From 31b7d098dbb3705e52879910328c8186863fa87a Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Skyler Moosman <8845503+TheMooseman@users.noreply.github.com> Date: Thu, 2 Jan 2025 13:38:49 -0800 Subject: [PATCH] create basic components --- examples/dzi.html | 17 -- examples/index.html | 12 +- examples/omezarr.html | 17 -- examples/package.json | 5 +- examples/src/app.tsx | 79 +++---- examples/src/home.tsx | 26 +++ examples/src/index.tsx | 7 + examples/src/layers/examples.ts | 70 ++++++ examples/src/omezarr/app.tsx | 2 +- examples/src/omezarr/omezarr.ts | 4 +- examples/src/ui/scatterplot-ui.tsx | 5 +- pnpm-lock.yaml | 332 ++++++++++++++++++----------- 12 files changed, 354 insertions(+), 222 deletions(-) delete mode 100644 examples/dzi.html delete mode 100644 examples/omezarr.html create mode 100644 examples/src/home.tsx create mode 100644 examples/src/index.tsx create mode 100644 examples/src/layers/examples.ts diff --git a/examples/dzi.html b/examples/dzi.html deleted file mode 100644 index f459824..0000000 --- a/examples/dzi.html +++ /dev/null @@ -1,17 +0,0 @@ - - - - -
- - - diff --git a/examples/index.html b/examples/index.html index 46832e4..aed4168 100644 --- a/examples/index.html +++ b/examples/index.html @@ -1,12 +1,10 @@ - EXAMPLES -
- +
+ diff --git a/examples/omezarr.html b/examples/omezarr.html deleted file mode 100644 index 4188365..0000000 --- a/examples/omezarr.html +++ /dev/null @@ -1,17 +0,0 @@ - - - - -
- - - diff --git a/examples/package.json b/examples/package.json index b9ccfc3..865af04 100644 --- a/examples/package.json +++ b/examples/package.json @@ -43,10 +43,10 @@ "vite": "^5.3.5" }, "dependencies": { - "@alleninstitute/vis-geometry": "workspace:*", - "@alleninstitute/vis-scatterbrain": "workspace:*", "@alleninstitute/vis-dzi": "workspace:*", + "@alleninstitute/vis-geometry": "workspace:*", "@alleninstitute/vis-omezarr": "workspace:*", + "@alleninstitute/vis-scatterbrain": "workspace:*", "@czi-sds/components": "^20.0.1", "@emotion/css": "^11.11.2", "@emotion/react": "^11.11.4", @@ -62,6 +62,7 @@ "lodash": "^4.17.21", "react": "^18.3.0", "react-dom": "^18.3.0", + "react-router": "^7.0.2", "regl": "^2.1.0", "zarrita": "0.4.0-next.14" } diff --git a/examples/src/app.tsx b/examples/src/app.tsx index c62895e..50291d5 100644 --- a/examples/src/app.tsx +++ b/examples/src/app.tsx @@ -1,58 +1,31 @@ import React from 'react'; -import { SliceViewLayer } from './ui/slice-ui'; -import type { Demo } from './layers'; -import { AnnotationGrid } from './ui/annotation-grid'; -import { ContactSheetUI } from './ui/contact-sheet'; -import { ScatterplotUI } from './ui/scatterplot-ui'; -import { Button } from '@czi-sds/components'; +import { BrowserRouter, Route, Routes } from 'react-router'; +import { Home } from './home'; +import { TwoClientsPOC } from './dzi/double'; +import { OmezarrDemo } from './omezarr/app'; -export function AppUi(props: { demo: Demo }) { - const { demo } = props; +export function App() { + console.log('app'); return ( -
- - - - - -
