Dockerfile

[bugeaud]

Hello,

It would be nice to have a docker configuration for MedShakeEHR.

VM is fine for a demo purpose, but having a docker configuration ready would help people to rampup MedShakeEHR from demo instances to live instances.

FYI, there are already official Docker instance of Orthanc.
Idealy MedShaeEHR would only be requiring : 1 Orthanc container (for Dicom storage) & 1 LDAP container (for user management, OpenIdentityPlatform/OpenDJ could be a good pick here).

Rgs
JB

[MedShake]

Bonjour

Merci pour cette suggestion ! J'avoue n'avoir aucune expérience de Docker. J'ai lu quelques articles à propos, sans passer jamais à la pratique. Les journées ne font que 24h et je me concentre sur ce qui est essentiel avant tout : développement et documentation, car il manque encore quelques petites choses pour faire de MedShakeEHR un logiciel qui sera regardé par le professionnel lambda (cf ROSP !)
Je ne suis pas contre un peu d'aide pour découvrir la technologie !

Bien cordialement,

B.

[bugeaud]

Re,

Je pense que la dockerisation permet de se passer de document d'installation pour toute la partie des couches bases. Car ce que veut un utilisateur lambda c'est avoir une instance qui marche rapidement. C'est justement le but de Docker.

Aprés, même dockerisé, dans l'état de l'appli, il restera une partie de configuration manuelle possible dans la table configuration ou le config.yml

Depuis la fois dernière, j'ai pas mal avancé sur la dockerisation.

J'ai actuellement trois conteneurs gérés/reliés sous docker compose :

1. db : une instance de SGBD dérivée du conteneur mariadb:latest
2. myadmin : une instance de PHPMyAdmin pour administrer facilement la base
3. web : un conteneur construit sur une base Ubuntu qui reprend les étapes des self-installer.php et install.php de l'appli

Côté db , j'ai fait un import des scripts de base en bloc.
Mais j'ai rencontré un avertissement : une colonne est dupliquée sur un des scripts.

PI, j'utilise la commande suivante pour concatener tous les scripts :
shopt -s globstar && cat **/*.sql

Ce n'est pas bloquant pour l'instant, mais celà restera à corriger afin d'avoir une config de donnée conforme à la cible.

J'ai contourné pas mal de soucis coté web, comme par exemple la dépréciation de pdftk (plus supporté car utilisant une couche de liaison de GCC avec Java qui n'est abandonnée). Le conteneur web commence à prendre forme et il se connecte à la base.

Par contre, actuellement, je suis bloqué coté conteneur web par l'absence de prise en compte des controleurs par la config, ainsi l'appel à / redirige bien vers /login/logInFirst/ mais qui tombe en erreur :

"The requested URL /login/logInFirst/ was not found on this server."

Pas d'autres erreurs dans les logs Apache ...

Une idée ?

[MedShake]

Bonjour,

Merci pour tout cela. Dans l'ordre :

• les scripts SQL : seul le sqlnstall.sql est nécessaire. Il est tenu à jour pour une install de novo. Les autres *.SQL ne sont là que pour les sauts d'une version à l'autre.
• pdftk : très peu utilisé pour le moment (uniquement pour générer un duplicata de document en utilisant le duplicata.pdf des sources comme filigrane). Une idée d'alternative valable pour le substituer ?
• pour l'erreur 404, je dirais avant tout, l'absence d'url rewrting et donc d'activation de mod_rewrite dans apache.

Belle avancée en tout cas !

B.

[bugeaud]

Effectivement, c'était le rewrite 👍

Première version de la dockerisation effectuée, voir :
https://github.com/bugeaud/MedShakeEHR-base

Tout ce qui est à savoir est dans le README mis à jour 😀

Bon test ... pull request à suivre ;-)

Cdt,
JB

[bugeaud]

PI, je tente actuellement de faire un Docker in Docker pour pouvoir pousser un conteneur unique vers un service d'hébergement à la demande... le docker compose pose quelques difficultés. A suivre ... Cdt, JB

[bugeaud]

Pour information, le fork de Dockerisation a été mis à jour vers la dernière version de base / modGynObs (6.6 à date) et a été passé en prod avec succès sur un site.