAGAAGAATCAGATAGCAACAGGACAAAAAACAAAGAAGAGAAAGAGAACAATACAGTAATAGAAACATTCTCTCAAAACAACTGAGTTTCTTCTTCCCGTCCTTTCCTCCACCCTCCTACGAATGATTTACTCCAAAAAGCCCCATTA"_dna4, +"ATAGATTAAAACAGCAAAGTTCCCTGGATATTGCTCTCTTTTTCTTTCCCATCGCACCGCATTCGCAAGAAACAGAGCTGGGGAGACCTGGGCAATGGTTTGTGTGTGGTAGACAGCCATCAAAGGTACAACGCCAAAGGATGGAAGCCAGCCCTCGCTCCCCCCCCCCAGCCCCTCCCTGGATCACATTGGGTTCAGCGTGCCTTGAATTGGGGCCCCTGGGGGTAAAGCAGGGCGACGGAGGAAGCTGGAGCCC"_dna4, +"TCTGGAAGAGAGTGAATTGAGGAGGCTCAAGAGGAATGGGACTGCATGGCTAGATGATACTGTTTTCAAGGGCAGGAAGAGCGGTATGGAGGAGAAGGGAAGGAAAGAGAAGGTTATCAAGCAAAGAGGTGGAGCGAGTGTGCAGCGGAATCGTGTAGGCATATCAAGGAATCTGGCATATATCGAAAGGAAACAAGGAGGCCCGGCTGGGGGCCCACCAAAGGAGACAGGCCACAACAAGAGCTATACAAGGACA"_dna4, +"CCTGCCTACCTCCTGAGTAACTTGAGATACAGGCCCTGCCCCCACACCTGGCTAATTTTTGTAATTTTTGTAGAGATGGGGTATTCCATGTTTGCAGGGCTGTTTCTCTCCTAACCTCAGGGTGCTCAGCCCCCTGGCTCCCAAGTGCGGGATTACAGGCTGGCACCTTCGCAGCCCAAATATACAGTATGAATGATACTTGCTACTTCGGGTTTGCATAGCACGCTCCACATCTCACGATGCCTTATCGATACCG"_dna4, 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+"ACCTTATTTGTTTATAGCTAGAGAATGAGCTGTCTCCCATGTTGCCAGGCTGGTATCCTCGAACTCTTCCAGGTGATTATCAACGGCTCAGCCTCCCAATGGCAGCATTAAGGCATGACCCACATCTGCAACGGCCAAACATAAATTTTAATTGAAGTAGCCTGAGTAAAATGCAAAGTATGATTTTTGAAGTACTGCCAATGTGCATGTTTCTTCAACAGCAGCTACAGTTTAGCACCCATAGTTTAATACATCT"_dna4, +"TAAAATACCTCTTTTGATAGAAATACAAAAACGAATGAAAGAAATATATTAAAAAAAGAAAGGCACAAAGTGATGGGGAAAAGAAGAATAAAGAAAGAAGGAGGGAAGAAGAAAGAGCGGGGGGAAATGGGGAAGAGGAGGGCAGGGCAGGGAAAGAGAAAAGGATGAAAAGAGAAAGAAAAAGAAACAAAAAGGAAGATGGAAGAGGCAAAAGAATAAAGGAAAAGACGAGAAAGCTAATTGGAAATGACAAACC"_dna4, +"AAGAGGAGAGATGCTTTTATTTTTTCAGTTATCAATCTTTCCCTCTCACTAAATCAGCATTTTGTCTAGTTTCAGATTACCACGGTGTAGGCAAACACTCACATAGATTAATTCTGTAAAGGTCCCCACAAGACATATTCAGCTGCACACCAAGACCCCGTTGCAACTACCTTAATTGCTGGAAATCTCAAAGCAGACTAACCAATATAAGTGAATAGCATGAGTGTATTTGCCAATAAAACTTTATTAAAATGAA"_dna4, 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+"TGGAAAAGCTTGTAAGTACTACAATTGAGAAATGGGGAGGGCCTATAGATGAGGTAGAGGATGAGCCAAAAGCCAAGGCTCAAAAAAGTTTTAGAAGTCCAGAAGTGCGTCTTGTTATTACTCTTAAGCGAAAAAAAAAAATGCCGGCAACATTTTAGCAAGAGGTGAAAGGCTATCATTACTACCTCAGTGTGATAATGTAAAGCGAGAAGTAAGTTTAGTAGTAAAAGCAATAGGGTAGGCATCAGTTGGCTTA"_dna4, +"TTGCATTCCTGGTCTGAGAACCTTCCCTGTTTGTGGGAGATCCTTAGTAACGATCTTACACTTCCTTCCTCTCTGTTCTTCCTTTTGTGGTCCCGCTCTCACCCTACGCCTAGCCTTCCTTTTTATTGTTTGAGGGAGTGTTTTATCCTACTCCTGATGGGTACCTTCTAAATTGACTTTTTTTTTAAGATTAATCTGTCCTCGGCTAGAAGGAATCTCGTGGTTCGCATCCACACTGGAGATTGTAGTTGCTCCG"_dna4, +"AACAGGTTGCCACTGCCTGCTACCGCAGCCTGCTTTTATTCTCTATTAGGCCCCACCCACATCTCTGCGATTGGTCCATTTACAGAAGGCCGAGAGGTCTTTTTGAACAGGGCGCCGATTCGTTGGTTTACATCTCCATAGAGCTAGAAGGAACTCTCACTCACAATTAATGTATATACAGTGATCCACCTAAAGCTTCTCAAACTCCCGTCAGTAGGAAAGATACGAGTGTGACTGGCTTCATTCACCAAACCTA"_dna4, 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+"CTACCCCATTATAGAATTGCAGACAGGTAAAAGAAATACTATCCTTGAAGAATGATTTCGTCACATGCTTAAAGCATGTGTAGGCTAAGAGTTCCTCAATTCTTAGATTCAGGCATACATGGATATGGGCTTGACCCTGGTCATTATAAGTTAATTTCAAAGCCTAGTCCTCATATAAAATTGAATAATGTATGGTTAATTAGGCATGACAGAAACTTTGAATCATCTCTTGGTGTCTGGTTTGAGGTTATATTAT"_dna4, +"ATCTAATTACTTGTTGATTGATTTGCCCTAATTAAATCAACATTTTTCACATTTTTTTGACAAACCAATTGTTAGATCAACTTGAGATATAAGGGACAATGAAGTTTTAACTAGTTTATTCATCTTATGTGCGATCTTTTTCTTTTTCCTTTTTTTTTTTTTTTTGAGTATGGAGTCTCCTTTCCCCAGCTAGAGTGCAATGATGGAACTAGCTCCCTTGCAACCTCTGTTTCTGGGTACCAACGATTTTCCCACC"_dna4, +"GAGTGCTTTGTCCCTATTGTGAAAAAAGGAAATAATCCTCCCATATAAACTGGCAGATCATCTCAGAAACCAGTTTGTGTCATTCGTGCTCAACTAACAGGTTGAACCTTTCTTGGAGAGGCACTTTTAAAAGAGTCTTTTCGTAGAAGTTCGCAAAGGGTAATTGCTGTGCTTTGCGGGCTTTCTTGGGACCAGCATATCGTCATACAAATTGCGAAAAGCATCCTGAGAAACCGACCTTGGGAGTGATTTCATT"_dna4, 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+"GCAAAGAGGTCACCCATCTTTGCAAGCCGAGATCAAGTGTGTATCAGACACAACTAATGCACCTTACTAGGACTCTCAGCCTCAGAACTGTGACAACTTAAATTTATTATTTTAATAGATATTTGTGGTTATTCTGTTACCACGAACTAAGATGGCTGGGCGGCTAGGTACTCTGATGTTCATGCCTTTGAAAGGCAAAACTGTGATTGTTCATCCCCTATAATGGTATAATAGCCAATCCCTGCTTTGTGTTCAT"_dna4, +"TTTGCTACACATTGAACTCGGTTGATTCATTCAAAAATCATGTGATCCTACTCTGGCTATGACAATTCAATAATTAACCAAGTTACCCTTCGTGGTAGCCCAATCTTGTTCATGATAAGGATTTGAGTCCCCCCCTTTGAGCTTAACCTATTATAAAGCATTATGTTTCAATTCCAGAAAAAAATCAGTCAAAGCCCCTGGTAGAGTATTACGCGTTGTCGCAAAACGTTAAGAAACCCACCTAATATAATATTAA"_dna4, +"GTGAGGCAATCACTTGTTGGGATGGTTGTAGACCACGCTACCCACATGAAGAAACCACGTAGTTATCAAACTCAAATTACTGTCATCTGGTGCTTTACCCCTGTTTAATCCCCGTACTCGAGAGGTTGGCAGGAAATCAGTTGACCTTCGGGCGTCAGCGGCTTAGGTGGGCAAGATCGTGCTTTTCACAAGCTGTGCAAACTAAGAATGAACTCCATCTAGAAAAAAAAAAAGAAAACAAAAAGAAAAGAAAAAA"_dna4, +"TCAGGTTCGATTGAGCCAAAAATTGCTATACTTTTTACTATTCATTACGGGTTCTCTTATCCATGGTTTTTGATGTAAATCAAACTCGAATTGCTCTACTTTACCACCTCTGAGGACAATAAATCCCAAACTATGAAGGAGTTATGGGTCCAACGGAATGGATTGTATAAGTTAGATTATTGAATACAGAGGGAGAATAAATTTGAGGAATTATTCACGAGGGGGCTTGACTCAAAGAGGAAGATATTGTCCATAG"_dna4, +"AGAACTAAAGCAAGGAGCAAACACATTAAAAAGCCTAGCAAAGGCAGAAATAACTAAATAATAGAACGAAGGGAATAGAATACAAAAACCCTTAGAAAATTAATGAAGTCGCTTGCTGTTTTCCTAAACGATAAGAAAATTATAGACCCACCAAGGACTAAATAAAAGAAAAAAACAGAGAAAGAATCAAAAGATGGAATAAAAAATGAAAAAGGGAATATTAACCACCATCCCAAACAGAAAATACAAACACGCT"_dna4, +"GTGTTATTACGTGGATGGGTATTTGAGATGTTGTTAGAATGAGGTAGTTGATAGTGTCTTAAAGTCTTTTAAATCTATGCTGGTTTTCCTGTTCCTTTTCCATTATTGACAGGGGGAGTATTGAAATTCAAACTATTATTGTATATCTTTTCACCCTTCAATTTGTAGTCTTTGTTTCATATCATGTGGATGTTTGGGATTAAATGCATATTGTTGTAATAATTAAAGCCCTTGATTGTCTCAATGTCAAACAAAA"_dna4, 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+"ATTCACAGTTCCTGGATGGGATTTGACCACACAATCTGGTGGGAAGGTTAAGGAGAGAAGATGACCGTCTACATGATAGCAAGGAAGAGGCCATCTCCAGGAACTCCCCTTTGTAAACCATAGATAACATAACTACTATAGCAAGAAACACGAAAAGCGAGACCTCCCTTCAGACCTATTTAGCTACGCTCCCCACGATTCCCTCCCAATCACTAGGGGTTATTAAGTCACGGCTGACATCTGGGAGGGGACACGA"_dna4, +"AGACCAGTGAAGGCATACAATGAAACAGATTAAGCCATGACGTCATGATCAGATAGGAATCCACGTTTGCTTCTTAAATCCCCATTTAAATCTGTGAATGTTACCTTTCGTGCAAGAAAATCTGTAGCAGCTGAATCGCCCAGGGCGTTCCTCACATCCACAGATGTGCGGGAACTGCCACGGAATTCAAATGAGCCCGCCCAAGGCACTAGCTTTGCCGGGAAGGCCTCGACCGTCTGCCATCACGATCATACTG"_dna4, +"CCAGCAACAGGGATACATATCGACGAAAAACGGCTAAATCTAGGGAAACTAGGTTCCCTGATATGAAGAGCGCCTAACAGAAGTCTAATACTCTGTGCTTTCAAATATAGAAACCCCTAAACAAGGAAAGCGATCTAGTGGCAAGAAAACAGATCATGCGGCCGAGAATGGGTAGGGGAAGGGATGGACGGTAATGGGAATGAGAGAAAGTAGGAGATATGGAAATGTTAGTAATACTGATTGTGGGACACTGTTC"_dna4, 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+"CCTTTTACAGAGAGAAGTAAAGAAGAGAATTTAAAGTAGCCAATTGTGTAAGCTTAAGATGATAGAGATCCAATAATTTAATGAATAACGATTTGCAAAAATCGAAATGAAATAATTGGTGAAGAATAAATATCTGAAAAAGTTGTGATGAAAGGCATGGGGTCACGACCAGCACTGTGGGAGAACCAAGGGTGGGCAGATCACTTAGGCCGGAGTTGGAGACCAGCCTGGCCAATTGCAAACCCCTTTTCTACTA"_dna4, +"TACTATATTCAATAGTTTGCATCTTAGAATGTCATATACTCCACTATTTAGTAGGTGGGCTTTTCATAGTTGGCTTAATCATTTTCACTTGAATATGTTTTTTGAGTTTCGTCCCAGGTCTTTTCATGGGTGATCCTCACTATTTTTAGTCATGAATAACTATACGCTCACCTAGGTACAAAGAGTGACCCACCAACTGCAAGTAAGTTTATTGTTCTAAGGTTTTGCAAATCTGTAACAGCTTCCTTTAAACATG"_dna4, +"TTAAAATTATATAGGATTACAAAGCCTCAATACCAACTATCTATCCAAAGGAACAAAACCTGAGAGGACTTAACATACCTGACTTCAAATTATTTAGAAGCTATACTAACAAAAAACAGCATGGTTTGCGCAAATAAGCCAGACAACATAGGAACGTGGAATAGGATAATGAGGAACTAAAATAAATCCGTACACTAAGGCGGAAACGCCTTTTCAATCAAAATGCCCGGAAACCTACTTTAGGGAAAGGATGTAT"_dna4, 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+"TTCCTATATATTTTATGATAGGTGCCTCTTTTGTTGAAATTGATCCCCTTTACATTATGTAATAGCCTTATCTCTTTTGATCTCTTTTGGGTTTTAAGTCTTTTTATAAGACTGTATTGCAACCCTTGCTTTTTTTTTTTTTATTTTTTTGCTCCATTTGCTCGGTAAGATATCCTCCCATCCCTTTATGAGCTATGTGTTCTCTGCACTATCAGATGGGCTCCTGATTGGCAACTGATGGCTTGTCTATACCAAT"_dna4, +"ACGCTGAGAGAAATCAGAGATGCCACGAAATAAATGGGTAACGTTCCGTGGCTCATGGGATGGAAGAGTCAAATATACTACAAAAGCCACTACCTAAAGCAGTTTACAATTCCAATGCTATTCCTCTCTAAGATTATAACACATGTCGTTCTTTTCAAACAGTGCAAAAACTATGCTAAAATGCTTAATGGAACAAAAAAGTGCCGCTAGTAGCCAATGCAATCCTAGGCCAAAAAAAACAGCTGGCGGACAATAA"_dna4, +"GGTAGGGCTGGATATGTAGAACATCCTATTAGCCAGTTTCCACTGGCCAGAACTGAGTCCACAAGCGAATTATGGCTCGGTATAGGAAAGGGGTTGGTAGTATTCCTGAAGTCAGTTGAAAATAAAATGGTTGGGAGCATACAGCATGGTACTACACTTTAAGAAGGAGATTGGTTGGCTAGACCTTGGAAAATGAGTCAGTCCTTCTTCATCTCCGTATTTCTTGCCTTTACTGAGGAGCCGACAAATGTTTTAC"_dna4, +"CGCCTCTGCCCCGAAGTTCGGGCGCCGACTGGTCAGCCCGGATAGACGCCCGGGGTTCGCCCTCCTCAAGTTTGGAGCCAAGCGACCTGAGCATCTGGAGAAGCTCTTCCCTCCACGGAGGACAGGCCCCCCAAGGGCAAGCGGCGCCGCGTTATTCTGAGCGCGCCGCGCCCTCTCGCCCCGCCCCGCCCCGCCCGGAGCGCGCTGAGCGCCCGCCGCAGCACCCCCGAGCCCGCGCCTCTGTTTCCATCGCCAT"_dna4, +"TGCACCTCATTTTCCTATAATATAAGATTAATCTAAATCACACTTTTCAGCCATAATGATATTTTTATAAGAAAATTTCTATTTCATCTATATCTCTAGACCACATTTGGAGTAGATTTTTGCAAAGTTAACCTAAATGCCTCACTCCCGACATTCAGTTCAGCTACCCAGCATGGTCACGGGAAAGTGTCAGCTTTAGCCCCCATTAGAAGGCCATACTATGACTATTTTTGTCAATATTTTAAAACGAACTCTT"_dna4, +"ATAACGCCACTTCTCCAACCAGGATCAAATGAGTATTGGAACTCCTCAAATTGTGCCGACTTAATCTTCCACCGTGTGCTAGTTACGGGTCACTGAACATACACCAGTGGCAAAATCGATTTGGCATTGCCATATTGTGTTTTGTTAGTACTACGTCAAATGCTATTGTTGTTTTCAGTTTGAGACAAGACTCAATTCTTCCACCGCTGTATCCGTGCACGATCCAGCACACCTGCTAGAGTCGAAATCCTGGGCT"_dna4, 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+"CATGTATACCTATGTAACAAACCTGCAAGTTCTACACATGTATCCCAGAACTTAAAGTAAAATAAAAAATAAAATTAAATTAAATAAAGAGCTTTGCTACTGAATTGAAGACAGGAAATACATGTGTGGCCACAATAGTCTTGCTAATACTTTACCTTCTACTTAGACAAACTTAGTTCCTAGTCATGGCATGGCTGAACAGCTGTAGGCCTTGACCCATTGAGACCCTGCCCCTAAATCCTGCAGCATGGAATAG"_dna4, +"GCTTCCAGCTTTTGCCCAATCAGTACAATATTGGTTGTGGGTTTGTCATAAATAGCTCTTATTATTGTGAGATGCTTTCCATCAATACCTAATTTATTGAGTGTTTTTAGCATGAAGGGGTGTTGAATTTTGTTGAAGGCCTTTTTGCATCTACTGAGATAATCATGTGGTTTTTGTAGTTGGTCCTTTATGTGATAAATTACGTTTATTGATTTGCATATGTTGAACCAGCCTTGCATCCCAGGGAGGAAGCCGA"_dna4, +"ACTTCCCTCCCCTAGGAAGTGACTCAGTTGTGTGAAGACAGTTCTGATACCCCCGTGATTTTATCCCTGACCCAACCAACCTGCATTTCTCATTCCCTAGCCCCTTGCCCACCAAATCACTCTTAAAAAACCTAGCCTTCAAATTCTTGGAGAGGAGGATTTGAGAACCATCTCCTGTTCTTGCTTACCTGACCCTGTAAACTCTTTCCCTGCTGCAACACCTGCTATTCTCAGTGTATAGGACTTTTTCAGGGTA"_dna4, 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total_time << " microseconds" << '\n'; + times.push_back(total_time); + } + int64_t sum = std::accumulate(times.begin(), times.end(), 0); + double average = static_cast(sum) / 10; + std::cout << "Average time: " << average << std::endl; + std::cout << "Throughput: " << 1000 / (average / 1'000'000.0) << " alignments/seconds" << std::endl; + return 0; +} diff --git a/baseline/software/source/hello_world.cpp b/baseline/software/source/hello_world.cpp new file mode 100644 index 00000000..48177062 --- /dev/null +++ b/baseline/software/source/hello_world.cpp @@ -0,0 +1,2051 @@ +#include +#include +#include +#include +#include +#include +#include +#include +#include +#include +#include + +int main() +{ + using seqan3::operator""_dna4; + std::vector times; + + // Prepare your sequences + std::vector> queries = { + "AATACCTGTTTTTAGAGGTATAGTAATAGAGTAGATGTGCCTCCCATAATAAATAGGGCTACTTGTACAAATACCCACCTTCCAACAAAGGACCTAATCAGCAGACACAAGAGCCAAAGCAGAGCGAAGGAATGCACATGGGCTTAGCTTGTAAAGCAAAGAGTAACAGCAAAAAATCATAAATTAAATTTCCAATTTAGGTTCATTTCATTGCCAGGTATCGAATCAATGGCTGATATTACTATCTACTTTTTGT"_dna4, +"GACGATTTGCCAGCCAATATTGAGAAGGGTGATTCTAAGCTTCTTTAGCTCTTTACTTGAGGATAACATGTGAGTCGTTGTGCTTGAGTTATGTTGTATGTGGTAAAGGTAAGACCGTTTTAAATTGTACCTAGGTAAAAGCCAAGTCCATCCCGACCTTTACTTGAATAGGAATCTTTCTCCATCGTCTATATTGTTTGAGGGTTGCCCAATAGATTCTATGATCATGCGGAACTTTGGATATGCTTGACACTTT"_dna4, +"GAGTTAGATAGCAAGGAAGTTGGGTAGTAAGGGAAGCAATGAGATGAGTGTTGTCATAGAAAGTTTTTAGGACAGTAGGCAATTCAGAGCTTAGTTGGGAATAAAGTTTGAAAAAGAAGATAGGGGAAACAGTTGTATAAAATTTGATATATTTCGGTTCACGCATAAGGTGTAGGCATTGCCATTTTATCTGGAGAAGGGTGGAAATGACATAAAAAAAACTGATAGATAACGTTTTGAGGAGGAGTAAATGATT"_dna4, 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+"AATCGTACTGGAAATCTACACGCAAAAACAACGAAATTTTAGTTAAAAAATATAATACATGAGGGATCTTGGATTAATGTGATATTTAAAAGTTTTTCTTATTCTTAAGAGATCGGACTAGATTAATTACTGAACAGCAATAATACAACAATTATTAACATTATTTGCTCAGGGAGTTGATGAATGGCACGGTCAATTGCTCACGCTTATAATCCCAGACTTTTGGGGCCGGTACGTGGATCACCTTTGAGGGAGG"_dna4, +"CCAAGGACAACCTGTGGAAAGCAGTGGGACAGAGTAGTAAATTGAGACAACAAAAGTTAGTAGACTGATAAAATGTAATTTGACACAAAATCCAGGCTTACTCCATACAATTTATTAATAAATGAATGCATTCAATGGACTACAATGTGAGTTGATTAATAAATGAAGTGACCCTATCTGGGTTCCCACACTGAATCCAGAGCTGTGACGGATTTGGTATCCAAGTGTCATGATCTGAGGTCAGCTCTCAAACATC"_dna4, +"ACATCATCAACTAGATGGAACCAAAAATAGTGCCAATCCACACCAACATTGCCAGGCATGGTAACATATTAAGATAACTGTCTGAAATGTTAGTAAAATTTCCATAAGGGAAAATTAAATTCAGAAGCTTGAATAAAAGGTACTGAGCGATAACTATAGAGAAACCCCTTTTAGCCAGAATTTAGTCTTTTTGTCTACAGAAAGGATATTTCTGTGTGTAACTGCTGATAGTTTCGATCCATGCTTTTCCCTTCTA"_dna4, 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+"TCCATCACGGAGGAGTCTAGCCAAGCTGCCAATCGCCTCGCCAGACAAAGAGGCCAACTGATATGCGGATTATTCAGGTGTGAACTGCCCAAGACGTATGAGCCCAGACCTTGCTTATCTCTGGGTTCCATCACCCGAGGGAAGAGAATCGGGAAACTTCAAAGGAAACAAGCCTGATTGATGCCCTTCCCTACGCAAATGTGGCGAGGCCATGGTAACGTGTCAGACTGAGTCCCTATTAGTCGTTAGTAAATAA"_dna4, +"ATCTCTGTGATATGATGTATCATACTGATTGATGTGTGAGTTGAATATTCTGCATCCCAGGTGCATAAATTCCATTGGCCGAAATGATTCTTTTTGTTTTTTTTTGAAACCACGGTCGTTCGTCTGTCACCTAGCTGAGAGTGAGTGCGGCGATCTCGGCCACTGTAACGCTCGCCTCCCGGGTTCCGCCCATTCTCCTCCTCATCCTACGTCGAGTGGCTGAGATCAAGTGTGCCTGCGACCCACTCCGGCATAA"_dna4, +"AACAAAATGAACGGTACTTCAACTGGTTCTATCAACTTATTACATTGATTCTTAGGGGAAGAGAAGGCATAATAGTTCCATGTAAATACATAGTATGTTCAGGGGCCAAAAAAATGCTATGAAGCAAACCAACAAAAGAAAGCAAATATAACTATGGAAGGTGGGATGCAAGTTCATTGAGGTAGGTCAGAAAGGGATCTCTAAAAAATGGATATTGAGCATAACTTCAGGAAGTATTTGAGATTAACCCCCACAC"_dna4, 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+"TTTTCATTGCTGTACGTTCCAAGTCTCAAATCTATCTCCTTTCTCATCGTATTTCCCTGACAATTCCCTTTTTCCCTTTTCTTTTCTTGTGATAGCCAAAGCCCTGGTAAGTTCTGGTGACGGTTAGTGTGCTAGCTAGATTGGCACCAGCAAGCACCAGTGTTATAAGTACATTCTACCAACCAGAAATGGTTGATTTTCATTCTCAGTACTAGCAATTTACAGTTTAATACTGGTTTTCTGAAAAACGATAATT"_dna4, +"AGTGTAGGGACCACATGGTTTCTAAATCGGCCATCCTGGTTGATCTCGAAGGCCTAATCTAAAAGGTCAGGAAACTAAGGTTATGGGAAGTTAAATGGATCATTTGCTAGATATCAGGACTCAGTGCAAGCTGGGCACTTATATTCAAATTCCCAGCGCCTAATTGTTTGCATTTCGGTTGGGAGTTCTCTAATAAATTTTCCTGGTATATAGACATAGTAGAGCCAACAGGACTAAATTCTTGTTTCCTTGGGAG"_dna4, +"TGTGCAGGCCTTGACCCGCACTCCAGTGTTCCTGCCGGCCTGCTAAGCAGGCAATACTACCAGTTGTGTGCTGCCCTGCCCCACTTTTTTAATTTTTTTGTTAAGCGAGGTCTCACTGCATTGCCCGGGTGGTCATATAACCATACCAGAATGGAAATCTCCTGCAACCCTGAAACATTAGATCTTCTAACTCCTGGATTGCGTTCTATCTCTAGTCTTCTTCTGTGTGAGGTGTATCCCCTCACTCTGTTGTCGT"_dna4, 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+"CACTTCTTGGAGACGTTTGAATTATGCGTATTACATCAGACTCCCAAAGCATTCCAAGTTATTCTGACTGCAGAGGGTCCCGGAGTCATCTTCATCTCTTGCCCTCTCTTCATTTCATCATCTTTCCCCTTCCGAAGCGCAGTGCTCAAGTGCTGTAGGAGAATGCGGATTCTGCTGTATTAAATACTACTAGTGAGACACAATTGCTTGTTAACACCAAACCCACTGTTAAGTGCAACGCGATTGCACCTAGTTT"_dna4, +"TAGTGCGGTACCCAAAAGTTAAGAGTCAAATCAGCTTGCGCCTAAGCTGAAACTGTCCTACTAAAAAGTAAAGATTAGCCAGGTGTGGTGGCACATGCCTTGTAAATCCCAGCTACTTGGGTAGCTGGGCAGGCAATACTTTACCCTGCGGTTGGGATGACCGGTCAGCCGGAATTGGCCACTGTTCCAAGCTGCGACGACCAGTCTGACTCACTTTTAAAAAACAAAGAGTTTATATCGGTCTAATCTGAAGCCA"_dna4, +"TGCGTCCATACAAAGTCCCCTTTTTGTGATAAGAGTTGGAACCACCTCTGTTGTAAATCTGGTCCAGGCTGGATTTCAGACTACTTTAACCTTTTTGGAAGGGGGTTTCCTTCCATAATTCTGTCCAGCAATGAATTCAGGCCTCTTGTGTTGTGGTGTACTCAAACTCACAAGTGTCGGTCCTATAACAGAGCAGACTTGAAACACTCCTTTAGTGGAATTTCCATGGAAATTTGACGCTTTAGTCTTGGTACAA"_dna4, +"AAGTTGTTAGACACACCGAAGGAACTGCTCAGACGACCCTCGCATTACTAAATTTGGCCTTTTACTTCATTAAACCAGAAGTAGATTCCGGTGCTAGCATTGTTGTAAGGAATGGGGGCAAGGGGAATTGGGTCCCGGTCTGATCAAAGCATGATTGTGCTGGCTGCTATCAAACCCTCACCCGGAAACTTTGGGCCGTCTCCCCTACAGTAAAAGAGTATACGCAGCTTCGCCAGAAATTATGCAAAAGTGCGAT"_dna4, +"GCCACCTCACCTTTCCTGGGAGTTGAGGGAGCAGAAGTGAAGCTTGATTACTGAAGCTGTGGTTAATTTTTTGTTGTGGAACCAGCCCCATTTCGACATCGGTCATCTCATTAGTATAACAAACAGGATATCATGGGTTTAGACCCATCCTAAGGAACCAATAATAGAAACAATTAATTTATTTTTATTTTAAATAAGAAATGAAAATTTTGATATGAGATCAATGAAAATTCCAATCCAAAACCCAAACATAATT"_dna4, +"AGGATTTTTTCAAAGAATATCTTTTGTTAATTCAACATTGTTTGCATTCGTACTCCCTTATTATAATGCCGCGGTTTACCGTTTAAGTAAATAAAAATAGGACTTCAATAAATTGAAATTTAAAATACAAAAGCCAGAAAAGTTTTTGTAATTTGTGCACCAATGGTGAATTTGACATTACAATTCCAATTTAAACGGAACACTGCTTTTTCAACAAATCTAATTAATTATAAAAATACAAACTTGAATAAAGATT"_dna4, +"ATCACAGATGGGCAAGGAGAGGGTTCATGCCCCTAGGCAGAATTCAGAAGGATTTTATTCAACCTTCGACTACTCTACAGTCAAATGTAAATAATTGTTTAGTTCCTGAGCATTTCATTTAATATTTATTTGCCTGGTTGACTGTGGGGTAATTGAACTAAGGAAAGTAATGTGATAAGAGGGATGGCTACTGTACAGATACAGAAATTGGAATAGATTAGCACTAAATGAGCCACGGTAATTCTGAAATGTGTTT"_dna4, +"AGTCCATTGTAGATTAATACGGGAGACGAAGTTTCATGAGGTTAATAACCACAGAAATGTAATTCCTGGCCTTTGTGGGACGAGGTCAAGAAGACACTGGGCCAGGGTTCAAGACCAGCCTGACGCGCAGTGAGACCCCCCTCGTGTAACCAAAAAAGAAATACTCTTAGCCATGCATGGTGCCATTCCTGCTAGTCCTCACTAGTCAGGAGGCAAGGCAGGGATGATCCTGTTGAACCCAGAATTTAACGGCTTC"_dna4, +"GATGGCTCTCACTTCGTTCATTCATTTTTGATCCTTCCATCACTGATACCCTTTTGTCACTTGATCGAATCGGCTTTTGCTGTGCATTACGTCATGAAGTTCTCGTGTCTGGTTTCAGCTCGCATAACGTCGCTTTTAAGGACTTCACTGCATGGTTAATCTAGTTATACTCTCTAATTTTTTTTCAAAGTTTTTGACTTCTTTGCCAGGGTTAGACTATCCTTGTTCAGAGTGTTTAATGTTTGAAGACTCTTCT"_dna4, +"CTATTCACTAATCCAGCTCCAACATTTATTATAATTCTACTTTTACCATTACATCATAATAACTGAAAATACTCACTATATTTAAAAAATATAGACTTATTATCTATATTTTATAGTGATGAACTAATTTCAGAAGAGGTTAGTACGTTGTTCATGGCATGCGGGCAAAGAGGACAAAGTCCTGTCATTCAAAGAGACCTTCTTTTGGAGGCCAAGCCCTTGGATATGAAACAGTTTTGTGTTACAGTCTTGTGAC"_dna4, +"GTTAATACTAATGATGTCTCTAGCCAGATTCAAAGGTATACAAGGCGAACCAACTATATTACTTGGGTCGGCCTAACCTGCCCATAAATATTCAGGAGCCTGACATCTGAAATGCATCTTAATGGTTGTTATGCTGGAAGACTTAATTTAGAACTACATCGCTCCCAGCTCTATGAAAGTATTGTCCATTTAGTTTTTTTCCAGCACTTGTAAAAGTCCAACTGTCACCTCTCAAGTGTAACTCTAACTAGAAAAA"_dna4, +"GCCTTCTTAAATCTATAATCTATGATTGCTATCTTTTTTTCTGTTTGAGATGGAGTCTTATTGCCACCCATCTGGAGTCAGTGGTGCAATCTGGCCTGCAACCACTGCCACACCCGGCTCAAGCATTCTCCTGCCTCAGCTTCCCAAGTACTTGATTACCGGTGAGGCCACTAACCCGGTAATTTAAATTTTTAGTAGAGACAGTGTTTCACCTGTGGTCTGCTGATCTTGCAACTGTAGCTGTTAGTGATCCCGC"_dna4, 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+"GATATGGTGGCCGATACTTTGACCACGGTGGATGACAGCAAATCTTGGTTGGAGAGCGAAAGAGGAATAACCCCTGGTATCCAAAGAATCTAACAGGGAAGCCCATCCCTAAGCCGCACCAGACCCTCAACTCTGGATACATGTAAGTACATCTAATATAACACTTTTGATCTACAGATTTATGAATTCTCTATTACACACTAGCTAGATCCTACCTCTAATACCACTTGGCCAATTTGGTGTCCTTTTAAAGAAA"_dna4, +"CCTCATCCCTGTACTTCGGTCAGGTGGTATTAGTGAGTGCGATTTCTAGTGGTCAGAGCAGGAAATTAGTGACCCATCTTTGACAGAAGCACCCTGTGGGGGCCAGACATGTGGAAAAAAGGCGGGCGGATGATAGGTCCACATCAAAGGCCACACTTACTCTAGGGGGGATCTGGAGCGGGAAGCCCTTCAGTTAGCCCCCATCCACTCGCGACACTGGAGGCGGCAGCCCACGGAGGGTCTCCTCGGACACAGA"_dna4, +"CCAAAAGGTGAAGCCTCGTCCTACTCAACATCCAGAAATTACCTAGTGTTGTGTGGTGCGTAGTCCCAGCTACTAGGAGGGGCTGAAGTGAGAGAACCCTCGAACCAGGAGGGGAGTGTCGTTCTCACTGGGGACCGGAGCCCCCGAACGTCCGTTTCATAAATAAATAAAAAATAAAATAAGAACTGAATTCCGATAAAAGAAAAAAGACAGTCTGTAATCTAACGCTTCTTGAAACTTAAACTAGCATTGCAAA"_dna4, 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+"TAGTATGGCCCAACAGCTACGTCCCCACTTCTGTAGCCACCGTTCTTTTAACAGAGTACATTTGCCATTCTTTCTGCGAGTGGACCTCACTATCCTTCTTGGTGGGCAGGACTTTTTTTAGTTTTCCACCAAATTTGTTAATGGAAAAGATTAAGTCTAATTCAGATTCTGAGGCTTCACGCGCAAGTCTGGGTCGGTGAAAGACGATACCTAGAGGGAGCACCATTGGAGAGACCCTTTGATTCATTTCAATAAT"_dna4, +"GCTGCAAAAACTAAATATGCCTGGTTATGAAAAATCAATAAGACATATGAGACCAAATGGGCTTCCTGTAAATCACATTGCCCTCTGGTCCATGGAGCATTTAAATTAGCAGCTCTAATTTGTTTAATGCCCCCAGAAGGGACTGTTGTATTGAGCCGGATGCACTATTGCCTCCAACTGGCGCGGGCAGACAGTCTCCCGTGTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGGACTCTAGAAAGGATGCTCTCTCTCTCTC"_dna4, +"GTGCTAGATAAAATAAATCAAGGCATTGTTTTGCTCTTGGGTAATAATCTGTCTGGAAGGGGGACATGTCCTTAAAGTGACAGAAACATAGGGCCACCGTATGCTTGGGAGGGAGTTCGGGAGAACGGATATTCATGAGGTATACAGGAGAAGGCTGAATCTGAGGTGAGTGGGAGGTCTTAGGGGAAATGTTCACAGTGTTTAATACAGGAAGTAACTTTTGGACGGGAAGCTGAAATAAAGTTTTTATTTTATT"_dna4, 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+"TTTACACATTGGTACGTCACTTCCACCTGCATCACAATGTCCCTCCTTTAGATAAAGGGTAAAATTACAGCTTGCGAACTCCGTCTTGGATTACTCCTTAAGAAATTAGACAAAGAATTACTGGGTGCAAGATTAGGGAGTAAAAGATCTGAATGATAGATAACACAGGGTTCGATCGAGAAAAAAAAGGTATGACAGAAGACACTGACACTTCAAACAAGAGGATGAGGTTGGACAACGATCAAGACTGACTATT"_dna4, +"AGATCGGGTACAAGACCAAAACCCAATGGTTATGGTACCCAAAACAGAGATTAAACCTATCGGAGCAGGACAAAACCTTAAAATCCAAACATCTACAACCACAGCATCTGAACAAACCTGATAAAAATCAAATGGAAATGGGGTTGATTCCCTAGTTAAACGTTCGATGCTGGAAAAAGCTGGCTCTCAATATGTTGAAAAAGTCGAAACTGGCTTCCTTCCTTATACACCTTTACAAACTTAATATCTAGATGGG"_dna4, +"TAACAACACCAATGGCTGTGGGAGGATAGCGGATATTTCACCATTGGATCTGAGCAACATTTAATCTGGTTATGTCTCCTTTTTGGTCAAGTTCCATAAAGTGTAAATCCAGGCCTGTTTCCATTGTAATGGCAACGGATTATGACTTAACAACTTTGTGATGTCCAGGCTATACATAACTTGGCCCTTGTTCCGTGAGTCAGACAGAAGCCGCATGTGAAATTACTCTACTTCCCCCTGGCAGGTTTCGAAAATC"_dna4, +"TACTCATGATTCCGGATCAGTAAATAATGATACGGGAAATTCCAAATAAATAGATAAGAAATAGGATAAGGAGGTAATTTTAAACCTTTGCAGTAACAAAACCTCTACTCCAGTCCCGTAAATACTTGTTCCAGGGGTAAAAATAAACCCCCGGGTTTCTTCTTGTGGTTTTTACAGAGACTTCTTTGCGTGAGTACATAAAAACAGGCGGTGGGGGTAGCGTGCCTTTCAGTGGAGAAGCCCAACAAACACCACC"_dna4, +"TCATTTAACCTTCAGTCTTGTAACTTAACTCCTGAGTGCAGTTTTTCCCCCATCATTGCATTTAAATTAAGCAAGACGTAACCCCCTTGGATGCGCATCCCTCTTCTAGCTCTTTCCCCCCCTAGAATGTATGTATGTTGTGATGTATGCATATTTATGTATGTATGGTACTTTTTTGATGGATGTTTGAATGGAGTTTAAATGGGCTCTTGTTGCCCAGGCCTGAGTGGCATAGCACAGTCTTGCACTTGCAACC"_dna4, +"TAGGTAATGAGAAATCAGTCACCAATGGAACGGAAGGGAACAATCTTCTCGTTGGAACTTAGTAGGGGGCGAGGGGGGGGCAGGGAATAGCAATTTGGGAGATATACTAATGGCTAGATGACGCGTTAGGTTGGCAGCCACCCAGCAGGACTGTATACGTAGACAATCTCACCATGTGCACGTGTCCCTAAACATAAAGTTATACAAGAAATACATAAATATACATACTTGGGGAAAGAAACTAAGACCAGGGAAA"_dna4, 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+"AAAAAAAGGGCACTTTAAAGACTTTAGAATGAATTCATTGATCATTCTTAGGTCTATACATATTGAAGAACTTATGATAGTTCAGGGCAGCACAACACTAAAGCCCAGGTTAAAATTAATACACGCCCTTATCCCTTTGGCTAAAACCAAGGTTGGAAATCAAGATAATCCGGGTAACCTTGGAGGGACATTGTCAATTATGAAAACTTTACATCAACATCAAAGATCACAGCTCAACATCAAAAAAAAGCTTTTT"_dna4, +"GAGTTTTTTTAGATCTACCCCAACATATATTCACATTCCCTTAAACTTTATTTTCTCCAATCAAATTTTTATTTCCTTTTATGGAGTACTCTCTGTTATACTTTATTAGGTACCGCTTTATTAGATAAATATAGTACTAACGATTCAACCCCGAAAAAAACTTTCAAAGATCATTGCAATATTTTTCTAGAATAACCGGCGAAAAAAAAAGAATAGGTAAAAAAAATGAAATACTGAAGCAGACTCTAGATTCCAA"_dna4, +"TTAATTTTAAAAGATCACTTTGACCCATGTGTTGGAGGTAGATAATGAAATTTCTTTCGCGAAAGGCAATGAATATCCTTGTGCATGGGCATTGCTGAACGTAAACTCTGGAGTTACAGTAATCTTGACCCTTTCTAGGAAGCTTGCCATCTGTGCCCAACAACTATGATTTTGATAGTTTCTCAGCAATTGCTGGCATTTTTGAGCATGAGCATGGCAGGACTTTACCGAGCATTTACAGTGCTGTATTTACAAA"_dna4, 