GTX.Zip Professional Version（最新版本 GTZ 4.x）

访问GTX.Zip官方网站,你可以下载最新的GTX.Zip版本，阅读用户手册，提出问题并获得技术支持。Github页面不再维护。

QQ 交流群: 934492381

微信交流群:

Powered by GTXLab of Genetalks.

产品系列

产品名称	版本	描述	获得方式
GTX.Zip	V4.x	本地测序数据量大的基因公司、研究机构及个人用户	-下载软件-

-回顶-

以下内容已经过时

简介

GTX.Zip（简称GTZ）是面向基因行业，结合行业数据特征，对基因测序数据进行定向优化，支持所有文件格式的高倍无损压缩系统。该系统具有业界最高无损压缩倍率和速度，能以1100MB/s的极致速度，将基因测序数据压缩至原大小的2%。该系统可对测序数据文件及文件目录进行高倍率快速压缩和打包，赋能用户对海量基因数据进行方便快捷的存储、传输、分发和提取。

安装 GTX.Zip Professional , 提供单机版压缩，可以灵活地使用默认或指定参考基因组对本地基因组数据文件进行压缩、解压操作。

-回顶-

产品系列

产品名称	版本	描述	获得方式
GTX.Zip Professional	V3.0.0	本地测序数据量大的基因公司、研究机构及个人用户	-安装软件-
GTX.Zip Enterprise	V1.0.1	拥有PB级本地测序数据，需要通过自有计算集群对数据进行分布式压缩的大型企业和数据中心	-联系我们-
GTX.Zip Cloud	V1.0.1	云端测序数据分发、存储占比高的企业	http://gtz.io

-回顶-

生物信息分析软件支持情况

BWA 0.7 for GTX.Zip 是基于官方BWA 0.7开发的比对分析软件，可以直接读取gtz压缩格式的数据，其中包含 bwa 0.7 版本和 bwa-opt 0.7版本。其中 bwa-opt 是深度优化版本，比标准 bwa快 30%左右，并且比对结果完全一致。
BOWTIE/BOWTIE2 for GTX.Zip 是将短序列与参考基因组进行比对的工具，它的运行速度快并且内存利用率高，同时可以直接读取gtz压缩格式的数据，使用方式跟官方BOWTIE/BOWTIE2保持一致。其中BOWTIE for GTX.Zip是基于官方BOWTIE 1.2.2版本开发的，BOWTIE2 for GTX.Zip是基于官方BOWTIE2 2.3.4.3版本开发的。

-回顶-

特性

高倍无损
- GTX.Zip 采用全球领先的基因数据无损压缩算法，能够将FASTQ文件压缩低至原大小的2%，可以直接将fastq.gz 压缩至原大小的1/6。

数据集名称	GTX.Zip—压缩率	GZip—压缩率
Nova_wes_1.fq	2.53%	17.15%
Nova_wes_2.fq	3.45%	18.34%
nova_wgs_1.fq	3.18%	17.55%
nova_wgs_2.fq	3.93%	18.66%
nova_rna_1.fq	4.56%	17.70%
nova_rna_2.fq	5.39%	18.94%

*数据集为Novaseq的wes、wgs、rna测序数据。

极速如飞
- GTX.Zip 充分利用了CPU的并发性、新的Haswell CPU体系结构，以及新的指令(如AVX2、BMI2)，使得即使在普通计算服务器上，GTX.Zip的压缩速度也是飞快的，GTX.Zip Professional单机压缩速度高达1100MB/s，GTX.Zip Enterprise更支持企业所需的大规模分布式压缩。
安全无忧
- GTX.Zip 采用业内首屈一指的企业级数据安全策略,是目前业界唯一能够确保数据解压100%一致还原的系统。除了常规的分块MD5校验，还凭借其强大的计算效率,在压缩的同时进行解压还原验证，只有当解压还原后的数据与源数据完全一致时，才落地压缩文件，做到数据万无一失。
生态完整
- GTX.Zip 提供 Linux 、Mac OSX以及Windows等全平台命令行以及图形化解压工具。并提供Python、C、C++等语言的SDK接口，方便第三方开发者接入数据的读写处理。目前已免费提供能支持直接读写gtz格式（GTX.Zip压缩文件）的 bcl2fastq, fastp和BWA等常用测序分析软件。
- 详情请见-GTZ生态圈软件-。

-回顶-

运行环境

64位 Linux 系统（CentOS >= 6.1；Ubuntu >= 12.04， < 18.04)
64位 Windows 系统(win7,win10)

-回顶-

安装Linux GTX.Zip Pro

请访问这个网站以获取下载安装包

www.gtxlab.com

验证安装是否成功

运行以下命令，出现相应的软件版本信息则说明安装成功

gtz --version

-回顶-

快速上手 (Linux)

前提：当前机器中已经安装了GTX.Zip Professional软件，如未安装请参考-安装软件-

1、下载待压缩样本
样本下载：-sample.fq-

* 样本文件大小2GB , 从Novaseq的WES数据提取

参考基因组下载: -GCF_000001405.37_GRCh38.p11_genomic.fna.gz-

2、开始压缩

gtz sample.fq --ref GCF_000001405.37_GRCh38.p11_genomic.fna.gz

* GTX.Zip 同时支持压缩fq.gz文件

3、解压还原

gtz -d sample.fq.gtz

-回顶-

使用方法

功能说明

使用实例

一、压缩fastq/fastq.gz（高倍压缩）

1、默认压缩方式

gtz /data/nova.fastq.gz --ref /fasta/genomic.fna(.gz)

--ref参数用于指定nova.fastq.gz对应物种的参考基因组fasta文件，fasta文件也支持gz格式。注意：压缩完成后的文件，解压时不再需要fasta文件

2、指定输出文件名

gtz /data/nova.fastq.gz --ref /fasta/genomic.fna -o /out/nova.gtz

-o参数指定输出文件名，注意是小写字母o

3、压缩完成后解压校验

gtz /data/nova.fastq.gz --ref /fasta/genomic.fna --verify

数据压缩完成后再解压一次，当压缩后文件用于存档时可以加--verify参数，但是gtz压缩时对每个块都有校验，平时使用不需要加该参数

4、快速压缩

gtz /data/nova.fastq.gz --ref /fasta/genomic.fna -l 1

-l参数指定压缩level，1-5是快速压缩模式，目前1-5使用的压缩算法是同一个，这里主要是为了以后的扩展，同样6-9使用的压缩算法也是同一个，也是为了以后的扩展，6目前是默认的压缩级别，即最高压缩算法

5、限定压缩资源

gtz /data/nova.fastq.gz --ref /fasta/genomic.fna -p 4

-p参数指定压缩时所使用的线程数，这里-p 4表示整个压缩过程只会使用4个线程，该功能在计算资源不够的时候非常实用

6、修改默认缓存路径

gtz /data/nova.fastq.gz --ref /fasta/genomic.fna --cache-path /path/cache/

--cache-path参数可以修改gtz默认缓存路径。当使用了--ref指定了fasta时，gtz会将fasta转换为相应的二进制文件，然后将其缓存到默认路径（/home/user/.config/gtz），以便在下次压缩指定了相同的fasta时，gtz可以直接从缓存路径读取数据，这种处理相对较快。如果有要需要时（譬如/home/user空间不够）可以使用该参数

7、不打包fasta文件

gtz /data/nova.fastq.gz --ref /fasta/genomic.fna --donot-pack-ref

使用--donot-pack-ref选项，生成的目标gtz文件会更小，但是解压时需要指定对应的fasta。我们不建议使用这个选项，因为不加这个选项相比加这个选项，压缩率影响很小，但如果使用此选项，则在解压缩时需要指定相应的fasta

二、压缩bam

1、默认压缩方式

gtz /data/nova.bam --ref /fasta/genomic.fna(.gz)

