forked from appolloford/naunet_cuda_ism
-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
naunet_config.toml
131 lines (114 loc) · 25 KB
/
naunet_config.toml
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
# Naunet config document
[general]
creation_time = "06/03/2024 15:23:48"
name = "naunet_cuda_ism"
description = "Example: chemical network used in Walsh et al. 2015"
loads = []
[chemistry]
[chemistry.symbol]
grain = "GRAIN"
surface = "G"
bulk = "@"
[chemistry.element]
elements = ["e", "H", "He", "C", "N", "O", "F", "Na", "Mg", "Al", "Si", "P", "S", "Cl", "Ar", "Ca", "Fe"]
pseudo_elements = ["CRP", "XRAY", "PHOTON", "CRPHOT"]
[chemistry.element.replacement]
[chemistry.species]
# The allowed species will limit the allowed reactions in the network
allowed = ["C", "C+", "C-", "C10", "C10+", "C10-", "C10H", "C10H+", "C10H-", "C10H2", "C10H2+", "C10H3+", "C11", "C11+", "C2", "C2+", "C2-", "C2H", "C2H+", "C2H-", "C2H2", "C2H2+", "C2H3", "C2H3+", "C2H4", "C2H4+", "C2H4CN", "C2H5", "C2H5+", "C2H5CN", "C2H5CNH+", "C2H5OH", "C2H5OH+", "C2H5OH2+", "C2H6", "C2H6+", "C2H7+", "C2N", "C2N+", "C2N2+", "C2NH+", "C2O", "C2O+", "C2S", "C2S+", "C3", "C3+", "C3-", "C3H", "C3H+", "C3H-", "C3H2", "C3H2+", "C3H2O+", "C3H3+", "C3H4+", "C3H5+", "C3H6+", "C3H7+", "C3N", "C3N+", "C3N-", "C3O", "C3O+", "C3P", "C3S", "C3S+", "C4", "C4+", "C4-", "C4H", "C4H+", "C4H-", "C4H2", "C4H2+", "C4H3", "C4H3+", "C4H4+", "C4H5+", "C4H6", "C4H7+", "C4N", "C4N+", "C4P", "C4P+", "C4S", "C4S+", "C5", "C5+", "C5-", "C5H", "C5H+", "C5H-", "C5H2", "C5H2+", "C5H3+", "C5H5+", "C5N", "C5N+", "C5N-", "C6", "C6+", "C6-", "C6H", "C6H+", "C6H-", "C6H2", "C6H2+", "C6H3+", "C6H4+", "C6H5+", "C6H6", "C6H6+", "C6H7+", "C7", "C7+", "C7-", "C7H", "C7H+", "C7H-", "C7H2", "C7H2+", "C7H3+", "C7H4+", "C7H5+", "C7N", "C7N+", "C8", "C8+", "C8-", "C8H", "C8H+", "C8H-", "C8H2", "C8H2+", "C8H3+", "C8H4+", "C8H5+", "C9", "C9+", "C9-", "C9H", "C9H+", "C9H-", "C9H2", "C9H2+", "C9H3+", "C9H4+", "C9H5+", "C9N", "C9N+", "CCP", "CCP+", "CCl", "CCl+", "CF+", "CH", "CH+", "CH-", "CH2", "CH2+", "CH2CCH", "CH2CCH+", "CH2CCH2", "CH2CHCCH", "CH2CHCN", "CH2CHCN+", "CH2CHCNH+", "CH2CN", "CH2CN+", "CH2CO", "CH2CO+", "CH2NH", "CH2NH2+", "CH2OH", "CH2OHCH2O+", "CH2OHCHO", "CH2OHCHO+", "CH2OHCO", "CH2OHCO+", "CH2PH", "CH3", "CH3+", "CH3C3N", "CH3C3N+", "CH3C3NH+", "CH3C4H", "CH3C4H+", "CH3C5N", "CH3C5NH+", "CH3C6H", "CH3C7N", "CH3C7NH+", "CH3CCH", "CH3CHCH2", "CH3CHO", "CH3CHO+", "CH3CHOH+", "CH3CN", "CH3CN+", "CH3CNH+", "CH3CO", "CH3CO+", "CH3COCH3", "CH3COCH3+", "CH3COCH4+", "CH3COOH", "CH3COOH+", "CH3COOH2+", "CH3CS+", "CH3NH+", "CH3O", "CH3OCH3", "CH3OCH3+", "CH3OCH4+", "CH3OH", "CH3OH+", "CH3OH2+", "CH4", "CH4+", "CH5+", "CN", "CN+", "CN-", "CNC+", "CNO", "CO", "CO+", "CO2", "CO2+", "COOCH3", "COOCH3+", "COOH", "CP", "CP+", "CS", "CS+", "Cl", "Cl+", "ClO", "ClO+", "F", "F+", "Fe", "Fe+", "GC", "GC10", "GC10H", "GC10H2", "GC11", "GC2", "GC2H", "GC2H2", "GC2H3", "GC2H4", "GC2H4CN", "GC2H5", "GC2H5CN", "GC2H5OH", "GC2H6", "GC2N", "GC2O", "GC2S", "GC3", "GC3H", "GC3H2", "GC3N", "GC3O", "GC3P", "GC3S", "GC4", "GC4H", "GC4H2", "GC4H3", "GC4H6", "GC4N", "GC4P", "GC4S", "GC5", "GC5H", "GC5H2", "GC5N", "GC6", "GC6H", "GC6H2", "GC6