From 94a024164f9c7c7104ae3c7958d88d25f980ecff Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Charity Hilton Date: Thu, 30 Apr 2015 12:40:00 -0400 Subject: [PATCH] get scatterplots going, split out treemaps by index --- build/css/Heracles.min.css | 2 +- lib/ohdsi/jnj.chart.js | 49 ++- src/css/heracles.css | 2 +- src/js/charts/cohortSpecific.js | 501 +--------------------------- src/js/charts/conditionByIndex.js | 305 +++++++++++++++++ src/js/charts/drugByIndex.js | 301 +++++++++++++++++ src/js/charts/procedureByIndex.js | 300 +++++++++++++++++ src/js/heracles-results.js | 10 +- src/templates/cohortSpecific.html | 176 +--------- src/templates/conditionByIndex.html | 65 ++++ src/templates/drugByIndex.html | 63 ++++ src/templates/procedureByIndex.html | 63 ++++ viewer.html | 3 + 13 files changed, 1134 insertions(+), 706 deletions(-) create mode 100644 src/js/charts/conditionByIndex.js create mode 100644 src/js/charts/drugByIndex.js create mode 100644 src/js/charts/procedureByIndex.js create mode 100644 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tr.odd.selected,table.dataTable.display tbody tr.odd:hover.selected,table.dataTable.display tbody tr:hover.selected,table.dataTable.hover tbody tr.even:hover.selected,table.dataTable.hover tbody tr.odd:hover.selected,table.dataTable.hover tbody tr:hover.selected,table.dataTable.stripe tbody tr.odd.selected{background-color:rgba(89,159,216,.5)}.sorting_1{background-color:rgba(89,159,216,.3)!important}.sorting_2{background-color:rgba(89,159,216,.2)!important}.sorting_3{background-color:rgba(89,159,216,.1)!important}.popover{max-width:800px;z-index:1040}div.chartcontainer{line-height:0}.legend{padding:5px;font:10px arial}.area{fill:#448}.bar{fill:#1f77b4}.barlabel{font-family:arial;font-size:8px}.boxplot{font:10px arial}.boxplot .median{stroke:#1f77b4}.boxplot line{stroke:#1f77b4;stroke-width:1px}.boxplot circle,.boxplot rect{fill:rgba(31,119,180,.2);stroke:#1f77b4;stroke-width:1px}.boxplot .whisker{stroke-dasharray:3,3;stroke:#1f77b4}.boxplot .outlier{fill:none;stroke:#1f77b4}table.boxplotValues tr td{text-align:right;padding:0 3px}.lineplot .line{fill:none;stroke:#1f77b4;stroke-width:1px}.g-trellis .x-guide path.domain,.g-trellis .y-guide path.domain{fill:none}.g-trellis .x-guide .tick line,.g-trellis .y-guide .tick line{stroke:#ccc;stroke-width:.6}.axis line,.axis path{fill:none;stroke:#000}.axis text{font-family:arial;font-size:8px}.axislabel{font-family:arial;font-weight:700}table.data td:first-child{text-align:right}table.data td{padding-left:3px;padding-right:3px;white-space:nowrap}.g-overlay{fill:none;pointer-events:all}.g-label-value,.g-label-year{font-size:10px}.trellisLegend{font-size:10px;font-family:arial}.grouper{fill:none;stroke:#fff;stroke-width:2px;display:none}#treemap_container svg{shape-rendering:'crispEdges'}.treemap_legend{font-size:10px}.focus,.ng-cloak{opacity:0}@media (min-width:1px){.navbar-toggle{display:block!important}}@media (min-width:992px){#cohort-explorer-main,#viewer-container{padding:0 0 0 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options.xFormat, function (d) { + var tooltipBuilder = line_defaultTooltip(options.xLabel || "x", options.xFormat, function (d) { return d[options.xValue]; }, options.yLabel || "y", options.yFormat, @@ -1465,19 +1465,6 @@ } y.range([height, 0]); - // create a line function that can convert data[] into x and y points - - var line = d3.svg.line() - .x(function (d) { - var xPos = x(d[options.xValue]); - return xPos; - }) - .y(function (d) { - var yPos = y(d[options.yValue]); - return yPos; - }) - .interpolate(options.interpolate); - var vis = chart.append("g") .attr("class", options.cssClass) .attr("transform", "translate(" + (options.margin.left + yAxisLabelWidth + yAxisWidth) + "," + options.margin.top + ")"); @@ -1485,23 +1472,25 @@ var series = vis.selectAll(".series") .data(data) .enter() - .append("g") + .append("g"); - var seriesLines = series.append("path") - .attr("class", "line") - .attr("d", function (d) { - return line(d.values.sort(function (a, b) { - return d3.ascending(a[options.xValue], b[options.xValue]); - })); + var seriesDots = series + .selectAll(".dot") + .data(function (series) { + return series.values; }) - - if (options.colorBasedOnIndex) { - - } else if (options.colors) { - seriesLines.style("stroke", function (d) { - return options.colors(d.name); + .enter() + .append("circle") + .attr("class", "dot") + .attr("r", 4) + .style("fill", function(d) { + return options.colors(d[options.seriesName]); }) - } + .attr("transform", function (d) { + var xVal = x(d[options.xValue]); + var yVal = y(d[options.yValue]); + return "translate(" + xVal + "," + yVal + ")"; + }); if (options.showSeriesLabel) { @@ -1670,7 +1659,9 @@ .style("text-anchor", "middle") .attr("dy", ".79em") .text(options.seriesLabel); - seriesLabelHeight = seriesLabel.node().getBBox().height + 10; + if (seriesLabelHeight = seriesLabel.node()) { + seriesLabelHeight = seriesLabel.node().getBBox().height + 10; + } } var trellisLabel; diff --git a/src/css/heracles.css b/src/css/heracles.css index 4a4c754..e2b6964 100644 --- a/src/css/heracles.css +++ b/src/css/heracles.css @@ -337,7 +337,7 @@ hr.path { #condition_table tr { cursor: pointer; } -#treemap_container rect { +#treemap_container rect, #drug_treemap_container rect, #proc_treemap_container rect { cursor: pointer; } th { diff --git a/src/js/charts/cohortSpecific.js b/src/js/charts/cohortSpecific.js index 6159d23..5d49b14 100644 --- a/src/js/charts/cohortSpecific.js +++ b/src/js/charts/cohortSpecific.js @@ -1,34 +1,16 @@ -define(["jquery", "bootstrap", "d3","jnj_chart", "ohdsi_common", "datatables", "datatables-colvis", "colorbrewer", "tabletools"], - function ($, bootstrap, d3, jnj_chart, common, DataTables, DataTablesColvis, colorbrewer, TableTools) { +define(["d3","jnj_chart", "ohdsi_common"], function (d3, jnj_chart, common) { function CohortSpecificRenderer() {} CohortSpecificRenderer.prototype = {}; CohortSpecificRenderer.prototype.constructor = CohortSpecificRenderer; - $(document).on( 'shown.bs.tab', 'a[data-toggle="tab"]', function (e) { - $(window).trigger("resize"); - - // Version 1. - $('table:visible').each(function() - { - var oTableTools = TableTools.fnGetInstance(this); - - if (oTableTools && oTableTools.fnResizeRequired()) - { - oTableTools.fnResizeButtons(); - } - }); - }); - CohortSpecificRenderer.render = function(cohort) { - var stillLoadingDefaults = true, stillLoadingTreemaps = true; var id = cohort.id; this.baseUrl = getWebApiUrl() + 'cohortresults/' + id; d3.selectAll("svg").remove(); $('#loading-text').text("Querying Database..."); $('#spinner-modal').modal('show'); - $.getJSON(this.baseUrl + '/cohortspecific', function(data) { $('#loading-text').text("Rendering Visualizations..."); // Persons By Duration From Start To End @@ -247,488 +229,11 @@ define(["jquery", "bootstrap", "d3","jnj_chart", "ohdsi_common", "datatables", " } common.generateCSVDownload($("#trellisLinePlot"), data.numPersonsByCohortStartByGenderByAge, "numPersonsByCohortStartByGenderByAge"); - if (!stillLoadingTreemaps) { - $('#spinner-modal').modal('hide'); - } - stillLoadingDefaults = false; + $('#spinner-modal').modal('hide'); }) - .fail(function() { - if (!stillLoadingTreemaps) { - $('#spinner-modal').modal('hide'); - } - stillLoadingDefaults = false; - }); - - function buildHierarchyFromJSON(data, threshold) { - var total = 0; - - var root = { - "name": "root", - "children": [] - }; - - for (i = 0; i < data.percentPersons.length; i++) { - total += data.percentPersons[i]; - } - - for (var i = 0; i < data.conceptPath.length; i++) { - var parts = data.conceptPath[i].split("||"); - var currentNode = root; - for (var j = 0; j < parts.length; j++) { - var children = currentNode.children; - var nodeName = parts[j]; - var childNode; - if (j + 1 < parts.length) { - // Not yet at the end of the path; move down