--ref参数用于指定nova.bam对应物种的参考基因组fasta文件，fasta文件也支持gz格式。注意：压缩完成后的文件，解压时不再需要fasta文件

压缩bam时必须指定bam文件对应的fasta文件，其他压缩方式与fastq压缩方式一致

三、普通压缩

1、压缩fastq/fastq.gz

gtz /data/nova.fastq.gz

不使用--ref指定fasta时，gtz对该fastq文件进行普通压缩，普通压缩压缩率相比高倍压缩大部分情况下会低很多。

2、压缩非fastq/fastq.gz/bam文件

gtz /data/test.video

gtz可以压缩任何文件

四、解压

1、解压带fasta压缩的fastq.gtz文件，不需要fasta

gtz -d nova.fastq.gtz

默认情况下解压带fasta压缩的gtz文件，不需要fasta文件，这是gtz2.0.0的特性

2、解压带fasta压缩的fastq.gtz文件，需要指定fasta

gtz -d nova.fastq.gtz --ref /fasta/genomic.fna(.gz)

如果压缩带了fasta，且使用了--donot-pack-ref参数，那么解压时需要指定压缩时所使用的fasta

3、解压bam.gtz文件

gtz -d nova.bam.gtz

gtz -d nova.bam.gtz --bam-to-sam

默认情况下bam.gtz解压成bam文件，如果需要解压成sam文件，需要带参数--bam-to-sam。如果该bam.gtz解压需要指定fasta可以通过--ref指定，参考fastq的解压即可

4、解压到终端

gtz -d nova.fastq.gtz -c 2>/dev/null

-c参数表示解压到终端。2>/dev/null表示将其他打印去除，只打印解压出来的fastq的内容

5、解压到指定路径

gtz -d nova.fastq.gtz -O /path/out/

-O参数指定解压文件的输出目录，注意是大小字母O

6、限定解压资源

gtz -d nova.fastq.gtz -p 4

-p参数同样适用解压，这里-p 4表示解压时只使用4个线程

7、解压低版本带bin压缩的gtz文件

gtz -d nova.fastq.old.gtz -r Homo_sapiens_bcacac9064331276504f27c6cf40e580.rbin

-r参数用于兼容比2.0.0低的gtz版本，2.0.0版本可以解压老版本压缩任意gtz文件。当老版本gtz压缩fastq文，使用了-b参数指定了对应的bin文件时，那么2.0.0版本可以用-r指定对应的rbin文件解压老版本的gtz的该文件

参数说明

--ref <string>
    @ 用于压缩时: 指定压缩数据对应的Fasta文件（支持gz格式）
    @ 用于解压时: 如果压缩通过--ref指定了Fasta，并且使用了参数--donot-pack-ref，那么解压时会需要通过--ref指定对应的Fasta
-z,  --fastq-to-fastq-gz
    @ 压缩不使用
    @ 用于解压时: 将fastq解压成fastq.gz，只对fastq有效
--bam-to-sam
　　 @ 压缩不使用
   　@ 用于解压时：将bam.gtz解压成sam文件，如果不指定该参数，则解压成bam格式文件
--cache-path <string>
    @ 用于压缩时: 当通过--ref指定了fasta时，GTZ会将该fasta转换为对应的二进制文件，然后缓存至默认路径，这样当同一个fasta被使用时，
                 GTZ直接从缓存路径读取，这样会非常迅速。默认的缓存路径是~/.config/gtz，你可以通过--cache-path指定另外的路径
    @ 用于解压时: 与压缩使用方式一致
--donot-pack-ref
    @ 用于压缩时: 这个选项不建议使用。默认情况下，当压缩使用fasta时，GTZ会从巧妙地从fasta中提取必要信息然后压缩至GTZ文件，这样解压时
                 不再需要fasta信息，不使用该参数对压缩率影响很小。一旦使用该参数解压时会需要通过--ref指定压缩时所使用的fasta
    @ 解压不使用
--verify
    @ 用于压缩时: 压缩完成后，使用该参数后GTZ会再次对生成的GTZ文件解压一次，这样保证生成的GTZ一定能解压。通常情况下，这个参数是不需要的，
                 因为gtz压缩时保证了数据的正确性。当然如果压缩用于存档，你也可以使用该参数
    @ 解压不使用
-l <number>,  --level <number>
    @ 用于压缩时: [1-5]是快速压缩模式，目前1-5使用的压缩算法相同，这里预留是为了后面的扩展；6是默认的压缩级别；[6-9]是最高压缩，目前6-9
                 压缩算法也相同，保留同样是为了以后扩展
    @ 用于解压时: 当解压fastq格式的gtz文件时，如果要解压成fastq.gz格式，可以通过该参数调整fastq.gz的压缩level，level的范围为[0-9]，不指定时为4
-r <string>,  --rbin-path <string>
    @ 压缩不使用
    @ 用于解压时: 该参数对2.0.0不需要。该参数只是为了保证2.0.0能解压更低版本，使用了bin压缩出来的GTZ数据，解压这种数据时通过该参数指定rbin
                 文件或者rbin所在的路径
-O <string>,  --out-dir <string>
    @ 压缩不使用
    @ 用于解压时: 指定解压文件的保存路径
-f,  --force
    @ 用于压缩时: 强制覆盖输出问题
    @ 用于解压时: 与压缩使用方式一致
-c,  --stdout
    @ 压缩不使用
    @ 用于解压时: 解压到终端
-d,  --decompress
    @ 压缩不使用
    @ 用于解压时: 指定要解压的GTZ文件
-p <number>,  --parallel <number>
    @ 用于压缩时: 指定并发线程，不指定时等于cpu的核数
    @ 用于解压时: 与压缩使用方式一致
-o <string>,  --out <string>
    @ 用于压缩时: 指定压缩后输出的GTZ文件名
    @ 解压不使用
-e,  --no-keep
    @ 用于压缩时: 不保存原始文件
    @ 解压不使用
--version
    显示版本信息并退出
-h,  --help
    显示帮助信息并退出

GTZ生态圈软件

1、BWA for GTZ
2、BCL2FASTQ for GTZ
3、STAR for GTZ
4、BOWTIE for GTZ
5、BOWTIE2 for GTZ
6、TOPHAT for GTZ
7、HISAT2 for GTZ
8、MEGAHIT for GTZ
9、FASTQC for GTZ
10、FASTP for GTZ
11、MINIMAP2 for GTZ
12、WTDBG2 for GTZ
13、BWA-MEM2 for GTZ

1、BWA for GTZ (支持最新的gtz版本)

安装方法

方式一通过命令行直接安装（建议安装方式）

如果安装后只希望给当前用户使用，请执行

curl -SL https://gtz.io/bwagtz_latest.run -o /tmp/bwagtz.run && sh /tmp/bwagtz.run && source ~/.bashrc

如果安装后希望所有用户都能使用，请执行

sudo curl -SL https://gtz.io/bwagtz_latest.run -o /tmp/bwagtz.run && sudo sh /tmp/bwagtz.run

方式二先下载软件然后安装

首先从-GTX.Zip Professional-下载软件。

如果安装后只希望给当前用户使用，请执行

sh bwagtz_latest.run && source ~/.bashrc

如果安装后希望所有用户都能使用，请执行

sudo sh bwagtz_latest.run

安装完成后在任意目录可以执行bwa-gtz和bwa-opt-gtz
使用说明

GTX.Zip对bwa的支持包中，包含bwa-gtz和bwa-opt-gtz, 两个版本均基于bwa的0.7.17版本。其中：两个版本都添加了对gtz文件的直接读取能力，各项功能与bwa主代码功能完全一致。 bwa-opt-gtz还对bwa的查表结构进行了深度优化，在完全不改变其比对结果的情况下，能够节省超过1/3的比对时间。由于查表数据结构发生了一些变化，因此，bwa-opt-gtz不兼容原bwa产生的index文件数据，请按照bwa标准步骤，先重新生成index文件，然后在使用bwa-opt-gtz进行比对。

bwa-gtz对比bwa-opt-gtz差异如下：

(1) bwa-gtz可以直接使用官网bwa所制作的index，性能与官网bwa一致

(2) bwa-opt-gtz不能直接使用官网bwa制作的index，index需要使用bwa-opt-gtz重新制作，但在性能上会比官网bwa提升1/3

使用举例

bwa-gtz

步骤一：如果解压read.gtz不需要reference则跳过该步骤，否则通过以下方式指定对应reference

export GTZ_RBIN_PATH=/path/rbin/ （适用于gtx1.x.x版本，指定解压时rbin文件所在路径，建议指定；但不是必须的，没指定时gtz会自动下载，会消耗一定的时间）

export GTZ_RBIN_PATH=/path/fasta/xxx.fa （适用于gtx2.x.x版本，指定解压时对应的fasta文件，必须）

步骤二：执行比对

bwa-gtz mem ref.fa read1.fq.gtz read2.fq.gtz -o aln-pe.sam

bwa-opt-gtz

步骤一：重新制作index（必须）

bwa-opt-gtz index ref.fa

步骤二：执行比对，如果解压需要指定reference，可参考bwa-gtz使用举例步骤一

bwa-opt-gtz mem ref.fa read1.fq.gtz read2.fq.gtz -t 4 -o aln-pe.sam
性能

在服务器资源足够的情形下，bwa-opt-gtz性能会比官网bwa好1/3，以下是同环境下的一组测试数据(指定线程数为4):