H6", "GC7", "GC7H", "GC7H2", "GC7N", "GC8", "GC8H", "GC8H2", "GC9", "GC9H", "GC9H2", "GC9N", "GCCP", "GCCl", "GCH", "GCH2", "GCH2CCH", "GCH2CCH2", "GCH2CHCCH", "GCH2CHCN", "GCH2CN", "GCH2CO", "GCH2NH", "GCH2OH", "GCH2OHCHO", "GCH2OHCO", "GCH2PH", "GCH3", "GCH3C3N", "GCH3C4H", "GCH3C5N", "GCH3C6H", "GCH3C7N", "GCH3CCH", "GCH3CHCH2", "GCH3CHO", "GCH3CN", "GCH3CO", "GCH3COCH3", "GCH3COOH", "GCH3O", "GCH3OCH3", "GCH3OH", "GCH4", "GCN", "GCNO", "GCO", "GCO2", "GCOOCH3", "GCOOH", "GCP", "GCS", "GCl", "GClO", "GF", "GFe", "GH", "GH2", "GH2CCC", "GH2CN", "GH2CO", "GH2CS", "GH2O", "GH2O2", "GH2S", "GH2S2", "GH2SiO", "GHC2O", "GHC2P", "GHC3N", "GHC5N", "GHC7N", "GHC9N", "GHCCN", "GHCN", "GHCNO", "GHCO", "GHCOOCH3", "GHCOOH", "GHCP", "GHCS", "GHCSi", "GHCl", "GHF", "GHNC", "GHNC3", "GHNCO", "GHNO", "GHNSi", "GHOCN", "GHONC", "GHPO", "GHS", "GHS2", "GHe", "GMg", "GN", "GN2", "GN2O", "GNCCN", "GNH", "GNH2", "GNH2CN", "GNH3", "GNO", "GNO2", "GNS", "GNa", "GO", "GO2", "GO2H", "GOCN", "GOCS", "GOH", "GP", "GPH", "GPH2", "GPN", "GPO", "GRAIN-", "GRAIN0", "GS", "GS2", "GSO", "GSO2", "GSi", "GSiC", "GSiC2", "GSiC2H", "GSiC2H2", "GSiC3", "GSiC3H", "GSiC4", "GSiCH2", "GSiCH3", "GSiH", "GSiH2", "GSiH3", "GSiH4", "GSiN", "GSiNC", "GSiO", "GSiO2", "GSiS", "H", "H+", "H-", "H2", "H2+", "H2C4N+", "H2C7N+", "H2C9N+", "H2CCC", "H2CCl+", "H2CN", "H2CNO+", "H2CO", "H2CO+", "H2CS", "H2CS+", "H2Cl+", "H2F+", "H2NC+", "H2NCO+", "H2NO+", "H2O", "H2O+", "H2O2", "H2OCN+", "H2PO+", "H2S", "H2S+", "H2S2", "H2S2+", "H2SiO", "H2SiO+", "H3+", "H3C3O+", "H3C5N+", "H3C7N+", "H3C9N+", "H3CO+", "H3CS+", "H3O+", "H3S+", "H3S2+", "H3SiO+", "H5C2O2+", "HC2O", "HC2O+", "HC2P", "HC2P+", "HC2S+", "HC3N", "HC3N+", "HC3NH+", "HC3O+", "HC3S+", "HC4N+", "HC4S+", "HC5N", "HC5N+", "HC5NH+", "HC7N", "HC7N+", "HC9N", "HC9N+", "HCCN", "HCN", "HCN+", "HCNH+", "HCNO", "HCNO+", "HCNOH+", "HCO", "HCO+", "HCO2+", "HCOOCH3", "HCOOCH3+", "HCOOH", "HCOOH+", "HCOOH2+", "HCP", "HCP+", "HCS", "HCS+", "HCSi", "HCSi+", "HCl", "HCl+", "HF", "HF+", "HN2O+", "HNC", "HNC3", "HNCO", "HNCO+", "HNCOH+", "HNO", "HNO+", "HNS+", "HNSi", "HNSi+", "HOC+", "HOCN", "HOCN+", "HOCS+", "HONC", "HONC+", "HPN+", "HPO", "HPO+", "HS", "HS+", "HS2", "HS2+", "HSO+", "HSO2+", "HSiO2+", "HSiS+", "He", "He+", "HeH+", "Mg", "Mg+", "N", "N+", "N2", "N2+", "N2H+", "N2O", "N2O+", "NCCN", "NCCNCH3+", "NCCNH+", "NH", "NH+", "NH2", "NH2+", "NH2CN", "NH2CNH+", "NH3", "NH3+", "NH4+", "NO", "NO+", "NO2", "NO2+", "NS", "NS+", "Na", "Na+", "O", "O+", "O-", "O2", "O2+", "O2-", "O2H", "O2H+", "OCN", "OCN+", "OCS", "OCS+", "OH", "OH+", "OH-", "P", "P+", "PC2H2+", "PC2H3+", "PC2H4+", "PC3H+", "PC4H+", "PCH2+", "PCH3+", "PCH4+", "PH", "PH+", "PH2", "PH2+", "PH3+", "PN", "PN+", "PNH2+", "PNH3+", "PO", "PO+", "S", "S+", "S-", "S2", "S2+", "SO", "SO+", "SO2", "SO2+", "Si", "Si+", "SiC", "SiC+", "SiC2", "SiC2+", "SiC2H", "SiC2H+", "SiC2H2", "SiC2H2+", "SiC2H3+", "SiC3", "SiC3+", "SiC3H", "SiC3H+", "SiC3H2+", "SiC4", "SiC4+", "SiC4H+", "SiCH2", "SiCH2+", "SiCH3", "SiCH3+", "SiCH4+", "SiF+", "SiH", "SiH+", "SiH2", "SiH2+", "SiH3", "SiH3+", "SiH4", "SiH4+", "SiH5+", "SiN", "SiN+", "SiNC", "SiNC+", "SiNCH+", "SiNH2+", "SiO", "SiO+", "SiO2", "SiOH+", "SiS", "SiS+", "e-"]
