diff --git a/src/annotation_service/main.py b/src/annotation_service/main.py index c55f71fa..7eea3be2 100644 --- a/src/annotation_service/main.py +++ b/src/annotation_service/main.py @@ -14,40 +14,40 @@ def get_default_job_config(): job_config = { # heredicare annotations - 'do_heredicare': False, + 'do_heredicare': True, # external programs - 'do_phylop': False, - 'do_spliceai': False, - 'do_hexplorer': False, - 'do_maxentscan': False, + 'do_phylop': True, + 'do_spliceai': True, + 'do_hexplorer': True, + 'do_maxentscan': True, # consequences - 'do_consequence': False, - 'do_vep': False, + 'do_consequence': True, + 'do_vep': True, #vcf annotate from vcf - 'do_dbsnp': False, - 'do_revel': False, - 'do_cadd': False, - 'do_clinvar': False, - 'do_gnomad': False, - 'do_brca_exchange': False, - 'do_flossies': False, + 'do_dbsnp': True, + 'do_revel': True, + 'do_cadd': True, + 'do_clinvar': True, + 'do_gnomad': True, + 'do_brca_exchange': True, + 'do_flossies': True, - 'do_tp53_database': False, - 'do_priors': False, - 'do_bayesdel': False, - 'do_cosmic': False, + 'do_tp53_database': True, + 'do_priors': True, + 'do_bayesdel': True, + 'do_cosmic': True, # assays - 'do_cspec_brca_assays': False, + 'do_cspec_brca_assays': True, # additional annotations - 'do_cancerhotspots': False, - 'do_taskforce_domains': False, - 'do_coldspots': False, - 'do_litvar': False, + 'do_cancerhotspots': True, + 'do_taskforce_domains': True, + 'do_coldspots': True, + 'do_litvar': True, 'do_auto_class': True # outdated