测试命令

bwa mem ref.fa read1.fq.gz read2.fq.gz -t 4 -o aln-pe.sam

bwa-gtz mem ref.fa read1.fq.gtz read2.fq.gtz -t 4 -o aln-pe.sam

bwa-opt-gtz mem ref.fa read1.fq.gtz read2.fq.gtz -t 4 -o aln-pe.sam

测试环境

服务器配置：16核CPU,64G内存; 文件大小: read1.fq.gz(1.8G), read2.fq.gz(1.8G), read1.fq.gtz(0.3G), read2.fq.gtz(0.3G)

性能数据

软件 bwa bwa-gtz bwa-opt-gtz

时间消耗 50m14.06s 51m37.67s 39m18.86s

内存消耗 5.888G 10.56G 19.84G

2、BCL2FASTQ for GTZ 　(支持gtz3.0.1)

安装方法

方式一: 给当前用户安装，不需要sudo权限

运行命令（推荐）

curl -SL https://gtz.io/bcl2fastq_gtz_latest.run -o /tmp/bcl2fastqgtz.run && sh /tmp/bcl2fastqgtz.run

首次安装后，需要执行一次source ~/.bashrc或者退出去后重新登录，然后在任意目录可以执行bcl2fastq-gtz

或者

下载安装文件：-GTX.Zip bcl2fastq-gtz-，然后安装

sh bcl2fastq_gtz_latest.run

同样，首次安装后，需要执行一次source ~/.bashrc或者退出去后重新登录

方式二：给所有用户安装，需要sudo权限

运行命令（推荐）

sudo curl -SL https://gtz.io/bcl2fastq_gtz_latest.run -o /tmp/bcl2fastqgtz.run && sudo sh /tmp/bcl2fastqgtz.run

或者

先下载安装文件：-GTX.Zip bcl2fastq-gtz-，然后安装

sudo sh bcl2fastq_gtz_latest.run

安装完成后，在任意目录可以执行bcl2fastq-gtz
使用说明

GTX.Zip对bcl2fastq的支持包中，基于bcl2fastq的v2.20.0.422版本。

默认输出gtz格式，命令加--no-bgtzf-compression参数时，输出gz格式

示例1. 默认情况，输出结果文件为gtz格式，走普通压缩．(bcl2fastq生成的fastq文件没有经过质控，可以尝试使用普通压缩，因为质量不高的fastq文件使用普通压缩效果比使用参考基因组压缩效果可能更好，这个可以自己对比下再选择)

bcl2fastq-gtz -i ./data/BaseCalls -R ./outdir/run --interop-dir ./outdir/interop -o ./outdir/result --ignore-missing-bcls --ignore-missing-filter --ignore-missing-positions --barcode-mismatches 0 --use-bases-mask y*,i7,i7,y* >./outdir/bcl2fastq.log 2>&1 || touch bcl2fastq.err

示例2. 输出结果文件为gtz格式，走高倍压缩，通过--ref指定参考基因组文件，也可以使用--donot-pack-ref不pack ref文件

bcl2fastq-gtz -i ./data/BaseCalls -R ./outdir/run --interop-dir ./outdir/interop -o ./outdir/result --ignore-missing-bcls --ignore-missing-filter --ignore-missing-positions --barcode-mismatches 0 --use-bases-mask y*,i7,i7,y* --ref /GCF_000001405.37_GRCh38.p11_genomic.fna.gz >./outdir/bcl2fastq.log 2>&1 || touch bcl2fastq.err

示例3. 输出结果文件为gz格式，运行时加--no-bgtzf-compression参数

bcl2fastq-gtz -i ./data/BaseCalls -R ./outdir/run --interop-dir ./outdir/interop -o ./outdir/result --ignore-missing-bcls --ignore-missing-filter --ignore-missing-positions --barcode-mismatches 0 --use-bases-mask y*,i7,i7,y* --no-bgtzf-compression >./outdir/bcl2fastq.log 2>&1 || touch bcl2fastq.err
性能

测试命令

bcl2fastq -i ./data/BaseCalls -R ./outdir/run --interop-dir ./outdir/interop -o ./outdir/result --ignore-missing-bcls --ignore-missing-filter --ignore-missing-positions --barcode-mismatches 0 --use-bases-mask y*,i7,i7,y* >./outdir/bcl2fastq.log 2>&1 || touch bcl2fastq.err

bcl2fastq-gtz -i ./data/BaseCalls -R ./outdir/run --interop-dir ./outdir/interop -o ./outdir/result --ignore-missing-bcls --ignore-missing-filter --ignore-missing-positions --barcode-mismatches 0 --use-bases-mask y*,i7,i7,y* >./outdir/bcl2fastq.log 2>&1 || touch bcl2fastq.err

测试环境

服务器配置：16核CPU,64G内存; 文件大小: ./data/BaseCalls总计40G

性能数据

bcl2fastq输出目标文件夹总大小40G，bcl2fastq-gtz输出目标文件夹总大小16G

3、STAR for GTZ (目前只支持版本号小于2.x.x的gtz压缩包)

官网STAR直接支持GTZ格式，在安装gtz和STAR之后，

步骤一 用STAR制作索引文件

STAR --runMode genomeGenerate --genomeDir /path/to/genomeDir --genomeFastaFiles /path/xxx.fasta

详细可参考官网文档： https://github.com/alexdobin/STAR/blob/master/doc/STARmanual.pdf
步骤二 执行对比操作

对比过程使用实例如下：

方式一

export GTZ_RBIN_PATH=/path/rbin/

STAR --genomeDir /path/to/genomeDir --readFilesIn read1.fq.gtz read2.fq.gtz --readFilesCommand gtz -c -d

* 该例子中通过环境变量GTZ_RBIN_PATH指定了rbin文件所在路径，这里"export GTZ_RBIN_PATH=/path/rbin/"不是必须，但如果您知道rbin所在路径，建议您指定，这样可以加快gtz处理速度。因为，当gtz需要rbin文件，且在默认路径~/.config/gtz下找不到该rbin文件时，则会通过网络下载，下载过程将消耗时间。

方式二

STAR --genomeDir /path/to/genomeDir --readFilesIn read1.fq.gtz read2.fq.gtz --readFilesCommand gtz -r /path/to/gtz_rbin_dir/ -c -d

* 该例子中通过-r指定rbin文件所在目录，效果与方式一相同

4、BOWTIE for GTZ (支持最新的gtz版本)

安装方法

方式一通过命令行直接安装（建议安装方式）

如果安装后只希望给当前用户使用，请执行

curl -SL https://gtz.io/bowtiegtz_latest.run -o /tmp/bowtiegtz.run && sh /tmp/bowtiegtz.run && source ~/.bashrc

如果安装后希望所有用户都能使用，请执行

sudo curl -SL https://gtz.io/bowtiegtz_latest.run -o /tmp/bowtiegtz.run && sudo sh /tmp/bowtiegtz.run

方式二先下载软件然后安装

首先从-GTX.Zip Professional-下载软件。

如果安装后只希望给当前用户使用，请执行

sh bowtiegtz_latest.run && source ~/.bashrc

如果安装后希望所有用户都能使用，请执行

sudo sh bowtiegtz_latest.run

安装完成后在任意目录可以执行bowtie-build-gtz，bowtie-gtz和bowtie-inspect-gtz
使用说明

安装完成后，会生成bowtie-gtz、bowtie-build-gtz、bowtie-inspect-gtz三个执行程序。如果安装时"create a soft link to /usr/bin"选择y，则在任意目录可以直接运行以上执行程序；否则需要切换到安装目录，以./bowtie-gtz方式运行