# If some species is required for heating/cooling, but does not exist in the network.
required = []
[chemistry.species.binding_energy]
GCH = 873.0
GCH2 = 945.0
GNH = 1577.0
GCH3 = 1018.0
GNH2 = 2354.0
GNH3 = 3130.0
GH2O = 5770.0
GF = 450.0
GHF = 500.0
GHCN = 3610.0
GCO = 855.0
GCH2OH = 4330.0
GCH3O = 2655.0
GP = 750.0
GPH = 800.0
GPH2 = 850.0
GCH2CCH = 3837.0
GCH2CCH2 = 4287.0
GCH3CCH = 4287.0
GCNO = 2400.0
GCH3CHCH2 = 5187.0
GHONC = 2850.0
GHOCN = 2850.0
GHCNO = 2850.0
GCH3CO = 2320.0
GCP = 1050.0
GHCP = 1100.0
GCOOH = 5120.0
GPN = 1100.0
GCH2PH = 1200.0
GPO = 1150.0
GHPO = 1200.0
GCH2CHCCH = 5087.0
GC2H4CN = 5930.0
GCCP = 1350.0
GC2H5CN = 6380.0
GHC2P = 1400.0
GCH3COCH3 = 3300.0
GCH2OHCO = 6230.0
GCOOCH3 = 3650.0
GCH2OHCHO = 6680.0
GCH3COOH = 6300.0
GSiC3 = 1600.0
GC3P = 1650.0
GC4P = 1950.0
GC10H = 8537.0
GC10H2 = 8987.0
GC11 = 8800.0
[chemistry.species.photon_yield]
GH2O = 0.0013
GN2 = 0.00018
GCO = 0.0027
GCH3OH = 0.0021
GCO2 = 0.0023
[chemistry.grain]
model = "hh93i"
[chemistry.network]
files = ["rate12_complex.rates"]
formats = ["leeds"]
[chemistry.thermal]
heating = []
cooling = []
[chemistry.shielding]
H2 = "L96Table"
CO = "V09Table"
N2 = "L13Table"
[chemistry.rate_modifier]
8274 = "0.0"
[chemistry.ode_modifier]
[chemistry.ode_modifier.H2]
factors = ["0.5 * hloss"]
reactants = [["H"]]
[chemistry.ode_modifier.H]
factors = ["-hloss"]
reactants = [["H"]]
[ODEsolver]
solver = "cvode"
device = "gpu"
method = "cusparse"
[summary]
num_of_elements = 14
num_of_species = 669
num_of_grains = 1
num_of_gas_species = 487
num_of_ice_species = 182
num_of_grain_species = 2
num_of_reactions = 8764
list_of_elements = ["F", "Cl", "P", "Fe", "Mg", "Na", "Si", "S", "N", "O", "He", "C", "GRAIN0", "H"]
list_of_species = ["GFe", "GHe", "GMg", "GNa", "GH2S2", "GC4H6", "GC4S", "GCCl", "GCH3C3N", "GCH3C4H", "GCH3C5N", "GCH3C6H", "GCH3C7N", "GClO", "GHC2P", "GHCl", "GHF", "GHNSi", "GHPO", "GNH2CN", "GNO2", "GPN", "GSiC3H", "GSiCH3", "GSiO2", "GSiS", "GF", "GH2SiO", "GNCCN", "GS2", "GSiC2H", "C2H4CN", "GC3S", "GC4N", "GC4P", "GCH2PH", "GCH3CHCH2", "GCH3COOH", "GH2S", "GHCNO", "GHCP", "GHNC3", "GHNCO", "GHOCN", "GHONC", "GHS2", "GN2O", "GPH2", "GPO", "GSiC2H2", "GSiC4", "GSiNC", "HC2O", "GC3P", "GC6H6", "GH2O2", "GHCSi", "GPH", "GSO2", "GSiH4", "NCCNCH3+", "GC2H4CN", "GC2S", "GC3O", "GC4H3", "GC7H2", "GC8H2", "GC9H2", "GCH2CN", "GCH3CN", "GH2CN", "GH2CS", "GHC2O", "GHC5N", "GHC7N", "GHC9N", "GHCCN", "GHCS", "GSiC3", "GSiH3", "GSiN", "GSiO", "HCCN", "C3H2O+", "CF+", "ClO+", "GC2H6", "GC3H2", "GC5H2", "GCCP", "GCH2CHCCH", "GCH3COCH3", "GCH3OCH3", "GCl", "GSiCH2", "GSiH", "GSiH2", "H3C3O+", "HF+", "SiF+", "C8H5+", "C9H5+", "CH3C3N+", "GC10H2", "GC4H2", "GCH2CHCN", "GH2CCC", "GHC3N", "GOCS", "H2F+", "C4H6", "C4P+", "C5N+", "C6H6+", "CH2CHCN+", "COOCH3+", "F+", "GC2H5CN", "GC2H5OH", "GC2O", "GC6H2", "GC9N", "GCO2", "GCP", "GO2H", "GOCN", "GSO", "GSiC", "H2CNO+", "H2NCO+", "H2OCN+", "PC2H4+", "C7N+", "C9N+", "CH3NH+", "ClO", "GC11", "GC2N", "GCH2CCH2", "GCH2NH", "GCH3CCH", "GCNO", "GHNC", "GNS", "GSiC2", "H2C4N+", "H2CCl+", "H2NO+", "HCl+", "HNS+", "HOC+", "HSO+", "HSiO2+", "NH2CNH+", "C2H5OH+", "C2O+", "CH2CHCCH", "CH2OHCO+", "GCH2CCH", "GCH2CO", "GHNO", "GN2", "HC4N+", "HCNOH+", "HNCOH+", "HOCN+", "HeH+", "PC2H3+", "PN+", "PNH3+", "CH3CS+", "GC5N", "GP", "H2C7N+", "H2C9N+", "H2O2", "H3S2+", "HONC+", "PCH3+", "PNH2+", "C10H3+", "C2H5CNH+", "CCl+", "CH2NH2+", "CH2OHCH2O+", "CH3C5NH+", "CH3C7NH+", "GC2H5", "GC3N", "GC7N", "GCOOCH3", "GHCN", "H2CN", "H2SiO+", "H3C5N+", "HCNO+", "CCl", "CH3COOH+", "Cl+", "GNH3", "H2Cl+", "H3C9N+", "H5C2O2+", "HCOOH+", "HPN+", "C2S+", "C3S+", "C4N", "CH3COOH2+", "CH3OCH3+", "GC10", "GC10H", "GC8H", "GCH2OHCO", "GCOOH", "GO2", "H3C7N+", "H3SiO+", "HSO2+", "NH2CN", "CH3C3NH+", "CH3OCH4+", "GC2H4", "GC9", "GC9H", "GCS", "HC7N+", "HC9N+", "HNCO+", "NO2+", "PC3H+", "PCH4+", "SiH4+", "SiO2", "C2H5CN", "C2H5OH2+", "C2H7+", "CCP+", "CH2CHCNH+", "COOCH3", "F", "GHS", "H2PO+", "HCOOCH3+", "HN2O+", "N2O+", "PC2H2+", "SiC3H2+", "SiC4+", "SiC4H+", "SiH5+", "SiNCH+", "C11", "C3O+", "C4H5+", "C4H7+", "CH2OHCHO+", "CH3CHO+", "GCH2OHCHO", "GHCOOH", "H2S2", "HNSi+", "HOCS+", "NS+", "OCN+", "PC4H+", "PH3+", "SiCH4+", "C10+", "C10H2+", "C2N2+", "CH3CN+", "GC2H2", "GC5", "GC7H", "GCH3CO", "GHCOOCH3", "HC4S+", "HC5NH+", "SiC2H3+", "SiC3H", "SiCH3+", "SiNH2+", "C11+", "C3N+", "C4H4+", "CH2CN+", "CH3COCH3+", "CP+", "GC6", "GC8", "GCH2OH", "GCH3OH", "H2S2+", "HC2P+", "HC5N+", "HF", "HONC", "HSiS+", "PCH2+", "SO2+", "SiN+", "C9+", "CH2OHCO", "CH3C5N", "CH3C7N", "GC3H", "GC4H", "GC5H", "GC6H", "H2NC+", "H2SiO", "H3CS+", "HC2O+", "HCP+", "SiC4", "SiNC", "SiNC+", "CNO", "GC2H3", "GCH3O", "GH2O", "HC3S+", "HCOOH2+", "HNSi", "HPO+", "HS2+", "SiC2H2", "SiC3+", "C2NH+", "C3H6+", "C6H7+", "C8H4+", "CH2OHCHO", "Cl", "GC7", "GSi", "HC3O+", "HCNO", "SiC3H+", "SiCH3", "C3H7+", "C4N+", "C8+", "C9H4+", "CH2CO+", "CH2PH", "CH3C3N", "GC4", "GCH3CHO", "GH2CO", "HOCN", "HPO", "HS2", "SiC2+", "SiC2H2+", "C6H4+", "CH3CO", "CH3COCH4+", "CH3OH+", "COOH", "GNO", "PO+", "C7H4+", "C7H5+", "CH3C6H", "H2CS+", "HC9N", "HCOOCH3", "NCCNH+", "NO2", "PH2", "PN", "SiC2H", "SiC3", "C4P", "C7+", "CH2CN", "CH3C4H+", "GCH4", "HCP", "HCl", "HNCO", "C3P", "C9N", "CH3C4H", "CH3COOH", "CH3OCH3", "GC2H", "GNH2", "H2CS", "PH2+", "PO", "S2", "S2+", "SiC+", "C3S", "C6H5+", "CH2NH", "CH3O", "GHCO", "HC2P", "HCSi", "SiCH2", "C10H+", "HCSi+", "OCS+", "SiC2", "C2H6+", "C2O", "C8H+", "CH2OH", "SiN", "C5H5+", "GNH", "GS", "HCS", "NS", "SiC2H+", "SiH2", "C3O", "C6H+", "C9H2", "CH2CHCN", "CH3CHOH+", "CH3CNH+", "CH3CO+", "HC7N", "C6+", "C6H6", "C7N", "HCOOH", "SiH2+", "SiH3+", "C10H2", "C4+", "CCP", "CP", "GC3", "O2H", "SO2", "SiC", "C2H5OH", "HNO", "N2O", "SiH3", "CH3OH2+", "C2N+", "C5+", "C6H3+", "C8H3+", "C9H+", "C9H3+", "CH2CO", "HNC3", "OCN", "SiCH2+", "SiH+", "CH3COCH3", "HC3N+", "C8H2", "CO2+", "GOH", "HC5N", "SiH", "SiH4", "C7H+", "C9H2+", "PH", "C7H2", "GCO", "HCS+", "PH+", "C3H4+", "C8H2+", "GCH2", "HCO2+", "C5H3+", "HC3NH+", "C5H+", "CH3CHO", "CS+", "C3H5+", "C7H3+", "P+", "CH3CN", "NCCN", "C7H2+", "GC2", "C3+", "H3S+", "O2H+", "C6H2+", "CH4+", "HNO+", "H2CCC", "C6H2", "GCN", "C2H5+", "C5H2", "C5H2+", "CH2CCH2", "CN+", "C2H6", "GN", "C3H2", "C2H5", "GO", "N2+", "C4S+", "HCN+", "CH3CHCH2", "C2+", "C4H+", "CNC+", "HS+", "NH+", "O2-", "CH-", "H2+", "OCS", "GCH3", "NH2+", "P", "S-", "SiS+", "C2H-", "C4H-", "CO+", "CH3CCH", "CH5+", "HC2S+", "OH-", "C10H-", "C3H-", "C4S", "C6H-", "C8H-", "C7H-", "C9H-", "C10-", "C5H