the tree. - var foundChild = false; - for (var k = 0; k < children.length; k++) { - if (children[k].name === nodeName) { - childNode = children[k]; - foundChild = true; - break; - } - } - // If we don't already have a child node for this branch, create it. - if (!foundChild) { - childNode = { - "name": nodeName, - "children": [] - }; - children.push(childNode); - } - currentNode = childNode; - } else { - // Reached the end of the path; create a leaf node. - childNode = { - "name": nodeName, - "num_persons": data.numPersons[i], - "id": data.conceptId[i], - "path": data.conceptPath[i], - "pct_persons": data.percentPersons[i], - "records_per_person": data.recordsPerPerson[i], - "relative_risk" : data.logRRAfterBefore[i], - "pct_persons_after": data.percentPersonsAfter[i], - "pct_persons_before": data.percentPersonsBefore[i], - "risk_difference": data.riskDiffAfterBefore[i] - }; - - // we only include nodes with sufficient size in the treemap display - // sufficient size is configurable in the calculation of threshold - // which is a function of the number of pixels in the treemap display - if ((data.percentPersons[i] / total) > threshold) { - children.push(childNode); - } - } - } - } - return root; - } - - - - function drilldown(id, name, type) { - $('#loading-text').text("Querying Database..."); - $('#spinner-modal').modal('show'); - $("#" + type + "DrilldownScatterplot").empty(); - $.ajax({ - type: "GET", - url: CohortSpecificRenderer.baseUrl + "/cohortspecific" + type + "/" + id, - contentType: "application/json; charset=utf-8" - }).done(function (result) { - $('#loading-text').text("Rendering Visualizations..."); - - if (result && result.length > 0) { - - var normalized = common.dataframeToArray(common.normalizeArray(result)); - - // nest dataframe data into key->values pair - var totalRecordsData = d3.nest() - .key(function (d) { - return d.recordType; - }) - .entries(normalized) - .map(function (d) { - return {name: d.key, values: d.values}; - }); - - - var scatter = new jnj_chart.scatterplot(); - scatter.render(totalRecordsData, "#" + type + "DrilldownScatterplot", 900, 250, { - yFormat: d3.format('0%'), - xValue: "duration", - yValue: "pctPersons", - xLabel: "Duration Relative to Index", - yLabel: "% Persons", - showLegend: true, - colors: d3.scale.category10() - }); - - common.generateCSVDownload($("#" + type + "DrilldownScatterplot"), result, type + "Drilldown"); - $('#' + type + 'OccurrencesDrilldown').removeClass('hidden'); - - } - - $('#spinner-modal').modal('hide'); - }).error(function (result) { + .fail(function() { $('#spinner-modal').modal('hide'); }); - } - - // show the treemap - $('#loading-text').text("Querying Database..."); - $('#spinner-modal').modal('show'); - var format_pct = d3.format('.2%'); - var format_fixed = d3.format('.2f'); - var format_comma = d3.format(','); - - var width = 1000; - var height = 250; - var minimum_area = 50; - var threshold = minimum_area / (width * height); - - - $.getJSON(this.baseUrl + '/cohortspecifictreemap', function(data) { - $('#loading-text').text("Rendering Visualizations..."); - - // condition prevalence - if (data.conditionOccurrencePrevalence) { - var normalizedData = common.normalizeDataframe(common.normalizeArray(data.conditionOccurrencePrevalence, true)); - var conditionOccurrencePrevalence = normalizedData; - if (!conditionOccurrencePrevalence.empty) { - var table_data = normalizedData.conceptPath.map(function (d, i) { - conceptDetails = this.conceptPath[i].split('||'); - return { - concept_id: this.conceptId[i], - soc: conceptDetails[0], - hlgt: conceptDetails[1], - hlt: conceptDetails[2], - pt: conceptDetails[3], - snomed: conceptDetails[4], - num_persons: format_comma(this.numPersons[i]), - percent_persons: format_pct(this.percentPersons[i]), - relative_risk: format_fixed(this.logRRAfterBefore[i]), - percent_persons_before: format_pct(this.percentPersons[i]), - percent_persons_after: format_pct(this.percentPersons[i]), - risk_difference: format_fixed(this.riskDiffAfterBefore[i]) - }; - }, conditionOccurrencePrevalence); - - var datatable = $('#condition_table').DataTable({ - order: [6, 'desc'], - dom: 'T<"clear">lfrtip', - data: table_data, - columns: [ - { - data: 'concept_id' - }, - { - data: 'soc' - }, - { - data: 'hlgt', - visible: false - }, - { - data: 'hlt' - }, - { - data: 'pt', - visible: false - }, - { - data: 'snomed' - }, - { - data: 'num_persons', - className: 'numeric' - }, - { - data: 'percent_persons', - className: 'numeric' - }, - { - data: 'relative_risk', - className: 'numeric' - } - ], - pageLength: 5, - lengthChange: false, - deferRender: true, - destroy: true - }); - - $('#reportConditionOccurrences').show(); - - var tree = buildHierarchyFromJSON(conditionOccurrencePrevalence, threshold); - var treemap = new jnj_chart.treemap(); - treemap.render(tree, '#treemap_container', width, height, { - onclick: function (node) { - drilldown(node.id, node.name, 'condition'); - }, - getsizevalue: function (node) { - return node.num_persons; - }, - getcolorvalue: function (node) { - return node.relative_risk; - 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'; - result += '
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'; - result += '
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'; - return result; - }, - gettitle: function (node) { - var title = '', - steps = node.path.split('||'); - for (i = 0; i < steps.length - 1; i++) { - title += '
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'; - } - return title; - } - }); - } - } - - - - if (data.procedureOccurrencePrevalence) { - var procedureOccurrencePrevalence = common.normalizeArray(data.procedureOccurrencePrevalence); - if (!procedureOccurrencePrevalence.empty) { - var table_data = procedureOccurrencePrevalence.conceptPath.map(function (d, i) { - var conceptDetails = this.conceptPath[i].split('||'); - return { - concept_id: this.conceptId[i], - level_4: conceptDetails[0], - level_3: conceptDetails[1], - level_2: conceptDetails[2], - procedure_name: conceptDetails[3], - num_persons: format_comma(this.numPersons[i]), - percent_persons: format_pct(this.percentPersons[i]), - relative_risk: format_fixed(this.logRRAfterBefore[i]), - percent_persons_before: format_pct(this.percentPersons[i]), - percent_persons_after: format_pct(this.percentPersons[i]), - risk_difference: format_fixed(this.riskDiffAfterBefore[i]) - }; - }, procedureOccurrencePrevalence); - - var datatable = $('#procedure_table').DataTable({ - order: [5, 'desc'], - dom: 'T<"clear">lfrtip', - data: table_data, - columns: [ - { - data: 'concept_id' - }, - { - data: 'level_4' - }, - { - data: 'level_3', - visible: false - }, - { - data: 'level_2' - }, - { - data: 'procedure_name' - }, - { - data: 'num_persons', - className: 'numeric' - }, - { - data: 'percent_persons', - className: 'numeric' - }, - { - data: 'relative_risk', - className: 'numeric' - } - ], - pageLength: 5, - lengthChange: false, - deferRender: true, - destroy: true - }); - - $('#reportProcedureOccurrences').show(); - - var tree = buildHierarchyFromJSON(procedureOccurrencePrevalence, threshold); - var treemap = new jnj_chart.treemap(); - treemap.render(tree, '#proc_treemap_container', width, height, { - onclick: function (node) { - drilldown(node.id, node.name, 'procedure'); - }, - getsizevalue: function (node) { - return node.num_persons; - }, - getcolorvalue: function (node) { - return node.relative_risk; - }, - getcolorrange: function() { - return colorbrewer.RR[3]; - }, - getcolorscale : function() { - return [-6, 0, 5]; - }, - getcontent: function (node) { - var result = '', - steps = node.path.split('||'), - i = steps.length - 1; - result += '
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' + steps[i] + '
'; - result += '
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'; - result += '
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{{cohort.name}}