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+"TACAGGCTTGTGAGCCCAAAATGACATCACATTTCTTTTTCACTCCACTGGTCCTTCCAACGTTTCTATAACCAATTCCCTAAATTAAATCACTTTGTCTGATGTACCTAGAGTGGTTTCTGTTTACCTGACACTTATCGAAGATTTATGAGTGCCTACTGTGTTCTAAGATGTTCTAAGAACTAGGACTGTGAGACTGAACAAGAGTGGAATAGTGGATGGGGTCAGAGAGATTGGCAGAAGCAAAGCCATACAG"_dna4, +"CTCAAACTGGGACACATTTTCCTACTTGCCAGGGGAATGGAGCCGCGTGCTAGAGCATACATGAAGCCACAGAATACCACATATTCATGGTATGTGGATTTAATTAAAACAATGGCCTGGGGGCAGAGTGTGTGCCATTTTGGACTTTTTTACACAACTTTGTGACAAGGCAAAGTCATCAGCCTTCTGCTTTTGCATTTCATCTAATTTCATGTTTTCTTTTTTATGAAAGATTGAAGTTTACTTTTTTTGAAGT"_dna4, +"CTTAGTGGATATGAAGTTGAAAATTTTTTTTTAAAGTCTGAATTATCCATCAGACATATGCGTTGATCCAATTCACCAGGTAACTGCAAAATAGCCTACTTGACTCTAACTTATGAAAACAAAAGGAAAGTGGAGTGGAAAGAGCTGATCAGCTGTTGAGAAGTGTTTCTTATGTATGTTTGGGTACATATACTACACATGCATCTATATATGTAAACACATACATGTAAATTTGTATGTATAGAGAAGCTCCTGC"_dna4, 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+"CATGCAGATCTGTGAGTCAATTAAACCTCTTTCCTTGATAAATTACCCAGTCTCAGGTATGTCTTTATTAGCAACGTTAGAACTGACTAATACAGCATTGAATCTGTTAATTACTTGGGCAGTGTGCCTATTTTAACAATATTGATTCTTCCTATCCATGAGCATGGAATGTTTTTCCACTTGTGTCATTTCTGATTTCTTTAGCAGTGTTTTGTAATTCTTGTTGTGGAGATCCTTCTCTTCCCTGTTTATTTGG"_dna4, +"GCCAGATCACCTAGAAAGGGAAGCCCATCAGACTAACAGCAGAAACCCTATAAGCTGGAAGAGATTGGGGGCCAATATTCAACATTCTTAAATTAAAAAATTTTCAACCTAGAATTTCATATCCAGCCAAACAAAGCTTCATAAGTGAAGGAGAAATAAAATTATTCCCAGAGAAGCAAATGCTGAGTCATTGCATTACCACCAGGCCTACGTTGCAAGAGCTCCTGAATGAAGCACTAAATATGGAAAGGAAAAA"_dna4, +"TTTGCTCCTGTAGGCAAACAGGGCATCAGTAGGTCAGTAGTGGTGGTTGCCAGGACGGCCTTGGACAGGGATGTCCCTGTTCTTGGGCCTATGCATAATTTCCACTCCTGTCACTATCGTCCTTTGTCCATGAACCCATTGAACAAGAACTGGACTGGCTGGTGGAAAAGGCCATCTAGTTAATATCCACAGAACAGATCTGCTGATTAGTGAAAGCTTCCTGCACAGCGGGGGCCCATGGTGAGCAATCATTTGG"_dna4, 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+"TGTGTTACAAACAATCCAGTTATACTCCTTCAGTTATTTTTACATGTATAATTATTATTGACTATAACCCACCCTGATGTGCTATCAAATACTGGATTTTTTTTTTTTAATCCGTTAACCATCCCACGTTTCCCCAATCATCCCCCTACCCTTCCCAGCCTCTGGTAACCATCCTTCTGCATTCTCTCTCCCTGAGTTCAGTTGTTTTGTTGATTTTTTATATTGTTTCTTTTGTTTTGATTTCATTTATTTCTGC"_dna4, +"ACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATAGCATGAACCCGGGAGGCAGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATTGCCCCACTGCACTCCAGCCTGGGAGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATGGCTGAGAACTTTGCAACCCTGTACTCACCATTTGAAAAAAATGCAAATAAAATAATTCTTATTAAATGTCTACTTCTCATGGCAAAACTAGTAAGTGGCCAATGCTGAAAAAAATTT"_dna4, +"GGGCATACGGAGAAGCGGCCTCCCATGAGGTTGTCTGAAGAAAGAGTAACTAGAAGTGGGAAAAGAAGACACTGTGGGAGCAGACAGGGCAGCCTGGATAAGCATCTTCACACCAACTCCTCTCTGCCACCTGGGTTACCCCAGCAACGAGGCCAGGCAGGGGCCACAGAGAGGAGCAGAGGGGCAGGAAATCAGTGGGGCAGGCGAGACAGGAGCATGGTGGGGGAGTGGGCAGAGGACTGGTTCTGCCTGGGAG"_dna4, 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+"CTTTTATTGGACATTTGGGTTGATGGACATTTGAATATTTAAAGATTTTGACTTAGGCCGGGCGTGGTGGCTCAAGCTTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAGGGCGGGCAGATCACAAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAACATAGTGAAACCCCCATCTCTACTAAAAATACCATAATTAGCGGGGTATGGTGGTGGGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGACAGGAGAATCGCTTG"_dna4, +"TGCTTAAACTAGAACTAGAGTGTCAGATTTCAATTTTGGAATATTTGCATGATACTTACCAGTTGGGCACCCCAAGTCTGAAAATCTGAAACCTGAAATGCTTCAATGAACATTTACTTTGATGTCATGTTGACATTTAATGAGTTTTGGATTTTGGAGCATTTTGGATTTCAGAATTTCGGATTTGGGATGCTCAGGCTGTAGTAACTGACAGGAAGTGGGTTGGTTGGACAGTGAACAGTCTGAGGGAATTTTA"_dna4, +"ACAGGCCAGATGCCCATGAGAACCACAACAATTCCTGTCCCTGAGACTAAGAGACAATCATCCCCTGTGGATGATTATGTAGAGTCCATTGGATGAAGTCATGGATAAGGTCCTCGACAGCATCCCATGGCAAACATAACAGCAAGTATCACATGGCTGCATCTTGTGACATCTCCCAGGAAAGATTCACGGCATTATATTTACGTGCAGTCAACAGAGGCTCAAAGGAGTGGCCTGATCCATGTGTAAACTGCAG"_dna4, 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"AATACCTGTTTTTAGAGGTATAGTAATAGAGTAGATGTGCCTCCCATAATAAATAGGGCTACTTGTACAAATACCCACCTTCCAACAAAGGACCTAATCAGCAGACACAAGAGCCAAAGCAGAGCGAAGGAATGCACATGGGCTTAGCTTGTAAAGCAAAGAGTAACAGCAAAAAATCATAAATTAAATTTCCAATTTAGGTTCATTTCATTGCCAGGTATCGAATCAATGGCTGATATTACTATCTACTTTTTGT"_dna4, +"GACGATTTGCCAGCCAATATTGAGAAGGGTGATTCTAAGCTTCTTTAGCTCTTTACTTGAGGATAACATGTGAGTCGTTGTGCTTGAGTTATGTTGTATGTGGTAAAGGTAAGACCGTTTTAAATTGTACCTAGGTAAAAGCCAAGTCCATCCCGACCTTTACTTGAATAGGAATCTTTCTCCATCGTCTATATTGTTTGAGGGTTGCCCAATAGATTCTATGATCATGCGGAACTTTGGATATGCTTGACACTTT"_dna4, +"GAGTTAGATAGCAAGGAAGTTGGGTAGTAAGGGAAGCAATGAGATGAGTGTTGTCATAGAAAGTTTTTAGGACAGTAGGCAATTCAGAGCTTAGTTGGGAATAAAGTTTGAAAAAGAAGATAGGGGAAACAGTTGTATAAAATTTGATATATTTCGGTTCACGCATAAGGTGTAGGCATTGCCATTTTATCTGGAGAAGGGTGGAAATGACATAAAAAAAACTGATAGATAACGTTTTGAGGAGGAGTAAATGATT"_dna4, 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+"TCCTTTAGACAGAGCGGATTGGAAACACTCTTTTTGTGGAATTTGCAAGTGGAAAATTCTAGCAGTATGAGGCCAATGGTACAAAAGGAAATATCTTCGTATAAAAACTAGACAGTATCATTCTCAGAAACTGCTTTGTGATGTGTGTATTAAACTCACAGAGTTGAACATTTCTTTGCATAGAGCAGTTTGGAAAGACTTAGTTTGTGCAGTGTGCAAGTGGATATTTGGAACTCTTTGAGGCCTTCGTTGGAAA"_dna4, +"AAATCTAAAAACTCCCAAATGATCTCCATTTACTCCATGTCTCATATCCAGGTCATGCTGCTGCAAGAGGTGGGCTCCCATGAGCTTGGGCAGCTCCACCCATGTGGCCTTAAAGGGTACAGCCCCCCTACTGGCTGCTTTCATGGCCTGGCATTGGGTGCCTATGGCTTTTCCAGGTGCACAGTGCAAGCTGCCAGTGGATCTTCCATTCTGGGGTCTATAGGACGGTGGCCATCTTCTCACAGCTCCACTAGGC"_dna4, +"CATTTTTTAAATCAAAATTACAATATTGACCACATGGAGATCATCCACGATCCTTGTAAGAGCAGTTTTCTTGGAGTGGAGTAAGTTTGAGGGAGAACAGGAGGAGAGGAAGTGAAGGCAGGGAGTTACAGGAGGTGAGAAAAAGGCTTAGGGGAAAATATGGTCAAGGAGTTTTGTTGTTTTTAATGGAAGAAATAGCAGCAGGTTTGGAGTTTCTGTCTTATTTTGTTTCTTGGCCCTCGGGAAAGAGGATTAA"_dna4, 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+"AGATCTTGTCTCAAAAACAAAACACTAAAAATCTGTTCAGGCAGGTATCTATTCTCCTCAGTGATTTTTCTTAATGGCATCTGGGAACTCATCTGCTATTTCTAGGTCAGGAAAAATAACTTCTCCTGTTACCTTGATTTTTTTTATGCCAAACCTTTCTAAAATTGTCAAATCGGCCGGGCACGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGAGGGCGGATCACGAGGTCAGGAGATTGAGA"_dna4, +"TCTTCACTCCCTCTTGTAGCACCTCCACCCTCGCCTCACTGCCTACTCCACACTGCTGCTGGGGCAATCTTTAAAAATACAGAACCTATCTTGTTCCCTCTTAAAACTAGTCCATGGGCTGGGCGTGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGAGCAGATCATGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAATATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATTTAAAAATTAGCTGGG"_dna4, +"TTAACCTACATAGAGTCCCTTTCTGATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCCCGCTTTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACAATCTCAGCTCACTGCAAGCTCCTCCTCCCGGGTTCACACCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCACCCGCCCCCATGCCCGGCTAATTTTTTTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTCGATC"_dna4, +"GGTGGATATGTGGATAGCTCTGAAGATTTCGTTGGAAACGGGAATTTCTTCATATAAAATCAAACAGAAGCATTCTCAGAAACTTCTCAGTGATGTTTGCATTCAGCTCATGGAGTTGTACACTTCCTTTCATAGAGCAGGTTTGAAACACTCTTTCTGCACTACCTGGAAGAGGACATTTCGAGCGCTTTGAGTCCTATGGTGAAAAAGGAAATATCTTCTCATAGAAACCAGAAAGAAGCATTCTCAGAAACTT"_dna4 + }; + + // Set up the alignment configuration + auto config = seqan3::align_cfg::method_local{} + | seqan3::align_cfg::scoring_scheme{ + seqan3::nucleotide_scoring_scheme{}} + | seqan3::align_cfg::gap_cost_affine{} + | seqan3::align_cfg::output_score{} + | seqan3::align_cfg::output_alignment{} + | seqan3::align_cfg::parallel{8}; + + // Align each query against each reference + for (int i = 0; i < 10; i++) { + auto total_time = 0; + auto start = std::chrono::high_resolution_clock::now(); + auto alignment_results = seqan3::align_pairwise(seqan3::views::pairwise_combine(queries), config); + auto end = std::chrono::high_resolution_clock::now(); + auto duration = std::chrono::duration_cast(end-start); + total_time += duration.count(); + + std::cout << "Time taken: " << total_time << " microseconds" << '\n'; + times.push_back(total_time); + } + int64_t sum = std::accumulate(times.begin(), times.end(), 0); + double average = static_cast(sum) / 10; + std::cout << "Average time: " << average << std::endl; + std::cout << "Throughput: " << 1000 / (average / 1'000'000.0) << " alignments/seconds" << std::endl; + return 0; +} diff --git a/baseline/software/source/local_linear.cpp b/baseline/software/source/local_linear.cpp new file mode 100644 index 00000000..c19b503a --- /dev/null +++ b/baseline/software/source/local_linear.cpp @@ -0,0 +1,2051 @@ +#include +#include +#include +#include +#include +#include +#include +#include +#include +#include +#include + +int main() +{ + using seqan3::operator""_dna4; + std::vector times; + + // Prepare your sequences + std::vector> queries = { + "AATACCTGTTTTTAGAGGTATAGTAATAGAGTAGATGTGCCTCCCATAATAAATAGGGCTACTTGTACAAATACCCACCTTCCAACAAAGGACCTAATCAGCAGACACAAGAGCCAAAGCAGAGCGAAGGAATGCACATGGGCTTAGCTTGTAAAGCAAAGAGTAACAGCAAAAAATCATAAATTAAATTTCCAATTTAGGTTCATTTCATTGCCAGGTATCGAATCAATGGCTGATATTACTATCTACTTTTTGT"_dna4, +"GACGATTTGCCAGCCAATATTGAGAAGGGTGATTCTAAGCTTCTTTAGCTCTTTACTTGAGGATAACATGTGAGTCGTTGTGCTTGAGTTATGTTGTATGTGGTAAAGGTAAGACCGTTTTAAATTGTACCTAGGTAAAAGCCAAGTCCATCCCGACCTTTACTTGAATAGGAATCTTTCTCCATCGTCTATATTGTTTGAGGGTTGCCCAATAGATTCTATGATCATGCGGAACTTTGGATATGCTTGACACTTT"_dna4, +"GAGTTAGATAGCAAGGAAGTTGGGTAGTAAGGGAAGCAATGAGATGAGTGTTGTCATAGAAAGTTTTTAGGACAGTAGGCAATTCAGAGCTTAGTTGGGAATAAAGTTTGAAAAAGAAGATAGGGGAAACAGTTGTATAAAATTTGATATATTTCGGTTCACGCATAAGGTGTAGGCATTGCCATTTTATCTGGAGAAGGGTGGAAATGACATAAAAAAAACTGATAGATAACGTTTTGAGGAGGAGTAAATGATT"_dna4, 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+"CGACTCCCCCTGCTCCTCCACCACCCAGACCCCATGGGAGGGACAAGAGGGAGGGCCGGTGGGTCACAAGTCCTGCATCACCTTCCTCGGCAGCGCTCCGAATGAGGATTTTGTGTATCCCTTACCTCCCCAGTAATTCCTTGGTTCACTAGGGGCCCATTGTTCTGTTCAGAGTCCCTGACACCAGTCTTTGACAAACTCTTTGTGGAAGTCCGGGTGAAAGGAAAACAAATGATTGTAACCTTCATTTCTCCCC"_dna4, +"TATGTGATAGCACCTAAAGGTGGTTTTAAGTGCCTGTTGTTTGGGACATGCTTTCCGACAAGAGAGAGATGGGCCATGGATAGATACTCCACTGCTGCACCAACACACCAATTGCCATTTCCTTGTCGTCTTTGACATTTAAGTCAAGTGCTCAAGTGCTTCAGCTTTCCCTGGCTTAAGTCGTCACCCTTAGTTCTTGACATGTTCCTATATTTTATTTTTCTCCCTGCATTGGTGACTGGAGTTCTATCAGTTT"_dna4, +"GCAGCAGTTGAAAGGAATCTCATTTCTTTGAAAGACTTCAATTGGAATAGCTGTCATTTTACAGCTCTAACTGAAATCTTTAATTAACTAAGGGGGTCTGGATGTCAGAGCGAGGCACCGTCCAGGCACAATACACCGCACTTTAATTTCCGCATCTTTCTAGCCTCACGCATTTCAAGGTAGCAGTGGTTCCTTAATACAGCATCAGGAAAACAGGACAGAATCAAAGAAAGAATCCGCAAGAGGCGAGTGGGGG"_dna4, +"CTGGATGGTGGTGGGGTGCCTGTAATCCCAGCTATTGTGAGGCTGAACGGAGAAATGCTTGAACCCCATGAGGCCGAGGCTATTTCAGGGCACGAGAGCCAACATTGCACTCCTGCCAGGCAGGAGAAGGAGTTGATATTCCATCTCAAAAAAAAGATACGAAGAAGATACAATATTTGAAATGAATGGAAATCCAAAACCACAAGAAAATGTATTGAAGTACACGAAGCGATAATTACAAAGGATAATTTGATAA"_dna4, +"AAAGTTTTGTTTGTATTATAAATATTAAATCTTTGTTGGATATGTGTTTTGAAATAACTTTTTATCTTTTAAACGATGCGTTCACTAACACATTTATTAATTTTTTAAAAAATACCTATGTGTTTTTCATGTCGACGTCCTGTTATTAGCCAGTCCAGGGCTCTCTTCACTCACGGAACCTTGCCCCTTGGGTTAAAAGTGTTGGACGCCCCCCCAAGCCTCCTAGTAATTGGGTACAGTGTGTACTAACGCCTTG"_dna4, +"CTCCTTTGAGAACTTTTTACAAAGTTGTGGATTCAAGGCTTTAATGCCGACGGCAGAAAAGTAATACTCTTCGTTTAACCTGGACCAGAATCATTCCCACAAAACTGGTTGGTGGAATGGGGTTCGTTCAACTCACGATTAGCATTCTGTTCATAGAGAAGTAAGACACCCCGTTCTTAGTCGTAGGGATATTTAATCGTGGGGCTTTTGGAAACGGATTTCTTCATATTCTGCTAGACAGAAAGTCCCAGTAACC"_dna4, 