GTX.Zip对bowtie的支持包中，基于bowtie的1.2.2版本。其中：添加了对gtz文件的直接读取能力，各项功能与bowtie主代码功能完全一致。 bowtie-gtz可以直接使用官网bowtie制作的index，您可以用bowtie-build或者bowtie-build-gtz制作index，当然bowtie-inspect-gtz和bowtie-inspect功能也完全一致。

使用举例

步骤一：制作index

bowtie-build-gtz ref.fa ref_index

步骤二：执行比对

1) 如果解压reads.fq.gtz不需要reference则跳过该步骤，否则通过以下方式指定对应reference

export GTZ_RBIN_PATH=/path/rbin/ （适用于gtx1.x.x版本，指定解压时rbin文件所在路径，建议指定；但不是必须的，没指定时gtz会自动下载，会消耗一定的时间）

export GTZ_RBIN_PATH=/path/fasta/xxx.fa （适用于gtx2.x.x版本，指定解压时对应的fasta文件，必须）

2) 执行命令

bowtie-gtz -S ref_index reads.fq.gtz eg.sam
性能

5、BOWTIE2 for GTZ (支持最新的gtz版本)

安装方法

方式一通过命令行直接安装（建议安装方式）

如果安装后只希望给当前用户使用，请执行

curl -SL https://gtz.io/bowtie2gtz_latest.run -o /tmp/bowtie2gtz.run && sh /tmp/bowtie2gtz.run && source ~/.bashrc git config --global user.email 如果安装后希望所有用户都能使用，请执行

sudo curl -SL https://gtz.io/bowtie2gtz_latest.run -o /tmp/bowtie2gtz.run && sudo sh /tmp/bowtie2gtz.run

方式二先下载软件然后安装

首先从-GTX.Zip Professional-下载软件。

如果安装后只希望给当前用户使用，请执行

sh bowtie2gtz_latest.run && source ~/.bashrc

如果安装后希望所有用户都能使用，请执行

sudo sh bowtie2gtz_latest.run

安装完成后在任意目录可以执行bowtie2-build-gtz，bowtie2-gtz和bowtie2-inspect-gtz
使用说明

安装完成后，会生成bowtie2-gtz、bowtie2-build-gtz、bowtie2-inspect-gtz三个执行程序。如果安装时"create a soft link to /usr/bin"选择y，则在任意目录可以直接运行以上执行程序；否则需要切换到安装目录，以./bowtie2-gtz方式运行

GTX.Zip对bowtie2的支持包中，基于bowtie2的2.3.4.3版本。其中：添加了对gtz文件的直接读取能力，各项功能与bowtie2主代码功能完全一致。 bowtie2-gtz可以直接使用官网bowtie2制作的index，您可以用bowtie2-build或者bowtie2-build-gtz制作index，当然bowtie2-inspect-gtz和bowtie2-inspect功能也完全一致。

使用举例

步骤一：制作index

bowtie2-build-gtz ref.fa ref_index

步骤二：执行比对

1) 如果解压reads_1.fq.gtz和reads_2.fq.gtz不需要reference则跳过该步骤，否则通过以下方式指定对应reference

export GTZ_RBIN_PATH=/path/rbin/ （适用于gtx1.x.x版本，指定解压时rbin文件所在路径，建议指定；但不是必须的，没指定时gtz会自动下载，会消耗一定的时间）

export GTZ_RBIN_PATH=/path/fasta/xxx.fa （适用于gtx2.x.x版本，指定解压时对应的fasta文件，必须）

2) 执行命令

bowtie2-gtz -x ref_index -1 reads_1.fq.gtz -2 reads_2.fq.gtz -S eg2.sam -p 4 --reorder
性能

测试命令

bowtie2 -x ref_index -1 reads_1.fq.gz -2 reads_2.fq.gz -S eg2.sam -p 4 --reorder

bowtie2-gtz -x ref_index -1 reads_1.fq.gtz -2 reads_2.fq.gtz -S eg2.sam -p 4 --reorder

测试环境

服务器配置：16核CPU,64G内存; 文件大小: read1.fq.gz(1.55G), read2.fq.gz(1.78G), read1.fq.gtz(0.43G), read2.fq.gtz(0.61G)

性能数据

软件 bowtie2 bowtie2-gtz

CPU消耗(平均值) 400 445

内存消耗(平均值) 0.19G 12.92G

时间消耗 63m41.06s 61m56.67s

6、TOPHAT for GTZ (目前只支持版本号小于2.x.x的gtz压缩包)

安装方法

方式一

运行命令（推荐）
sudo curl -SL https://gtz.io/tophatgtz_latest.run -o /tmp/tophatgtz.run && sudo sh /tmp/tophatgtz.run

方式二

下载安装文件：-GTX.Zip tophat-gtz-
在安装文件目录下运行命令
sudo sh tophatgtz_latest.run
根据提示完成安装
使用说明

安装完成后可以直接运行tophat-gtz，不需要其他依赖（如果环境没有安装bowtie/bowtie2，安装tophat时会自动安装）

如果安装时"create a soft link to /usr/bin"选择y，则在任意目录可以直接运行tophat-gtz；否则需要切换到安装目录，以./tophat-gtz方式运行

GTX.Zip对tophat的支持包中，基于tophat v2.1.2版本，其中：添加了对gtz文件的直接读取能力，各项功能与tophat主代码功能完全一致。

使用举例

步骤一：使用bowtie/bowtie2(bowtie2-gtz)制作index

bowtie2-build ref.fa ref_index

* 注意：这里建议使用bowtie2/bowtie2-gtz制作index，因为对于bowtie，tophat只能使用bowtie1.1.2及以前的版本

步骤二：执行比对

export GTZ_RBIN_PATH=/path/rbin/

tophat-gtz -o report_dir ref_index reads_1.fq.gtz reads_2.fq.gtz

* 该例子中通过环境变量GTZ_RBIN_PATH指定了rbin文件所在路径，这里"export GTZ_RBIN_PATH=/path/rbin/"不是必须的，但如果您知道rbin所在路径，建议您指定，这样可以加快tophat-gtz处理速度。因为，当tophat-gtz需要rbin文件，且在默认路径~/.config/gtz下找不到该rbin文件时，则会通过网络下载，下载过程将消耗时间。
性能

测试命令

export GTZ_RBIN_PATH=/path/rbin/

tophat -o report_dir -p 4 ref_index reads_1.fq.gz reads_2.fq.gz

tophat-gtz -o report_dir -p 4 ref_index reads_1.fq.gtz reads_2.fq.gtz

测试环境

服务器配置：16核CPU,64G内存; 文件大小: read1.fq.gz(1.55G), read2.fq.gz(1.78G), read1.fq.gtz(0.43G), read2.fq.gtz(0.61G)

性能数据

软件 tophat tophat-gtz

时间消耗 133m12.61s 134m43.02s

7、HISAT2 for GTZ (目前只支持版本号小于2.x.x的gtz压缩包)

安装方法

方式一: 给当前用户安装，不需要sudo权限

运行命令（推荐）

curl -SL https://gtz.io/hisat2gtz_latest.run -o /tmp/hisat2gtz.run && sh /tmp/hisat2gtz.run

首次安装后，需要执行一次source ~/.bashrc或者退出去后重新登录，然后在任意目录可以执行hisat2-gtz和hisat2-build。

或者

下载安装文件：-GTX.Zip hisat2-gtz-，然后安装：

sh hisat2gtz_latest.run

同样，首次安装后，需要执行一次source ~/.bashrc或者退出去后重新登录。

方式二：给所有用户安装，需要sudo权限

运行命令（推荐）

sudo curl -SL https://gtz.io/hisat2gtz_latest.run -o /tmp/hisat2gtz.run && sudo sh /tmp/hisat2gtz.run