-", "C5N-", "HS", "C-", "CS", "O-", "C9-", "CH3OH", "H-", "HC3N", "SiS", "C3H+", "C3H3+", "C8-", "C2-", "C2S", "C3-", "C4-", "C6-", "H3CO+", "C5-", "C7-", "SiO+", "C2N", "GCH", "SiOH+", "NH2", "C4H3", "C2H+", "C3H2+", "C5N", "CH2+", "OH+", "H2O+", "C3N-", "GH2", "C3N", "CH+", "CO2", "O2+", "C10H", "C9H", "SiO", "Fe+", "Fe", "Mg+", "Na+", "Mg", "Na", "C10", "C8H", "C7", "C9", "C8", "GC", "NH", "C5", "C6", "CN-", "C4", "SO", "C7H", "C2H4+", "C4H3+", "N2H+", "CH2CCH", "SO+", "CH2CCH+", "C6H", "C5H", "H2S+", "N+", "C3H", "H2CO+", "C3", "C4H", "NO+", "O+", "C4H2", "C4H2+", "HCNH+", "CH2", "HNC", "NH3+", "C2H4", "C2H3", "NH4+", "N2", "O2", "Si+", "H2S", "S+", "Si", "C2H3+", "NO", "HCO", "CH4", "C2H", "H2CO", "HCN", "CH", "S", "C2", "OH", "NH3", "C2H2+", "CH3+", "C2H2", "CN", "GH", "CH3", "N", "H3O+", "O", "He+", "He", "C+", "H2O", "H+", "C", "HCO+", "H3+", "CO", "GRAIN-", "GRAIN0", "H2", "e-", "H"]
list_of_species_alias = ["GFeI", "GHeI", "GMgI", "GNaI", "GH2S2I", "GC4H6I", "GC4SI", "GCClI", "GCH3C3NI", "GCH3C4HI", "GCH3C5NI", "GCH3C6HI", "GCH3C7NI", "GClOI", "GHC2PI", "GHClI", "GHFI", "GHNSiI", "GHPOI", "GNH2CNI", "GNO2I", "GPNI", "GSiC3HI", "GSiCH3I", "GSiO2I", "GSiSI", "GFI", "GH2SiOI", "GNCCNI", "GS2I", "GSiC2HI", "C2H4CNI", "GC3SI", "GC4NI", "GC4PI", "GCH2PHI", "GCH3CHCH2I", "GCH3COOHI", "GH2SI", "GHCNOI", "GHCPI", "GHNC3I", "GHNCOI", "GHOCNI", "GHONCI", "GHS2I", "GN2OI", "GPH2I", "GPOI", "GSiC2H2I", "GSiC4I", "GSiNCI", "HC2OI", "GC3PI", "GC6H6I", "GH2O2I", "GHCSiI", "GPHI", "GSO2I", "GSiH4I", "NCCNCH3II", "GC2H4CNI", "GC2SI", "GC3OI", "GC4H3I", "GC7H2I", "GC8H2I", "GC9H2I", "GCH2CNI", "GCH3CNI", "GH2CNI", "GH2CSI", "GHC2OI", "GHC5NI", "GHC7NI", "GHC9NI", "GHCCNI", "GHCSI", "GSiC3I", "GSiH3I", "GSiNI", "GSiOI", "HCCNI", "C3H2OII", "CFII", "ClOII", "GC2H6I", "GC3H2I", "GC5H2I", "GCCPI", "GCH2CHCCHI", "GCH3COCH3I", "GCH3OCH3I", "GClI", "GSiCH2I", "GSiHI", "GSiH2I", "H3C3OII", "HFII", "SiFII", "C8H5II", "C9H5II", "CH3C3NII", "GC10H2I", "GC4H2I", "GCH2CHCNI", "GH2CCCI", "GHC3NI", "GOCSI", "H2FII", "C4H6I", "C4PII", "C5NII", "C6H6II", "CH2CHCNII", "COOCH3II", "FII", "GC2H5CNI", "GC2H5OHI", "GC2OI", "GC6H2I", "GC9NI", "GCO2I", "GCPI", "GO2HI", "GOCNI", "GSOI", "GSiCI", "H2CNOII", "H2NCOII", "H2OCNII", "PC2H4II", "C7NII", "C9NII", "CH3NHII", "ClOI", "GC11I", "GC2NI", "GCH2CCH2I", "GCH2NHI", "GCH3CCHI", "GCNOI", "GHNCI", "GNSI", "GSiC2I", "H2C4NII", "H2CClII", "H2NOII", "HClII", "HNSII", "HOCII", "HSOII", "HSiO2II", "NH2CNHII", "C2H5OHII", "C2OII", "CH2CHCCHI", "CH2OHCOII", "GCH2CCHI", "GCH2COI", "GHNOI", "GN2I", "HC4NII", "HCNOHII", "HNCOHII", "HOCNII", "HeHII", "PC2H3II", "PNII", "PNH3II", "CH3CSII", "GC5NI", "GPI", "H2C7NII", "H2C9NII", "H2O2I", "H3S2II", "HONCII", "PCH3II", "PNH2II", "C10H3II", "C2H5CNHII", "CClII", "CH2NH2II", "CH2OHCH2OII", "CH3C5NHII", "CH3C7NHII", "GC2H5I", "GC3NI", "GC7NI", "GCOOCH3I", "GHCNI", "H2CNI", "H2SiOII", "H3C5NII", "HCNOII", "CClI", "CH3COOHII", "ClII", "GNH3I", "H2ClII", "H3C9NII", "H5C2O2II", "HCOOHII", "HPNII", "C2SII", "C3SII", "C4NI", "CH3COOH2II", "CH3OCH3II", "GC10I", "GC10HI", "GC8HI", "GCH2OHCOI", "GCOOHI", "GO2I", "H3C7NII", "H3SiOII", "HSO2II", "NH2CNI", "CH3C3NHII", "CH3OCH4II", "GC2H4I", "GC9I", "GC9HI", "GCSI", "HC7NII", "HC9NII", "HNCOII", "NO2II", "PC3HII", "PCH4II", "SiH4II", "SiO2I", "C2H5CNI", "C2H5OH2II", "C2H7II", "CCPII", "CH2CHCNHII", "COOCH3I", "FI", "GHSI", "H2POII", "HCOOCH3II", "HN2OII", "N2OII", "PC2H2II", "SiC3H2II", "SiC4II", "SiC4HII", "SiH5II", "SiNCHII", "C11I", "C3OII", "C4H5II", "C4H7II", "CH2OHCHOII", "CH3CHOII", "GCH2OHCHOI", "GHCOOHI", "H2S2I", "HNSiII", "HOCSII", "NSII", "OCNII", "PC4HII", "PH3II", "SiCH4II", "C10II", "C10H2II", "C2N2II", "CH3CNII", "GC2H2I", "GC5I", "GC7HI", "GCH3COI", "GHCOOCH3I", "HC4SII", "HC5NHII", "SiC2H3II", "SiC3HI", "SiCH3II", "SiNH2II", "C11II", "C3NII", "C4H4II", "CH2CNII", "CH3COCH3II", "CPII", "GC6I", "GC8I", "GCH2OHI", "GCH3OHI", "H2S2II", "HC2PII", "HC5NII", "HFI", "HONCI", "HSiSII", "PCH2II", "SO2II", "SiNII", "C9II", "CH2OHCOI", "CH3C5NI", "CH3C7NI", "GC3HI", "GC4HI", "GC5HI", "GC6HI", "H2NCII", "H2SiOI", "H3CSII", "HC2OII", "HCPII", "SiC4I", "SiNCI", "SiNCII", "CNOI", "GC2H3I", "GCH3OI", "GH2OI", "HC3SII", "HCOOH2II", "HNSiI", "HPOII", "HS2II", "SiC2H2I", "SiC3II", "C2NHII", "C3H6II", "C6H7II", "C8H4II", "CH2OHCHOI", "ClI", "GC7I", "GSiI", "HC3OII", "HCNOI", "SiC3HII", "SiCH3I", "C3H7II", "C4NII", "C8II", "C9H4II", "CH2COII", "CH2PHI", "CH3C3NI", "GC4I", "GCH3CHOI", "GH2COI", "HOCNI", "HPOI", "HS2I", "SiC2II", "SiC2H2II", "C6H4II", "CH3COI", "CH3COCH4II", "CH3OHII", "COOHI", "GNOI", "POII", "C7H4II", "C7H5II", "CH3C6HI", "H2CSII", "HC9NI", "HCOOCH3I", "NCCNHII", "NO2I", "PH2I", "PNI", "SiC2HI", "SiC3I", "C4PI", "C7II", "CH2CNI", "CH3C4HII", "GCH4I", "HCPI", "HClI", "HNCOI", "C3PI", "C9NI", "CH3C4HI", "CH3COOHI", "CH3OCH3I", "GC2HI", "GNH2I", "H2CSI", "PH2II", "POI", "S2I", "S2II", "SiCII", "C3SI", "C6H5II", "CH2NHI", "CH3OI", "GHCOI", "HC2PI", "HCSiI", "SiCH2I", "C10HII", "HCSiII", "OCSII", "SiC2I", "C2H6II", "C2OI", "C8HII", "CH2OHI", "SiNI", "C5H5II", "GNHI", "GSI", "HCSI", "NSI", "SiC2HII", "SiH2I", "C3OI", "C6HII", "C9H2I", "CH2CHCNI", "CH3CHOHII", "CH3CNHII", "CH3COII", "HC7NI", "C6II", "C6H6I", "C7NI", "HCOOHI", "SiH2II", "SiH3II", "C10H2I", "C4II", "CCPI", "CPI", "GC3I", "O2HI", "SO2I", "SiCI", "C2H5OHI", "HNOI", "N2OI", "SiH3I", "CH3OH2II", "C2NII", "C5II", "C6H3II", "C8H3II", "C9HII", "C9H3II", "CH2COI", "HNC3I", "OCNI", "SiCH2II", "SiHII", "CH3COCH3I", "HC3NII", "C8H2I", "CO2II", "GOHI", "HC5NI", "SiHI", "SiH4I", "C7HII", "C9H2II", "PHI", "C7H2I", "GCOI", "HCSII", "PHII", "C3H4II", "C8H2II", "GCH2I", "HCO2II", "C5H3II", "HC3NHII", "C5HII", "CH3CHOI", "CSII", "C3H5II", "C7H3II", "PII", "CH3CNI", "NCCNI", "C7H2II", "GC2I", "C3II", "H3SII", "O2HII", "C6H2II", "CH4II", "HNOII", "H2CCCI", "C6H2I", "GCNI", "C2H5II", "C5H2I", "C5H2II", "CH2CCH2I", "CNII", "C2H6I", "GNI", "C3H2I", "C2H5I", "GOI", "N2II", "C4SII", "HCNII", "CH3CHCH2I", "C2II", "C4HII", "CNCII", "HSII", "NHII", "O2M", "CHM", "H2II", "OCSI", "GCH3I", "NH2II", "PI", "SM", "SiSII", "C2HM", "C4HM", "COII", "CH3CCHI", "CH5II", "HC2SII", "OHM", "C10HM", "C3HM", "C4SI", "C6HM", "C8HM", "C7HM", "C9HM", "C10M", "C5HM", "C5NM", "HSI", "CM", "CSI", "OM", "C9M", "CH3OHI", "HM", "HC3NI", "SiSI", "C3HII", "C3H3II", "C8M", "C2M", "C2SI", "C3M", "C4M", "C6M", "H3COII", "C5M", "C7M", "SiOII", "C2NI", "GCHI", "SiOHII", "NH2I", "C4H3I", "C2HII", "C3H2II", "C5NI", "CH2II", "OHII", "H2OII", "C3NM", "GH2I", "C3NI", "CHII", "CO2I", "O2II", "C10HI", "C9HI", "SiOI", "FeII", "FeI", "MgII", "NaII", "MgI", "NaI", "C10I", "C8HI", "C7I", "C9I", "C8I", "GCI", "NHI", "C5I", "C6I", "CNM", "C4I", "SOI", "C7HI", "C2H4II", "C4H3II", "N2HII", "CH2CCHI", "SOII", "CH2CCHII", "C6HI", "C5HI", "H2SII", "NII", "C3HI", "H2COII", "C3I", "C4HI", "NOII", "OII", "C4H2I", "C4H2II", "HCNHII", "CH2I", "HNCI", "NH3II", "C2H4I", "C2H3I", "NH4II", "N2I", "O2I", "SiII", "H2SI", "SII", "SiI", "C2H3II", "NOI", "HCOI", "CH4I", "C2HI", "H2COI", "HCNI", "CHI", "SI", "C2I", "OHI", "NH3I", "C2H2II", "CH3II", "C2H2I", "CNI", "GHI", "CH3I", "NI", "H3OII", "OI", "HeII", "HeI", "CII", "H2OI", "HII", "CI", "HCOII", "H3II", "COI", "GRAINM", "GRAIN0I", "H2I", "eM", "HI"]
list_of_gas_species = ["C2H4CN", "HC2O", "NCCNCH3+", "HCCN", "C3H2O+", "CF+", "ClO+", "H3C3O+", "HF+", "SiF+", "C8H5+", "C9H5+", "CH3C3N+", "H2F+", "C4H6", "C4P+", "C5N+", "C6H6+", "CH2CHCN+", "COOCH3+", "F+", "H2CNO+", "H2NCO+", "H2OCN+", "PC2H4+", "C7N+", "C9N+", "CH3NH+", "ClO", "H2C4N+", "H2CCl+", "H2NO+", "HCl+", "HNS+", "HOC+", "HSO+", "HSiO2+", "NH2CNH+", "C2H5OH+", "C2O+", "CH2CHCCH", "CH2OHCO+", "HC4N+", "HCNOH+", "HNCOH+", "HOCN+", "HeH+", "PC2H3+", "PN+", "PNH3+", "CH3CS+", "H2C7N+", "H2C9N+", "H2O2", "H3S2+", "HONC+", "PCH3+", "PNH2+", "C10H3+", "C2H5CNH+", "CCl+", "CH2NH2+", "CH2OHCH2O+", "CH3C5NH+", "CH3C7NH+", "H2CN", "H2SiO+", "H3C5N+", "HCNO+", "CCl", "CH3COOH+", "Cl+", "H2Cl+", "H3C9N+", "H5C2O2+", "HCOOH+", "HPN+", "C2S+", "C3S+", "C4N", "CH3COOH2+", "CH3OCH3+", "H3C7N+", "H3SiO+", "HSO2+", "NH2CN", "CH3C3NH+", "CH3OCH4+", "HC7N+", "HC9N+", "HNCO+", "NO2+", "PC3H+", "PCH4+", "SiH4+", "SiO2", "C2H5CN", "C2H5OH2+", "C2H7+", "CCP+", "CH2CHCNH+", "COOCH3", "F", "H2PO+", "HCOOCH3+", "HN2O+", "N2O+", "PC2H2+", "SiC3H2+", "SiC4+", "SiC4H+", "SiH5+", "SiNCH+", "C11", "C3O+", "C4H5+", "C4H7+", "CH2OHCHO+", "CH3CHO+", "H2S2", "HNSi+", "HOCS+", "NS+", "OCN+", "PC4H+", "PH3+", "SiCH4+", "C10+", "C10H2+", "C2N2+", "CH3CN+", "HC4S+", "HC5NH+", "SiC2H3+", "SiC3H", "SiCH3+", "SiNH2+", "C11+", "C3N+", "C4H4+", "CH2CN+", "CH3COCH3+", "CP+", "H2S2+", "HC2P+", "HC5N+", "HF", "HONC", "HSiS+", "PCH2+", "SO2+", "SiN+", "C9+", "CH2OHCO", "CH3C5N", "CH3C7N", "H2NC+", "H2SiO", "H3CS+", "HC2O+", "HCP+", "SiC4", "SiNC", "SiNC+", "CNO", "HC3S+", "HCOOH2+", "HNSi", "HPO+", "HS2+", "SiC2H2", "SiC3+", "C2NH+", "C3H6+", "C6H7+", "C8H4+", "CH2OHCHO", "Cl", "HC3O+", "HCNO", "SiC3H+", "SiCH3", "C3H7+", "C4N+", "C8+", "C9H4+", "CH2CO+", "CH2PH", "CH3C3N", "HOCN", "HPO", "HS2", "SiC2+", "SiC2H2+", "C6H4+", "CH3CO", "CH3COCH4+", "CH3OH+", "COOH", "PO+", "C7H4+", "C7H5+", "CH3C6H", "H2CS+", "HC9N", "HCOOCH3", "NCCNH+", "NO2", "PH2", "PN", "SiC2H", "SiC3", "C4P", "C7+", "CH2CN", "CH3C4H+", "HCP", "HCl", "HNCO", "C3P", "C9N", "CH3C4H", "CH3COOH", "CH3OCH3", "H2CS", "PH2+", "PO", "S2", "S2+", "SiC+", "C3S", "C6H5+", "CH2NH", "CH3O", "HC2P", "HCSi", "SiCH2", "C10H+", "HCSi+", "OCS+", "SiC2", "C2H6+", "C2O", "C8H+", "CH2OH", "SiN", "C5H5+", "HCS", "NS", "SiC2H+", "SiH2", "C3O", "C6H+", "C9H2", "CH2CHCN", "CH3CHOH+", "CH3CNH+", "CH3CO+", "HC7N", "C6+", "C6H6", "C7N", "HCOOH", "SiH2+", "SiH3+", "C10H2", "C4+", "CCP", "CP", "O2H", "SO2", "SiC", "C2H5OH", "HNO", "N2O", "SiH3", "