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+"GGGTAAAGGTTGACACAGTCTTCGACGATACTGACTGGCCAATGCGCGGGGAGCGTTCTGGGGGGTGCGGCCACTTACTTCTCTTAGTCATACTTGAGCAGCGTTTTCCCGGTAGAAGCAGGTGGTCTCCAGGGGCTCTTTGCAGGAGTACACTGCACGCACTGCTGAATGCCCGAAGGCTCGTTTTGCCCGCAGCGGAAACCTGCCAAGAAGACCCGCTGACAGCCTAGCATAAGAAATTGGGGGCTCACCGTCT"_dna4, +"TGACATTTCAGCTGGCAGAAATATTTCTCAGTAACGGGTGCAAATATATAATGTGAAATTAAAAATGAAATCTGGTCACATGGCAATTTCAATCATAATTTAGCTACCTTATATCCATTTCAAATTTCCTTTTCTCAGCTCCTATATGCCAAAAGAAAACAACAACAGCAGAAGCAAGGCACTACCTATCCCTTAGTCGTTGTCATCTCACCAACCTGTGGGTGAATACCGGTCCCATTTTAAATTAAGAGCCTGG"_dna4, +"CTCAGGTGTGTTTTAAAACCGAAATAGTTCACTTATTCAAAGTCTCCCTCAAACACATACACTGTGCCTCAAGAGGCAATGGATCTAAGTGATGACTAACGCCCTGAGTACAAACCAAGCTTCTCCCACTTGCCAGCCCATCATCTCGGAAGCCAAATGACTGACCATGGGTTATCAGTCGCCCTATCCTTCCTTGATTCTGAAATTAATAATTCCTTCCCAATTTTAACATACTGAACTAAGCGAGTAACTCTAA"_dna4, +"CGCTGATTGTGTTTTCACGGGTGAATGCGTAAAGTGCAGGTGATGATCCATAATTGTACTGGTGACCTCTTTGTAGTGCTTTAAGAAATCATGATGCAGTTCTTGTCATTTAAGGAGTAAATTACTTAGATTGTACCGTTTTTTAAAAAAAATCTAGTCCTGTATTATTATTTTGAGGGATTGGGACCCTGATATGAGCTCTTTCATATTGGGAAGCAACTGGCAAGATTTACAAATTGCCTTATCGTAAGACCCA"_dna4, +"TTCGGTGTACATAGAAAGAGCCAACTCCTTGTTTGTTCTTTTCCATTGTGTCGGGATACTTTACATCACTTCTACTTGCTAGTCGAGTTCTTATAGGGTGACAGGCCGTTTCTGGTATAACAAATTATAGGGACTGTTTTTAAGCTTCCAATCAATTGCTTGATTTGGAGAGTTTATCCAATAATTAACATTGTTGTATTATATGAAAACACTTCTCCCTTACATGTGTGTTAGCTCTTTCCGGTTGTTTCGGGTT"_dna4, +"AAAAAAATTAGGCTGTCACTGCTTTATCAAACGGAAAACTACCATTATGTATATTTCCTTTCACAGGCTACTTGCCGTGAAGTCTAGTTTTAAAGTCCTGAACGTTCTCAAGACAATTAATTGCTTTAGAATCTGTTATAATGAGGCAGATGTTGACTAAAGGGACTGAATTTAGGGAATTGCTTTTCTTCTGTCAAGTTGTCCAATTCAGCTTTCTGCCTGGAAGTAGAGCACCTCAAGGGGAGGTACATGTAAA"_dna4, 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+"GATATGGTGGCCGATACTTTGACCACGGTGGATGACAGCAAATCTTGGTTGGAGAGCGAAAGAGGAATAACCCCTGGTATCCAAAGAATCTAACAGGGAAGCCCATCCCTAAGCCGCACCAGACCCTCAACTCTGGATACATGTAAGTACATCTAATATAACACTTTTGATCTACAGATTTATGAATTCTCTATTACACACTAGCTAGATCCTACCTCTAATACCACTTGGCCAATTTGGTGTCCTTTTAAAGAAA"_dna4, +"CCTCATCCCTGTACTTCGGTCAGGTGGTATTAGTGAGTGCGATTTCTAGTGGTCAGAGCAGGAAATTAGTGACCCATCTTTGACAGAAGCACCCTGTGGGGGCCAGACATGTGGAAAAAAGGCGGGCGGATGATAGGTCCACATCAAAGGCCACACTTACTCTAGGGGGGATCTGGAGCGGGAAGCCCTTCAGTTAGCCCCCATCCACTCGCGACACTGGAGGCGGCAGCCCACGGAGGGTCTCCTCGGACACAGA"_dna4, +"CCAAAAGGTGAAGCCTCGTCCTACTCAACATCCAGAAATTACCTAGTGTTGTGTGGTGCGTAGTCCCAGCTACTAGGAGGGGCTGAAGTGAGAGAACCCTCGAACCAGGAGGGGAGTGTCGTTCTCACTGGGGACCGGAGCCCCCGAACGTCCGTTTCATAAATAAATAAAAAATAAAATAAGAACTGAATTCCGATAAAAGAAAAAAGACAGTCTGTAATCTAACGCTTCTTGAAACTTAAACTAGCATTGCAAA"_dna4, 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+"TAGTATGGCCCAACAGCTACGTCCCCACTTCTGTAGCCACCGTTCTTTTAACAGAGTACATTTGCCATTCTTTCTGCGAGTGGACCTCACTATCCTTCTTGGTGGGCAGGACTTTTTTTAGTTTTCCACCAAATTTGTTAATGGAAAAGATTAAGTCTAATTCAGATTCTGAGGCTTCACGCGCAAGTCTGGGTCGGTGAAAGACGATACCTAGAGGGAGCACCATTGGAGAGACCCTTTGATTCATTTCAATAAT"_dna4, +"GCTGCAAAAACTAAATATGCCTGGTTATGAAAAATCAATAAGACATATGAGACCAAATGGGCTTCCTGTAAATCACATTGCCCTCTGGTCCATGGAGCATTTAAATTAGCAGCTCTAATTTGTTTAATGCCCCCAGAAGGGACTGTTGTATTGAGCCGGATGCACTATTGCCTCCAACTGGCGCGGGCAGACAGTCTCCCGTGTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGGACTCTAGAAAGGATGCTCTCTCTCTCTC"_dna4, +"GTGCTAGATAAAATAAATCAAGGCATTGTTTTGCTCTTGGGTAATAATCTGTCTGGAAGGGGGACATGTCCTTAAAGTGACAGAAACATAGGGCCACCGTATGCTTGGGAGGGAGTTCGGGAGAACGGATATTCATGAGGTATACAGGAGAAGGCTGAATCTGAGGTGAGTGGGAGGTCTTAGGGGAAATGTTCACAGTGTTTAATACAGGAAGTAACTTTTGGACGGGAAGCTGAAATAAAGTTTTTATTTTATT"_dna4, 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+"CCATACCTCCTTTAGGGACAATGCCCACTTTCCTATCTATTCAAATCTAGGTTAAATGATGATGGGTAAATTTCAATGAATAGTCATAGTCCAAAAAACAATTCTACCAAACGTTCCTCTTCTCTAATTATATAAACTAGAGGTGAAGGGTAGCCTTCTCCAACCCATTGCCCGATAAGTCCCGCCAGGAGGAAGACCATAGCTTAACCACAGCCAAACACAAATTATCAAATTCACACAACTTTAGAAGTTGTTT"_dna4, +"TATCTGGTCTCCGGACCAGAAGTTCTTGCAGGTTTATTATATACATAGTTCTTACATTTAATTTTTTAAGAGTTCAAAAATTTTTCTTCAAACCAAACCGTGAAGACTTTGGGTCAGAAAAAATCTCTTGTGGAAGACCATTAACCCTAGGGAATAGCCCAGATATGGTTAATACAACATTTGATTCAGTCACCAACGGTTATAGAAGAGAGGGGCTGAGTATGACCTAAAGAGTGTCAACGGTTAGATCGAGGGT"_dna4, +"GTATCAACCAATCTGTCTCTATTTTGAATACGAGAACATGGGTTTCAATAATCTAGTAAAAGATATAAAACCGTACACTTCTACAAGATTAATTGGACTTCAACGCATGATTTCCCAAAGTTCTTCAAGTTAGGTGAGTATAGATTAGGACTTCAATCAGCCGTAATTGGCTGAGCAATATGAGATGTACACATTATCTCTCTCAACTTGAAGGAACCTTCTGGAAAAATGGTATATCCTTCCTAATCTAATGAAA"_dna4, 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+"CAGCAGGGGGTTCCCAGGCTCAGGATTATCCTTCAACTTCCTGGTTATGGAAGTTCCTCCGGTTCGATCAGGTCCTTCACAGTAGCAGAAACAGACTGAAGCTGAAGCCAATCCGTCAGCGCGGCCTTGGAAAATGCGAAGGTGCGGAATGTTTATGGGCACTGAATCACATGCCAGACTGGCCAATACATTACCCCCGAAAACTCGTACATCGTCGCAAAAACCTGCCAGCAGGACGACACTCCTGAAAGCCCCC"_dna4, +"AAAAATTTTCTTTGGCTAAGTGCGTGGCTCATGCTTTAACTCCCAGCAGTGGAGGCAAGACAGGCAGGATGTCAGCCTAGGAGTTGTAGAACCCGAGCCCGCGACAAGAAACCCTGTCTTATGAAAAGACAAAACATTAGCTGCGCCATTGTGGCATGCACCTGTAGGCCCAGTTTACTGGGAGGCTGAGGTGGGAAGTCTTCTTAGCTCCAGGAAGAAAGATGTTTCGGGTGAGTTAGACATCCCTGTCTCGATA"_dna4, +"CCTTTTGCATCATTCTTAGTATAACCAAAAAGCAAGGTATTTCAAAAAGATAAAAGGTTTCATTGAACTTAAAAAATTTTCTCCTTGAAATCATTTAAAGCCCTTGGCAAGGGTCTTCACCTGGATCCCGTACTGAGAGGCTGAGCTGGGAGGATCTTAGGCCAAGAGTTCCCAGGACAGCCTGGGCGCATAAGAGCTCCCCACTCTAAAAAAATTATAAAAATTAGTGGGATGGTGGTTCACGTGTAGTCTCAGC"_dna4, 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+"TAATGGGTACTGGGCTTAATACCTGGGCGATAAAATAATCTGTACAACAGATCCCCATAACGTAAGTTTACCTATGTAGCAAACCTGCACATGTAACCCTGAACTTAAAATAAAAGTTTTTTTAAAAAAAGAATGAATGAATTTTCTGGTTAGTATGTGACTTACCCAGGTAGACCTAGTATATTAACTGTTTATGAACACTATTTTGGCAGAAAATGACCAATACATCCTATCACTTCATCTTTAAGTGCTGCAA"_dna4, +"GGCTGAGGTAGGAAGATCACTTGAGGCCAAGCATTTGAGACCAGTCCGGGCAACATAGAGAGACCCCCAACATCTATGTGAGCATGGTGGTGTGTGTCTGAAGGCTTAACTATTTGGGGTCCTGGCAGGTTGAGTCTGCAGTGAGCCATGATCATCACTGAACTCCAGTCTGGGCAACAGAGCAAGACCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAGAAAAAGAAAAAAAGAAAAGAAAAAAAA"_dna4, +"CAGGAAAACTGTGGCACAGGTCAGAAGTATTGAGGGAAACTCCTTCATAAGAAGCCAAGGAGTTGGCAGTCAGCGTTTCTCCTTGACACCTACTATGCACTGCACACACTCCATTCACCTAATTGAATCCTCCCAAAAACCCTATGAGGTTACAAAAGGTGGAAGTGAAGCAACTCATGAATGATTAAGCAGCTTACTGCTGATAAGGTTCAGGGCTGGAATTTGAATCCAGCTCTGCCTGGCTCCAGAGCCTGTG"_dna4, 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+"ATCTGGTGGTCCCAGGTGTTCTTTGGTTTGTGGCAATGTAAGTCCAACATCTGCCTCAGACTTCAAATGACCTTCTCTCTCTGTGTCTTCTCCTCTTCTCATAAGGACAACATTGTATTAGATTGGTACAAAATAATTGCGGTTTTTTGCCATTGCTTTCAATGGAAAAGACCACAATTACTTTTGCACCAACACAATATTTAGGGCCCACCCAGGTAATCCAGGATGATCTCATCTCAAGATCTTTAATTTAATT"_dna4, +"CTCACACCTCCTTTAGGTCACAATTTCTGCCAAAATTACAACTACTAATCAATTGGGTTCACATGTGTTACTGACATTAGAAAAACATCTTTCGGCTGGGTGTGGTGGCTCACACCTATAATCTTAGCACTTTGGGAGGTCGAGGTGGGCAGATCACTTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGCGGGCGCCTGTAA"_dna4, +"AAAAAGCATCATAAAGTCAAAAGGGTCATTTTCCTTAATATATAGTATTCCCAAAAACTATTAATAAAAAGACCAGTGAGAAAAGACCACAGGAAAGAATACAAATGGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTTGCTCTTGTCACCCAGGCTGGAGTGTAGTGGCGTGATCTCTACTCACTGCAAACCTCTGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTGGCTGGGATT"_dna4, 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+"ACCAAAAAGAAACCTGTGGAAAGCAGTAGGAAAGAAGTAGTAAAAATGTAAATAAAAAAAGTTAGAAAACAGAAAAATAGTAAATTTGACGACAAAATCCAAGAGCTAACTCCATAAATTTTTGTTAAATAAATGAATGCATCAATGACTAAATGATGAGTGCATTAATAAATGAAGTGACTATCTGGGGTTCCCACATCTGAATCCAGAGCTGTTACCTGGATATGGTATCCAAGCTGTCTATGCTCTGAGGGTC"_dna4, +"AATTCTTAGGCATGATAACATGTTCAAGAAAATGAATGAAATGTTTTAGAAAGATTTCCATAAGGAGCAATTAAAATACAGAAGTTTGAATCATAAGGTACTAAGCCCATAACTATAGAGAAACCCTTCTTAGCCAGTAATTTATCTTTTTGTGTCCAGAAATAGATATTTCTGTGTGTATGTCTGTATACATTCCATCCATTTGCTTTTTCCCCTTCAAGCTAAGATAGGAGGTCTTCAGATTGTGATTTGCGTA"_dna4, +"GGATTGCTTGAGTCCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGGCAACAAGGTGAAACCCTGCCTCAGCAACAAGGTGAAACCCTGCCTCTACAAAAAATACAAAAATTAGTTAGGTGTGGTGGTGCGCACCTGCAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGTGTGAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCTAGATCATGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTAACAGAGCAAGACCTTGTCTCAAAAAAAA"_dna4, +"CCTTACACCTCAGCCTCTGGAGTAGCTGGGATTACAAGTGCATGCCACCATGCCCAGCTATTATTTTTTCTCTCTTGTAGAGATGAGGTCTCACTATGTTGCCTAGGCTGATCTCGAATTCCTGAGCTCAAGCAATCCTTTCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGCGCCACTGTGCCTGGTCCCCGTCCACTTTTTACACATGATGACTTAACCACGGCTGAGAATCTCAGATATATTTTTGT"_dna4, +"GGCTGGAGTGCAGTGGCACGATCTCCACTCACTGCAAGCTCTGCCTCCTGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCACCTGCCACTGTGCCTGGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCGTGTTAACCCAGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGTCCGGCT"_dna4, +"ATGAATCACTTCCTATTGAAGAATTTTACTGCTAAAAAATCAAGCAACGAGGAAAGATTTATTCAGTACAGAAATTACAAGACCTGAGGCTGGCAAAAGTGACTCAGACAAGATCCTGGAACACTGTCAATGAAGGTAGGAGGAGTCCCAGGTAGCTATGCTTCTGTGTAGTGCAGACTCAAATTCAGAACCAGTGCCTGAGGGTTTGTCCTGTAAAGGTAATAACCATGAAGAAACCACTGAAACTCAGCCTTAC"_dna4, +"AGAGTAATAAGATTTATAGAAGACATCACCCCATGAGTAACAAAATAAAACACGCTTCAAATATAACTAATTGTCTTTTTTTGTCTTCTAGTGTTAATAAAGAAAAGGCTATGAAGTCCGTGCCCAATTAGGGCATTTCAATCCACTCTGTTATTATACTTTATTATTTTAGTTCCCTGTGTCTGTAGAAATAAGCTTAAGTAGCCTGATAGCATACTTTTCAATGTAAGAAATAATTTAATCGAATTATACAATC"_dna4, +"GGACTAGGACTTCCCAAAACGATGCCATGTATTACCTTCCGCAGTGGTCCATGCTGTTTTCTGTACTTCTTGTTCCAAGATATTCCTATCTTTTTCAAAAGTTTCTGGCCCAGCTGATCAACAGGAATTAGATTATTCTCCTCCTTATGAGAGAAACACAGTCACTCAAGAAAATCTGATGAGAAATAATTGCATACTTAACAAATTCAAAGAGACCAACAGGATTATACCTAATTAAATATGCCTAGAACAGCAA"_dna4, +"CCCATTCCATCCCATTTCTAGGCAGGAGTCTAGCCAAGCTGCCAATCGGGCCCCCGCCAGACAAGACAAGAGCAACTGATGTGTGAACATGCAGGTGTTACCCTGCCCAAGAGATGAGCCCAGACCTTGTCTTGTCTCTGGGTTCCATCACCCCGAGTGTGAAGAGAATGGGGAACTCCAAGAAACCAGCCTGAGACTTCATACCTTCTCTCTCACTGCAATGTGGGCAGAGGCCCATGTGCAAAGGTCTCAGGAA"_dna4, +"TGATCATATCATTTTTGTCCTTCATTCTGTTGATATGATGTATCACACTGATTGATGTGTGTATGTTGAACTATTCTTGCATCCCAGGGATAAATTCCACTTGGTCATGATAAATGATTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCTCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGTAGTGGCGCGATCTCGGCTCACTGTAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTGGCTGAGACTA"_dna4, +"GGAAAAAAAAACAGGCACGTCACTGTTCTTATCAAGTTTACATTATTTTGGGGGAAGAGAGAGATAATAGTCAAGTAAATACATAGTATGTCAGGTGCCAAAAAAATGCTATGAAGAAAATTAAGCAAAGAAGAGAAATAAAAACATATTGAGAGGGTGGGATGCAAGTTCATGTGAGGTAGTCAGAAAAGGCATCTCTAAAAAATGATATTGAGGCAATAACTGCAGGAAGATATTGAGATTAACACCAACACAC"_dna4, +"TGTGATAGGCTGTGTCACAGTCAGCTGCATACACTGATGAGTACGCTTGTCTGTACAATATTATCAAATCGGGAGCTTCCCAAGGGCAAGGAATATTCCTAACACATCACTTTATTCCCACTCCGTAATTCAATTTCTGGAACACAGTAGGCACTCCAGCAGTGGTAAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGTAGTAGTAGTATTAGTAGTAGTAGTAGTAGCAACAGTACTAATAGTAGCAGCGGCAGCAGCAGCCA"_dna4, 