或者

下载安装文件：-GTX.Zip hisat2-gtz-，然后安装：

sudo sh hisat2gtz_latest.run

根据提示完成安装
使用说明

安装完成后，会在安装目录生成hisat2-gtz、hisat2-build等执行程序和相关脚本。

GTX.Zip对hisat2的支持包中，基于hisat2（2.1.0）版本，其中：添加了对gtz文件的直接读取能力，各项功能与hisat2主代码功能完全一致。

使用举例

步骤一：使用hisat2-build制作index

hisat2-build -p 4 ~/GCF_000001405.37_GRCh38.p11_genomic.fna genome

步骤二：执行比对

export GTZ_RBIN_PATH=/path/rbin/

hisat2-gtz -x genome -1　reads_1.fq.gtz -2 reads_2.fq.gtz -S result.sam

* 该例子中通过环境变量GTZ_RBIN_PATH指定了rbin文件所在路径，这里"export GTZ_RBIN_PATH=/path/rbin/"不是必须的，但如果您知道rbin所在路径，建议您指定，这样可以加快hisat2-gtz处理速度。因为，当hisat2-gtz需要rbin文件，且在默认路径~/.config/gtz下找不到该rbin文件时，则会通过网络下载，下载过程将消耗时间。
性能

测试命令

export GTZ_RBIN_PATH=/path/rbin/

hisat2 -x genome -1 reads_1.fq.gz -2 reads_2.fq.gz -S gz.sam -p 16 --reorder

hisat2-gtz -x genome -1 reads_1.fq.gtz -2 reads_2.fq.gtz -S gtz.sam -p 16 --reorder

测试环境

服务器配置：16核CPU,64G内存; 测试文件大小: read1.fq.gz(7.3G), read2.fq.gz(7.3G), read1.fq.gtz(1.6G), read2.fq.gtz(1.8G)

性能数据

软件 hisat2 hisat2-gtz

时间消耗 8m25.845s 10m47.930s

8、MEGAHIT for GTZ (目前只支持版本号小于2.x.x的gtz压缩包)

安装方法

方式一

运行命令（推荐）
sudo curl -SL https://gtz.io/megahitgtz_latest.run -o /tmp/megahitgtz.run && sudo sh /tmp/megahitgtz.run

方式二

下载安装文件：-GTX.Zip megahit-gtz-
在安装文件目录下运行命令
sudo sh megahitgtz_latest.run
根据提示完成安装
使用说明

安装完成后会生成megahit-gtz（及megahit_asm_core、megahit_sdbg_build、megahit_toolkit）

如果安装时"create a soft link to /usr/bin"选择y，则在任意目录可以直接运行megahit-gtz；否则需要切换到安装目录，以./megahit-gtz方式运行

GTX.Zip对megahit的支持包中，基于MEGAHIT v1.1.3版本，其中：添加了对gtz文件的直接读取能力，各项功能与megahit主代码功能完全一致。

使用举例

示例一: 支持fq

megahit-gtz -1 pe1.fq -2 pe2.fq -o out

示例二: 支持gtz

export GTZ_RBIN_PATH=/path/rbin/

megahit-gtz -1 pe1.fq.gtz -2 pe2.fq.gtz -o out

* 该例子中通过环境变量GTZ_RBIN_PATH指定了rbin文件所在路径，这里"export GTZ_RBIN_PATH=/path/rbin/"不是必须的，但如果您知道rbin所在路径，建议您指定，这样可以加快megahit-gtz处理速度。因为，当megahit-gtz需要rbin文件，且在默认路径~/.config/gtz下找不到该rbin文件时，则会通过网络下载，下载过程将消耗时间。
性能

测试命令

megahit -t 16 -o out -1 pe1.fq.gz -2 pe2.fq.gz

export GTZ_RBIN_PATH=/path/rbin/

megahit-gtz -t 16 -o out -1 pe1.fq.gtz -2 pe2.fq.gtz

测试环境

服务器配置：16核CPU,64G内存; 文件大小: read1.fq.gz(1.55G), read2.fq.gz(1.78G), read1.fq.gtz(0.43G), read2.fq.gtz(0.61G)

性能数据

软件 megahit megahit-gtz

时间消耗 67m38.381s 66m44.151s

9、FASTQC for GTZ (目前只支持版本号小于2.x.x的gtz压缩包)

安装方法

方式一

给当前用户安装，不需要sudo权限运行命令（推荐）

curl -SL https://gtz.io/fastqc_gtz_latest.run -o /tmp/fastqc2gtz.run && sh /tmp/fastqc2gtz.run

首次安装后，需要执行一次source ~/.bashrc或者退出去后重新登录，然后在任意目录可以执行fastqc-gtz

或者:

下载安装文件：-GTX.Zip fastqc-gtz-

然后安装:

sh fastqc_gtz_latest.run

根据提示完成安装。同样，首次安装后，需要执行一次source ~/.bashrc或者退出去后重新登录

方式二

给所有用户安装，需要sudo权限

运行命令（推荐）

sudo curl -SL https://gtz.io/fastqc_gtz_latest.run -o /tmp/fastqc2gtz.run && sudo sh /tmp/fastqc2gtz.run

或者:

下载安装文件：-GTX.Zip fastqc-gtz-

然后安装:

sudo sh fastqc_gtz_latest.run

安装完成后，在任意目录可以执行fastqc-gtz。
使用说明

安装完成后，会在安装目录生成fastqc-gtz等执行程序和相关脚本。 GTX.Zip对fastqc的支持包，基于fastqc（0.11.8）版本，其中：添加了对gtz文件的直接读取能力，各项功能与fastqc主代码功能完全一致。

使用举例

export GTZ_RBIN_PATH=/path/rbin/

fastqc-gtz -t 1 reads_1.fq.gtz -o ~/result_directory

* 该例子中通过环境变量GTZ_RBIN_PATH指定了rbin文件所在路径，这里"export GTZ_RBIN_PATH=/path/rbin/"不是必须的，但如果您知道rbin所在路径，建议您指定，这样可以加快fastqc-gtz处理速度。因为，当fastqc-gtz需要rbin文件，且在默认路径~/.config/gtz下找不到该rbin文件时，则会通过网络下载，下载过程将消耗时间。

10、FASTP for GTZ 　(支持最新的gtz版本)

安装方法

方式一通过命令行直接安装（建议安装方式）

如果安装后只希望给当前用户使用，请执行

curl -SL https://gtz.io/fastpgtz_latest.run -o /tmp/fastpgtz.run && sh /tmp/fastpgtz.run && source ~/.bashrc

如果安装后希望所有用户都能使用，请执行

sudo curl -SL https://gtz.io/fastpgtz_latest.run -o /tmp/fastpgtz.run && sudo sh /tmp/fastpgtz.run

方式二先下载软件然后安装

首先从-GTX.Zip Professional-下载软件。

如果安装后只希望给当前用户使用，请执行

sh fastpgtz_latest.run && source ~/.bashrc

如果安装后希望所有用户都能使用，请执行

sudo sh fastpgtz_latest.run

安装完成后在任意目录可以执行fastp-gtz

使用说明

GTX.Zip对fastp的支持包中，基于fastp的0.19.5版本。输入和输出均支持gtz和非gtz格式文件，当输出文件名以.gtz结尾时，fastp-gtz会对输出文件进行gtz压缩

1. 输入不是gtz格式

示例：

输出gtz格式:

fastp-gtz -i in.fq -o out.fq.gtz --ref in.fq.species.fasta

输出非gtz格式:

fastp-gtz -i in.fq -o out.fq

关于--ref使用可以参考下面的章节说明

2. 输入是gtz格式

示例：

步骤一：如果解压in.R1.fq.gtz和in.R2.fq.gtz不需要reference则跳过该步骤，否则通过以下方式指定对应reference

export GTZ_RBIN_PATH=/path/rbin/ （适用于gtx1.x.x版本，指定解压时rbin文件所在路径，建议指定；但不是必须的，没指定时gtz会自动下载，会消耗一定的时间）

export GTZ_RBIN_PATH=/path/fasta/xxx.fa （适用于gtx2.x.x版本，指定解压时对应的fasta文件，必须）

步骤二：执行分析

fastp-gtz -i in.R1.fq.gtz -I in.R2.fq.gtz -o out.R1.fq.gtz -O out.R2.fq.gtz --ref in.fq.species.fasta

其他使用方式：

fastp-gtz -i in.R1.fq.gtz -I in.R2.fq.gtz -o out.R1.fq.gtz -O out.R2.fq.gtz --ref in.fq.species.fasta　--donot_pack_ref　--cache_path /cache/path/