+ + + } + /> + } + /> + } + /> + {/* } + /> */} + + ); } -function LayerUi(props: { demo: Demo }) { - const { demo } = props; - const layer = demo.layers[demo.selectedLayer]; - if (layer) { - switch (layer.type) { - case 'annotationGrid': - return ; - case 'volumeGrid': - return ; - case 'volumeSlice': - return ; - case 'scatterplot': - case 'scatterplotGrid': - return ; - default: - return null; - } - } - return ; -} diff --git a/examples/src/home.tsx b/examples/src/home.tsx new file mode 100644 index 0000000..d75e47f --- /dev/null +++ b/examples/src/home.tsx @@ -0,0 +1,26 @@ +import React from 'react'; + +export function Home() { + return ( + <> + EXAMPLES +
+
    +
  • + Deep Zoom Image +
    +
    • +
  • + OMEZARR +
    +
    • + {/* layers is not in the AC to be converted to a react component + maybe we'll convert it at some point though so I'll leave this here +
  • + Layers +
    +
    • */} +
+ + ); +} diff --git a/examples/src/index.tsx b/examples/src/index.tsx new file mode 100644 index 0000000..7c1d2b0 --- /dev/null +++ b/examples/src/index.tsx @@ -0,0 +1,7 @@ +import { createRoot } from 'react-dom/client'; +import { App } from './app'; +import React from 'react'; + +const container = document.getElementById('app'); +const root = createRoot(container!); +root.render(); diff --git a/examples/src/layers/examples.ts b/examples/src/layers/examples.ts new file mode 100644 index 0000000..d6f86d0 --- /dev/null +++ b/examples/src/layers/examples.ts @@ -0,0 +1,70 @@ +import type { ColumnRequest } from '~/common/loaders/scatterplot/scatterbrain-loader'; +import type { AnnotationGridConfig } from '~/data-sources/annotation/annotation-grid'; +import type { ZarrSliceConfig } from '~/data-sources/ome-zarr/planar-slice'; +import type { ZarrSliceGridConfig } from '~/data-sources/ome-zarr/slice-grid'; +import type { ScatterplotGridConfig, ScatterPlotGridSlideConfig } from '~/data-sources/scatterplot/dynamic-grid'; + +const slide32 = 'MQ1B9QBZFIPXQO6PETJ'; +const colorByGene: ColumnRequest = { name: '88', type: 'QUANTITATIVE' }; +const scottpoc = 'https://tissuecyte-ome-zarr-poc.s3.amazonaws.com/40_128_128/1145081396'; + +export const examples: Record = { + ['reconstructed']: { + colorBy: colorByGene, + type: 'ScatterPlotGridConfig', + url: 'https://bkp-2d-visualizations-stage.s3.amazonaws.com/wmb_ccf_04112024-20240419205547/4STCSZBXHYOI0JUUA3M/ScatterBrain.json', + } as ScatterplotGridConfig, + ['oneSlide']: { + colorBy: colorByGene, + slideId: slide32, + type: 'ScatterPlotGridSlideConfig', + url: 'https://bkp-2d-visualizations-stage.s3.amazonaws.com/wmb_ccf_04112024-20240419205547/4STCSZBXHYOI0JUUA3M/ScatterBrain.json', + } as ScatterPlotGridSlideConfig, + ['tissueCyte396']: { + type: 'ZarrSliceGridConfig', + gamut: { + R: { index: 0, gamut: { max: 600, min: 0 } }, + G: { index: 1, gamut: { max: 500, min: 0 } }, + B: { index: 2, gamut: { max: 400, min: 0 } }, + }, + plane: 'xy', + slices: 142, + url: scottpoc, + } as ZarrSliceGridConfig, + ['tissueCyteSlice']: { + type: 'zarrSliceConfig', + gamut: { + R: { index: 0, gamut: { max: 600, min: 