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+"TGTAATGGACCACAGCTGTTTCTAATCGGCCATCTTGGATTGATCTCTGAAGCTAATCTAAAAGGTGAGGAAACTAAGGTTATGGGAAGTTAAGGAAACTGGCTAAGACATCAGGACTCAGTGACAAAGCTGGGATTTATATTTCAAATTCAGCAGCTGTAATTTTTTTTCCATTGTGTGCATCTTCTAAAATAAATAATCCTGTATATTAGAGATATAGAGGCAACAGACCAATTCTTGTTTCCTGGAGAGTTTG"_dna4, +"CTTGCAGGCTTGACCTACCAGGCTCAATCAGTGTTCCTGCCTCAGCCTCTCAAGTAGCTAAGACTACCAGTGTGTGCTGCCCTGCCCCACTAATTTTATTTTTTGTTAAGACGAGGTCTCACTGCATTGCCCGGGCTGGTCATCTACCTCCTAAGAATGGAAAATTTCTCCATTGCAACCCTGAACATTGGATCTTCTATCTCTGGATTCTGTTCCTTTCTTGGATCTTCTTCTGTGTCAGTTTCTCCTCACTCTT"_dna4, +"CTGGGAGGTTGAGTACTATTTCCTCCTTGGACAGAGAAGAGCAAGCCTTCTACTCCCTGTTGGTTCTGGCCACAGATCTGGGCTCCCCTCCCCAGTCATCAATGGCTCGCATAAATGTGAGTCTTCTGGATATAAATGATAACAGCCCTGTCTTCTACCCGGTCCAATACTTTGCTCACATTAAGGAGAATGAGCCTGGAGGTAGCTACATCACCACTGTGTCTGCCACTGACCCAGACTTGGGTACCAATGGTAC"_dna4, +"CTGTGTTTATTTTATTTAACAAATACCCAGGCTGGGCATGGTGGCTCACTCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGGCAAGGTGGGAGGATTGCTTGAGGCAAAGAGTTCTAGACCAGTCTGGGGAACATAGCAAGACACCATCTGTGCAAAAAGTAAAAAATAAAAGATTAGCTAGGTATGGTGCTGTGCACCTGTAGCCCTAGCTATTCAGGAGTCGGAAGGTGGAAGGATTACTTGAGCCTAGGAGTTCAAGGT"_dna4, +"ACCTGATGTTAGTTGTCCCTCACTGATTCAAGTAATTTCCTTTATTGAGGTGGATCTGCCTGTTGGTGGAGAACCCTAGACTGCATGCAGCCATGCACATGATCTGGAGACACAGCAGGTGAGTCCAGCATGTCAAGAGCAGATGACAATGAATGGAAAAAGCTGGTCTTGCTACTTTCTCAGTAACAGTGACTAGCAGTGTGTATGAAGAGATCAAAATTCTAAAGGTTCCCACAAATTTCTCAGTTTCCTATTT"_dna4, +"TTCCCATTTGTCAGTTTTTGTTTTTATCACAATTGCTTTTGGTGTTTTCATCATGAAATCTCTGCCAGCTCTTATGTCCAGGATGCATTTCCTAGGTTATCTTCTAGGGTTTTTATAGTTTTGGGTTTAAATTTAAGTCTTTAATCCATCTTGAGTTGTTTTTGTATATGGTGTAAGAAAAGGGTCCAGTTTTAATCTTCTGCATAGGGCTAGCCAGTTATCCTAGCACCATTTATTGAAGAGGGAGTTCTTTCCT"_dna4, 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+"TCAAATGAGTGAGTTAGTCAAGTGGGTCAAAAATCGCTGAGTTAGAAAAGGCATTTTAACATCCCCCTCACAATATGTGATATGTACTGAGTTGAGTGCCATTTTAAAATAATGACTACTTCTCAGCTTCTTGGCTAAGATCAAGGGTAGTAGCATTTTAGAGATTAATTTAAATGCTGTACATCCCCAAAACATTTTATATTATGCTTCTAATAGATTAAGATTTTATAAGTCATTATATGCATTATACATGCAT"_dna4, +"TAAGGCGGGACAACTGGAAGCAGGAAGTGGGGGTGCTTCCAGGTCAGAAGTAGGTTAGAGACAAAAGGTTGCATTCTTTTGAATCCTTCATCAGCCTTCCACTGAATACACAATTTAGTCTGGCTCAATGAATCTGCATTTTTACATAAATAATAGGGCAGAGGAAGCAATCAGATATGCATCTGTCTCAGGTGAGGGATGACTTTGAGTGCTGTCTGTCCTTTGTCCAAAAGGAAATTCTTTGTGGGCAAATTGT"_dna4, +"TTTCAAAATAAGCTAATGAATGTACTGAAAACACTGTGAATGAACAGACTACTTAGTAGAAGGCACTTACTTTTTGCAGTGTCCACACCAAGGAGCATAGAACTCAACCATCCAAACATCTTCACTGTCCAGAACATTCTTATCAAAGCTGTCGTCTGTCAGCTCAATCACATCCTTCTTACTTGAACTATCACTTCTGCCCTGTCATTTATGACATTAAACATCAAACAATTGGGCCAAGAAGAACACTTTTCCT"_dna4, +"AAGGAATGTTTTTTTCCAGTTATCTTTTTTCCATCCCTTAACCTTTTACGAAAAAAGGACTGAGATGGAAATTAGGCAATAAAGAAAAAGGAGTTGTGAAATTGTAAGAATATTGATGAGAACATCCTTTTGACTTTCATATTATTACTGGCCTCAAACACTCAACCTGTTTCAAAATTGCTTCACAGCTCTAGGGTCTTTTGTGAGAGCTTCTTTCTTTATGTCATAGAAGTCTTCATAAAGCCTGGTGCTTGAA"_dna4, +"ACCAGCTGCTTTTCATGGGATGCCCAAGTCCTTACTAAAGATGAAGATCTATAGTCACTTATTAAGTGAATTCACATCTGAGAAGGATAAAATGTTATTTAAAACAAAATACAGGTAGATTTAATGTAGAAGGATCAAATTCAATTCTGGAGACAGAATAATCTGTTGACCACAAAGTCTGATCCTCTCTGATATGTCTATAGTTTCTTTATTCTAATGCCAATGTGAGGATTGTCTTCTGTCCCAATGTCATGTG"_dna4, +"TAGAATTTTGTCATGAACTCATCTTAAGCTGTTTGTTATTGACTCACTGTAGCCAAACACAGCCTAAATAATTATGGATTAAGGTGTTCATAATATGATTTAAATTATGAGTGAAAAAGCATGCATTATGCATATTTTGTCAATGAGTTTTTTCTATGTTCATTTATAAGATTATTTGCTTTGGTGTTCTGGACATCTCTCAATAAATGTCATGTATTATTGTGAATATTAAGTGGTTCCACCTCGCCACACTGAA"_dna4, 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+"CTTCCCGCAGCCCTGCCGCGCCGCCGAGCGCCTCCAGGTGCTGCTCACCTACCGCGTCGGGGAGGGACCCGGGGTGAGTGCGCCCCAGACTGCGCCCGCCGCTGCCTGCCTGCCCTTCCGGCCCCCAGCCGCCCTGCACCCTCACCTACCCCACCCGGGAGGAGGGACAGGGAGGACCCTTCCAGAGCGTCCCTAGAGGGGCCTACTCCCCGCGCGCCGCCTCTAGGCCTCCTCCCCTTGCTTCCTCTTTTCCTCC"_dna4, +"TGTTGGCTGGTTTTACCAAGGGGAGGGAGCAAAGCAGTTGAACATGATATAAATTTGGCTCTCAGTACCTCTTAGATCTCAGAATATTAACTTAGTAAGCTTGAAATTAAACTAAATCTTAGGGACTTAGGGATTTAAACTAAATCCCCACCACATCTGATTTCCCCTTCCTCGAAATACCAATAGTACGTGCAACACAGACTTGTAGCTCAGAGGTCGCATGCTGTTTCAAATTCTTGGGATATGCATGTTACTT"_dna4, +"ATTTAAAAGTATAGCACATACAATCAAGTATAACACATAATATTTCATAGTAACAAGAAATAACTACGTTACTGGCTTATGTATCTACTGTACTATACTTTTAAATCACTAGAGTATATTCCTTCTATTTATTAAAAAAAGTTAACTGTAAAACAGCCTCAAGCAAGTCCTTCAGGAATTATTCCAGAGGAAGGCACTGTTATAATAGATGACAGCTCTATGCATATTATTGCCCCGGAAGACCTTCCAATGAGAC"_dna4, 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+"TATTGTTTGTGTATTTTTTCCATTATTTATACTGTAGCACTGCCAGTTTCATTTGTTTTGGGACAAATAATTTTGAGTTTCTCCTGTTGCCAGATGACTATCTTTGTGGACAGAATTCATTTATGATACCATAATGTCATAGACTTTTAGATCTAGAGGGGACATGTAACAATCAACTAAAATTAATATTCAACAACCATTTATTGAGTAGCTATTCAGGACTTGGCTAGGAGTTAGATAAAGACTCCAAATGGAA"_dna4, +"CTAGTTGCTGAAGAATGAAGTAGGTGAATTATAATTAGTTTGACACTCTTTATTTTTCTTTCTTTTCTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTACAAAGACAACCTTAATAGAAAGATTGGAAGCTTACCAGATGATTTCCAAAAGTAGAAGCAGTATCAAAACTGTGATTTTTTTTGTTTTGGTAGAATAAAGAGCATTTTTTTGGAATCATGGAACTGTTACATATTCACTGGATGGCAGAGTATTAACAAACTCTGGAC"_dna4, +"TCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATACAGGTTATGGAAAAATTATGAAATATTATGAAAAAGTAGGTATGTCATGAATGCACAAAATATATTTAGATAACTAGTCTATTTTATATATGACAATAAGATGTAAAGAAATCTATGATAAAATGTTAAAATTTGGCTGGGCGTGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAAGCTGAGGCAGGCGGATCATGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCC"_dna4, 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+"TATCCTGCACCTGGCTCAGAGGGTCCCATGCCAACGGAGTCTCACTGATTGCTAGCACAGCATTCTGAGATCAAACCGCAACAAAGCGGCAGCAAGGCTGGGGGAGGGGCGCCCGCCATTGCCCAGGCTTGCTTAGGTAAACAAAGCAGCCAGGAAGCTCCAACTGGGTGGAGCCCACCACAGCTCAAGGAGGCCTGCCTGCCTCTGTAGGCTCCATCTCTGGGGGCAGGGCACAGACAAACAAAAAGACAGCAGT"_dna4, +"GGTGCTGGTGCTGCTAAAATAAATTAGATGCAGCTGACTTCATTAAGGTCTCTCCCTGTGGCTTTCACTCTTGGGCAGAAAGAGGAATCAGACCAGGAAGAAGGTAAGTTTGGTTTTTATGCTGGAGTAGGCAGACTGGGGGCCCATAATATATACATATACATACATATATATATATATATATATATTTTTTTTTTTTAGATGGAGTTTCACTCTGTCCAGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGTGATTTCGGCTC"_dna4, +"CCTCCACCCTGTAAGATGTTACAGCAAAAGAAAACAAAGCTGGCTTTGAAGGAATTATGCTAAACAACTTATCTTTAATTTCTCCAATGCAGTAAATTAAAAGTTAATGTATGAGGGACAGTCCAGGTTTAAAATGCGACCTCCGAAACTGGGAGTCCCCAAATAACTCTCCTGTGTTGACTCTTCCTGTCTATTCTCAGGGTTTAGAAAGAGGATATCCTTCTGTAGTCACATGAGCAATGGTAAAGCAGTAACC"_dna4, +"GCATATATATTTAGGATAGTTAGCTCTTCTTGTTGAATTGATCCCTTTACCATTATGTAATGGCCTTCTTTGTCTCTTTTCGTCTTTGTTGGTTTAAAGTCTGTTTTATCAGAGACTAAGATTGCAACCCTTGCCTTTTTTTTGTTTTCCCTTTGCTTGATAGATCTTCTGCCATCCCTTTATTTTGAGCCTATATGTGTCTCTGCATGTGAGATGGATCTCCTGAATACAGCACACTGGTGAGTCTTGACTCTTT"_dna4, +"GAGTTTTTTTAATACAGGAGTACCTTCCTACAATACAGAATTTAACACCCTCACAAAGACCAAAGGAGATGCTACTAATATCTGCTAGGATAGCTCTTGGAAGCTGGAGGAAATCAACGGCCCACACTACATGCAGTATAAATGCCAGATCTTTTGGGGAGGACAGTGGAGAAAGAAATCAAAAGGCTCAGAGAAGACAGCACGCAAGAGTGAATATACTTCTCAAGGCCTAACAACTCAACAGCCAACTCTGTTC"_dna4, +"GCCAGGCTCAGGAATAAGTTTGATCTTCTGGTTATGGAATCTACTCCGGTTCCATCAGTCCTTCACAGTATTCAGCAAACCTGAGACTGAAGCTGAAGTCTTCAAACCTCCCAGCTTTGAAAATGCTGAAAGTGTGAGAATGTTTATTGTGGGGCTGAAATCACATGCAGCAGAGCTGGGCCAAATCATTTACCCCCAGCAAGACGCGTTCTTTTCCTAGCACGGTGCTGGCAGAGGATGACAGCTTCTGAAAGCC"_dna4, 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+"GAAATCAGAGATGACACAAATAAATGGAAAAACATTCCATGCTCATGGATTGGCAGAGTCAATATCACTAAAATGCCACACTACCTAAAGCAGTTTACAGATTCAATGCTATTCCTCTCTAACTATTATACAAATGTCGTTCTTCACAGAATTAGAAAAAACTGTTCTAAAATTCTTATGGAATCAAAAAAGGTCCCCAGTAGGCAAAGCAATCCTAAGCCAAAAGAACAAAGCTGGAAGAATAACACTATCTGAC"_dna4, +"GGATTTATGGGCTAGGCTGGATATGCAGACATCATATTTGCCAGATTTTCCACTGGCCAGAACTTAGTCACATGACCCAAATTTAGCTGTACAGGAAGTTGGGAAGTTTTCCTGAGAGCTCAGGTGAAAAATAAAATGAGTTGGGTGAGCATACAGCATTGTTACTACAACTTTAATGAAGGAGAGTGGTATTTAGGCTGAGCCTTGAAAAATGAGTCATGTCCTATCTTCATCTCCGTATTTCTTGCCTTTACTG"_dna4, +"TGCCCTCTGCCCCCAGTTCGAGGCGCCGGACATGCTGAAGCCCGGAGACCCCGGCGGTTCGGCCTTCCTCAAAGTGGACCCAGCCTACCTGCAGCACTGGCAGCAACTCTTCCCTCACGGAGGCGCAGGCCCGCTCAAGGGCAGCGGCGCCGCGGGTCTCCTGAGCGCGCCGCAGCCTCTTCAGCCGCCGCCGCCGCCCCCGCCCCCGGAGCGCGCTGAGCCTCCGCCGGACAGCCTGCGCCCGCGGCCCGCCTCT"_dna4, +"AAGGAAACAAAAGACACATCACTGAACCTCATTTCCTATAATATAAGAATAATCTAATATTCACATGTTTCAGCTAATGAATATTTTTATAAGAAAATATCTATTTCATCATTCTCTATACCACCATTTGCATGTAGATTTTTGCAAAGTGTAACTTGAATGTCCTCATCTCCACATTTCCAGTGATCTACCAGCATGTAATTGAAAGTGCTCAGCTTTTAGCCCCCATCTAAAGCTATAGCATATTCCACTATTT"_dna4, +"GGGGTTGGAACCTGAGATGCCGCCGGGTAACCCCTGTCGGTCTCTCCGGGAATCCTTGCCACTGTCTCCAGCAGGGATTCTAAATTCGGGTTTGGGAACTCCCCAAATTGTCCAGCTATCATTCATCGTAGTGTTAGTACGGGGTCACTGAACACTTTACCAAGTTGCCAAAATTGATTTGGCATGCATTTTGTTTTGTTTTAGGTACTACGTAAAATGGCACATTTTTGTTTTTTATTTTTGAGACAAGATCTCA"_dna4, +"CCACCCGGGGGCAGATATCCTAAACCCTTACTCTCAGAGATCAACACGGAGTCTCTGAAATCTTTACCCTCATAAAAATGAGGGTAAATATTTCTTTGTTTTTGTTATATTGAGATGATTAAATCTAATATTTTTGTGGGAAAGAGAGATACCTCAGTTCACTGGTGTGGTATGTCTGCACAAGTGCTGATGGAGAAGGCATGGTTAGCTGGCGAAAATATATGCCATTGGCCTCCTTCCTCACAGCATGAATGCG"_dna4, +"CTTTTATTGGACATTTGGGTTGATGGACATTTGAATATTTAAAGATTTTGACTTAGGCCGGGCGTGGTGGCTCAAGCTTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAGGGCGGGCAGATCACAAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAACATAGTGAAACCCCCATCTCTACTAAAAATACCATAATTAGCGGGGTATGGTGGTGGGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGACAGGAGAATCGCTTG"_dna4, +"TGCTTAAACTAGAACTAGAGTGTCAGATTTCAATTTTGGAATATTTGCATGATACTTACCAGTTGGGCACCCCAAGTCTGAAAATCTGAAACCTGAAATGCTTCAATGAACATTTACTTTGATGTCATGTTGACATTTAATGAGTTTTGGATTTTGGAGCATTTTGGATTTCAGAATTTCGGATTTGGGATGCTCAGGCTGTAGTAACTGACAGGAAGTGGGTTGGTTGGACAGTGAACAGTCTGAGGGAATTTTA"_dna4, +"ACAGGCCAGATGCCCATGAGAACCACAACAATTCCTGTCCCTGAGACTAAGAGACAATCATCCCCTGTGGATGATTATGTAGAGTCCATTGGATGAAGTCATGGATAAGGTCCTCGACAGCATCCCATGGCAAACATAACAGCAAGTATCACATGGCTGCATCTTGTGACATCTCCCAGGAAAGATTCACGGCATTATATTTACGTGCAGTCAACAGAGGCTCAAAGGAGTGGCCTGATCCATGTGTAAACTGCAG"_dna4, +"TAACTCACACATTACAAGGCTTCCTAGTATGGAAGAGGATACATAGGGCTGTGGCCCAAAATATGGCATCATGCTCCTTCCAACTAGCACTGAAGACAACATGGTGTAGAAGGGGCCAACTAATGCACCCTGTCTCAGGCTGTGAACACCCTCTTTCCCAACTGAGACTTACTACCTTTACTACTTGGACATGCAAAAAACCAAAGCCTGAACAAAAGCAAGTCCAAATGATAATTTTTGTTTTACAAAAATTATG"_dna4, +"GGGTCCTCTCACCTGAAGCACACAGTGGAGGACACAAGGAGGGAGAGCATCTGACCTTGGAACTTCCAATGTTTATGATCTGGTGAAGGAGCAACTATGAACCTTTAAGTGAGGAATGCCAAATATCCACATGATTTCATTACGCATGCTCTGCATCTGGGTAGACAGAAACTAGTGATACTGGTAGATTTTGTGTCACCCACGGAAGGTTTCTAGGATGAGGAAACTTTTATTTACATTCTTCCTTATTTCATTA"_dna4, +"GGAGAATGGTTATAAACAGTTTGGATTTCCAAGTCAAATACGTGTTGATCAAATCCCAACTGGGCTGCTGCCTCAGTTCCTTCATCTCTAATGCAGGAGTAACAGCTTATTAATGAGGTGTGAGCATTAAAAGGGACAGTGCAGGTAAAGCATTTATTATACTGCCTAGAAAAAACAGCCCCTCACTCCTTGTTATATTTGTTTCAATTACTCTAAATATGACGTTGCTGAACTAGTGTTGAGCATTTCTAGAGCT"_dna4, 