命令说明：

-ref

该参数建议指定，但不是必须的，用于指定双端读入文件所属物种对应的fasta文件，指定时fastp-gtz会高倍率压缩输出结果文件，详细可阅读工作原理

--donot_pack_ref

带该参数说明生成的out.fq.gtz在解压时需要指定reference文件，在这里即对应in.fq.species.fasta

--cache_path

默认的cache路径是~/.config/gtz，你也可以通过该参数用于指定其他路径

工作原理：

当输入为gtz文件时，fastp-gtz可以简单描述为四个过程：

  (A)读入in.gtz -> (B)解压成in.fq -> (C)处理数据 -> (D)压缩成in.gtz

说明：

1) 过程B

 i. 如果过程A中in.gtz是gtz 1.x.x的高倍率压缩文件版本，则过程B需要对应的rbin文件， 这时有两种工作方式：
 
 方式一： 
     您本地有该rbin文件，并通过以下环境变量指定了该文件所在路径:    
     
     export GTZ_RBIN_PATH=/path/rbin
     那么程序会使用本地的rbin文件完成步骤B
     
 方式二：
     您本地没有该rbin文件，或者有但没有通过环境变量指定，这种情形下程序会自动从网络下载该rbin，当然该过程将消耗一定的时间
     
     
 ii. 如果过程A中in.gtz是gtz 2.x.x的高倍率压缩文件版本，则过程B也有两种工作方式：
 
 方式一:
 　　in.gtz的生成使用了--donot-pack-ref，那么过程B需要通过以下环境变量指定压缩时所使用的fasta文件:
   
   	export GTZ_RBIN_PATH=/path/fasta/xxx.fa
 方式二：
 
     in.gtz的生成没有使用--donot-pack-ref，那么过程B不需要额外的参数

2) 过程C

  fastp-gtz分析数据

3) 过程D

 方式一：
 
     没有通过--ref指定fasta文件，那么out.R1.fq.gtz和out.R2.fq.gtz的生成均采用普通压缩
     
 方式二：
 
 　　通过--ref指定了fasta文件，则fastp-gtz采用高倍率压缩输出out.R1.fq.gtz和out.R2.fq.gtz

性能

测试命令

fastp -i in.R1.fq.gz -I in.R2.fq.gz -o out.R1.fq.gz -O out.R2.fq.gz

fastp-gtz -i in.R1.fq.gtz -I in.R2.fq.gtz -o out.R1.fq.gtz -O out.R2.fq.gtz --ref in.fq.species.fasta

测试环境

服务器配置：16核CPU,64G内存; 文件大小: in.R1.fq.gz(1.55G), in.R2.fq.gz(1.78G), in.R1.fq.gtz(0.43G), in.R2.fq.gtz(0.61G)

性能数据

fastp输出文件out.R1.fq.gz和out.R2.fq.gz总大小为3.3G， fastp-gtz输出文件out.R1.fq.gtz和out.R2.fq.gtz总大小为1G

11、MINIMAP2 for GTZ 　(目前只支持版本号小于2.x.x的gtz压缩包)

安装方法

方式一: 给当前用户安装，不需要sudo权限

运行命令（推荐）

curl -SL https://gtz.io/minimap2_gtz_latest.run -o /tmp/minimap2_gtz_latest.run && sh /tmp/minimap2_gtz_latest.run

首次安装后，需要执行一次source ~/.bashrc或者退出去后重新登录，然后在任意目录可以执行minimap2-gtz

或者

下载安装文件：-GTX.Zip minimap2-gtz-，然后安装

sh minimap2_gtz_latest.run

同样，首次安装后，需要执行一次source ~/.bashrc或者退出去后重新登录

方式二：给所有用户安装，需要sudo权限

运行命令（推荐）

sudo curl -SL https://gtz.io/minimap2_gtz_latest.run -o /tmp/minimap2_gtz_latest.run && sudo sh /tmp/minimap2_gtz_latest.run

或者

先下载安装文件：-GTX.Zip minimap2-gtz-，然后安装

sudo sh minimap2_gtz_latest.run

安装完成后，在任意目录可以执行minimap2-gtz
使用说明 安装完成后会生成minimap2-gtz。

使用举例
```
	`export GTZ_RBIN_PATH=/path/rbin/`
  	`minimap2-gtz -ax asm20 ref.fa pacbio-ccs.fq.gtz > aln.sam`
```
* 该例子中通过环境变量GTZ_RBIN_PATH指定了rbin文件所在路径，这里"export GTZ_RBIN_PATH=/path/rbin/"不是必须的，但如果您知道rbin所在路径，建议您指定，这样可以加快minimap2-gtz处理速度。因为，当minimap2-gtz需要rbin文件，且在默认路径~/.config/gtz下找不到该rbin文件时，则会通过网络下载，下载过程将消耗时间。
性能

测试命令

minimap2 -t 16 -a Arab.mmi Arab_E822-R02-I_good_1.fq.gz > Arab_p.sam

export GTZ_RBIN_PATH=/path/rbin/

minimap2-gtz -t 16 -a Arab.mmi Arab_E822-R02-I_good_1.fq.gz.gtz > Arab_gtz_p.sam

测试环境

服务器配置：16核CPU,64G内存;

性能数据

软件 minimap2 minimap2-gtz

时间消耗 2m57s 3m57.151s

12、WTDBG2 for GTZ 　(目前只支持版本号小于2.x.x的gtz压缩包)

安装方法

方式一: 给当前用户安装，不需要sudo权限

运行命令（推荐）

curl -SL https://gtz.io/wtdbg2_gtz_latest.run -o /tmp/wtdbg2_gtz_latest.run && sh /tmp/wtdbg2_gtz_latest.run

首次安装后，需要执行一次source ~/.bashrc或者退出去后重新登录，然后在任意目录可以执行wtdbg2-gtz

或者

下载安装文件：-GTX.Zip wtdbg2-gtz-，然后安装

sh wtdbg2_gtz_latest.run

同样，首次安装后，需要执行一次source ~/.bashrc或者退出去后重新登录

方式二：给所有用户安装，需要sudo权限

运行命令（推荐）

sudo curl -SL https://gtz.io/wtdbg2_gtz_latest.run -o /tmp/wtdbg2_gtz_latest.run && sudo sh /tmp/wtdbg2_gtz_latest.run

或者

先下载安装文件：-GTX.Zip wtdbg2-gtz-，然后安装

sudo sh wtdbg2_gtz_latest.run

安装完成后，在任意目录可以执行wtdbg2-gtz
使用说明 安装完成后会生成wtdbg2-gtz。

使用举例

export GTZ_RBIN_PATH=/path/rbin/

wtdbg2-gtz -x rs -g 4.6m -t 16 -i ~/source_dir/wtdbg2_test2.fastq.gtz -fo prefix

wtpoa-cns -t 16 -i prefix.ctg.lay.gz -fo prefix.ctg.fa

* 该例子中通过环境变量GTZ_RBIN_PATH指定了rbin文件所在路径，这里"export GTZ_RBIN_PATH=/path/rbin/"不是必须的，但如果您知道rbin所在路径，建议您指定，这样可以加快wtdbg2-gtz处理速度。因为，当wtdbg2-gtz需要rbin文件，且在默认路径~/.config/gtz下找不到该rbin文件时，则会通过网络下载，下载过程将消耗时间。

13、BWA-MEM2 for GTZ 　(支持gtz3.0.1)

安装方法

方式一: 给当前用户安装，不需要sudo权限

运行命令（推荐）

curl -SL https://gtz.io/bwamem2-gtz_latest.run -o /tmp/bwamem2gtz.run && sh /tmp/bwamem2gtz.run

首次安装后，需要执行一次source ~/.bashrc或者退出去后重新登录，然后在任意目录可以执行bwa-mem2-gtz

或者

下载安装文件：-GTX.Zip bwa-mem2-gtz-，然后安装

sh bwamem2-gtz_latest.run

同样，首次安装后，需要执行一次source ~/.bashrc或者退出去后重新登录

方式二：给所有用户安装，需要sudo权限

运行命令（推荐）

sudo curl -SL https://gtz.io/bwamem2-gtz_latest.run -o /tmp/bwamem2gtz.run && sh /tmp/bwamem2gtz.run

或者

先下载安装文件：-GTX.Zip bwa-mem2-gtz-，然后安装

sudo sh bwamem2-gtz_latest.run

安装完成后，在任意目录可以执行bwa-mem2-gtz
使用说明

GTX.Zip对bwa-mem2的支持包中，基于bwa-mem2的release 2.1版本。

使用方式与原生的bwa-mem2完全一致, 只是在原有基础上增加了支持读gtz格式的压缩文件.

