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## Log of the last updates
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## /!\ this is an old version history. For recent updates,
## please see on Github
## https://github.com/Jean-Baptiste-Camps/stemmatology
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#Version 0.2.2, mise à jour du 16 juillet 2014
# Ajout de nouvelles fonctions (groupe des fonctions PCC achevé, encore à débuguer)
# Correction d'un bug sur PCC.doElimination
# Harmonisation des noms de variables
# Réduction du nombre de bibliothèques chargées au démarrage
#Version 0.2.1, mise à jour du 1er juillet 2014
# Correction d'un bug sur la fonction PCC.contam (X non défini).
# Intégration du tracé du graphique et Insertion des bibliothèques nécessaires à cette fin (à recalibrer encore).
# N.B.: ultérieurement, il pourrait être bon, soit de proposer plot comme option [plutôt], soit de redistinguer plot et la fonction conflicts.
# Agenda - TODO(global):
# - remplacer print()/writelines() par message() ou warning() lorsque cela est approprié.
# - ajouter une fonction PCC (tout court) qui fasse l'ensemble du trajet).
# - ajouter la liste des packages qui doivent être masqués lors de l'import du nôtre (pas très urgent, mais doit impérativement être fait avant une release, pour éviter les bugs)
# - avant ou durant la mise en package et son chargement sur GitHub, relire l'ensemble du code, le commenter, l'optimiser si possible, le retester et le nettoyer
# - intégration d'autres outils de construction de l'arbre
# - développement des méthodes de caractérisation de la contamination (fonctions maison, mais aussi cardiogrammes)
# - intégration de la fonction de construction de l'arbre en tradition contaminée.
# - à faire, comme partie de la mise en module : définir un ensemble de classes ; différencier les comportements selon les classes ; cf. Leisch, Creating packages, p. 5 et suiv.
#et R TEAM, “Writing R Extensions”, 2008
# NB: documentation files must be regenerated (using prompt) when a modification to the code has been made.
##NB: Functions for Debugging
# Debug Mode
# debug(fun, text = "", condition = NULL)
# debugonce(fun, text = "", condition = NULL)
# undebug(fun)
# isdebugged(fun)
# Show error context (very useful)
# options(show.error.locations=TRUE)
##NB: pour augmenter l'efficacité du code R et faire du profiling, benchmark :
# https://www.stat.auckland.ac.nz/~stat782/downloads/10-Efficiency-handouts.pdf
# Advanced R, Performance : http://adv-r.had.co.nz/Performance.html
# Commandes Rprof() et summaryRprof()
# package microbenchmark