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+"CTTCAGTACAAAACTGTGAATTAGAAAAATGTGATCTGGTTAAGAGACTGAAGAGAAGACTTTTTGATTATTTAGGATTTGATGAAGCTGCCGGTTTCAAATGGGTCCTGAGACTTGTGGTTCAAGGAGTTCAAGGACTTGTGGTAAACTGGTAGGGTTTTACTGGTTTCTCATTTAAATTATTGGTCCTGAAACGACTCTCGCACTTGAGAGATTAGTAGTTTATACCACCAACCTTTCTGAAAATCCATATATT"_dna4, +"AACGTGTCTAATCCCTAGCCGGCTCTGCATCGCTGCCTCTAACTATAGAAAACACAAAGGGCGCAACAATGTACAAGAATGACCACGGCCGAATTATGTGCGGTATAAATTAGTGCGCAATAATTTTACAAAGATCATGCAAAATCTTTTATTTGTCGTAATCACAAAGAATAGAACAACCAATGGAAACAAGATCTTTACCTTAAGGGGGAACACAAGCCATGCCGAATGATCCTCCAGGATTCGGTGTTCCCAT"_dna4, +"TTTAAGAATGTCAAGATAGATAGAAACAAATTCTAGGTGACACGGGGCAGGAGTAGTTGTGATGCAAAGAAAGTGGAGCATGTTTACAATAGCAAGAGAAAGTGCCTGTGGAGAAAGAGCTAACAGGAACAGAGGCTTTTCATTGGGGGAAGTAAGTGCGCTCCAACAGCATCTTCGTAATAAATAGAAAAAATCAATACCCTAATTTATGTTGGAATCAAGGCCAACAAACCCAAAAATGTGAAAAAAACAGCAA"_dna4, 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+"CCACCACAGGAGAACCTGCGTGTGGACATGTTTTGTTGGTCACTGCCTGCTAGGAGCTAGGATGGGAGTCGGGGATGGGGCTCAACCCAGCCAATTGGGCAGACGGTGGCGGTTTGGCCCATCTGAACCAGGCCTCCTTAACATGAGCCCCGACCCTAGTGCACGAGCTCATCACGGAATGTGCGTTCTGCAACGCATGCTCCCGAGCAAGGCCCTGCCCACCGTGGGACCTCTACCAGTCCTAAATGCGACCTCC"_dna4, +"CCAGTACCAAGAGCCCAGTACCTACCTCAGCCTTCATGTACAGAGTGGATCCGTGTTACTTCAACTGGGCTTGTGAGTTTATTCAGCACTCCCAAACAGCCTCCCCTGGAAAACTCCCTTGCTGAAAAGGTAGAAGTCCTGTTTTCTTTAGCTAGCTGCCACCATCTGCACAGAGATGGCTCTTATCAGGTGGGTGGCGGTAAGAGCCTGCTCCAATAGATCTATCCTCTAACCACCCCGTAAGGAAGGTAGAAGG"_dna4, +"TATATTATATTTTTGCTCGCCTGGTCCTTGTAATGTGAGTGAGATGCTAACAAATTTACATTCATTTGACTCAGCAGAAACAAGGATGTTAACTTTTTTTTGTTTACTCTGAGGGGGAGAATAACTTGCGTTATTGTCTTCCGTTGGTTATAGACGCTGGAACCTATCCAGATGCTCTCCTGTGACAACGTCGTAGGCGGACAGATAACCATTTGTGCCAGGGTAAACCCCAGAAAAGTACCTAGTAGTTCAAGTG"_dna4, 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+"CACTTCTTGGAGACGTTTGAATTATGCGTATTACATCAGACTCCCAAAGCATTCCAAGTTATTCTGACTGCAGAGGGTCCCGGAGTCATCTTCATCTCTTGCCCTCTCTTCATTTCATCATCTTTCCCCTTCCGAAGCGCAGTGCTCAAGTGCTGTAGGAGAATGCGGATTCTGCTGTATTAAATACTACTAGTGAGACACAATTGCTTGTTAACACCAAACCCACTGTTAAGTGCAACGCGATTGCACCTAGTTT"_dna4, +"TAGTGCGGTACCCAAAAGTTAAGAGTCAAATCAGCTTGCGCCTAAGCTGAAACTGTCCTACTAAAAAGTAAAGATTAGCCAGGTGTGGTGGCACATGCCTTGTAAATCCCAGCTACTTGGGTAGCTGGGCAGGCAATACTTTACCCTGCGGTTGGGATGACCGGTCAGCCGGAATTGGCCACTGTTCCAAGCTGCGACGACCAGTCTGACTCACTTTTAAAAAACAAAGAGTTTATATCGGTCTAATCTGAAGCCA"_dna4, +"TGCGTCCATACAAAGTCCCCTTTTTGTGATAAGAGTTGGAACCACCTCTGTTGTAAATCTGGTCCAGGCTGGATTTCAGACTACTTTAACCTTTTTGGAAGGGGGTTTCCTTCCATAATTCTGTCCAGCAATGAATTCAGGCCTCTTGTGTTGTGGTGTACTCAAACTCACAAGTGTCGGTCCTATAACAGAGCAGACTTGAAACACTCCTTTAGTGGAATTTCCATGGAAATTTGACGCTTTAGTCTTGGTACAA"_dna4, +"AAGTTGTTAGACACACCGAAGGAACTGCTCAGACGACCCTCGCATTACTAAATTTGGCCTTTTACTTCATTAAACCAGAAGTAGATTCCGGTGCTAGCATTGTTGTAAGGAATGGGGGCAAGGGGAATTGGGTCCCGGTCTGATCAAAGCATGATTGTGCTGGCTGCTATCAAACCCTCACCCGGAAACTTTGGGCCGTCTCCCCTACAGTAAAAGAGTATACGCAGCTTCGCCAGAAATTATGCAAAAGTGCGAT"_dna4, +"GCCACCTCACCTTTCCTGGGAGTTGAGGGAGCAGAAGTGAAGCTTGATTACTGAAGCTGTGGTTAATTTTTTGTTGTGGAACCAGCCCCATTTCGACATCGGTCATCTCATTAGTATAACAAACAGGATATCATGGGTTTAGACCCATCCTAAGGAACCAATAATAGAAACAATTAATTTATTTTTATTTTAAATAAGAAATGAAAATTTTGATATGAGATCAATGAAAATTCCAATCCAAAACCCAAACATAATT"_dna4, +"AGGATTTTTTCAAAGAATATCTTTTGTTAATTCAACATTGTTTGCATTCGTACTCCCTTATTATAATGCCGCGGTTTACCGTTTAAGTAAATAAAAATAGGACTTCAATAAATTGAAATTTAAAATACAAAAGCCAGAAAAGTTTTTGTAATTTGTGCACCAATGGTGAATTTGACATTACAATTCCAATTTAAACGGAACACTGCTTTTTCAACAAATCTAATTAATTATAAAAATACAAACTTGAATAAAGATT"_dna4, 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+"GATATGGTGGCCGATACTTTGACCACGGTGGATGACAGCAAATCTTGGTTGGAGAGCGAAAGAGGAATAACCCCTGGTATCCAAAGAATCTAACAGGGAAGCCCATCCCTAAGCCGCACCAGACCCTCAACTCTGGATACATGTAAGTACATCTAATATAACACTTTTGATCTACAGATTTATGAATTCTCTATTACACACTAGCTAGATCCTACCTCTAATACCACTTGGCCAATTTGGTGTCCTTTTAAAGAAA"_dna4, +"CCTCATCCCTGTACTTCGGTCAGGTGGTATTAGTGAGTGCGATTTCTAGTGGTCAGAGCAGGAAATTAGTGACCCATCTTTGACAGAAGCACCCTGTGGGGGCCAGACATGTGGAAAAAAGGCGGGCGGATGATAGGTCCACATCAAAGGCCACACTTACTCTAGGGGGGATCTGGAGCGGGAAGCCCTTCAGTTAGCCCCCATCCACTCGCGACACTGGAGGCGGCAGCCCACGGAGGGTCTCCTCGGACACAGA"_dna4, +"CCAAAAGGTGAAGCCTCGTCCTACTCAACATCCAGAAATTACCTAGTGTTGTGTGGTGCGTAGTCCCAGCTACTAGGAGGGGCTGAAGTGAGAGAACCCTCGAACCAGGAGGGGAGTGTCGTTCTCACTGGGGACCGGAGCCCCCGAACGTCCGTTTCATAAATAAATAAAAAATAAAATAAGAACTGAATTCCGATAAAAGAAAAAAGACAGTCTGTAATCTAACGCTTCTTGAAACTTAAACTAGCATTGCAAA"_dna4, 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+"AACTACCTAAGGTAACTATCTGTACTTGAATGACGAAATAATCTTACAAACCCTAAACTGTTCTATCCATATAAACAAACTTTAAATTATTCTTTGATTTGCCTTGAACAATCACCTAAATGAATGCCAAGCAAATAATTGCTGAACTGTTTGTCAAAGGTGTTTCCTGTTCAAGCTAGGAGCCTGTTTAGAAAATCCCTTTAATATCCACTTCGTCTAAACCAGAAATTGTTAAATACCAAAGAATTCTCGTTAT"_dna4, +"AGATTAGCTGAACGTGTAGCAGATGCCCTGTAATCCACCTACTTGGGAGCCTGGTCTAGGAAATAGACTTTGTAACCCAGAGCAATAGGTGCAGATTCCGAGAATGTGACACGCACTTCCAGCACCAAGCACATAGTGGGATTCCGTCTTAAAAAATGCAAAACACCCCAAACACACCTCCTTTCATTAAGTTGCTTATCAAGCCCGAGCTTCCCCAAGACTGGATATCATTCTGATCCAATAATTATTTCCCATG"_dna4, +"AAGAGTTTTGCCACCTGCCCAATGACAAGAGGACCTAGACCTGAGAATCCCAGGGATAATCGACTCTGCATTGTAATGATGCACCACATGGTGAAGGAATTTTTCTTTGCTCCCAATGCCACGACAATTCCGGTACCCCAGGCCAAGACCCCGATTTGTTGCTTCCCGGAGACAATTGGTATGTGTTCTTGTACCTCGGACAAACACGTCCCACCACTATGCAAATCGTGTCTGGCTCCAAACCCCTTACTCAGTT"_dna4, 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+"CCATTGATGTACCTATATCTGGGTCATCCAAATCATAGCCTGATTGTGTACTTCCTTGGATGTGAGAGGCTGCAAACATCAGCACGATTTTTTCACAATAAGCGCTGTCTGGGAAACCGACAAACAAAAAAAGAAGAAATTAACTCGTGCGTCGCGGCCGTATAATTTGCCCCTAATCTAAAAAATGACAATCCCAGTCGCACCCAATAAGCAGTTAAGACACTGTTGTAATTATGTCCAATATTTGTAGTTCCTT"_dna4, +"AGTGGATGGAGAAAGCAGGAACAGCAAAACAGCAGGGAGGCTTGGGAATTCCTCTTTATCTTAATTGCTTTTCCGTCCTGGGATCCAGGAATGAAACCCGAGGGCATGGTGGTGCAGAGCCTCGCAGTTCTTGCCACACTGCACAAAGACGACAATTTGAAGACGGAAACCTGCCCTGGGGGGTGGGTTTTGATAGCTCGCTGCAGCATGGCGCTGGGCTTAACCCGTTCATGTAGAGAGAAATTACCTCAGGAGG"_dna4, +"CTATATACATGGCAAGGATAGGGTGTTGGGAATGGGTCTCGTACAGGCACCAGCCAGCATGGAGGAAGTTCTGAAATGTGTCAGAAGGACATGTCTCCTAGGAGGTTGTAAAGTACATGGATGTTGCAAAATGAAAAAACTGCTGGGCTAGAGTCTACGGGGAGGCTCGAACAAAGACCCGAGGTGGTTACGAGTTGTTATTACAGTAGAAACCCGGATGAGGAAGGAAAAGCTGGTTTTTTGCCTAAAGGTATGA"_dna4, 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+"ACCATGATTCATCATGATATCAGGACCATTTAGACTAAATTGGGCATCCCTATTAGTCCATTTTGCCAGAAGAAATAGGTCCAAGATAATACCTGACCTTCTTCATGCAAGCTGTTGAAGAGTCCTGAAAAGTATGTATATATGTACAGCAATTAGGCCTCTAAGCGGTCTCAGTTCATTAGTCAACCATGGGAATCAAGGTCGCCGTTACATGTATAGGGTGCTCTCCTTGTGGACACTGATTTGCCTCCGAGAT"_dna4, +"CAAAACAGCATGTACTGGAACATAGCGAGATAAGATCCATGGAACAGACCACAGGCCTCAAAAAACCCGATACCTACATATCGATCTTTGATAAAAACCCTTAGAAAGACAAGAATGGGGTAAGCTGTCCCATATATAATGGTGCTGGCAAAAACTGGCTACCCATATGTAGAAAGCTAACTCGACACTTCATCGAGCCTATACAAAAACAATTCAAGATGAGTAAAGATTAAAGTAGGACCTCCAACCATAAAAC"_dna4, +"AAGAGAAGGGGATGATGCGGAGAGAATAAAGCAAATATTTGAATTATTTTTTAGGATTCTATATGACTTTGTTACATTAAAATAAAGTTTCACAAAGTACACCAAAGACAAATAAATCCAAGAAAAATCTCAGTAGGTTATAATTGAGTGTTTTAATGAAACCTATTATGAGTTTCTCAACTTTTTTATTTAGAGGCATTAGCATCCAAAGAACAGCTTATAATGGTTCCAAATTTTACTATGAATTTGGCAATCT"_dna4, 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+"TAATGGGAGTGTTAAAAACAAAGCTACTGTGCTGCCAGTCATTTAAAATTTTAGCACATACAATCGAGTATACACATAAATTTATGTAAGAAGTAAGCGCTACGTTACTGGCAATGATCGACGACTAGTAGCCTGCAAAATTATGAGTATATCCTCATTTTGTTTAAATAAGTTACTCGAAAACAGCTAAGCAAGTCCTATGGATTTAATTCCCAGAGGAAGGCACTGTTAATTAGATGACAGCTCGTATGATATT"_dna4, +"TACCACCAATGGCACAAGTATGGTATGGTAACAAACCTTCCAGGTTCATCTCAAGGACCCCAGCCCTAAAGAAATTAAAAAATAAATTAAATTAAAAAGAGAGCTTGCTACGGAAATGTAAGAGGAAATACATGTGTGGCCTCAAATCGGTGTTGCGTAATAACTTACCTTTAGCTTGAAAACTTGTTCCTAGGGTCGCAAATGGTGAAACAGCTGAGGCCTTACCATTTGAACCTTGTGCCTTAAATATCCCAGA"_dna4, +"CTTTTGCCCAATAAGTAAAATATTGGTTGGGGGTGTCTAAATAGCTCTTGATTATGTGATCTTGCCATCAATACGATTAATGAGTGCTTTTAGCATGAACGGTGTGTTTTTGTTGAAGGGCTTTTTGACGCCTGAAGATAATCCATAGTGGTTTTTTGTAGTTGGTCCTCTGTGTGATAAATCCCTTTTTAATTTTGCATATGTTCAACAAGCCGTGAATACCACGAGAGTCGACCTTCATTATGGTGGATAAATT"_dna4, 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+"AAAGAGCCCCATCTATACGAGACAGACAATTTAATTTGACAAGAGTACAAAAAGTAATTCTGTATCAGCTGTCGTATATTAGACAGAGCTATTCTACCACTACCACCTCTTGAATTTGACCATTGGATTAAATGTGGTTTCCATTTCTAATCCCTAAGGTTGCACTATGCATTGCCCTAAGATTTTTTTTTTCGTCATTCGAGAGCTTGATTTTTATGTGTTGATTTGGACGGAAGAAATTCTGTCAGTTCCCGAA"_dna4, +"AAGCTGACGCCAGCCCCCTGCACATGCTGGACACTACGGGACGGCTGCCCACCCCGATGGACATCCGTACCCTTTGGCGTTTCAAGCCACCTTATGGAATGGTCCAACGTGCTTTTTGTGCACCTCTTTTAAAAATGCTGGCTTGTAAGCTTATTATGGCATACTTAGAATGACACTATCCTGGTCACTCAAGTCTTCGATATTTCCAGGAGAAGGATTTAGGGCTAAAACTGGGAGTCCCATACAACTTGCACAA"_dna4, +"TTTCATAATAGGGCTGGCCTTTCTTTTAAACGGTACCCAGTTGTACTTTGTACTTTCGTTTATCTCCCCCTATAGTTATAGCAATTACGATTAAACTCTAGATATCTTCAGAGTTTTATCCTTACAAAATGGAAGGAAATGAATTCTAAAATGAGATGATTTCAAGACTTGAAGAAACAGCAGATAACATGAATAGAAACGGGATCGTTTTGGTTGTGGAAACAGACACCTGGTTTTTATTTATTGGGTTTTGGAA"_dna4, 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+"TGACATCGCTGCATCTTCCCTCTAATTGCTCTGTTAAAAATTTTTTTCTCTCTTTAAATGGGCTCTATATATTTAACAACAAATCACCCAATGGATTTATTGTAAGAATTTTATATGGATCTATCATATTTGTAACTTTATTAAAAGCATCTGTTTCCCAAGAAATATATTGAGGGACAAGTTAATGACCTAATATACGGTACTTATTTTTCCCTTCGAAGTGGTTTTTCAGCTTTGGATCCTTGCTCCTGGTAAG"_dna4, +"CTCAGCAAGTTATCTCTGAGGTAATGGAAGTGTAGAAATGCTTTTGTTTGACTAGAAGCAAGTTCTTGTCCTTGTAGGGTTTTACCACCTAAGTGACTGACCATGGTTCTTTGATTTTTCTCTGTTCAGTGGAACCACAAAATTGTCTTCTCTGCGGGGGTGAGAAGAGAGGGACCAAACCAACCATGATGATGAAAGCCTCGGGATCCAATCTAACTTGACAGTCGTCAGAAGGGACGTACACCCGCAGCTCCTG"_dna4, +"TTTTAATTGGAATTGCAATTGAACACAAGAGCCATAAGATATTTTCCTCTATCACTGGCAACATATCAAAGGTTCCCAAGAAAGTATTTTTTTAGTTACAATACACACCCCAACCACACAACACAAACAACACACACACACATGTAGTTCAGTAAATTTCTTTCTCACGCTTCTCTCTTTATTTCAATTTCAACTTCATTCAAACTTTGTTCCAACGTCTTCCTGAGTTAGGTTACTTCCCACCAAAATCAATATG"_dna4, 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+"ATACTCCCAAATTTTCATTTTCTATCTTCTACTAAAACTAAACTTGCCATTTTTTTTGTCGCTATGTCTTCAATTCATTCTTAATATTTGTTTTGGCTTTTAGCTTCTGTTGTCCCCTGCCAATGCTTCTCCCAAAATCACACTCTACCACACATCCCTGCCTATAAGCTTTCATTTATGGTCTTAAATTATGTCCTGCTTCCTGGTCTATTCACTCAGATTTATCACTCTGAACTTCTCATCTCCAGTTATTCAA"_dna4, +"GGCAGGTCATTTGCATCCAGGATTCCTAGCAAGTGACAAAATATCTGCCGGCAATGCACCGCTCAATGAAGAAATTAATATTGCCTCTTCAGATAGTGAAGTAGAGATTGTGGGAGTTCAGGAACATGCAAGGTGTGTTCATCCTCGAGGTGGTGTGATTTGGAGTGCTTCTTCGTGGAAGCATGGCTCGGGCACACAGTATCTTAGCACCAGGCAGACACAGTCATGGAACTGCTGTGAGCCCCCAGCAGACTTG"_dna4, +"GATTTCGTTGGAATCGGGATTACATATAAAAAGCAGACAGCAAGCATTCTCAGAATCTTATTTGTGATGTGCGCCCTCAACTAACAGTGTTGAAGCTTTCTTTTGATAGAGCAGTTTTGAAACACTCTTTTCGTAAAATCTGCAAGAGGATATTTTGATAGCTTTGAGGATTACGTTGGAAACGGGATTGTCTTCATATAAACTCTAGACAGAAGCATTCTCAGAAGCTTCATTGGGATGTTTCAATTATAGTCAC"_dna4, 