步骤一：制作index

bwa-mem2-gtz index ref.fasta

步骤二：执行mapping

情形一输入文件是fq/fq.gz格式, 直接mapping

bwa-mem2-gtz mem ref.fasta read.fq.gz -t 20 > out.sam

情形二输入文件是gtz格式
1. 如果解压read.gtz不需要reference则跳过该步骤，否则通过以下方式指定对应reference
export GTZ_RBIN_PATH=/path/rbin/ （适用于gtx1.x.x版本，指定解压时rbin文件所在路径，建议指定；但不是必须的，没指定时gtz会自动下载，会消耗一定的时间）

export GTZ_RBIN_PATH=/path/fasta/xxx.fa （适用于>=gtx2.x.x版本，指定解压时对应的fasta文件，必须）
1. 执行mapping
bwa-mem2-gtz mem ref.fasta read.gtz -t 20 > out.sam

设置read.gtz解压线程为4执行mapping（没有设置时默认解压线程为1）

export GTZ_CONCURRENC=4 && bwa-mem2-gtz mem ref.fasta read.gtz -t 20 > out.sam
性能

-回顶-

解压sdk

解压sdk已保持与gtz最新版本同步，能解压最新版本gtz生成的压缩包

1、decompress sdk for perl
2、decompress sdk for python
3、decompress sdk for R
4、decompress sdk for c
5、decompress sdk for java

1、decompress sdk for perl

安装方法

curl -SL https://gtz.io/sdk/gtz_perl_sdk-3.0.1-linux-x86_64.tar.gz -o gtz_perl_sdk-3.0.1-linux-x86_64.tar.gz

tar -xvf gtz_perl_sdk-3.0.1-linux-x86_64.tar.gz

cd gtz_perl_sdk-3.0.1-linux-x86_64

# 拷贝gtz_api.h到/usr/include，拷贝libgtz.so到/usr/lib或者/usr/lib64(centos)

sudo make install

cd ./IO-GTZ

# 如果没有安装perl的ExtUtils::MakeMaker模块,请先执行cpan install ExtUtils::MakeMaker命令安装

perl Makefile.PL

make

sudo make install

校验安装

cd gtz_perl_sdk-3.0.1-linux-x86_64

perl example.pl

如果能正常显示fastq内容，说明安装成功，在自己流程中要使用perl sdk时，可以参考example.pl内容

运行环境

perl >= 5.09

2、decompress sdk for python

安装方法

curl -SL https://gtz.io/sdk/gtz_python_sdk-3.0.1-linux-x86_64.tar.gz -o gtz_python_sdk-3.0.1-linux-x86_64.tar.gz

tar -xvf gtz_python_sdk-3.0.1-linux-x86_64.tar.gz

cd gtz_python_sdk-3.0.1-linux-x86_64

python2

sudo pip install gtz-3.0.1-py2-none-any.whl

python3

sudo pip3 install gtz-3.0.1-py3-none-any.whl

校验安装

cd gtz_python_sdk-3.0.1-linux-x86_64

python example.py

如果能正常显示fastq内容，说明安装成功，在自己流程中要使用python sdk时，可以参考example.py内容

运行环境

python2 >= 2.6, python3 >=3.5

3、decompress sdk for R

安装方法

curl -SL https://gtz.io/sdk/gtz_r_sdk-3.0.1-linux-x86_64.tar.gz -o gtz_r_sdk-3.0.1-linux-x86_64.tar.gz

tar -xvf gtz_r_sdk-3.0.1-linux-x86_64.tar.gz

cd gtz_r_sdk-3.0.1-linux-x86_64

# 拷贝gtz_api.h到/usr/include，拷贝libgtz.so到/usr/lib或者/usr/lib64(centos)

sudo make install

# 安装R Rcpp包

R -e "install.packages(\"Rcpp\", repos=\"https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/\")"

R CMD INSTALL --preclean gtz

校验安装

cd gtz_r_sdk-3.0.1-linux-x86_64

Rscript ./example.r

如果能正常显示fastq内容，说明安装成功，在自己流程中要使用r sdk时，可以参考example.r内容

4、decompress sdk for c

安装方法

curl -SL https://gtz.io/sdk/gtz_c_sdk-3.0.1-linux-x86_64.tar.gz -o gtz_c_sdk-3.0.1-linux-x86_64.tar.gz

tar -xvf gtz_c_sdk-3.0.1-linux-x86_64.tar.gz

cd gtz_c_sdk-3.0.1-linux-x86_64

sudo make install

校验安装

cd gtz_c_sdk-3.0.1-linux-x86_64

make example

./example

如果能正常显示fastq内容，说明安装成功，在自己流程中要使用c sdk时，可以参考example.c内容

运行环境

5、decompress sdk for java

安装方法

curl -SL https://gtz.io/sdk/gtz_java_sdk-3.0.1-linux-x86_64.tar.gz -o gtz_java_sdk-3.0.1-linux-x86_64.tar.gz

tar -xvf gtz_java_sdk-3.0.1-linux-x86_64.tar.gz

cd gtz_java_sdk-3.0.1-linux-x86_64

步骤一：

首先将libgtzjava.so拷贝到java.path.library所指向的路径

步骤二：

将io文件夹拷贝到工程目录，或者将gtz_sdk.tar拷贝到工程目录

校验安装

cd gtz_java_sdk-3.0.1-linux-x86_64

javac example.java

java example

如果能正常显示fastq内容，说明安装成功，在自己流程中要使用java sdk时，可以参考example.java内容

-回顶-

版本日志

目前最新版本：gtz-3.0.1 [2021/04/06]

历史版本见： -版本日志-

-回顶-

常见问题

1、GTX.Zip Pro的压缩性能怎么样？
2、GTX.Zip Pro可以压缩哪些文件？
3、GTX.Zip Pro目前收费吗？
4、免费的话，那你们如何盈利？
5、为什么GTX.Zip Pro采用免费但不开源的模式？
6、GTX.Zip Pro是否支持STDIN 和 STDOUT?
7、GTX.Zip Pro为什么要求每半年更新一次？
8、怎么并行跑多个压缩任务
9、当fq.gz被GTX.Zip Pro压缩成fq.gz.gtz 后再解压回fq.gz，为什么前后两个gz文件的md5值不一致呢？
10、GTX.Zip Pro软件包里的bin，rbin文件是做什么的？
11、有参与无参压缩模式相比有什么不同，GTX.Zip Pro采用的哪种模式？
12、为什么有些物种的数据文件的压缩率没有达到官宣中的级别？
13、是否有工具软件能够支持GTX.Zip的压缩格式作为输入?
14、GTX.Zip Pro是否支持所有下机数据格式？比如fasta
15、是否允许将GTX.Zip Pro二次打包进其他软件的商业发布中？
16、bwa-gtz计算gtz压缩格式的性能与官方bwa相比会有差异么？

1、GTX.Zip Pro的压缩性能怎么样？

GTX.Zip Pro采用全球领先的基因数据无损压缩算法，能够将FASTQ文件压缩低至原大小的2%，可以直接将fastq.gz 压缩至原大小的1/6；GTX.Zip Pro单机压缩速度高达1100MB/s。

2、GTX.Zip Pro可以压缩哪些文件？

GTX.Zip Pro不仅支持fastq及fastq.gz格式的高倍率压缩，还支持所有格式的文件压缩。

3、GTX.Zip Pro目前收费吗？

GTX.Zip Pro对学术机构是免费的，而且永久免费。

4、免费的话，那你们如何盈利？

GTX.Zip Pro是公司为了向行业展现我们的技术能力所推出的免费产品，公司还有其他的黑科技付费产品，比如能提供测序数据计算加速服务的基因超算工作站（GTX.One）等，通过免费产品建立跟客户的信任关系，寻求更深度的商业合作。

5、为什么GTX.Zip Pro采用免费但不开源的模式？

为了更加便于维护和持续优化GTX.Zip Pro这款企业级产品，目前采用闭源开发模式。将来时机成熟时，我们会将GTX.Zip的解压端开源给社区以方便与其他开源软件相融合。

6、GTX.Zip Pro是否支持STDIN 和 STDOUT?