0 } }, + G: { index: 1, gamut: { max: 500, min: 0 } }, + B: { index: 2, gamut: { max: 400, min: 0 } }, + }, + plane: 'xy', + planeParameter: 0.5, + url: scottpoc, + } as ZarrSliceConfig, + ['versa1']: { + url: 'https://neuroglancer-vis-prototype.s3.amazonaws.com/VERSA/scratch/0500408166/', + type: 'ZarrSliceGridConfig', + gamut: { + R: { index: 0, gamut: { max: 20, min: 0 } }, + G: { index: 1, gamut: { max: 20, min: 0 } }, + B: { index: 2, gamut: { max: 20, min: 0 } }, + }, + plane: 'xy', + slices: 4, + } as ZarrSliceGridConfig, + ['structureAnnotation']: { + type: 'AnnotationGridConfig', + url: 'https://bkp-2d-visualizations-stage.s3.amazonaws.com/wmb_ccf_04112024-20240419205547/4STCSZBXHYOI0JUUA3M/ScatterBrain.json', + levelFeature: '73GVTDXDEGE27M2XJMT', + annotationUrl: + 'https://stage-sfs.brain.devlims.org/api/v1/Annotation/4STCSZBXHYOI0JUUA3M/v3/TLOKWCL95RU03D9PETG/', + stroke: { + opacity: 1, + overrideColor: [1, 0, 0, 1] as const, + }, + fill: { + opacity: 0.7, + }, + } as AnnotationGridConfig, +}; diff --git a/examples/src/omezarr/app.tsx b/examples/src/omezarr/app.tsx index 333dd2f..9cb8151 100644 --- a/examples/src/omezarr/app.tsx +++ b/examples/src/omezarr/app.tsx @@ -4,7 +4,7 @@ import { SliceView } from './sliceview'; import { type OmeZarrDataset, loadOmeZarr } from '@alleninstitute/vis-omezarr'; const demo_versa = 'https://neuroglancer-vis-prototype.s3.amazonaws.com/VERSA/scratch/0500408166/'; -export function AppUi() { +export function OmezarrDemo() { return ; } /** diff --git a/examples/src/omezarr/omezarr.ts b/examples/src/omezarr/omezarr.ts index 90a8fc7..7c65441 100644 --- a/examples/src/omezarr/omezarr.ts +++ b/examples/src/omezarr/omezarr.ts @@ -1,5 +1,5 @@ import { createRoot } from 'react-dom/client'; -import { AppUi } from './app'; +import { OmezarrDemo } from './app'; const uiroot = createRoot(document.getElementById('main')!); -uiroot.render(AppUi()); +uiroot.render(OmezarrDemo()); diff --git a/examples/src/ui/scatterplot-ui.tsx b/examples/src/ui/scatterplot-ui.tsx index fdf4ccb..1896a92 100644 --- a/examples/src/ui/scatterplot-ui.tsx +++ b/examples/src/ui/scatterplot-ui.tsx @@ -1,10 +1,13 @@ -import React from 'react'; +import React, { useState } from 'react'; import type { Demo } from 'src/layers'; import { InputSlider } from '@czi-sds/components'; export function ScatterplotUI(props: { demo: Demo }) { const { demo } = props; // control the gamut with some sliders const l = demo.layers[demo.selectedLayer]; + + const [pointSize, setPointSize] = useState(l.data?.pointSize ?? 0) + if ((l && l.type === 'scatterplot') || l.type === 'scatterplotGrid') { return (