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+"AAGTAAGAATTTTATAAAGCCTTCTGCCTTGCTTTGGCTTTTTTTCGGCCAGTATTTCCTTTTGTGTATTCTACAAGAAGACCAGAGAACTACACATGATAGTAGTAAAGATCCCTCCCGTCCCCTGTTAGATACTTTCTGTCATATCCTTTGACACACTTGATTCAACTAACACCCCCTTGTAAGGGCAAGTGGTTATTCCTAATTTTGTAAGTTAGAAATTCTCCAAACGGAACAGTGTATTGGTCTCTTTCCC"_dna4, +"GTGTTGATTATGTTGCCCAGTTCTGGTTAATCAGTATTAAAGTATTACACATGTGTGCATACCCACATCCATATTCAAAAAGAATTTTCAGTTATAGCAACTTTCCTCTTGTAACGAATGTTACCTAACATTGCATAGAAAATGGCATGCTTTAAAGTGGCATGTTAGGCTGAGCTAGCTCATTGAAAGATGCTCAATAAATATTTGTTGAAGGAATGAATGAGTAAATGAATGAAAGATGAACCTGCCTTTCTGG"_dna4, +"CAGCTGGCACATAGATAGGCATAGAGGGGCAGCGTGAATAAGTGAGTTGCTGTTGTGGATGATGTGGAAGTTATGAAAAGCTTGTGAAATAATTTCACTTACGATCTTTTTAGTTATCTTCCAAACAAGACATTAGAGGAACAAAAACTGAGCAGTCTACAATAGGAACGACTAACCAAGGACAAGCACAGACAAATCTTACAATGAAGCAAGATAATGTAACAATTAAAGGTCTTCAGACTAATGTTAGCATACC"_dna4, 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+"TGAATCTGAGGACTGCCCTTCACTGTTGTGGGAGATCCTTAGTCACTGTTTCTTAACACTTCCTTTCCTTTCTGTTCTTCCCTTTGGGGCTCCCGTCTTCTCCCCTTTCTCTTAGCCTTCCTTTTATTGTTTGAATTGGTGTGTTTATCTCTACTCCTGATGGGTAACTTCCTCAAGTGAATTTTTTTTTAGGACATTAATCTGTCCTCGGCTGAGAAGAATCTGTGGTTCAGCCATCCACTGAGATGTTAGTTTC"_dna4, +"TTTATTCTCTTATTTGGCCCCACCCACATCCTGCTGATTGGTCCATTTTACAGAGAGCAGAGTGGTCTGTTTTGACAGGGCGCTGATTGGTGCGTTTACAATCCCTGAGCTAGACACAGAAGTTCTCCACCTCCCCACTAGATTAGCTAGATACAGTGTCCACACAAAGGTTCTCCAACTCCCCATCAGAGTAGCTAGATACAGAGTGTCGACTGGTGCATTCACAAACCCTGAGCTAGACACAGGGTGCTGATTG"_dna4, +"AAGATAATGATTTAAAAAGGAATAATTTAAAAAGATGAATTAAAAAGTCGAATCAGAAAAGAAGGCCAGCATAAACTAGGGAAAAACATGCTGTGAATAAAGTCTGTTAGATCTTGAAATAGGAGAACTGCTAAATAATGCATAGTTTTATTTTTCTATCATTTGCATAAACCTTAAGAGAGTATTTATTTGTGTAAAACTTGATGTATCGAGTAAGGAGAATGAAAAAAATGGCATTCATTTTGTTTTCATTTTG"_dna4, 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+"TTTTCTGTTTTCAAACAATTCTTTTTGACTTAATGAAATAATTGATATTGTTTATGTCTTGGTGATAGCCACATGCTTGAGTAGAATCAGCTTAGAAATATTGCTAATGATGAAATTGTAAATGTTAGTGTGTCAAGATATCTGTAAATGTCATTAATGTGTGTAAATAATTTAGGAAATTTATGTACCTATAATGGGGATTAATAAGAAAATTTATGTACTGCTAGAAATATATAATCAAAGAAGTGGAAAGCTA"_dna4, +"GGATGGATCCCTTAAGGCCAGAAGTTTGAGCCAGCCTGAGCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAATACAAAAAATGAGCCAGGCGTGGTGGCATGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTCCGGTAGGCCGAGGCACGAGAATTGCTTGAACCTGGGAAGCAGAGGTTGCAGTTAGCTGAGATTGCACCGCTGCACTCCATCCTGGACGACAAAGGAGACTGTCTCAAAAATAAAAATAAAAATTGGCCAGGTTTG"_dna4, +"GTAACAATGAAATCATACTATATTAAATTAAACTGTTTTAGTGTATTTATTTTAGATCATGAAATATCTGATTTTTTTGTTAGTAATAAAAACAGTTTATGAACCTGTCATTGTGAATGAAATAATTATTTAGTGAAGTTTCCATTTAATTCCTTGCACTGACAAATATTCTTTTATGAATCTCTCATTCATCACTCCCTTCTCACTCCCTCTTTAGATTCGCAATCAGTTTTCAGGAGCACATCTGTCATCATTA"_dna4, 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+"AGATATATATATATACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATATATGATCGCTGTCAGCATACAGAGACAATTTTATTTCCTCCTTCCCTATTAGGATGCCTTTTGTTTTTTTTCTTTTGCCTAATTGCTGTTGATAAGACTTCCAGTACTATGTTGAAAAGAAGTGGTGAATAATGGGCGTTTTTGTCTTGTTCTTGATCTTAGAGAAAAAGATTTCAATTTTTCACTGTTTAGA"_dna4, +"GGCAGGAACCTGTAATGCCAGCTACTCAGGAAGCTGAGCTGAGAGCATCACTCAAATTGGGAATTTGAGGCTGCAATGAGCTATGATAGCTCCAGTGTACTCCAGCCTGGGTGATAGAACAAGATCTTGTGTCTAAAAAAAGAGAGAGAGGTGAGGGTTAATCAAAGGAACTGTCTCCAAGTGATATTTAAGCAGACTCTGAATGAAGTAAGGGTGCAAGCCACACAAGCAATGTGGGAAGAACTGTCTCACTGAG"_dna4, +"GAGGTGTTTTAAAAGATATTGTTAGACCCACTAAGTAATATGGATTGGAAATTCATGGAACTTGAGAATAGGAGAATGTCTCAGTAGATCCAGTCTCCAATAATCCCACAACAAATTTATTCTGTGTTATTCTGACACATGAATACTCATGAACATGTGAGCTTCCCTCCCCAAAGCCACATACATACACACACATATAGGTTCACACACACGTGCACACACTTTATCAAAAACAACTATTTTGGCGGTGGCAATT"_dna4, 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+"GGGATTACAGGTGCACTCCACCATGCCTGACTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTGGCCAGTTTGGTATCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCAGCCTTGAACCAGTGTGTCCCCATGACAGTGCTGCTGCTTGTTTCTGTGCTTGCATTCCCTTTTACCAGTTCCTCCTGGAGGGCAGGAACTGT"_dna4, +"GGTTGCAGTGAGCCGAGATCGTGCCACTGCATTCCAGCCTGGCGACAGGGCAAGACTCCGCCTCAAAAAAAAAAAATCCTTACAATACCATTGAAAAACAAAATACTCCGGATTAAATCTAACTGGAAGCATCCATGTCTCTATGCTGAGAACCAAAAAACACTCCTCAGAGAAATTAAATTAGACCTAATGAATGGAGAAATACAACATTTTTATGGATTAGAATATTCAATATTGCTAGGATGTCAATTTTCTC"_dna4, +"TGAGTGAGACCTCCCCTCCATCTGCTACCCTCGGAGGTCAGATGGAATGGAAAGTGGCCTGAGGAGATGCTCAGCTCATTGCCCCTGCAGTTGCCACACAGTAAAAACACAGGAGATGAGTGTTGTAGACATGTGGTTTGTCCTGGCTGCCAAGATTTTCTGAATCCCACAGAGTCATCTCTGGGCACCCAGTGACTTTTGCCTCAGGAAGAAGAAGTGGAGAAAGGTGGCTGTTTCAAATAGTTCAAGTGGCATT"_dna4, 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+"ACCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGAGATTACAGGCGTGAGCCACTGCACCCGGCCTGCAAGTAATATATTAATTGTCAAAATTAGTAAATGAAATGCTGTTGTCTTTTTTGGATTCCATTAGTAATCGGGCCTGACAGACTTGGTTTTTCAGCAACATGTTACTTGTCCCACCTCTACGGAATTGGAGATTACATTTATTGACTCAGTAAATAGAGGCA"_dna4, +"ATAAAACCTGAAACTGTAAAACTAATAGAAGAAAACATAGAGGAAAATCTCCATGAGATTGTGCCTTATTGGATAAGACACCAAAAGCACAAGCAACAAAATCAAACGTAGACAAATGGGATTGCATTGAACTAAAAAAACTTCTGCATAGCAAAAAAAATTAATAAAGTGAAGAGACAACTCATAGATTGAAAAAATATTTGGAAATCATACATCAGGTAAGAGGCAAATATCTAAAATATACAAGGAACTCAAA"_dna4, +"ACTGAGAGATGGTGGGGAGAGAGGTGGAGAGATGAGATGGCCATAACTTACAGAAGCTTCCTTCTGTTCTGATGTTAAAACATGAATCAGGGTTATTAACTGCGAATGAGGATAAGGGAGAAAGGGAGTAGAGATTTTAGAAGAGATAAGAAAGTCTGAAATTGTCACTGAGAGAATAGAGGAATAAATGGACAGGAAAATATGATTGTTGGGCTTCAAGAGTCAACTTGAGGCTAGCAATAATTAATTGAAAGTG"_dna4, 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+"TTCTCCAGCTTCTTTCTACCTGTGACACAAATACATGACATCAAATTGGCAGGATGGTTTGCATTCCTGATTAGGTAGGCCTAGTACTATGAGGCTATAAAATCACAGATGGCACATGATGCCTTGAAAAATCAGTTGTAGAATAAAAACAAATAGATGTCTTTTATGTGGAGAAGTTGCCTTCTTTTCAAAAAGCAAGCCCTGGTGTTCTTCATGAATTTTTGCTTTTTTGGTTAAACAGTACCAAAAGAAGGAG"_dna4, +"CTCCTGCCTTGAAATCAATTTCAATACATTTTATTTAACTCAATATATCCAAAATATTAAAATATCAAGATGTAATCAATATACCAAATTATTGAGATATTTTACATTCTTTTTTTGAACTAAGTCTTCAAAATCCAATATGTATTACACACTCACAGCGTGTATCAATTTGGGCAAGATACATTTCAACTGCTCAATAGTCGTATGTGGGTAGTGGCTGCCATATTGACAACACAAGATATAGGACATTTTCATC"_dna4, +"TACTGTTCTTATTTTTTCAAATATGATGAAAATCTCTTGCAGTTTAGTCTATAGAATATCTTCAGATAGTCAGGAGCCATGTGATACTTTCTAAGTAATGGGGAGATGATTATGATAAAGTATTGATATGGAGAACTTTGCTTGCTGAAGGAATGACAGGGTTAAAAAATATCCTTCCTTTATTCTCATCTATCATTTTCTCAATTTGACACACTTCCATAAGTACATATAGTCATATTTTAAAACTTACGCTTTC"_dna4, 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+"TATCCTGCACCTGGCTCAGAGGGTCCCATGCCAACGGAGTCTCACTGATTGCTAGCACAGCATTCTGAGATCAAACCGCAACAAAGCGGCAGCAAGGCTGGGGGAGGGGCGCCCGCCATTGCCCAGGCTTGCTTAGGTAAACAAAGCAGCCAGGAAGCTCCAACTGGGTGGAGCCCACCACAGCTCAAGGAGGCCTGCCTGCCTCTGTAGGCTCCATCTCTGGGGGCAGGGCACAGACAAACAAAAAGACAGCAGT"_dna4, +"GGTGCTGGTGCTGCTAAAATAAATTAGATGCAGCTGACTTCATTAAGGTCTCTCCCTGTGGCTTTCACTCTTGGGCAGAAAGAGGAATCAGACCAGGAAGAAGGTAAGTTTGGTTTTTATGCTGGAGTAGGCAGACTGGGGGCCCATAATATATACATATACATACATATATATATATATATATATATTTTTTTTTTTTAGATGGAGTTTCACTCTGTCCAGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGTGATTTCGGCTC"_dna4, +"CCTCCACCCTGTAAGATGTTACAGCAAAAGAAAACAAAGCTGGCTTTGAAGGAATTATGCTAAACAACTTATCTTTAATTTCTCCAATGCAGTAAATTAAAAGTTAATGTATGAGGGACAGTCCAGGTTTAAAATGCGACCTCCGAAACTGGGAGTCCCCAAATAACTCTCCTGTGTTGACTCTTCCTGTCTATTCTCAGGGTTTAGAAAGAGGATATCCTTCTGTAGTCACATGAGCAATGGTAAAGCAGTAACC"_dna4, 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+"TGGGTGACAGAGTGAGACCCTGTCTAAAAATAAAAACTAAAAATATTACTTAAAATGTAATATATAGAACTCAGGAACCGCAGATGGAGAGTCTCATAATCTTTATATTTTCAGACCATGAAGGAGAGTGGGGTAGCTTGGCCGGACTCTGAGCGTCCTGGACCCACAAGTCTGAGAGGAGAGGCTGCATGTGGCCTCTGGTATGGTCACATGGTTCTATAAGGAAACTGAGGCAGGACATAAGGCTTCACTTGTG"_dna4, +"GGAAAGTAAAGCCTCCTAGATGGGCTGAACAAAACTCAGTAATTGGGCAACATGATGGCAGATGAAATTCACTGTAGACAAGCGCAAGGTGAAACTTACTGGGAGGAATAAATTAAATGCCTCGTCTGTGCCGAAGAGCTCTGAATTAGTTGTAACCTCCTGAGAATAAGATCTAAAAATCATCATAGCTCACTGAAAACATCTGCTCTATGCAGAGCACCAGTCAAAAAGAATGAACAAGATGTCAGGCTGTGTG"_dna4, +"TATGTACTACAAAAGTAAACTGCTACAAATAATAATTGTAGAAAGTGTCAATGTTTTGTACAGAAACTGATACTGAGAACTTTCTGGTAGTTGAATAACAGGGAAGTAGAAGGATAATATTTAAAATAGTAAGACTAGATAATGTCTAAAAGAATAACTCAAAAATGTAAAAAAAATTTAAATAATAATATATGGTAGAATAATACAGATCTGGTTATTTTTCATTCATTCTAATGCAGAATTGGTGTGCTAAAAT"_dna4, 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+#include + +int main() +{ + using seqan3::operator""_dna4; + std::vector times; + + // Prepare your sequences + std::vector> queries = { + "AATACCTGTTTTTAGAGGTATAGTAATAGAGTAGATGTGCCTCCCATAATAAATAGGGCTACTTGTACAAATACCCACCTTCCAACAAAGGACCTAATCAGCAGACACAAGAGCCAAAGCAGAGCGAAGGAATGCACATGGGCTTAGCTTGTAAAGCAAAGAGTAACAGCAAAAAATCATAAATTAAATTTCCAATTTAGGTTCATTTCATTGCCAGGTATCGAATCAATGGCTGATATTACTATCTACTTTTTGT"_dna4, +"GACGATTTGCCAGCCAATATTGAGAAGGGTGATTCTAAGCTTCTTTAGCTCTTTACTTGAGGATAACATGTGAGTCGTTGTGCTTGAGTTATGTTGTATGTGGTAAAGGTAAGACCGTTTTAAATTGTACCTAGGTAAAAGCCAAGTCCATCCCGACCTTTACTTGAATAGGAATCTTTCTCCATCGTCTATATTGTTTGAGGGTTGCCCAATAGATTCTATGATCATGCGGAACTTTGGATATGCTTGACACTTT"_dna4, +"GAGTTAGATAGCAAGGAAGTTGGGTAGTAAGGGAAGCAATGAGATGAGTGTTGTCATAGAAAGTTTTTAGGACAGTAGGCAATTCAGAGCTTAGTTGGGAATAAAGTTTGAAAAAGAAGATAGGGGAAACAGTTGTATAAAATTTGATATATTTCGGTTCACGCATAAGGTGTAGGCATTGCCATTTTATCTGGAGAAGGGTGGAAATGACATAAAAAAAACTGATAGATAACGTTTTGAGGAGGAGTAAATGATT"_dna4, 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+"CCTTTTACAGAGAGAAGTAAAGAAGAGAATTTAAAGTAGCCAATTGTGTAAGCTTAAGATGATAGAGATCCAATAATTTAATGAATAACGATTTGCAAAAATCGAAATGAAATAATTGGTGAAGAATAAATATCTGAAAAAGTTGTGATGAAAGGCATGGGGTCACGACCAGCACTGTGGGAGAACCAAGGGTGGGCAGATCACTTAGGCCGGAGTTGGAGACCAGCCTGGCCAATTGCAAACCCCTTTTCTACTA"_dna4, +"TACTATATTCAATAGTTTGCATCTTAGAATGTCATATACTCCACTATTTAGTAGGTGGGCTTTTCATAGTTGGCTTAATCATTTTCACTTGAATATGTTTTTTGAGTTTCGTCCCAGGTCTTTTCATGGGTGATCCTCACTATTTTTAGTCATGAATAACTATACGCTCACCTAGGTACAAAGAGTGACCCACCAACTGCAAGTAAGTTTATTGTTCTAAGGTTTTGCAAATCTGTAACAGCTTCCTTTAAACATG"_dna4, +"TTAAAATTATATAGGATTACAAAGCCTCAATACCAACTATCTATCCAAAGGAACAAAACCTGAGAGGACTTAACATACCTGACTTCAAATTATTTAGAAGCTATACTAACAAAAAACAGCATGGTTTGCGCAAATAAGCCAGACAACATAGGAACGTGGAATAGGATAATGAGGAACTAAAATAAATCCGTACACTAAGGCGGAAACGCCTTTTCAATCAAAATGCCCGGAAACCTACTTTAGGGAAAGGATGTAT"_dna4, 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+"TGACGCCCGCATCGGCCTCAAGATTGCGGGATTTTCACAGCCGTAGGCATAAGCCCGGCGCAGAAAATCCAATTTTTAACTGAACAAAGCTGCATTACCAAAAGAAGTTCATAAGAGGCAAGATAACCAATGCCAACTACATCCATCTATGATTATAGGACATGCAATTAAAACCAAATAACCAATTTTAGAAGTGATTATTGCAAGATGCGCAAGGCCTATGGACCCCATTACTCTTTGTTACAACTGTGATGTA"_dna4, +"GTCCTCTTAGCATATCCAACCAACTATTGCAGTTGATTGCATAAATTGCAGTGTGAAGAAAACGGTGTGGGCAGAACAGCACAGGAACAATAGGTACAAAGGGGATGAGAGCTAATATGATAAATACTAGAGGATAGCCAAAACATATGGAAGAGAGGTTCTCTACTTGGTCATCCATTTGAATGCCTTGGGTACTGTTTACAAAGTTTGGGGCCCTTCCCCCCAGAATTCTGATTCAGTAGACCCCGAGAGGGCC"_dna4, +"GTACACATGGGGAAGATTGTGCTCGCTTTGTGAAGGGACACTTCCCCTAAATTTAGCATGAGTCCCGTAGGCCAGTGGGCGCCTTAGTATAAATTTCACTCACTCTAAAAAGAGAGGGGCGGGGGAAAGACTATGCCTATCAAACAACACCTGTTAAATCTGCCACCTTGGCTTACATAAGACCCATTAGGCATAAGGGGTACCTTTTTACCGTAGCTGTTTTATCAGGTTTATTTATTTCTGACCACAATCTTTT"_dna4, 