+ +
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{{cohort.name}}

-
-
-
- Condition Prevalence -
-
-
- -
-
-
-
-
-
Box Size: Prevalence, Color: Log of Relative Risk (Red to Green = Negative to Positive), Use Ctrl-Click to Zoom, Alt-Click to Reset Zoom
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- - - - - - - - - - - - - - -
Concept IdSOCHLGTHLTPTSNOMEDPerson CountPrevalenceRelative Risk per Person
-
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-
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- - - -
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- Procedure Prevalence -
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Box Size: Prevalence, Color: Log of Relative Risk (Red to Green = Negative to Positive), Use Ctrl-Click to Zoom, Alt-Click to Reset Zoom
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- - - - - - - - - - - - - -
Concept IdLevel 4Level 3Level 2ProcedurePerson CountPrevalenceRelative Risk per Person
-
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- - - - -
-
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- Drug Prevalence -
-
-
- -
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Box Size: Prevalence, Color: Log of Relative Risk (Red to Green = Negative to Positive), Use Ctrl-Click to Zoom, Alt-Click to Reset Zoom
-
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- - - - - - - - - - - - - -
Concept IdATC 1ATC 3ATC 5IngredientPerson CountPrevalenceRelative Risk per Person
-
-
-
-
-
-
-
- - -
\ No newline at end of file diff --git a/src/templates/conditionByIndex.html b/src/templates/conditionByIndex.html new file mode 100644 index 0000000..32f5d0a --- /dev/null +++ b/src/templates/conditionByIndex.html @@ -0,0 +1,65 @@ +
+

{{cohort.name}}

+ + +
+
+
+
+ Condition Prevalence +
+
+
+ +
+
+
+
+
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Box Size: Prevalence, Color: Log of Relative Risk (Red to Green = Negative to Positive), Use Ctrl-Click to Zoom, Alt-Click to Reset Zoom
+
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Concept IdSOCHLGTHLTPTSNOMEDPerson CountPrevalenceRelative Risk per Person
+
+
+
+
+
+
+
+ + + + +
\ No newline at end of file diff --git a/src/templates/drugByIndex.html b/src/templates/drugByIndex.html new file mode 100644 index 0000000..622b6ff --- /dev/null +++ b/src/templates/drugByIndex.html @@ -0,0 +1,63 @@ +
+

{{cohort.name}}

+ +
+
+
+
+ Drug Prevalence +
+
+
+ +
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+
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Box Size: Prevalence, Color: Log of Relative Risk (Red to Green = Negative to Positive), Use Ctrl-Click to Zoom, Alt-Click to Reset Zoom
+
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+ + + + + + + + + + + + + +
Concept IdATC 1ATC 3ATC 5IngredientPerson CountPrevalenceRelative Risk per Person
+
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+
+ + + + +
\ No newline at end of file diff --git a/src/templates/procedureByIndex.html b/src/templates/procedureByIndex.html new file mode 100644 index 0000000..368bf9a --- /dev/null +++ b/src/templates/procedureByIndex.html @@ -0,0 +1,63 @@ +
+

{{cohort.name}}

+ +
+
+
+
+ Procedure Prevalence +
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+
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+
Box Size: Prevalence, Color: Log of Relative Risk (Red to Green = Negative to Positive), Use Ctrl-Click to Zoom, Alt-Click to Reset Zoom
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Concept IdLevel 4Level 3Level 2ProcedurePerson CountPrevalenceRelative Risk per Person
+
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+
+ + + + +
\ No newline at end of file diff --git a/viewer.html b/viewer.html index 5d26b5a..103841f 100644 --- a/viewer.html +++ b/viewer.html @@ -72,17 +72,20 @@

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  • Cohort Specific
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  • Condition Eras
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