diff --git a/pnpm-lock.yaml b/pnpm-lock.yaml index 6c0d609..215765e 100644 --- a/pnpm-lock.yaml +++ b/pnpm-lock.yaml @@ -10,10 +10,10 @@ importers: devDependencies: '@parcel/packager-ts': specifier: 2.12.0 - version: 2.12.0(@parcel/core@2.12.0(@swc/helpers@0.5.6)) + version: 2.12.0(@parcel/core@2.12.0(@swc/helpers@0.5.6))(@swc/helpers@0.5.6) '@parcel/transformer-typescript-types': specifier: 2.12.0 - version: 2.12.0(@parcel/core@2.12.0(@swc/helpers@0.5.6))(typescript@5.3.3) + version: 2.12.0(@parcel/core@2.12.0(@swc/helpers@0.5.6))(@swc/helpers@0.5.6)(typescript@5.3.3) buffer: specifier: ^5.5.0||^6.0.0 version: 6.0.3 @@ -89,6 +89,9 @@ importers: react-dom: specifier: ^18.3.0 version: 18.3.0(react@18.3.0) + react-router: + specifier: ^7.0.2 + version: 7.0.2(react-dom@18.3.0(react@18.3.0))(react@18.3.0) regl: specifier: ^2.1.0 version: 2.1.0 @@ -1321,6 +1324,9 @@ packages: resolution: {integrity: sha512-L7z9BgrNEcYyUYtF+HaEfiS5ebkh9jXqbszz7pC0hRBPaatV0XjSD3+eHrpqFemQfgwiFF0QPIarnIihIDn7OA==} engines: {node: '>=10.13.0'} + '@types/cookie@0.6.0': + resolution: {integrity: sha512-4Kh9a6B2bQciAhf7FSuMRRkUWecJgJu9nPnx3yzpsfXX/c50REIqpHY4C82bXP90qrLtXtkDxTZosYO3UpOwlA==} + '@types/estree@1.0.5': resolution: {integrity: sha512-/kYRxGDLWzHOB7q+wtSUQlFrtcdUccpfy+X+9iMBpHK8QLLhx2wIPYuS5DYtR9Wa/YlZAbIovy7qVdB1Aq6Lyw==} @@ -1493,6 +1499,10 @@ packages: convert-source-map@1.9.0: resolution: {integrity: sha512-ASFBup0Mz1uyiIjANan1jzLQami9z1PoYSZCiiYW2FczPbenXc45FZdBZLzOT+r6+iciuEModtmCti+hjaAk0A==} + cookie@1.0.2: + resolution: {integrity: sha512-9Kr/j4O16ISv8zBBhJoi4bXOYNTkFLOqSL3UDB0njXxCXNezjeyVrJyGOWtgfs/q2km1gwBcfH8q1yEGoMYunA==} + engines: {node: '>=18'} + cosmiconfig@7.1.0: resolution: {integrity: sha512-AdmX6xUzdNASswsFtmwSt7Vj8po9IuqXm0UXz7QKPuEUmPB4XyjGfaAr2PSuELMwkRMVH1EpIkX5bTZGRB3eCA==} engines: {node: '>=10'} @@ -2035,6 +2045,16 @@ packages: resolution: {integrity: sha512-Gvzk7OZpiqKSkxsQvO/mbTN1poglhmAV7gR/DdIrRrSMXraRQQlfikRJOr3Nb9GTMPC5kof948Zy6jJZIFtDvQ==} engines: {node: '>=0.10.0'} + react-router@7.0.2: + resolution: {integrity: sha512-m5AcPfTRUcjwmhBzOJGEl6Y7+Crqyju0+TgTQxoS4SO+BkWbhOrcfZNq6wSWdl2BBbJbsAoBUb8ZacOFT+/JlA==} + engines: {node: '>=20.0.0'} + peerDependencies: + react: '>=18' + react-dom: '>=18' + peerDependenciesMeta: + react-dom: + optional: true + react-transition-group@4.4.5: resolution: {integrity: sha512-pZcd1MCJoiKiBR2NRxeCRg13uCXbydPnmB4EOeRrY7480qNWO8IIgQG6zlDkm6uRMsURXPuKq0GWtiM59a5Q6g==} peerDependencies: @@ -2081,6 +2101,9 @@ packages: engines: {node: '>=10'} hasBin: true + set-cookie-parser@2.7.1: + resolution: {integrity: sha512-IOc8uWeOZgnb3ptbCURJWNjWUPcO3ZnTTdzsurqERrP6nPyv+paC55vJM0LpOlT2ne+Ix+9+CRG1MNLlyZ4GjQ==} + shebang-command@2.0.0: resolution: {integrity: sha512-kHxr2zZpYtdmrN1qDjrrX/Z1rR1kG8Dx+gkpK1G4eXmvXswmcE1hTWBWYUzlraYw1/yZp6YuDY77YtvbN0dmDA==} engines: {node: '>=8'} @@ -2178,6 +2201,9 @@ packages: tslib@2.6.2: resolution: {integrity: sha512-AEYxH93jGFPn/a2iVAwW87VuUIkR1FVUKB77NwMF7nBTDkDrrT/Hpt/IrCJ0QXhW27jTBDcf5ZY7w6RiqTMw2Q==} + turbo-stream@2.4.0: + resolution: {integrity: sha512-FHncC10WpBd2eOmGwpmQsWLDoK4cqsA/UT/GqNoaKOQnT8uzhtCbg3EoUDMvqpOSAI0S26mr0rkjzbOO6S3v1g==} + type-detect@4.0.8: resolution: {integrity: sha512-0fr/mIH1dlO+x7TlcMy+bIDqKPsw/70tVyeHW787goQjhmqaZe10uwLujubK9q9Lg6Fiho1KUKDYz0Z7k7g5/g==} engines: {node: '>=4'} @@ -2684,32 +2710,37 @@ snapshots: optionalDependencies: '@types/react': 18.3.0 - 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