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+"CTTCCCGCAGCCCTGCCGCGCCGCCGAGCGCCTCCAGGTGCTGCTCACCTACCGCGTCGGGGAGGGACCCGGGGTGAGTGCGCCCCAGACTGCGCCCGCCGCTGCCTGCCTGCCCTTCCGGCCCCCAGCCGCCCTGCACCCTCACCTACCCCACCCGGGAGGAGGGACAGGGAGGACCCTTCCAGAGCGTCCCTAGAGGGGCCTACTCCCCGCGCGCCGCCTCTAGGCCTCCTCCCCTTGCTTCCTCTTTTCCTCC"_dna4, +"TGTTGGCTGGTTTTACCAAGGGGAGGGAGCAAAGCAGTTGAACATGATATAAATTTGGCTCTCAGTACCTCTTAGATCTCAGAATATTAACTTAGTAAGCTTGAAATTAAACTAAATCTTAGGGACTTAGGGATTTAAACTAAATCCCCACCACATCTGATTTCCCCTTCCTCGAAATACCAATAGTACGTGCAACACAGACTTGTAGCTCAGAGGTCGCATGCTGTTTCAAATTCTTGGGATATGCATGTTACTT"_dna4, +"ATTTAAAAGTATAGCACATACAATCAAGTATAACACATAATATTTCATAGTAACAAGAAATAACTACGTTACTGGCTTATGTATCTACTGTACTATACTTTTAAATCACTAGAGTATATTCCTTCTATTTATTAAAAAAAGTTAACTGTAAAACAGCCTCAAGCAAGTCCTTCAGGAATTATTCCAGAGGAAGGCACTGTTATAATAGATGACAGCTCTATGCATATTATTGCCCCGGAAGACCTTCCAATGAGAC"_dna4, +"CATGTATACCTATGTAACAAACCTGCAAGTTCTACACATGTATCCCAGAACTTAAAGTAAAATAAAAAATAAAATTAAATTAAATAAAGAGCTTTGCTACTGAATTGAAGACAGGAAATACATGTGTGGCCACAATAGTCTTGCTAATACTTTACCTTCTACTTAGACAAACTTAGTTCCTAGTCATGGCATGGCTGAACAGCTGTAGGCCTTGACCCATTGAGACCCTGCCCCTAAATCCTGCAGCATGGAATAG"_dna4, +"GCTTCCAGCTTTTGCCCAATCAGTACAATATTGGTTGTGGGTTTGTCATAAATAGCTCTTATTATTGTGAGATGCTTTCCATCAATACCTAATTTATTGAGTGTTTTTAGCATGAAGGGGTGTTGAATTTTGTTGAAGGCCTTTTTGCATCTACTGAGATAATCATGTGGTTTTTGTAGTTGGTCCTTTATGTGATAAATTACGTTTATTGATTTGCATATGTTGAACCAGCCTTGCATCCCAGGGAGGAAGCCGA"_dna4, +"ACTTCCCTCCCCTAGGAAGTGACTCAGTTGTGTGAAGACAGTTCTGATACCCCCGTGATTTTATCCCTGACCCAACCAACCTGCATTTCTCATTCCCTAGCCCCTTGCCCACCAAATCACTCTTAAAAAACCTAGCCTTCAAATTCTTGGAGAGGAGGATTTGAGAACCATCTCCTGTTCTTGCTTACCTGACCCTGTAAACTCTTTCCCTGCTGCAACACCTGCTATTCTCAGTGTATAGGACTTTTTCAGGGTA"_dna4, +"TTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCACCACCACACCCGGCTAATTTTTTGTACTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCATCATGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTTGTGATCTGCCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGTGCCCGGCCTATTTAATGTTCTTAACCCTGCAAAATAAGTTGTCTCATTTTACAAACGAGGAAAATAAAGC"_dna4, +"CTGGATCCTCTAGCTTCTCATATATGATGCCAAAGCCTACTGAGTGCCCTAGGAGTACAAAGTGGAGGCAAATAAGTTACTTTGCTACGAGAAATAATCTGAGGGGCTTGTTGCCTTATACCTTGCATCCCTTTCCTGGGAGAACTGGAATAGTAGAGCCTTTTCAAACTGTCTTACCCTATCTTAATGAGCTGATGGTACTCCCTGTTAACCCATAGGGAATTGTGTGGGAAGGATTAGGTCCCGCAGGACTGCC"_dna4, +"GGTTTTGTATGTTTCTCTTGGAAATCTTGACATTTTTCAAGGGGTTGTGTACACACTCAGTATTGCTGTCTAGCCTTCTGTCAATTCTGATAGTATCTAATGGGACAAACATCTCTACACCTTTTCTGACATTTCAAGCTGGTAGTATACTCCTTCTGTTGCTAAGGCAACCCACTGGATGAACACTAGGGGTGGAGAGAATGTTCTTTAGATCCTATGGCACTTGTTATGATGGTAAATCGATAAAATTGTTTTA"_dna4, +"ATGTCTTACTCTATATTGCTAGTGTCTGGCCCTTGAGACCAGCTTGTTGCTCAGATTGGACACAGACAGCAACACTGCCACTGACTACCTGGGTGAGAAGGTGGGCAAGTTAGCCAGCCTCTCTGGGCCTCAGATCTTGTGTAAAATAGGTATAACACCTACCTTACAGGGTTATTTTCAGAAATTAAAGATAGTATATGTAAATCACTCAGCATATATAGTAGGAGCTGTTTAAAGTATTGTAAATATTATGTAA"_dna4, +"GTCTACCTTCATGTCATTCAAAAGAATACTGCCCTTCTTGACCTTTTCACTGATTTTTCTTTTTAACTTTCAATTAATACCAGAGATACCTGCCCAACACTTTTGAATCTGGCTTTTTTTTTTTCTGCCAGTTACTGCATAATGCTTGATGTATATTGTATGAAAATGTACTTGGGCTAAAGTGGGGAACCAAAGGGGCATCTTTTTAAAGCAAAGGTAGTAAAATAACAGACAAACCCAAGGCTGGTTCTTCATT"_dna4, +"TCAATACAGAAAGCACAATTTAATTTTGACAAGGCCAAAAGCCAATTCTGTATCAGCATGGCGTATATTACAGCAAGCTATTCTTTACGCTACCACCTCTAAATTGCCCTAATTTGGATTAAAATGTGGGTTCACATTTCTAATCCTTATAGTTTTGCAGCCATTGCATTGCCCGTAAGATTTTTTTTTTCTTCATTCCAGGCTTATGATTTTACTGTGTATGTATTTGGGAGAAGAAATTCTGTCAGCTCCCAAA"_dna4, +"GCCAGCCCCCAGCACATGCTGACAATCAAGGGGCAGAGGCCCACCCTCGATGGACATCAGTACCTTCTGCCTCTTCATGCCACCTTTATGATGGCAGCATGTGCTTTTGTGCACACATCTTTTAAAAATGCTGGTTTGTAAGCTTTTATGGGTCATACTTAGAATGATCAACTATCCTGGTTCACTCAAGTCTGAGAGGGTTTCCAGGATGCAGGACTTTCAGTGCTAAAACTAGGAGAGTCCCAGACAAACTGGG"_dna4, +"TAGGCTGCCTTCATTTTAAAACGGGTCCCAGTTGTACTTTTTAATCTGTTTTTTAATATTTCCCATGATAGTTTTAGCCATATGTTAATTAACCTCTAGATCTTTCTTCAGAGTTTTATCCTTACAAAATGGAAAAGAAGAATGAATTCTTAAAATGAGATGATTTTCAACACTTGAACAAACAGGCAGATAACATGATAGAAACTGGAGTTTGGTTGTGGAGAACAGACACCTGGTTTTATATATTAGGTGTTTT"_dna4, +"GAAATTCATATGCTCAAACTCTAACCCCCAATATGACTATATTTGGAGATAGGGCTTTTATTTTTTATTTATATATATTTTTAAGACAGAGTTTTGCTCCTGTTGCCCAGGCTGTAGTGCAACGGAGCGATCTCAACTCACTGCAACCTCCACCTCCTGGGTTCAAACGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGAGATTATGGGCACCTGCCACTACGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTTCTTAAGTACA"_dna4, +"TCCTTTAGACAGAGCGGATTGGAAACACTCTTTTTGTGGAATTTGCAAGTGGAAAATTCTAGCAGTATGAGGCCAATGGTACAAAAGGAAATATCTTCGTATAAAAACTAGACAGTATCATTCTCAGAAACTGCTTTGTGATGTGTGTATTAAACTCACAGAGTTGAACATTTCTTTGCATAGAGCAGTTTGGAAAGACTTAGTTTGTGCAGTGTGCAAGTGGATATTTGGAACTCTTTGAGGCCTTCGTTGGAAA"_dna4, +"AAATCTAAAAACTCCCAAATGATCTCCATTTACTCCATGTCTCATATCCAGGTCATGCTGCTGCAAGAGGTGGGCTCCCATGAGCTTGGGCAGCTCCACCCATGTGGCCTTAAAGGGTACAGCCCCCCTACTGGCTGCTTTCATGGCCTGGCATTGGGTGCCTATGGCTTTTCCAGGTGCACAGTGCAAGCTGCCAGTGGATCTTCCATTCTGGGGTCTATAGGACGGTGGCCATCTTCTCACAGCTCCACTAGGC"_dna4, +"CATTTTTTAAATCAAAATTACAATATTGACCACATGGAGATCATCCACGATCCTTGTAAGAGCAGTTTTCTTGGAGTGGAGTAAGTTTGAGGGAGAACAGGAGGAGAGGAAGTGAAGGCAGGGAGTTACAGGAGGTGAGAAAAAGGCTTAGGGGAAAATATGGTCAAGGAGTTTTGTTGTTTTTAATGGAAGAAATAGCAGCAGGTTTGGAGTTTCTGTCTTATTTTGTTTCTTGGCCCTCGGGAAAGAGGATTAA"_dna4, +"CTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTGCTGTGCAACTTCATGCTTCTAGAATAGTCACGCTTCCAGAATATGTCATGATCTAACTGTTAGGACAAAATGATAGAACATGTTTTTGTTGTTGTTTTGTATACAACTGATAGTTGACAGATTAAGTTTATACGTCAAGTGCCATTTTATTATCTGCTGTAGTTGTTTTGTGCATTTTAATTTGATGTAGCTTATTGTATTTTTGCCCTGAGATAGTTGATGCAAA"_dna4, +"GGCTATTTGTCTATTTGTTGTGGTATATTTTCATAACAAATAGTTTAAGATACAGTTTTCTGCAGCTTTATCAGTGGCCTTTTCTGGACCATACTGTCTCTCTCTCCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGCACACATATGTGCACCCTCCTTTGTGTGTGTGTGTGCGCATGTATATAGGCACAAAGGCATATATATGGAGGAATATATATGTATATATATGTGTGTATATATACATACATTCTATAC"_dna4, +"CGTTTAAAAAGACCACAAAGTGTCCTTTTGAATCCTACAACCCTTCTTGATCAATTCCTTTGTGGGAGAAAATTTACTGTGATTCTTTTGCATTTCTATACACCTTACAAGCAGAAGGACATGCTGCTTGTGTTGCAGTTATCTGTTCTAAGGATGTTTGTATAGTGAACAACTTGGGTGACAGACAGAGGAAGAGATACTGTCCTCTTCTAGAGCAAGTGTTCCTCTCCTGTAACAAAACACCCTGCATGTTATA"_dna4, 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+"CAGACTTCCCACCTATTATAGTTGCTGTAGGTACCAATGTTAAAATGAAATGTACAAGAAAGTGTTTTGCTAATGGGAAAAATTAAATGTGAAGAGGTGTATCATTTCCTCCACACCAATCATAACATGATGTAAGCAAAATACATAATAAGTGTCTTTACTCCAAATAGACCAAAATTCAGAGAGAAGGTGAACAAATAAAATGGTAAAGTTACATATTTATGGTGTAGTTGAAATAGTTTATAAAGGCAAATTA"_dna4, +"AACCTTATATAGGGTATCCGTTTTCTTTGTGGCAGTCTTGTGATGTGCCATTAATCCACCTCTCAAGTGACGAAGTTGAATTTTAGAGATACTCAGTTACCCGCTCTAACTCATAAACTCTAGTAAGTAGCTGAGTTGGGATTAGAATCAAAGTCTGTCTGGCTCCAAGGCCCAGGTTTTTTTCCGCTATGAGAAAAGCTGTCTCTCACATTTGGAGTGTGGACTAGGGGAGAGACTGAGAAAATGACGATCCAAG"_dna4, +"TGCTTGGCCTCTTTTCCCATCGAACATCATTCAGAATGTGATTCCCATGTGTGGGGTGGGGTGGGGGGAGCGAGAGCCCCAGCATAGACTCCGTGAATGCCCTTCTCCATGCACTGACTATGGAAAGTGCTGGATGCACTGAGTGTCACTAGCTAAGGTAGGGGAGGATGGAGAACTAGAGGGAGAAAAGCCAGGGTGTTTTCTGGGGAAGAGAGGAAGCAGGAGGCAAAAGAACAGAAGAAAAAAGTGTGAAACT"_dna4, 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+"TGAGACAGAGCCTCACTCTGTCATCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATCTTGGCTCACTGCAGCCTCTGCCTCCTAGGTTCCAGCGATTCTCCTGCCTCAACCTCCCTGGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCGACTACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAATAGAGACGGGGTTTCACCACATTGGCCAAGCTGGGCTCGAACTCCTGACCTCAGGCGATCGGCCTCCTCGGCCTCCCAAAGCGCTGAGATT"_dna4, +"CTGTTAGACCTAGTTGGTTTATAGTGTTTTTTACAACTTCTGTTTTCTTTTTAATCTTCTATCTACTTTTAGCCATTATTGAAAGTGGATTAGTAAATTATCTATTTATTCCTTTAATTCTGCCATTTTTTGCTTCATGTATTTTGGTGCTCTGTTGCTTATTACATGTATGTTTACATTTGTTACATCATTTTAATGGCTTGAACTTTTTATTATAAAATGTGTATATCTTGTAGATATCGTATAGTTAAATCTT"_dna4, +"TGCTAAACAACAAGCCCTGGTGTTTCCTTCTGAACCCCCAAGTTATTTCCTTACAGCAGTTGGCCTGGGGCAAGGTTTTTCAATCAGTGTCAGCTTCAAGCCAGCAGCTTGCATCCTACTGCAAAATTTATGGAGCATGTTGATGAGAACAATGTGGCTGCCCGGGAAGATGACTGGGAATTGGCAGAGGAGTTTTGTAGGTCTGAGCTCTGCAGCTGGGCCATTGATTGTTCCTTCATCTGGTTGGACTTCAAAA"_dna4, 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+"ACTCAAACTATTCCAAAAAAACAGAGGAGGAGGCACTACTTCCAAATTCCTTGTGTGAGGCCAGCATTATCATGACACCAAAACCAGACAAAGACACATCAAAAAGAGAAAACTACAACTCAATATCCCTGATTAACATTGATGCAAAAAAAACTCTCAACAAAATACCAGCAAACCAAATTCAACAGCATATTAAAAAGATTACTAATGATGACCAAGTGAAATTTATCCCTGGGATGCAAAGGTGTTTCATCAT"_dna4, +"TGCAATTACAGTGAGCGCAGTGATAGTGAGTCAGAAGGAATTGCAACCAGTCTCCCAAGACAGAACTAGAAAGCTTGGCTAATTCTTCCTTTTCTTTCATATCCTATGTCAATCAATCATCCAGGCCTCCTAATGTTTAAAAAAATCATCCCTTCTCTCCATCATCATTATCACTCTCCTCACCTCTTGTTGGGACCATATTGTTCCTTTGTTTCCATTCTTGACTTGACCACCAGAGAGACACGGGGCGATCTCC"_dna4, +"CTTTGTGGAGTGGTTTATATTTTTGTCAATTTATCCCAAAGGGATTTTCTGATTATAGACTGCTCATGTTCTCACCCCAGGCTCTCCAGCTGCATCTGTACCAGCAGGGGGAAAAGGAATAAAATAGGTGATAATATAATCATAAATATTTGCAGGAATCCTGCTGTCCAAGTTTCCTACTACTCTGGGCATTCACATTTATTTATTTATTTATTATTTATTTTAGACAAGGTTTGGCTCTGTCACCCAGGCTGGA"_dna4, 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+"TATTGTTTGTGTATTTTTTCCATTATTTATACTGTAGCACTGCCAGTTTCATTTGTTTTGGGACAAATAATTTTGAGTTTCTCCTGTTGCCAGATGACTATCTTTGTGGACAGAATTCATTTATGATACCATAATGTCATAGACTTTTAGATCTAGAGGGGACATGTAACAATCAACTAAAATTAATATTCAACAACCATTTATTGAGTAGCTATTCAGGACTTGGCTAGGAGTTAGATAAAGACTCCAAATGGAA"_dna4, +"CTAGTTGCTGAAGAATGAAGTAGGTGAATTATAATTAGTTTGACACTCTTTATTTTTCTTTCTTTTCTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTACAAAGACAACCTTAATAGAAAGATTGGAAGCTTACCAGATGATTTCCAAAAGTAGAAGCAGTATCAAAACTGTGATTTTTTTTGTTTTGGTAGAATAAAGAGCATTTTTTTGGAATCATGGAACTGTTACATATTCACTGGATGGCAGAGTATTAACAAACTCTGGAC"_dna4, +"TCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATACAGGTTATGGAAAAATTATGAAATATTATGAAAAAGTAGGTATGTCATGAATGCACAAAATATATTTAGATAACTAGTCTATTTTATATATGACAATAAGATGTAAAGAAATCTATGATAAAATGTTAAAATTTGGCTGGGCGTGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAAGCTGAGGCAGGCGGATCATGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCC"_dna4, 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+"TATCCTGCACCTGGCTCAGAGGGTCCCATGCCAACGGAGTCTCACTGATTGCTAGCACAGCATTCTGAGATCAAACCGCAACAAAGCGGCAGCAAGGCTGGGGGAGGGGCGCCCGCCATTGCCCAGGCTTGCTTAGGTAAACAAAGCAGCCAGGAAGCTCCAACTGGGTGGAGCCCACCACAGCTCAAGGAGGCCTGCCTGCCTCTGTAGGCTCCATCTCTGGGGGCAGGGCACAGACAAACAAAAAGACAGCAGT"_dna4, +"GGTGCTGGTGCTGCTAAAATAAATTAGATGCAGCTGACTTCATTAAGGTCTCTCCCTGTGGCTTTCACTCTTGGGCAGAAAGAGGAATCAGACCAGGAAGAAGGTAAGTTTGGTTTTTATGCTGGAGTAGGCAGACTGGGGGCCCATAATATATACATATACATACATATATATATATATATATATATTTTTTTTTTTTAGATGGAGTTTCACTCTGTCCAGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGTGATTTCGGCTC"_dna4, +"CCTCCACCCTGTAAGATGTTACAGCAAAAGAAAACAAAGCTGGCTTTGAAGGAATTATGCTAAACAACTTATCTTTAATTTCTCCAATGCAGTAAATTAAAAGTTAATGTATGAGGGACAGTCCAGGTTTAAAATGCGACCTCCGAAACTGGGAGTCCCCAAATAACTCTCCTGTGTTGACTCTTCCTGTCTATTCTCAGGGTTTAGAAAGAGGATATCCTTCTGTAGTCACATGAGCAATGGTAAAGCAGTAACC"_dna4, 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