GTX.Zip Pro V1.01版本仅支持STDOUT，STDIN将在未来版本中支持。

7、GTX.Zip Pro为什么要求每半年更新一次？

GTX.Zip Pro将永远向后兼容所有以前版本，但同时也在增添更多功能，未来的持续改进包括：继续优化压缩率和压缩速度、采用更加紧致的索引文件、支持BAM文件压缩、支持BCL目录压缩等，通过强制更新，以期望大家手里的客户端可以跟上GTZ升级的步伐，已达到最佳的使用体验，切实帮助整个产业减小数据传、存成本。此外，6个月时间的选择也期望尽量减小对大家的运维时间上的打断，有更好的使用体验。

如果使用场景中有绝不允许任何更新的情况，请联系我们，可以获得企业版或商讨其他解决方案。
邮箱: contact@gtz.io, 或者在GitHub创建一个新的issue 。

8、怎么并行跑多个压缩任务？

如果需要并行跑多个压缩任务可以联系我们获得GTX.Zip Enterprise版，该版本可以在企业内部组建分布式计算集群，从而获得高并发高性能的压缩性能。

9、当fq.gz被GTX.Zip Pro压缩成fq.gz.gtz后再解压回fq.gz，为什么前后两个gz文件的md5值不一致呢？

GTX.Zip Pro对gz数据进行了重压缩工作，即将gz文件解压成fq（fastq）文件后再将fq文件压缩成gtz；当gtz文件解压成gz文件时会先解压成fq文件后，再压缩成gz格式。
因此，问题中的两个gz文件其实是两个不同的文件，所以md5不同，但是里面的fq文件相同且fq文件的md5值是一样的。

10、GTX.Zip Pro生成的rbin文件是做什么的？

rbin文件是指定物种的紧致后的参考序列文件。

11、有参与无参压缩模式相比有什么不同，GTX.Zip Pro采用的哪种模式？

有参考基因组的压缩模式指压缩和解压时需要提前制作好的参考基因组的索引文件，无参则指压缩时不需要索引文件。
因为参考基因组的存在，有参比无参能提供更优的压缩率，通常是无参大小的50%。有些无参压缩算法为了向有参靠拢提高压缩率，会在压缩过程中利用待压缩文件中的序列组装出一个文件特异性的“参考基因组”。这种方式不仅会牺牲大量计算时间，导致压缩时间过长，还会浪费计算资源，因为每个文件都需要重新组装。
GTX.Zip Pro默认采用有参压缩模式，以提供最佳空间和时间上的性能，当遇到无参考基因组时，将改用次优的无参模式。

12、为什么有些物种的数据文件的压缩率没有达到官宣中的级别？

压缩率取决于待压缩文件是否是正确的fastq/fastq.gz格式，取决于待压缩文件与压缩时所使用的参考基因文件的匹配度，以及待压缩文件的质量数的多少等有关。

13、是否有工具软件能够支持GTX.Zip的压缩格式作为输入？

我们提供直接读写gtz格式的上下游工具软件（比如，bcl2fastq, fastp, bwa 等）和各种程序语言的API接口（Perl/Python/C/C++）。详细内容可以参考-GTZ生态圈软件-.

14、GTX.Zip Pro是否支持所有下机数据格式？比如fasta

全部支持，只是fastq格式压缩效果最好。

15、是否允许将GTX.Zip Pro二次打包进其他软件的商业发布中？

不允许直接将 GTZ-Perfessional版本二次打包进其他商业发布系统中。但如果由此需求的客户，请联系：contact@gtz.io , 我们会确认身份后，跟您签署一份合作协议，并为您发布一份专有重打包协议。

16、bwa-gtz计算gtz压缩格式的性能与官方bwa相比会有差异么？

bwa-gtz做了很好的性能优化，性能上跟官方bwa相同，同时百分之百保证与官方bwa比对结果一致，完全原汁原味。
深度优化的bwa-opt-gtz工具，可以在完全保证比对结果一致的前提下，使每一次bwa运算节约1/3的时间。。
详细内容可以参考-BWA for GTZ-.

-回顶-

联系我们

使用中有任何问题请：
邮件至: contact@gtz.io OR 创建一个新的issue。

-回顶-

License

详情请查看 LICENSE .

-回顶-

软件	bwa	bwa-gtz	bwa-opt-gtz
时间消耗	50m14.06s	51m37.67s	39m18.86s
内存消耗	5.888G	10.56G	19.84G

软件	bowtie2	bowtie2-gtz
CPU消耗(平均值)	400	445
内存消耗(平均值)	0.19G	12.92G
时间消耗	63m41.06s	61m56.67s

Files

README_chs.md

Latest commit

History

README_chs.md

File metadata and controls

GTX.Zip Professional Version（最新版本 GTZ 4.x）

QQ 交流群: 934492381

微信交流群:

产品系列

以下内容已经过时

目录

简介

产品系列

生物信息分析软件支持情况

特性

运行环境

安装Linux GTX.Zip Pro

快速上手 (Linux)

使用方法

功能说明

使用实例

一、压缩fastq/fastq.gz（高倍压缩）

1、默认压缩方式

2、指定输出文件名

3、压缩完成后解压校验

4、快速压缩

5、限定压缩资源

6、修改默认缓存路径

7、不打包fasta文件

二、压缩bam

1、默认压缩方式

压缩bam时必须指定bam文件对应的fasta文件，其他压缩方式与fastq压缩方式一致

三、普通压缩

1、 压缩fastq/fastq.gz

2、 压缩非fastq/fastq.gz/bam文件

四、 解压

1、 解压带fasta压缩的fastq.gtz文件，不需要fasta

2、 解压带fasta压缩的fastq.gtz文件，需要指定fasta

3、 解压bam.gtz文件

4、 解压到终端

5、解压到指定路径

6、限定解压资源

7、解压低版本带bin压缩的gtz文件

参数说明

GTZ生态圈软件

1、BWA for GTZ (支持最新的gtz版本)

方式一 通过命令行直接安装（建议安装方式）

方式二 先下载软件然后安装

使用举例

bwa-gtz

步骤一：如果解压read.gtz不需要reference则跳过该步骤，否则通过以下方式指定对应reference

步骤二：执行比对

bwa-opt-gtz

步骤一：重新制作index（必须）

步骤二：执行比对，如果解压需要指定reference，可参考bwa-gtz使用举例步骤一

测试命令

测试环境

性能数据

2、BCL2FASTQ for GTZ (支持gtz3.0.1)

方式一: 给当前用户安装，不需要sudo权限

或者

方式二：给所有用户安装，需要sudo权限

或者

示例2. 输出结果文件为gtz格式，走高倍压缩，通过--ref指定参考基因组文件，也可以使用--donot-pack-ref不pack ref文件

示例3. 输出结果文件为gz格式，运行时加--no-bgtzf-compression参数

测试命令

测试环境

性能数据

3、STAR for GTZ (目前只支持版本号小于2.x.x的gtz压缩包)

方式一

方式二

4、BOWTIE for GTZ (支持最新的gtz版本)

方式一 通过命令行直接安装（建议安装方式）

方式二 先下载软件然后安装

使用举例

步骤一：制作index

步骤二：执行比对

1) 如果解压reads.fq.gtz不需要reference则跳过该步骤，否则通过以下方式指定对应reference

2) 执行命令

1、压缩fastq/fastq.gz

2、压缩非fastq/fastq.gz/bam文件

四、解压

1、解压带fasta压缩的fastq.gtz文件，不需要fasta

2、解压带fasta压缩的fastq.gtz文件，需要指定fasta

3、解压bam.gtz文件

4、解压到终端

方式一通过命令行直接安装（建议安装方式）

方式二先下载软件然后安装

2、BCL2FASTQ for GTZ 　(支持gtz3.0.1)

方式一通过命令行直接安装（建议安装方式）

方式二先下载软件然后安装

方式一通过命令行直接安装（建议安装方式）

方式二先下载软件然后安装

10、FASTP for GTZ 　(支持最新的gtz版本)

方式一通过命令行直接安装（建议安装方式）

方式二先下载软件然后安装

11、MINIMAP2 for GTZ 　(目前只支持版本号小于2.x.x的gtz压缩包)