CH3OH2+", "C2N+", "C5+", "C6H3+", "C8H3+", "C9H+", "C9H3+", "CH2CO", "HNC3", "OCN", "SiCH2+", "SiH+", "CH3COCH3", "HC3N+", "C8H2", "CO2+", "HC5N", "SiH", "SiH4", "C7H+", "C9H2+", "PH", "C7H2", "HCS+", "PH+", "C3H4+", "C8H2+", "HCO2+", "C5H3+", "HC3NH+", "C5H+", "CH3CHO", "CS+", "C3H5+", "C7H3+", "P+", "CH3CN", "NCCN", "C7H2+", "C3+", "H3S+", "O2H+", "C6H2+", "CH4+", "HNO+", "H2CCC", "C6H2", "C2H5+", "C5H2", "C5H2+", "CH2CCH2", "CN+", "C2H6", "C3H2", "C2H5", "N2+", "C4S+", "HCN+", "CH3CHCH2", "C2+", "C4H+", "CNC+", "HS+", "NH+", "O2-", "CH-", "H2+", "OCS", "NH2+", "P", "S-", "SiS+", "C2H-", "C4H-", "CO+", "CH3CCH", "CH5+", "HC2S+", "OH-", "C10H-", "C3H-", "C4S", "C6H-", "C8H-", "C7H-", "C9H-", "C10-", "C5H-", "C5N-", "HS", "C-", "CS", "O-", "C9-", "CH3OH", "H-", "HC3N", "SiS", "C3H+", "C3H3+", "C8-", "C2-", "C2S", "C3-", "C4-", "C6-", "H3CO+", "C5-", "C7-", "SiO+", "C2N", "SiOH+", "NH2", "C4H3", "C2H+", "C3H2+", "C5N", "CH2+", "OH+", "H2O+", "C3N-", "C3N", "CH+", "CO2", "O2+", "C10H", "C9H", "SiO", "Fe+", "Fe", "Mg+", "Na+", "Mg", "Na", "C10", "C8H", "C7", "C9", "C8", "NH", "C5", "C6", "CN-", "C4", "SO", "C7H", "C2H4+", "C4H3+", "N2H+", "CH2CCH", "SO+", "CH2CCH+", "C6H", "C5H", "H2S+", "N+", "C3H", "H2CO+", "C3", "C4H", "NO+", "O+", "C4H2", "C4H2+", "HCNH+", "CH2", "HNC", "NH3+", "C2H4", "C2H3", "NH4+", "N2", "O2", "Si+", "H2S", "S+", "Si", "C2H3+", "NO", "HCO", "CH4", "C2H", "H2CO", "HCN", "CH", "S", "C2", "OH", "NH3", "C2H2+", "CH3+", "C2H2", "CN", "CH3", "N", "H3O+", "O", "He+", "He", "C+", "H2O", "H+", "C", "HCO+", "H3+", "CO", "GRAIN-", "GRAIN0", "H2", "e-", "H"]
list_of_ice_species = ["GFe", "GHe", "GMg", "GNa", "GH2S2", "GC4H6", "GC4S", "GCCl", "GCH3C3N", "GCH3C4H", "GCH3C5N", "GCH3C6H", "GCH3C7N", "GClO", "GHC2P", "GHCl", "GHF", "GHNSi", "GHPO", "GNH2CN", "GNO2", "GPN", "GSiC3H", "GSiCH3", "GSiO2", "GSiS", "GF", "GH2SiO", "GNCCN", "GS2", "GSiC2H", "GC3S", "GC4N", "GC4P", "GCH2PH", "GCH3CHCH2", "GCH3COOH", "GH2S", "GHCNO", "GHCP", "GHNC3", "GHNCO", "GHOCN", "GHONC", "GHS2", "GN2O", "GPH2", "GPO", "GSiC2H2", "GSiC4", "GSiNC", "GC3P", "GC6H6", "GH2O2", "GHCSi", "GPH", "GSO2", "GSiH4", "GC2H4CN", "GC2S", "GC3O", "GC4H3", "GC7H2", "GC8H2", "GC9H2", "GCH2CN", "GCH3CN", "GH2CN", "GH2CS", "GHC2O", "GHC5N", "GHC7N", "GHC9N", "GHCCN", "GHCS", "GSiC3", "GSiH3", "GSiN", "GSiO", "GC2H6", "GC3H2", "GC5H2", "GCCP", "GCH2CHCCH", "GCH3COCH3", "GCH3OCH3", "GCl", "GSiCH2", "GSiH", "GSiH2", "GC10H2", "GC4H2", "GCH2CHCN", "GH2CCC", "GHC3N", "GOCS", "GC2H5CN", "GC2H5OH", "GC2O", "GC6H2", "GC9N", "GCO2", "GCP", "GO2H", "GOCN", "GSO", "GSiC", "GC11", "GC2N", "GCH2CCH2", "GCH2NH", "GCH3CCH", "GCNO", "GHNC", "GNS", "GSiC2", "GCH2CCH", "GCH2CO", "GHNO", "GN2", "GC5N", "GP", "GC2H5", "GC3N", "GC7N", "GCOOCH3", "GHCN", "GNH3", "GC10", "GC10H", "GC8H", "GCH2OHCO", "GCOOH", "GO2", "GC2H4", "GC9", "GC9H", "GCS", "GHS", "GCH2OHCHO", "GHCOOH", "GC2H2", "GC5", "GC7H", "GCH3CO", "GHCOOCH3", "GC6", "GC8", "GCH2OH", "GCH3OH", "GC3H", "GC4H", "GC5H", "GC6H", "GC2H3", "GCH3O", "GH2O", "GC7", "GSi", "GC4", "GCH3CHO", "GH2CO", "GNO", "GCH4", "GC2H", "GNH2", "GHCO", "GNH", "GS", "GC3", "GOH", "GCO", "GCH2", "GC2", "GCN", "GN", "GO", "GCH3", "GCH", "GH2", "GC", "GH"]
list_of_grain_species = ["GRAIN-", "GRAIN0"]